Result of FASTA (ccds) for pF1KB7444
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7444, 496 aa
  1>>>pF1KB7444 496 - 496 aa - 496 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3022+/-0.00105; mu= 6.3219+/- 0.063
 mean_var=260.7179+/-55.375, 0's: 0 Z-trim(112.2): 131  B-trim: 808 in 1/50
 Lambda= 0.079431
 statistics sampled from 12831 (12972) to 12831 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.72), E-opt: 0.2 (0.398), width:  16
 Scan time:  3.620

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY       ( 496) 3504 415.0 9.6e-116
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY       ( 496) 3504 415.0 9.6e-116
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY       ( 496) 3473 411.4 1.1e-114
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY        ( 496) 3471 411.2 1.3e-114
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY       ( 496) 3462 410.2 2.7e-114
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY       ( 496) 3458 409.7 3.7e-114
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY       ( 459) 2300 277.0 3.1e-74
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX          ( 391) 1197 150.5 3.1e-36
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1         ( 390) 1169 147.3 2.9e-35
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11        ( 392)  887 115.0 1.6e-25
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX       (1067)  621 85.0 4.5e-16


>>CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 3504 init1: 3504 opt: 3504  Z-score: 2191.4  bits: 415.0 E(32554): 9.6e-116
Smith-Waterman score: 3504; 100.0% identity (100.0% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
              430       440       450       460       470       480

              490      
pF1KB7 VDGGESRSEKGDSSRY
       ::::::::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
              490      

>>CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 3504 init1: 3504 opt: 3504  Z-score: 2191.4  bits: 415.0 E(32554): 9.6e-116
Smith-Waterman score: 3504; 100.0% identity (100.0% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
              430       440       450       460       470       480

              490      
pF1KB7 VDGGESRSEKGDSSRY
       ::::::::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
              490      

>>CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 3473 init1: 3473 opt: 3473  Z-score: 2172.2  bits: 411.4 E(32554): 1.1e-114
Smith-Waterman score: 3473; 99.2% identity (99.6% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS35 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
              430       440       450       460       470       480

              490      
pF1KB7 VDGGESRSEKGDSSRY
       ::::::::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
              490      

>>CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY             (496 aa)
 initn: 3471 init1: 3471 opt: 3471  Z-score: 2171.0  bits: 411.2 E(32554): 1.3e-114
Smith-Waterman score: 3471; 99.2% identity (99.4% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS14 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
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       ::::::::::::::::
CCDS14 VDGGESRSEKGDSSRY
              490      

>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 3462 init1: 3462 opt: 3462  Z-score: 2165.4  bits: 410.2 E(32554): 2.7e-114
Smith-Waterman score: 3462; 99.0% identity (99.4% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)

               10        20        30        40        50        60
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
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       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
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pF1KB7 VDGGESRSEKGDSSRY
       ::::::::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
              490      

>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 3458 init1: 3458 opt: 3458  Z-score: 2163.0  bits: 409.7 E(32554): 3.7e-114
Smith-Waterman score: 3458; 98.8% identity (99.4% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
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       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS35 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
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       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB7 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
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pF1KB7 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
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pF1KB7 VDGGESRSEKGDSSRY
       ::::::::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
              490      

>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY            (459 aa)
 initn: 2278 init1: 2278 opt: 2300  Z-score: 1446.2  bits: 277.0 E(32554): 3.1e-74
Smith-Waterman score: 3099; 91.5% identity (91.9% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-459)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
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pF1KB7 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS83 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
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pF1KB7 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
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pF1KB7 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
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pF1KB7 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS83 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
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pF1KB7 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::                              
CCDS83 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
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pF1KB7 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
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pF1KB7 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS83 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
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pF1KB7 VDGGESRSEKGDSSRY
       ::::::::::::::::
CCDS83 VDGGESRSEKGDSSRY
           450         

>>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX               (391 aa)
 initn: 999 init1: 393 opt: 1197  Z-score: 763.9  bits: 150.5 E(32554): 3.1e-36
Smith-Waterman score: 1294; 48.6% identity (63.3% similar) in 502 aa overlap (1-496:1-391)

               10        20        30        40         50         
pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
       :::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 DAKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGT
       :::.::.:::: :: ::::::::: ::::.:: :: ::   :.:.:  .::..::.::::
CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
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pF1KB7 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::::::.::::. .::.: ::
CCDS14 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
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pF1KB7 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:                    
CCDS14 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKD--------------------
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                                                       :::         
CCDS14 ------------------------------------------------SYSS--------
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pF1KB7 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSS-
                      :::                ::::.::::::: :::.:::::::: 
CCDS14 ---------------RDY----------------PSSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHSSS
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pF1KB7 WDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTC
        :.. ::::: .::::.   ::.:.: ::.::::. . ::.:..:::.:::  :::::. 
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       .  ::..:: :: : .::::  .:..   :..: :...  :::. :  : ::..:.::: 
CCDS14 YDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPPRDSYSSSSR
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pF1KB7 VASIVDG-GESRSEKGDS-SRY
        :    : : :::..: . :::
CCDS14 GAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
     370       380       390 

>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1              (390 aa)
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       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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      60        70        80        90       100       110         
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       :::.::.:::: :: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::.::::
CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
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pF1KB7 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS71 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
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       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:                    
CCDS71 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKD--------------------
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       .  ::..:: :: : .::::  .:..  :::  : :...  :::. :  :. :..:.:::
CCDS71 YDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQERGLPPSVERGYPSSRDSYSSSS
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pF1KB7 YVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY
         :    : : :::..: . :::
CCDS71 RGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
       370       380       390

>>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11             (392 aa)
 initn: 631 init1: 273 opt: 887  Z-score: 571.9  bits: 115.0 E(32554): 1.6e-25
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pF1KB7 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
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CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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pF1KB7 DAKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGT
       ::: ::.:::: :: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::..:: 
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
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pF1KB7 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
       :   ::. :  :::::: :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS77 RR-SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
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pF1KB7 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS77 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
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pF1KB7 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG-H--AYRDYGHSRRDESY
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   ::: :   ...::. :   . 
CCDS77 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELR-GAAP
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pF1KB7 SRG----YRNHRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA-
       .::    : .    .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  . 
CCDS77 GRGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLSL
          300       310       320       330       340         350  

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pF1KB7 ------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRY
             ::.::   :                                             
CCDS77 SMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                    
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496 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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