Result of FASTA (ccds) for pF1KB7428
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7428, 412 aa
  1>>>pF1KB7428 412 - 412 aa - 412 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3529+/-0.000804; mu= 2.7672+/- 0.049
 mean_var=290.3123+/-59.091, 0's: 0 Z-trim(118.3): 28  B-trim: 291 in 2/51
 Lambda= 0.075273
 statistics sampled from 19241 (19269) to 19241 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.838), E-opt: 0.2 (0.592), width:  16
 Scan time:  3.260

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS35006.1 ARID3C gene_id:138715|Hs108|chr9       ( 412) 2820 318.8   6e-87
CCDS12050.1 ARID3A gene_id:1820|Hs108|chr19        ( 593)  841 104.0 3.8e-22
CCDS10264.1 ARID3B gene_id:10620|Hs108|chr15       ( 560)  789 98.4 1.8e-20
CCDS76777.1 ARID3B gene_id:10620|Hs108|chr15       ( 561)  789 98.4 1.8e-20


>>CCDS35006.1 ARID3C gene_id:138715|Hs108|chr9            (412 aa)
 initn: 2820 init1: 2820 opt: 2820  Z-score: 1674.5  bits: 318.8 E(32554): 6e-87
Smith-Waterman score: 2820; 100.0% identity (100.0% similar) in 412 aa overlap (1-412:1-412)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPPLPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPPLPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 EKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPPGLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPPGLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 DDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTAKGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTAKGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 TITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPGELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPGELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 PPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTSGLPAHACAQLSPSPIKKEESGIPNPCLAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTSGLPAHACAQLSPSPIKKEESGIPNPCLAL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 PVGLALGPTREKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPPRPCMPPSFLPRGKVPLREERLDGPLNLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PVGLALGPTREKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPPRPCMPPSFLPRGKVPLREERLDGPLNLA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410  
pF1KB7 GSGISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSSILP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GSGISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSSILP
              370       380       390       400       410  

>>CCDS12050.1 ARID3A gene_id:1820|Hs108|chr19             (593 aa)
 initn: 1085 init1: 779 opt: 841  Z-score: 511.0  bits: 104.0 E(32554): 3.8e-22
Smith-Waterman score: 1007; 46.3% identity (63.5% similar) in 447 aa overlap (2-406:145-547)

                                            10        20        30 
pF1KB7                              MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPP
                                     :  . ..  .  .:.:: .::   :     
CCDS12 EDMASDEDMKPKWEEEEMEEDLGEDEEEEEEDYEDEEEEEDEEGLGPPGPAS--LGTTAL
          120       130       140       150       160         170  

              40        50        60        70        80        90 
pF1KB7 LPDHRTLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPP
       .:  :  : :..  :            :   :  .: :. .   ..::. .  .:. :::
CCDS12 FP--RKAQPPQAFRG------------DGVPRVLGGQERPGPGPAHPGGAAHVAPQLQPP
              180                   190       200       210        

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB7 GLHPHEWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALF
         :  .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::. :.
CCDS12 D-HG-DWTYEEQFKQLYELDGDPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRIPIMAKQVLDLFMLY
       220        230       240       250       260       270      

             160       170       180       190       200       210 
pF1KB7 RLVTAKGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPG
        ::: :::::::::.:.:::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::: :.::.:.
CCDS12 VLVTEKGGLVEVINKKLWREITKGLNLPTSITSAAFTLRTQYMKYLYPYECEKRGLSNPN
        280       290       300       310       320       330      

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB7 ELQAAIDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTS
       ::::::::::::::::.. .. ::. .   : ::.    :   .:    :: : : .::.
CCDS12 ELQAAIDSNRREGRRQSFGGS-LFAYS---PGGAH----GMLSSPKLPVSSLGLA-ASTN
        340       350        360              370       380        

             280        290         300                            
pF1KB7 GLPAHACAQLSPSP-IKKEE-SGIPNPCLA-LPVGLALGPT-------------------
       :      ....:.: ::::: :.::    . :::.::  :.                   
CCDS12 G------SSITPAPKIKKEEDSAIPITVPGRLPVSLAGHPVVAAQAAAVQAAAAQAAVAA
             390       400       410       420       430       440 

             310       320       330         340                350
pF1KB7 --------REKLAPEEPPEKRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRG-KVPLR--------E
               ::::   :::::. .:..  .    .  .  .::  . ..:.         :
CCDS12 QAAALEQLREKLESAEPPEKKMALVADEQQRLMQRALQQNFLAMAAQLPMSIRINSQASE
             450       460       470       480       490       500 

              360        370       380       390       400         
pF1KB7 ERLDGPLNLAGS-GISSINMALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSS
        : :. .::.:. : .::.:..::::..:::::::  ::         ::: :...:   
CCDS12 SRQDSAVNLTGTNGSNSISMSVEINGIMYTGVLFA--QP---------PAPTPTSAPNKG
             510       520       530                  540       550

     410                                          
pF1KB7 ILP                                        
                                                  
CCDS12 GGGGGGSSSNAGGRGGNTGTSGGQAGPAGLSTPSTSTSNNSLP
              560       570       580       590   

>>CCDS10264.1 ARID3B gene_id:10620|Hs108|chr15            (560 aa)
 initn: 938 init1: 699 opt: 789  Z-score: 480.8  bits: 98.4 E(32554): 1.8e-20
Smith-Waterman score: 908; 42.9% identity (63.8% similar) in 431 aa overlap (7-409:125-532)

                                       10        20        30      
pF1KB7                         MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPPLPDHR
                                     :..::    :.:..     : : : :: : 
CCDS10 DGGLEDEDGDDEVAEVAEKETQAASKYFHVQKVARQDPRVAPMSN----LLPAPGLPPH-
          100       110       120       130           140          

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB7 TLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPPGLHPH
         :: :        .. .:: .   .   ::  .   .:.    .:  . :..  : . .
CCDS10 GQQAKE--------DHTKDASKASPSVSTAGQPNWNLDEQLK-QNGGLAWSDDADGGRGR
     150               160       170       180        190       200

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB7 EWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTA
       : . .  : .:::::.::.::::::::: ::::::::.::.::::::.:::: :..::: 
CCDS10 EISRD--FAKLYELDGDPERKEFLDDLFVFMQKRGTPINRIPIMAKQILDLYMLYKLVTE
                210       220       230       240       250        

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB7 KGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPGELQAA
       ::::::.::.:.:::.:.::.:::.::::::::::::::::: :::: .:::::.:::::
CCDS10 KGGLVEIINKKIWREITKGLNLPTSITSAAFTLRTQYMKYLYAYECEKKALSSPAELQAA
      260       270       280       290       300       310        

        220       230       240       250       260       270      
pF1KB7 IDSNRREGRRQAYTATPLFGLAGPPPRGAQDPALGPGPAPPATQSSPGPAQGSTSGLPAH
       ::.::::::: .:... ::: . :    :   : .:.   :     :  . ::.::  . 
CCDS10 IDGNRREGRRPSYSSS-LFGYS-PAAATAAAAAGAPALLSPPKIRFPILGLGSSSGTNT-
      320       330         340       350       360       370      

        280       290             300                 310       320
pF1KB7 ACAQLSPSPIKKEESG-----IPNPC-LALPVGLA----------LGPTREKLAPEEPPE
       .  ..::.   .. .:     .: :  ::.:: ::          :   ::.:   :: :
CCDS10 SSPRISPATTLRKGDGAPVTTVPVPNRLAVPVTLASQQAGTRTAALEQLRERLESGEPAE
         380       390       400       410       420       430     

              330         340              350          360        
pF1KB7 KRAVLMGPMDPP--RPCMPPSFLPRGK-VPL------REERLDGP---LNLAGSGISSIN
       :.:  ..  .    .  .  .:.  .. .:.      ::.: ..    :::. :.:.:::
CCDS10 KKASRLSEEEQRLVQQAFQRNFFSMARQLPMKIRINGREDRAEASAAALNLTTSSIGSIN
         440       450       460       470       480       490     

      370       380       390       400       410                  
pF1KB7 MALEINGVVYTGVLFARRQPVPASQGPTNPAPPPSTGPPSSILP                
       :...:.:..:.:::::..   :. .  :. ::  : :  .:                   
CCDS10 MSVDIDGTTYAGVLFAQK---PVVHLITGSAPQ-SLGSSASSSSSSHCSPSPTSSRGTPS
         500       510          520        530       540       550 

CCDS10 AEPSTSWSL
             560

>>CCDS76777.1 ARID3B gene_id:10620|Hs108|chr15            (561 aa)
 initn: 938 init1: 699 opt: 789  Z-score: 480.8  bits: 98.4 E(32554): 1.8e-20
Smith-Waterman score: 904; 43.1% identity (62.7% similar) in 432 aa overlap (7-409:125-533)

                                       10        20        30      
pF1KB7                         MEALQKQQAARLAQGVGPLAPACPLLPPQPPLPDHR
                                     :..::    :.:..     : : : :: : 
CCDS76 DGGLEDEDGDDEVAEVAEKETQAASKYFHVQKVARQDPRVAPMSN----LLPAPGLPPH-
          100       110       120       130           140          

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB7 TLQAPEGALGNVGAEEEEDAEEDEEKREEAGAEEEAAEESRPGAQGPSSPSSQPPGLHPH
         :: :        .. .:: .   .   ::  .   .:.    .:  . :..  : . .
CCDS76 GQQAKE--------DHTKDASKASPSVSTAGQPNWNLDEQLK-QNGGLAWSDDADGGRGR
     150               160       170       180        190       200

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB7 EWTYEEQFKQLYELDADPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPVNRVPIMAKQVLDLYALFRLVTA
       : . .  : .:::::.::.::::::::: ::::::::.::.::::::.:::: :..::: 
CCDS76 EISRD--FAKLYELDGDPERKEFLDDLFVFMQKRGTPINRIPIMAKQILDLYMLYKLVTE
                210       220       230       240       250        

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB7 KGGLVEVINRKVWREVTRGLSLPTTITSAAFTLRTQYMKYLYPYECETRALSSPGELQAA
       ::::::.::.:.:::.:.::.:::.::::::::::::::::: :::: .:::::.:::::
CCDS76 KGGLVEIINKKIWREITKGLNLPTSITSAAFTLRTQYMKYLYAYECEKKALSSPAELQAA
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       .  ..::.   .. .:     .: :  ::.:: ::          :   ::.:   :: :
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       :.:  ..  .    .  .  .:      ::      :..  : :   . :::. :.:.::
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