Result of FASTA (omim) for pF1KB7384
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7384, 464 aa
  1>>>pF1KB7384 464 - 464 aa - 464 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5049+/-0.000397; mu= 3.3366+/- 0.025
 mean_var=211.5116+/-44.359, 0's: 0 Z-trim(118.8): 30  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.088188
 statistics sampled from 32073 (32103) to 32073 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.376), width:  16
 Scan time: 10.550

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin- ( 659) 3135 411.9 2.7e-114
NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B ( 569) 1234 170.0 1.5e-41
XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 598) 1094 152.2 3.7e-36
NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D ( 651) 1094 152.2 3.9e-36
NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein ME ( 666) 1094 152.2   4e-36
NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein ME ( 520) 1023 143.1 1.7e-33
XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 417)  706 102.7   2e-21


>>NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin-prot  (659 aa)
 initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135  Z-score: 2173.0  bits: 411.9 E(85289): 2.7e-114
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 464 aa overlap (1-464:196-659)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LLPAARFDAREAAAAAAAAGVLYGGDDAQGMMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
         170       180       190       200       210       220     

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
         230       240       250       260       270       280     

              100       110       120       130       140       150
pF1KB7 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
         290       300       310       320       330       340     

              160       170       180       190       200       210
pF1KB7 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
         350       360       370       380       390       400     

              220       230       240       250       260       270
pF1KB7 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
         410       420       430       440       450       460     

              280       290       300       310       320       330
pF1KB7 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
         470       480       490       500       510       520     

              340       350       360       370       380       390
pF1KB7 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
         530       540       550       560       570       580     

              400       410       420       430       440       450
pF1KB7 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
         590       600       610       620       630       640     

              460    
pF1KB7 VCQTAVTQAIQIHS
       ::::::::::::::
NP_057 VCQTAVTQAIQIHS
         650         

>>NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B [Ho  (569 aa)
 initn: 1707 init1: 1106 opt: 1234  Z-score: 866.7  bits: 170.0 E(85289): 1.5e-41
Smith-Waterman score: 1439; 57.3% identity (69.7% similar) in 466 aa overlap (31-420:60-525)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
                                     :.:::: :::::::::::::::::::::::
NP_115 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
      30        40        50        60        70        80         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALG
       ::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::.::::::::::::::::    :
NP_115 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
      90       100       110       120       130       140         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
       ..   ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
     150       160       170       180       190       200         

              190       200       210       220             230    
pF1KB7 MPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFE-----GGTL-GSAWLSSN
       ::::::::::::: :::.:::. :::..::::: :::::.:.     ::.  :: : . .
NP_115 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
     210       220       230       240       250       260         

           240        250       260                270             
pF1KB7 P-VPPSRARM-ISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFG---------SNRLADFSPTSP---FS-
       : . :. .:  .:.:::::::::::.:::::::         ..::::.:: ::   :. 
NP_115 PSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAH
     270       280       290       300       310       320         

             280       290       300           310             320 
pF1KB7 --------TGNFWFGDTLPSVGSEDLAVD-SPAFDSLPT---SAQTIWTPFE------PV
               .:  . .    :: : :   . .:.::  :.   .:  ::. ::      :.
NP_115 NGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPA
     330       340       350       360       370       380         

                                 330           340       350       
pF1KB7 NPLS--------------------GFGSDPS----GNMKTQRRGSQPSTPRLSPTF---P
        :.:                    : .: ::    : .  .:     : ::::: .   :
NP_115 APVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAP
     390       400       410       420       430       440         

          360       370                380       390       400     
pF1KB7 ESIEHPLARRVRSDPPSTG-------NHVG--LPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSSSPP
        . :: ::::::::: . :       : .:  ::   :. ..:..: :::...:.:::  
NP_115 GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSG
     450       460       470       480       490       500         

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB7 ESRR-KHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
         :. ..:: .:::.:                                            
NP_115 LRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
     510       520       530       540       550       560         

>--
 initn: 297 init1: 271 opt: 271  Z-score: 204.6  bits: 47.4 E(85289): 0.00012
Smith-Waterman score: 271; 84.1% identity (90.9% similar) in 44 aa overlap (421-464:526-569)

              400       410       420       430       440       450
pF1KB7 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
                                     :::::::::::::::::::.::::  : ::
NP_115 SSSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECP
         500       510       520       530       540       550     

              460    
pF1KB7 VCQTAVTQAIQIHS
       ::.:::::::.: :
NP_115 VCHTAVTQAIRIFS
         560         

>>XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro  (598 aa)
 initn: 1561 init1: 1023 opt: 1094  Z-score: 770.2  bits: 152.2 E(85289): 3.7e-36
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:97-584)

                                    10        20        30         
pF1KB7                      MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
                                     ..:   . .  .: ..: ...  :.:::: 
XP_016 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
         70        80        90       100       110       120      

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
XP_016 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
        130       140       150       160       170       180      

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
       :::::::::.:::.:.: :   :. .  ::::::::.:::::::::::::::::::::::
XP_016 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
        190       200       210       220       230       240      

       160       170       180       190       200       210       
pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
       ::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
XP_016 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
        250       260       270       280       290       300      

       220        230       240        250       260            270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
       :: ..  :. .: : ...:    :     .. :.:..  ::. :.   :     :.  . 
XP_016 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
        310       320        330       340         350       360   

                 280       290              300         310        
pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
       : .:.::.:   .:.: ::   :.  ::.      :.. :    :.:    .: :::.::
XP_016 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
           370       380       390       400       410       420   

      320             330       340       350           360        
pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
       : . :: .:..       :.      ::.:  .::: :::.::     .: ::.::   :
XP_016 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
           430       440       450       460       470       480   

             370       380          390                400         
pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
       :       :  :     :. .:   :::..:.  ::         ..:.: .:  : :  
XP_016 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
           490            500       510       520       530        

     410            420       430       440       450       460    
pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
       .     ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: :  : ::              
XP_016 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIHIFS
      540       550       560       570       580       590        

>>NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D iso  (651 aa)
 initn: 1561 init1: 1023 opt: 1094  Z-score: 769.7  bits: 152.2 E(85289): 3.9e-36
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                                    10        20        30         
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                                     ..:   . .  .: ..: ...  :.:::: 
NP_976 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
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pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
NP_976 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
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pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
       :::::::::.:::.:.: :   :. .  ::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_976 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
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pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
       ::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
NP_976 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
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pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
       :: ..  :. .: : ...:    :     .. :.:..  ::. :.   :     :.  . 
NP_976 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
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pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
       : .:.::.:   .:.: ::   :.  ::.      :.. :    :.:    .: :::.::
NP_976 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
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pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
       : . :: .:..       :.      ::.:  .::: :::.::     .: ::.::   :
NP_976 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
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pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
       :       :  :     :. .:   :::..:.  ::         ..:.: .:  : :  
NP_976 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
        540            550       560       570       580       590 

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pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
       .     ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: :  : ::              
NP_976 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIHIFS
             600       610       620       630       640       650 

>>NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D   (666 aa)
 initn: 1558 init1: 1023 opt: 1094  Z-score: 769.5  bits: 152.2 E(85289): 4e-36
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:150-637)

                                    10        20        30         
pF1KB7                      MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
                                     ..:   . .  .: ..: ...  :.:::: 
NP_001 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
     120       130       140       150       160       170         

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
NP_001 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
     180       190       200       210       220       230         

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
       :::::::::.:::.:.: :   :. .  ::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_001 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
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pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
       ::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
NP_001 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
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       220        230       240        250       260            270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
       :: ..  :. .: : ...:    :     .. :.:..  ::. :.   :     :.  . 
NP_001 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
     360       370        380       390         400       410      

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pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
       : .:.::.:   .:.: ::   :.  ::.      :.. :    :.:    .: :::.::
NP_001 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
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pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
       : . :: .:..       :.      ::.:  .::: :::.::     .: ::.::   :
NP_001 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
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pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
       :       :  :     :. .:   :::..:.  ::         ..:.: .:  : :  
NP_001 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
        540            550       560       570       580       590 

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pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
       .     ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: :  : ::              
NP_001 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIRVET
             600       610       620       630       640       650 

NP_001 ETPQPGGASALQRQY
             660      

>>NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein MEX3A   (520 aa)
 initn: 1249 init1: 507 opt: 1023  Z-score: 722.2  bits: 143.1 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1329; 51.2% identity (72.3% similar) in 455 aa overlap (16-464:109-520)

                              10        20          30        40   
pF1KB7                MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNG--EQAALLRRKSVNTTECVPV
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NP_001 PAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPV
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pF1KB7 PSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAE
       :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::.:::: :.:::.::::
NP_001 PTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAE
      140       150       160       170       180       190        

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB7 HFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHT
       :::::::::::.: :.:    .: ::::.:..::::::::::::::::::::::::::.:
NP_001 HFSMIRASRNKSGAAFG---VAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNT
      200       210          220       230       240       250     

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB7 YIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFEG
       ::.:::::..::::.:: : ::.::::::: :::.:::. .: :.::::  .. :.....
NP_001 YIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDS
         260       270       280       290       300       310     

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB7 GTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLADFSPTSPFSTGNF
          ..::   .:      . .:..:..: . .:  ..:: : . ::..       . :.:
NP_001 -RYSDAWRVHQP----GCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGE-------QGGDF
          320           330       340       350              360   

            290         300       310       320       330       340
pF1KB7 WFGDTL-PS--VGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSDPSGNMKTQRR
        .:  : :.  ::..:.      . ..  ..  .:.  : ..: : . :. :..      
NP_001 GYGGYLFPGYGVGKQDV------YYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSS------
           370       380             390       400       410       

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pF1KB7 GSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHV-GLPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGS
       .:. .  : .:        : :.  ::   :.: .. :::   :.  .  ...:. .::.
NP_001 SSSSAKARAGP--------PGAH--RSPATSAGPELAGLPRRPPG--EPLQGFSKLGGGG
             420                 430       440         450         

     400       410       420       430       440       450         
pF1KB7 TSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQA
         : :  .:   ::..:::.:: :::::::::::::::: .:::.  : ::::. ..:::
NP_001 LRS-PGGGR---DCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQA
     460           470       480       490       500       510     

     460    
pF1KB7 IQIHS
       :.: :
NP_001 IRIFS
         520

>>XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro  (417 aa)
 initn: 1185 init1: 649 opt: 706  Z-score: 505.5  bits: 102.7 E(85289): 2e-21
Smith-Waterman score: 1047; 47.7% identity (66.2% similar) in 411 aa overlap (93-450:1-403)

             70        80        90       100       110       120  
pF1KB7 LRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGL
                                     ::::::::::::::.:::.:.: :   :. 
XP_016                               MAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAA
                                             10        20        30

            130       140       150       160       170       180  
pF1KB7 SCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMP
       .  ::::::::.:::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::: :::::
XP_016 QGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMP
               40        50        60        70        80        90

            190       200       210       220        230       240 
pF1KB7 ENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA
       ::::::::::: ::..::: . . . ..::: ::::: ..  :. .: : ...:    : 
XP_016 ENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRP
              100       110       120       130        140         

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pF1KB7 -RMISNYRNDSSSSLGSGST-DSYFGSNR----LADFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS-
           .. :.:.  .::. :. .......:    . : .:.::.:   .:.: ::   :. 
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        ::.      :.. :    :.:    .: :::.::: . :: .:..       :.     
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       :::..:.  ::         ..:.: .:  : :  .     ..::.: :.::.:::::::
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