Result of FASTA (ccds) for pF1KB7384
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7384, 464 aa
  1>>>pF1KB7384 464 - 464 aa - 464 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2228+/-0.000965; mu= 4.3656+/- 0.058
 mean_var=170.5250+/-35.722, 0's: 0 Z-trim(111.4): 36  B-trim: 777 in 1/50
 Lambda= 0.098216
 statistics sampled from 12306 (12330) to 12306 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.379), width:  16
 Scan time:  3.200

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11951.2 MEX3C gene_id:51320|Hs108|chr18        ( 659) 3135 456.5 3.8e-128
CCDS10319.1 MEX3B gene_id:84206|Hs108|chr15        ( 569) 1234 187.1 4.1e-47
CCDS32865.2 MEX3D gene_id:399664|Hs108|chr19       ( 651) 1094 167.3 4.3e-41
CCDS53377.1 MEX3A gene_id:92312|Hs108|chr1         ( 520) 1023 157.2 3.8e-38


>>CCDS11951.2 MEX3C gene_id:51320|Hs108|chr18             (659 aa)
 initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135  Z-score: 2414.1  bits: 456.5 E(32554): 3.8e-128
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 464 aa overlap (1-464:196-659)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLPAARFDAREAAAAAAAAGVLYGGDDAQGMMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL
         170       180       190       200       210       220     

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKED
         230       240       250       260       270       280     

              100       110       120       130       140       150
pF1KB7 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPK
         290       300       310       320       330       340     

              160       170       180       190       200       210
pF1KB7 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEEN
         350       360       370       380       390       400     

              220       230       240       250       260       270
pF1KB7 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFGSNRLA
         410       420       430       440       450       460     

              280       290       300       310       320       330
pF1KB7 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIWTPFEPVNPLSGFGSD
         470       480       490       500       510       520     

              340       350       360       370       380       390
pF1KB7 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNHVGLPIYIPAFSNGTN
         530       540       550       560       570       580     

              400       410       420       430       440       450
pF1KB7 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCP
         590       600       610       620       630       640     

              460    
pF1KB7 VCQTAVTQAIQIHS
       ::::::::::::::
CCDS11 VCQTAVTQAIQIHS
         650         

>>CCDS10319.1 MEX3B gene_id:84206|Hs108|chr15             (569 aa)
 initn: 1707 init1: 1106 opt: 1234  Z-score: 959.3  bits: 187.1 E(32554): 4.1e-47
Smith-Waterman score: 1439; 57.3% identity (69.7% similar) in 466 aa overlap (31-420:60-525)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
                                     :.:::: :::::::::::::::::::::::
CCDS10 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
      30        40        50        60        70        80         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALG
       ::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::.::::::::::::::::    :
CCDS10 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
      90       100       110       120       130       140         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
       ..   ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
     150       160       170       180       190       200         

              190       200       210       220             230    
pF1KB7 MPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFE-----GGTL-GSAWLSSN
       ::::::::::::: :::.:::. :::..::::: :::::.:.     ::.  :: : . .
CCDS10 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
     210       220       230       240       250       260         

           240        250       260                270             
pF1KB7 P-VPPSRARM-ISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFG---------SNRLADFSPTSP---FS-
       : . :. .:  .:.:::::::::::.:::::::         ..::::.:: ::   :. 
CCDS10 PSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAH
     270       280       290       300       310       320         

             280       290       300           310             320 
pF1KB7 --------TGNFWFGDTLPSVGSEDLAVD-SPAFDSLPT---SAQTIWTPFE------PV
               .:  . .    :: : :   . .:.::  :.   .:  ::. ::      :.
CCDS10 NGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPA
     330       340       350       360       370       380         

                                 330           340       350       
pF1KB7 NPLS--------------------GFGSDPS----GNMKTQRRGSQPSTPRLSPTF---P
        :.:                    : .: ::    : .  .:     : ::::: .   :
CCDS10 APVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAP
     390       400       410       420       430       440         

          360       370                380       390       400     
pF1KB7 ESIEHPLARRVRSDPPSTG-------NHVG--LPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSSSPP
        . :: ::::::::: . :       : .:  ::   :. ..:..: :::...:.:::  
CCDS10 GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSG
     450       460       470       480       490       500         

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB7 ESRR-KHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
         :. ..:: .:::.:                                            
CCDS10 LRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
     510       520       530       540       550       560         

>>CCDS32865.2 MEX3D gene_id:399664|Hs108|chr19            (651 aa)
 initn: 1561 init1: 1023 opt: 1094  Z-score: 851.2  bits: 167.3 E(32554): 4.3e-41
Smith-Waterman score: 1435; 51.8% identity (68.5% similar) in 496 aa overlap (10-450:150-637)

                                    10        20        30         
pF1KB7                      MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALL--RRKSVNT
                                     ..:   . .  .: ..: ...  :.:::: 
CCDS32 APGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNM
     120       130       140       150       160       170         

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB7 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKRE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::: :::::
CCDS32 TECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKRE
     180       190       200       210       220       230         

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB7 ILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
       :::::::::.:::.:.: :   :. .  ::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS32 ILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRI
     240       250       260       270       280       290         

       160       170       180       190       200       210       
pF1KB7 QQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGT
       ::.::::::::.::::::: :::::::::::::::: ::..::: . . . ..::: :::
CCDS32 QQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGT
     300       310       320       330       340       350         

       220        230       240        250       260            270
pF1KB7 DVSFEG-GTLGSAWLSSNPVPPSRA-RMISNYRNDSSSSLGSGSTDSYF-----GSNRLA
       :: ..  :. .: : ...:    :     .. :.:..  ::. :.   :     :.  . 
CCDS32 DVCLDLLGAAASLW-AKTPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVP
     360       370        380       390         400       410      

                 280       290              300         310        
pF1KB7 DFSPTSPFS---TGNFWFGDTLPS--VGSE-----DLAVDSP--AFDSLPTSAQTIWTPF
       : .:.::.:   .:.: ::   :.  ::.      :.. :    :.:    .: :::.::
CCDS32 DPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPF
        420       430       440       450       460       470      

      320             330       340       350           360        
pF1KB7 EPVNPLSGFGS------DPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPES----IEHPLARRVRSD
       : . :: .:..       :.      ::.:  .::: :::.::     .: ::.::   :
CCDS32 ERAAPLPAFSGCSTVNGAPGPPAAGARRSSGAGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPD
        480       490       500       510       520       530      

             370       380          390                400         
pF1KB7 P-------PSTGNHVGLPIYIP---AFSNGTNSYSS---------SNGGSTSSSPPESRR
       :       :  :     :. .:   :::..:.  ::         ..:.: .:  : :  
CCDS32 PVGALSWRPPQG-----PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSAS
        540            550       560       570       580       590 

     410            420       430       440       450       460    
pF1KB7 K-----HDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS
       .     ..::.: :.::.:::::::::::::.:: .:: :  : ::              
CCDS32 SAPALARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACRTPATQAIHIFS
             600       610       620       630       640       650 

>>CCDS53377.1 MEX3A gene_id:92312|Hs108|chr1              (520 aa)
 initn: 1249 init1: 507 opt: 1023  Z-score: 798.2  bits: 157.2 E(32554): 3.8e-38
Smith-Waterman score: 1329; 51.2% identity (72.3% similar) in 455 aa overlap (16-464:109-520)

                              10        20          30        40   
pF1KB7                MMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNG--EQAALLRRKSVNTTECVPV
                                     ::. : : .  ..: :  . : ::::::::
CCDS53 PAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPV
       80        90       100       110       120       130        

            50        60        70        80        90       100   
pF1KB7 PSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAE
       :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::.:::: :.:::.::::
CCDS53 PTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAE
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CCDS53 HFSMIRASRNKSGAAFG---VAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNT
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pF1KB7 YIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFEG
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CCDS53 YIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDS
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          ..::   .:      . .:..:..: . .:  ..:: : . ::..       . :.:
CCDS53 -RYSDAWRVHQP----GCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGE-------QGGDF
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CCDS53 GYGGYLFPGYGVGKQDV------YYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSS------
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CCDS53 SSSSAKARAGP--------PGAH--RSPATSAGPELAGLPRRPPG--EPLQGFSKLGGGG
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pF1KB7 IQIHS
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CCDS53 IRIFS
         520




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