Result of FASTA (ccds) for pF1KB7247
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7247, 596 aa
  1>>>pF1KB7247 596 - 596 aa - 596 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6991+/-0.000978; mu= 17.1914+/- 0.058
 mean_var=69.9378+/-13.967, 0's: 0 Z-trim(105.3): 17  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.153362
 statistics sampled from 8335 (8343) to 8335 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.614), E-opt: 0.2 (0.256), width:  16
 Scan time:  3.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11709.1 OTOP3 gene_id:347741|Hs108|chr17       ( 596) 3998 894.0       0
CCDS11708.1 OTOP2 gene_id:92736|Hs108|chr17        ( 562)  556 132.4 1.5e-30
CCDS3372.1 OTOP1 gene_id:133060|Hs108|chr4         ( 612)  297 75.1   3e-13


>>CCDS11709.1 OTOP3 gene_id:347741|Hs108|chr17            (596 aa)
 initn: 3998 init1: 3998 opt: 3998  Z-score: 4777.2  bits: 894.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3998; 100.0% identity (100.0% similar) in 596 aa overlap (1-596:1-596)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MGRGARAAAAQSRWGRASRASVSPGRTIRSAPAVGEAQETEAAPEKENRVDVGAEERAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MGRGARAAAAQSRWGRASRASVSPGRTIRSAPAVGEAQETEAAPEKENRVDVGAEERAAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 TRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNKVAVTLGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNKVAVTLGD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 VWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCTFCLNIFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCTFCLNIFR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 VGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLMLTLATNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLMLTLATNL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 LLWVLAVTNDSMHREIEAELGILMEKSTGNETNTCLCLNATACEAFRRGFLMLYPFSTEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLWVLAVTNDSMHREIEAELGILMEKSTGNETNTCLCLNATACEAFRRGFLMLYPFSTEY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 CLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIFGPLLGLLVLLAGVCVFVLFQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIFGPLLGLLVLLAGVCVFVLFQI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 EASGPAIACQYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLEERELDTVKNPTRSLDVVLLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EASGPAIACQYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLEERELDTVKNPTRSLDVVLLM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 GAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQHIAQNLFIIEGLHRRPLWET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQHIAQNLFIIEGLHRRPLWET
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 VPEGLAGKQEAEPPRRGSLLELGQGLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VPEGLAGKQEAEPPRRGSLLELGQGLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNIT
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590      
pF1KB7 LWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGYQIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGYQIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
              550       560       570       580       590      

>>CCDS11708.1 OTOP2 gene_id:92736|Hs108|chr17             (562 aa)
 initn: 1445 init1: 556 opt: 556  Z-score: 661.8  bits: 132.4 E(32554): 1.5e-30
Smith-Waterman score: 1455; 43.0% identity (71.9% similar) in 540 aa overlap (84-594:25-560)

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB7 AEERAAATRPRQKSWLVRHFSLLLRRDRQAQKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFICSMIFNK
                                     .:.:.:.: :::.::..:. ..: .  :::
CCDS11       MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNK
                     10        20        30        40        50    

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB7 VAVTLGDVWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCT
       :::   ::. ::... .:. ::.:.:.  :.: : :: :.: ::::.:.::.::::: ::
CCDS11 VAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICT
           60        70        80        90       100       110    

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB7 FCLNIFRVGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLM
       . ...:..::  : ..:.: . ..  .:. ::. .::. ::   ::::.:. ..: ::::
CCDS11 LIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLM
          120       130       140       150       160       170    

           240       250               260       270         280   
pF1KB7 LTLATNLLLWVLAVTNDSMHRE--------IEAELGILMEKSTGNET--NTCLCLNATAC
       .::.::: .:. ::...:.:.           ..  .. .. . : .  ..::: .:. :
CCDS11 FTLTTNLAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAV-C
          180       190       200       210       220       230    

           290       300       310       320       330         340 
pF1KB7 EAFRRGFLMLYPFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIF--GP
       . :..:...::::. :: :.  ..:.:::::::: .:   :   . .:  :    :  ::
CCDS11 QIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGP
           240       250       260       270       280       290   

             350       360        370       380       390       400
pF1KB7 LLGLLVLLAGVCVFVLFQIEASGPAIAC-QYFTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLE
       .::::....:. ::.......:: .    : ...::.: .. :   .:. :.:. :. ..
CCDS11 VLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFD
           300       310       320       330       340       350   

              410       420       430       440       450       460
pF1KB7 ERELDTVKNPTRSLDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQ
       .: .:  :::::.:::.:::::::::..:.:.::::.::  :..::  : :...::.: :
CCDS11 RRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQ
           360       370       380       390       400       410   

              470       480       490                       500    
pF1KB7 HIAQNLFIIEGLHRRPLWETVPEGLAGKQE----------------AEPPRRGSLLELGQ
       :  ::.::::.::: :     :..   :.                 : ::  : :.  . 
CCDS11 HTFQNMFIIESLHRGPPGAE-PHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPG-LVSPSP
           420       430        440       450       460        470 

          510       520       530       540       550       560    
pF1KB7 GLQRASLAYIHSYSHLNWKRRALKEISLFLILCNITLWMMPAFGIHPEFENGLEKDFYGY
       . :: ..: . :  . .:.:. ::.:::::.:::. ::.::::: .:.: : .: :::::
CCDS11 SDQREAVAIV-STPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGY
             480        490       500       510       520       530

          570       580       590      
pF1KB7 QIWFAIVNFGLPLGVFYRMHSVGGLVEVYLGA
       ..: .:::. ::.:.:::::.:..:.:::.  
CCDS11 SLWAVIVNICLPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
              540       550       560  

>>CCDS3372.1 OTOP1 gene_id:133060|Hs108|chr4              (612 aa)
 initn: 926 init1: 297 opt: 297  Z-score: 351.5  bits: 75.1 E(32554): 3e-13
Smith-Waterman score: 960; 32.1% identity (59.9% similar) in 611 aa overlap (36-593:3-609)

          10        20        30        40        50        60     
pF1KB7 RAAAAQSRWGRASRASVSPGRTIRSAPAVGEAQETEAAPEKENRVDVGAEERAAATRPRQ
                                     :.  . :.:.    ..:..    ::  : .
CCDS33                             MLEGLGSPASPRAAASASVAGSSGPAACSPPS
                                           10        20        30  

          70        80            90       100        110       120
pF1KB7 KSWLVRHFSLLLRRD--RQA--QKAGQLFSGLLALNVVFLGGAFIC-SMIFNKVAVTLGD
       .:      :   ::   : .  :: ....:.  .: .::..: ..  .   . ..:. .:
CCDS33 SSAPRSPESPAPRRGGVRASVPQKLAEMLSSQYGL-IVFVAGLLLLLAWAVHAAGVSKSD
             40        50        60         70        80        90 

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 VWILLATLKVLSLLWLLYYVASTTRRPHAVLYQDPHAGPLWVRGSLVLFGSCTFCLNIFR
       .  .:..: .:.:::.:.::. .. . .    .: :::  :.:::..::.  :  :. ..
CCDS33 LLCFLTALMLLQLLWMLWYVGRSSAHRRLFRLKDTHAGAGWLRGSITLFAVITVILGCLK
             100       110       120       130       140       150 

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 VGYDVSHIRCKSQLDLVFSVIEMVFIGVQTWVLWKHCKDCVRVQTNFTRCGLMLTLATNL
       .:: ..  .: :  . :: : . :   .:.. :: : :: ..   .. : :.. .. :::
CCDS33 IGYFIGFSECLSATEGVFPVTHSVHTLLQVYFLWGHAKDIIQSFKTLERFGVIHSVFTNL
             160       170       180       190       200       210 

              250            260        270       280       290    
pF1KB7 LLWVLAVTNDSMHREIEAE-----LGIL-MEKSTGNETNTCLCLNATACEAFRRGFLMLY
       :::. .: :.: :.  : .     ::.  .     ..:  : :   : : :. .:. .::
CCDS33 LLWANGVLNESKHQLNEHKERLITLGFGNITTVLDDHTPQCNCTPPTLCTAISHGIYYLY
             220       230       240       250       260       270 

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB7 PFSTEYCLICCAVLFVMWKNVGRHVAPHMGAHPATAPFHLHGAIFGPLLGLLVLLAGVCV
       ::. :: ..  ..:.:.:::.::.:  :.  :     :.  :.. : .::: :: : . :
CCDS33 PFNIEYQILASTMLYVLWKNIGRKVDSHQ--HQKMQ-FKSDGVMVGAVLGLTVLAATIAV
             280       290       300          310       320        

          360       370        380       390       400       410   
pF1KB7 FVLFQIEASGPAIACQY-FTLYYAFYVAVLPTMSLACLAGTAIHGLEERELDTVKNPTRS
        :.. :. .      .  . ..: . ...:  :. : :::  :. ..:. ::  :::.:.
CCDS33 VVVYLIHIGRSKTKSESALIMFYLYAITLLMLMGAAGLAGIRIYRIDEKSLDESKNPARK
      330       340       350       360       370       380        

           420       430       440       450       460       470   
pF1KB7 LDVVLLMGAALGQMGIAYFSIVAIVAKRPHELLNRLILAYSLLLILQHIAQNLFIIEGLH
       ::  ::.:.: :.  :.. ::.::.  . :   .   : ::.: :...  :::::.:..:
CCDS33 LDSDLLVGTASGSWLISWGSILAILCAEGHPRYTWYNLPYSILAIVEKYIQNLFIFESIH
      390       400       410       420       430       440        

                     480       490       500           510         
pF1KB7 RRP--LWE--------TVPEGLAGKQEAEPPRRGSLLE----LGQGLQRASLAYI-HSYS
       :.:  : :        :: .: .    .  :. :.. .     :. .  :. . .    :
CCDS33 REPEKLSEDIQTLRVVTVCNGNTMPLASSCPKSGGVARDVAPQGKDMPPAANGNVCMRES
      450       460       470       480       490       500        

               520                        530       540       550  
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