Result of FASTA (ccds) for pF1KB7200
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7200, 431 aa
  1>>>pF1KB7200 431 - 431 aa - 431 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0820+/-0.000813; mu= 6.4249+/- 0.049
 mean_var=185.7172+/-37.974, 0's: 0 Z-trim(114.6): 70  B-trim: 153 in 1/50
 Lambda= 0.094113
 statistics sampled from 15066 (15136) to 15066 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.792), E-opt: 0.2 (0.465), width:  16
 Scan time:  3.270

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14323.1 FOXP3 gene_id:50943|Hs108|chrX         ( 431) 3004 419.8 2.6e-117
CCDS48109.1 FOXP3 gene_id:50943|Hs108|chrX         ( 396) 2274 320.6 1.7e-87
CCDS4856.1 FOXP4 gene_id:116113|Hs108|chr6         ( 667)  748 113.6 5.9e-25
CCDS58839.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 676)  544 85.9 1.3e-16
CCDS74963.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 577)  535 84.7 2.7e-16
CCDS58838.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 601)  535 84.7 2.7e-16
CCDS2914.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3          ( 677)  535 84.7   3e-16
CCDS58837.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 679)  535 84.7   3e-16
CCDS5760.1 FOXP2 gene_id:93986|Hs108|chr7          ( 715)  514 81.9 2.3e-15
CCDS55154.1 FOXP2 gene_id:93986|Hs108|chr7         ( 732)  514 81.9 2.3e-15
CCDS43635.1 FOXP2 gene_id:93986|Hs108|chr7         ( 740)  514 81.9 2.3e-15
CCDS34448.1 FOXP4 gene_id:116113|Hs108|chr6        ( 678)  500 80.0 8.1e-15
CCDS34447.1 FOXP4 gene_id:116113|Hs108|chr6        ( 680)  500 80.0 8.1e-15
CCDS74964.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 693)  476 76.7 7.9e-14


>>CCDS14323.1 FOXP3 gene_id:50943|Hs108|chrX              (431 aa)
 initn: 3004 init1: 3004 opt: 3004  Z-score: 2219.6  bits: 419.8 E(32554): 2.6e-117
Smith-Waterman score: 3004; 100.0% identity (100.0% similar) in 431 aa overlap (1-431:1-431)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPNPRPGKPSAPSLALGPSPGASPSWRAAPKASDLLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MPNPRPGKPSAPSLALGPSPGASPSWRAAPKASDLLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 LNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 HPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 STLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 STLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 SLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKASSVASSDKGSCCIVAAGSQGPVVPAWSGPRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKASSVASSDKGSCCIVAAGSQGPVVPAWSGPRE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 APDSLFAVRRHLWGSHGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 APDSLFAVRRHLWGSHGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 NEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQR
              370       380       390       400       410       420

              430 
pF1KB7 PSRCSNPTPGP
       :::::::::::
CCDS14 PSRCSNPTPGP
              430 

>>CCDS48109.1 FOXP3 gene_id:50943|Hs108|chrX              (396 aa)
 initn: 2270 init1: 2270 opt: 2274  Z-score: 1684.4  bits: 320.6 E(32554): 1.7e-87
Smith-Waterman score: 2678; 91.9% identity (91.9% similar) in 431 aa overlap (1-431:1-396)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MPNPRPGKPSAPSLALGPSPGASPSWRAAPKASDLLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MPNPRPGKPSAPSLALGPSPGASPSWRAAPKASDLLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 LNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQV
       :::::::::::                                   ::::::::::::::
CCDS48 LNPMPPSQLQL-----------------------------------STVDAHARTPVLQV
               70                                           80     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 HPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKD
          90       100       110       120       130       140     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 STLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 STLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQ
         150       160       170       180       190       200     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 SLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKASSVASSDKGSCCIVAAGSQGPVVPAWSGPRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 SLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKASSVASSDKGSCCIVAAGSQGPVVPAWSGPRE
         210       220       230       240       250       260     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 APDSLFAVRRHLWGSHGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 APDSLFAVRRHLWGSHGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTL
         270       280       290       300       310       320     

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 NEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQR
         330       340       350       360       370       380     

              430 
pF1KB7 PSRCSNPTPGP
       :::::::::::
CCDS48 PSRCSNPTPGP
         390      

>>CCDS4856.1 FOXP4 gene_id:116113|Hs108|chr6              (667 aa)
 initn: 768 init1: 478 opt: 748  Z-score: 561.6  bits: 113.6 E(32554): 5.9e-25
Smith-Waterman score: 756; 39.9% identity (65.2% similar) in 371 aa overlap (69-428:195-543)

       40        50        60        70        80        90        
pF1KB7 RGPGGTFQGRDLRGGAHASSSSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHL-QALLQ
                                     :.:    :: . :. :  :::  : ::.  
CCDS48 KPQPKEALGNKQLAFQQQLLQMQQLQQQHLLNLQRQGLVSLQPNQAS-GPLQTLPQAVCP
          170       180       190       200       210        220   

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB7 -DRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVA
        : :.. .  ..    :.  : :    :.   ..::   ::. . :. : : . : ..  
CCDS48 TDLPQLWKGEGAPGQPAEDSVKQ----EG---LDLTG--TAATATSFAAPPKVSPPLSHH
           230       240              250         260       270    

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB7 SLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLK
       .:   . .:..: .       :.::.      .:.:: ..: ::::::: . :.  .:.:
CCDS48 TLP--NGQPTVLTS-------RRDSSSHEETPGSHPLYGHGECKWPGCETLCEDLGQFIK
            280              290       300       310       320     

        220       230       240       250       260           270  
pF1KB7 HCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMA----LTKASSV
       : ...: ::... ::: .: ..::.:: ::. :.:.:.::.:::  . .    ...  .:
CCDS48 HLNTEHALDDRSTAQCRVQMQVVQQLEIQLAKESERLQAMMAHLHMRPSEPKPFSQPVTV
         330       340       350       360       370       380     

            280         290       300          310       320       
pF1KB7 ASSDKGSCCIV--AAGSQGPVVPAWSGPREAPDSLFA---VRRHLWGSHGNSTFPEFLHN
       ...:.    .:   ... .::.:    :  .  :: .   .::.   .  .    :. .:
CCDS48 SAADSFPDGLVHPPTSAAAPVTPL-RPPGLGSASLHGGGPARRRSSDKFCSPISSELAQN
         390       400        410       420       430       440    

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB7 MDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRH
        ...:  ..:::::::.::: ::::.:..: ::::::.:::::::.:: . ::::::.::
CCDS48 HEFYKNADVRPPFTYASLIRQAILETPDRQLTLNEIYNWFTRMFAYFRRNTATWKNAVRH
          450       460       470       480       490       500    

       390       400       410       420       430                 
pF1KB7 NLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP                
       ::::::::::::. ::::::::: :..:.:   :.  ..::                   
CCDS48 NLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEREYQKRRP--PKMTGSPTLVKNMISGLSYGALNASYQ
          510       520       530         540       550       560  

CCDS48 AALAESSFPLLNSPGMLNPGSASSLLPLSHDDVGAPVEPLPSNGSSSPPRLSPPQYSHQV
            570       580       590       600       610       620  

>>CCDS58839.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3              (676 aa)
 initn: 763 init1: 499 opt: 544  Z-score: 411.8  bits: 85.9 E(32554): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 780; 39.4% identity (63.0% similar) in 373 aa overlap (89-428:185-553)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB7 SSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVL
                                     : ..: : :..   ... . .  .   :.:
CCDS58 QLQLLQQQHAGKQPKEQQQVATQQLAFQQQLLQMQQLQQQHLLSLQRQGLLTIQPGQPAL
          160       170       180       190       200       210    

      120       130       140       150       160            170   
pF1KB7 QVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWV-----SREPALLCTFPN
        ..:: . .::          : : ..      : : .::. .     :  :.    . :
CCDS58 PLQPL-AQGMIPTELQQLWKEVTSAHTAEETT-GNNHSSLDLTTTCVSSSAPSKTSLIMN
           220       230       240        250       260       270  

                     180       190       200       210       220   
pF1KB7 PSA----------PRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHL
       : :          :...:        :.:: ..::::::::: : :. ..:::: ...: 
CCDS58 PHASTNGQLSVHTPKRESLSHEEHPHSHPLYGHGVCKWPGCEAVCEDFQSFLKHLNSEHA
            280       290       300       310       320       330  

           230       240       250       260       270             
pF1KB7 LDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKAS----SVASSDKGS
       ::... ::: .: ..::.:: ::. .::.:.::..::  : .  ::.    ...::   :
CCDS58 LDDRSTAQCRVQMQVVQQLELQLAKDKERLQAMMTHLHVKSTEPKAAPQPLNLVSSVTLS
            340       350       360       370       380       390  

     280                 290           300       310       320     
pF1KB7 CCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPR----EAPDSLFAVRRHLWGSHGNSTFPEFL
            :. :.          :..:. .::      .  ..  .::.   ...     .. 
CCDS58 KSASEASPQSLPHTPTTPTAPLTPVTQGPSVITTTSMHTVGPIRRRYSDKYNVPISSDIA
            400       410       420       430       440       450  

         330       340       350       360       370       380     
pF1KB7 HNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAI
       .:....:  ..:::::::.::: ::::.:::: ::::::.:::::::.:: . ::::::.
CCDS58 QNQEFYKNAEVRPPFTYASLIRQAILESPEKQLTLNEIYNWFTRMFAYFRRNAATWKNAV
            460       470       480       490       500       510  

         390       400       410       420       430               
pF1KB7 RHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP              
       ::::::::::::::. :::::::::.::.:.: :. :  .::.                 
CCDS58 RHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEFQKRRPQKIS--GNPSLIKNMQSSHAYCTPLNA
            520       530       540         550       560       570

CCDS58 ALQASMAENSIPLYTTASMGNPTLGNLASAIREELNGAMEHTNSNESDSSPGRSPMQAVH
              580       590       600       610       620       630

>>CCDS74963.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3              (577 aa)
 initn: 762 init1: 498 opt: 535  Z-score: 406.1  bits: 84.7 E(32554): 2.7e-16
Smith-Waterman score: 771; 39.3% identity (63.1% similar) in 374 aa overlap (89-428:85-454)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB7 SSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVL
                                     : ..: : :..   ... . .  .   :.:
CCDS74 QLQLLQQQHAGKQPKEQQQVATQQLAFQQQLLQMQQLQQQHLLSLQRQGLLTIQPGQPAL
           60        70        80        90       100       110    

      120       130       140       150       160            170   
pF1KB7 QVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWV-----SREPALLCTFPN
        ..:: . .::          : : ..      : : .::. .     :  :.    . :
CCDS74 PLQPL-AQGMIPTELQQLWKEVTSAHTAEETT-GNNHSSLDLTTTCVSSSAPSKTSLIMN
           120       130       140        150       160       170  

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pF1KB7 PSA----------PRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHL
       : :          :...:        :.:: ..::::::::: : :. ..:::: ...: 
CCDS74 PHASTNGQLSVHTPKRESLSHEEHPHSHPLYGHGVCKWPGCEAVCEDFQSFLKHLNSEHA
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pF1KB7 LDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKAS----SVASSDKGS
       ::... ::: .: ..::.:: ::. .::.:.::..::  : .  ::.    ...::   :
CCDS74 LDDRSTAQCRVQMQVVQQLELQLAKDKERLQAMMTHLHVKSTEPKAAPQPLNLVSSVTLS
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     280                 290           300       310        320    
pF1KB7 CCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPR----EAPDSLFAVRRHLWGSHGNS-TFPEF
            :. :.          :..:. .::      .  ..  .::.   ...   .  ..
CCDS74 KSASEASPQSLPHTPTTPTAPLTPVTQGPSVITTTSMHTVGPIRRRYSDKYNVPISSADI
            300       310       320       330       340       350  

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pF1KB7 LHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNA
        .:....:  ..:::::::.::: ::::.:::: ::::::.:::::::.:: . ::::::
CCDS74 AQNQEFYKNAEVRPPFTYASLIRQAILESPEKQLTLNEIYNWFTRMFAYFRRNAATWKNA
            360       370       380       390       400       410  

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pF1KB7 IRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP             
       .::::::::::::::. :::::::::.::.:.: :. :  .::.                
CCDS74 VRHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEFQKRRPQKIS--GNPSLIKNMQSSHAYCTPLN
            420       430       440       450         460       470

CCDS74 AALQASMAENSIPLYTTASMGNPTLGNLASAIREELNGAMEHTNSNESDSSPGRSPMQAV
              480       490       500       510       520       530

>>CCDS58838.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3              (601 aa)
 initn: 762 init1: 498 opt: 535  Z-score: 405.9  bits: 84.7 E(32554): 2.7e-16
Smith-Waterman score: 776; 38.3% identity (61.9% similar) in 399 aa overlap (65-428:84-478)

           40        50        60        70        80         90   
pF1KB7 LLGARGPGGTFQGRDLRGGAHASSSSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSG-ARLGPLPHLQ
                                     :  . . :.:   .:: .  :    : ..:
CCDS58 AQQQQQQALQVARQLLLQQQQQQQVSGLKSPKRNDKQPALQQQQVATQQLAFQQQLLQMQ
            60        70        80        90       100       110   

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pF1KB7 ALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGI
        : :..   ... . .  .   :.: ..:: . .::          : : ..      : 
CCDS58 QLQQQHLLSLQRQGLLTIQPGQPALPLQPL-AQGMIPTELQQLWKEVTSAHTAEETT-GN
           120       130       140        150       160        170 

           160            170                 180       190        
pF1KB7 NVASLEWV-----SREPALLCTFPNPSA----------PRKDSTLSAVPQSSYPLLANGV
       : .::. .     :  :.    . :: :          :...:        :.:: ..::
CCDS58 NHSSLDLTTTCVSSSAPSKTSLIMNPHASTNGQLSVHTPKRESLSHEEHPHSHPLYGHGV
             180       190       200       210       220       230 

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pF1KB7 CKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQA
       ::::::: : :. ..:::: ...: ::... ::: .: ..::.:: ::. .::.:.::..
CCDS58 CKWPGCEAVCEDFQSFLKHLNSEHALDDRSTAQCRVQMQVVQQLELQLAKDKERLQAMMT
             240       250       260       270       280       290 

      260       270           280                 290           300
pF1KB7 HLAGKMALTKAS----SVASSDKGSCCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPR----E
       ::  : .  ::.    ...::   :     :. :.          :..:. .::      
CCDS58 HLHVKSTEPKAAPQPLNLVSSVTLSKSASEASPQSLPHTPTTPTAPLTPVTQGPSVITTT
             300       310       320       330       340       350 

              310        320       330       340       350         
pF1KB7 APDSLFAVRRHLWGSHGNS-TFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRT
       .  ..  .::.   ...   .  .. .:....:  ..:::::::.::: ::::.:::: :
CCDS58 SMHTVGPIRRRYSDKYNVPISSADIAQNQEFYKNAEVRPPFTYASLIRQAILESPEKQLT
             360       370       380       390       400       410 

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB7 LNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQ
       :::::.:::::::.:: . ::::::.::::::::::::::. :::::::::.::.:.: :
CCDS58 LNEIYNWFTRMFAYFRRNAATWKNAVRHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEFQKRRPQ
             420       430       440       450       460       470 

     420       430                                                 
pF1KB7 RPSRCSNPTPGP                                                
       . :  .::.                                                   
CCDS58 KIS--GNPSLIKNMQSSHAYCTPLNAALQASMAENSIPLYTTASMGNPTLGNLASAIREE
               480       490       500       510       520         

>>CCDS2914.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3               (677 aa)
 initn: 762 init1: 498 opt: 535  Z-score: 405.2  bits: 84.7 E(32554): 3e-16
Smith-Waterman score: 771; 39.3% identity (63.1% similar) in 374 aa overlap (89-428:185-554)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB7 SSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVL
                                     : ..: : :..   ... . .  .   :.:
CCDS29 QLQLLQQQHAGKQPKEQQQVATQQLAFQQQLLQMQQLQQQHLLSLQRQGLLTIQPGQPAL
          160       170       180       190       200       210    

      120       130       140       150       160            170   
pF1KB7 QVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWV-----SREPALLCTFPN
        ..:: . .::          : : ..      : : .::. .     :  :.    . :
CCDS29 PLQPL-AQGMIPTELQQLWKEVTSAHTAEETT-GNNHSSLDLTTTCVSSSAPSKTSLIMN
           220       230       240        250       260       270  

                     180       190       200       210       220   
pF1KB7 PSA----------PRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHL
       : :          :...:        :.:: ..::::::::: : :. ..:::: ...: 
CCDS29 PHASTNGQLSVHTPKRESLSHEEHPHSHPLYGHGVCKWPGCEAVCEDFQSFLKHLNSEHA
            280       290       300       310       320       330  

           230       240       250       260       270             
pF1KB7 LDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKAS----SVASSDKGS
       ::... ::: .: ..::.:: ::. .::.:.::..::  : .  ::.    ...::   :
CCDS29 LDDRSTAQCRVQMQVVQQLELQLAKDKERLQAMMTHLHVKSTEPKAAPQPLNLVSSVTLS
            340       350       360       370       380       390  

     280                 290           300       310        320    
pF1KB7 CCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPR----EAPDSLFAVRRHLWGSHGNS-TFPEF
            :. :.          :..:. .::      .  ..  .::.   ...   .  ..
CCDS29 KSASEASPQSLPHTPTTPTAPLTPVTQGPSVITTTSMHTVGPIRRRYSDKYNVPISSADI
            400       410       420       430       440       450  

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pF1KB7 LHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNA
        .:....:  ..:::::::.::: ::::.:::: ::::::.:::::::.:: . ::::::
CCDS29 AQNQEFYKNAEVRPPFTYASLIRQAILESPEKQLTLNEIYNWFTRMFAYFRRNAATWKNA
            460       470       480       490       500       510  

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pF1KB7 IRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP             
       .::::::::::::::. :::::::::.::.:.: :. :  .::.                
CCDS29 VRHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEFQKRRPQKIS--GNPSLIKNMQSSHAYCTPLN
            520       530       540       550         560       570

CCDS29 AALQASMAENSIPLYTTASMGNPTLGNLASAIREELNGAMEHTNSNESDSSPGRSPMQAV
              580       590       600       610       620       630

>>CCDS58837.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3              (679 aa)
 initn: 762 init1: 498 opt: 535  Z-score: 405.2  bits: 84.7 E(32554): 3e-16
Smith-Waterman score: 771; 39.3% identity (63.1% similar) in 374 aa overlap (89-428:187-556)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB7 SSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHLQALLQDRPHFMHQLSTVDAHARTPVL
                                     : ..: : :..   ... . .  .   :.:
CCDS58 QLQLLQQQHAGKQPKEQQQVATQQLAFQQQLLQMQQLQQQHLLSLQRQGLLTIQPGQPAL
        160       170       180       190       200       210      

      120       130       140       150       160            170   
pF1KB7 QVHPLESPAMISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGINVASLEWV-----SREPALLCTFPN
        ..:: . .::          : : ..      : : .::. .     :  :.    . :
CCDS58 PLQPL-AQGMIPTELQQLWKEVTSAHTAEETT-GNNHSSLDLTTTCVSSSAPSKTSLIMN
        220        230       240        250       260       270    

                     180       190       200       210       220   
pF1KB7 PSA----------PRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPEDFLKHCQADHL
       : :          :...:        :.:: ..::::::::: : :. ..:::: ...: 
CCDS58 PHASTNGQLSVHTPKRESLSHEEHPHSHPLYGHGVCKWPGCEAVCEDFQSFLKHLNSEHA
          280       290       300       310       320       330    

           230       240       250       260       270             
pF1KB7 LDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKAS----SVASSDKGS
       ::... ::: .: ..::.:: ::. .::.:.::..::  : .  ::.    ...::   :
CCDS58 LDDRSTAQCRVQMQVVQQLELQLAKDKERLQAMMTHLHVKSTEPKAAPQPLNLVSSVTLS
          340       350       360       370       380       390    

     280                 290           300       310        320    
pF1KB7 CCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPR----EAPDSLFAVRRHLWGSHGNS-TFPEF
            :. :.          :..:. .::      .  ..  .::.   ...   .  ..
CCDS58 KSASEASPQSLPHTPTTPTAPLTPVTQGPSVITTTSMHTVGPIRRRYSDKYNVPISSADI
          400       410       420       430       440       450    

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pF1KB7 LHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFRNHPATWKNA
        .:....:  ..:::::::.::: ::::.:::: ::::::.:::::::.:: . ::::::
CCDS58 AQNQEFYKNAEVRPPFTYASLIRQAILESPEKQLTLNEIYNWFTRMFAYFRRNAATWKNA
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pF1KB7 IRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP             
       .::::::::::::::. :::::::::.::.:.: :. :  .::.                
CCDS58 VRHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEFQKRRPQKIS--GNPSLIKNMQSSHAYCTPLN
          520       530       540       550         560       570  

CCDS58 AALQASMAENSIPLYTTASMGNPTLGNLASAIREELNGAMEHTNSNESDSSPGRSPMQAV
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>>CCDS5760.1 FOXP2 gene_id:93986|Hs108|chr7               (715 aa)
 initn: 759 init1: 474 opt: 514  Z-score: 389.4  bits: 81.9 E(32554): 2.3e-15
Smith-Waterman score: 744; 39.2% identity (64.0% similar) in 383 aa overlap (69-428:234-593)

       40        50        60        70        80        90        
pF1KB7 RGPGGTFQGRDLRGGAHASSSSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHL-QALLQ
                                     :.:    :. . :. : : :.  : :: :.
CCDS57 QQQQQQLAAQQLVFQQQLLQMQQLQQQQHLLSLQRQGLISIPPGQAAL-PVQSLPQAGLS
           210       220       230       240       250        260  

       100       110       120           130       140       150   
pF1KB7 DRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQVHPLESPAM----ISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGI
         :  ..::          :  :: .:. ..    ..::  .... . :  .. . :: :
CCDS57 --PAEIQQL-------WKEVTGVHSMEDNGIKHGGLDLTTNNSSSTTSSNTSKAS-PP-I
                     270       280       290       300        310  

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pF1KB7 NVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPED
       .  :.  :. . ..:       . :.::.      .:. : ..:::::::::.. :.  .
CCDS57 THHSI--VNGQSSVL-------SARRDSSSHEETGASHTLYGHGVCKWPGCESICEDFGQ
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pF1KB7 FLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKAS---
       :::: . .: ::... ::: .: ..::.:: ::  :.:.:.::..::  . .  : :   
CCDS57 FLKHLNNEHALDDRSTAQCRVQMQVVQQLEIQLSKERERLQAMMTHLHMRPSEPKPSPKP
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pF1KB7 -SVASSDKGSCCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPRE-APDSLF---AVRRHLWGS
        ...::   :  .. .. :.          ::.:  .::   .: :.    :.::.   .
CCDS57 LNLVSSVTMSKNMLETSPQSLPQTPTTPTAPVTPITQGPSVITPASVPNVGAIRRRHSDK
            430       440       450       460       470       480  

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pF1KB7 HGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFR
       ..     :.  :....:  ..::::::::::: ::.:. ..: :::::: :::: ::.::
CCDS57 YNIPMSSEIAPNYEFYKNADVRPPFTYATLIRQAIMESSDRQLTLNEIYSWFTRTFAYFR
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pF1KB7 NHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP    
        . ::::::.::::::::::::::. :::::::::.:..:.:::. .  ..::       
CCDS57 RNAATWKNAVRHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEYQKRRSQKIT--GSPTLVKNIPT
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CCDS57 SLGYGAALNASLQAALAESSLPLLSNPGLINNASSGLLQAVHEDLNGSLDHIDSNGNSSP
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>>CCDS55154.1 FOXP2 gene_id:93986|Hs108|chr7              (732 aa)
 initn: 793 init1: 474 opt: 514  Z-score: 389.3  bits: 81.9 E(32554): 2.3e-15
Smith-Waterman score: 744; 39.2% identity (64.0% similar) in 383 aa overlap (69-428:251-610)

       40        50        60        70        80        90        
pF1KB7 RGPGGTFQGRDLRGGAHASSSSLNPMPPSQLQLPTLPLVMVAPSGARLGPLPHL-QALLQ
                                     :.:    :. . :. : : :.  : :: :.
CCDS55 QQQQQQLAAQQLVFQQQLLQMQQLQQQQHLLSLQRQGLISIPPGQAAL-PVQSLPQAGLS
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       100       110       120           130       140       150   
pF1KB7 DRPHFMHQLSTVDAHARTPVLQVHPLESPAM----ISLTPPTTATGVFSLKARPGLPPGI
         :  ..::          :  :: .:. ..    ..::  .... . :  .. . :: :
CCDS55 --PAEIQQL-------WKEVTGVHSMEDNGIKHGGLDLTTNNSSSTTSSNTSKAS-PP-I
       280              290       300       310       320          

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pF1KB7 NVASLEWVSREPALLCTFPNPSAPRKDSTLSAVPQSSYPLLANGVCKWPGCEKVFEEPED
       .  :.  :. . ..:       . :.::.      .:. : ..:::::::::.. :.  .
CCDS55 THHSI--VNGQSSVL-------SARRDSSSHEETGASHTLYGHGVCKWPGCESICEDFGQ
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pF1KB7 FLKHCQADHLLDEKGRAQCLLQREMVQSLEQQLVLEKEKLSAMQAHLAGKMALTKAS---
       :::: . .: ::... ::: .: ..::.:: ::  :.:.:.::..::  . .  : :   
CCDS55 FLKHLNNEHALDDRSTAQCRVQMQVVQQLEIQLSKERERLQAMMTHLHMRPSEPKPSPKP
     380       390       400       410       420       430         

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pF1KB7 -SVASSDKGSCCIVAAGSQG----------PVVPAWSGPRE-APDSLF---AVRRHLWGS
        ...::   :  .. .. :.          ::.:  .::   .: :.    :.::.   .
CCDS55 LNLVSSVTMSKNMLETSPQSLPQTPTTPTAPVTPITQGPSVITPASVPNVGAIRRRHSDK
     440       450       460       470       480       490         

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pF1KB7 HGNSTFPEFLHNMDYFKFHNMRPPFTYATLIRWAILEAPEKQRTLNEIYHWFTRMFAFFR
       ..     :.  :....:  ..::::::::::: ::.:. ..: :::::: :::: ::.::
CCDS55 YNIPMSSEIAPNYEFYKNADVRPPFTYATLIRQAIMESSDRQLTLNEIYSWFTRTFAYFR
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pF1KB7 NHPATWKNAIRHNLSLHKCFVRVESEKGAVWTVDELEFRKKRSQRPSRCSNPTPGP    
        . ::::::.::::::::::::::. :::::::::.:..:.:::. .  ..::       
CCDS55 RNAATWKNAVRHNLSLHKCFVRVENVKGAVWTVDEVEYQKRRSQKIT--GSPTLVKNIPT
     560       570       580       590       600         610       

CCDS55 SLGYGAALNASLQAALAESSLPLLSNPGLINNASSGLLQAVHEDLNGSLDHIDSNGNSSP
       620       630       640       650       660       670       




431 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 05:54:04 2016 done: Fri Nov  4 05:54:04 2016
 Total Scan time:  3.270 Total Display time:  0.070

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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