Result of FASTA (ccds) for pF1KB7199
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7199, 467 aa
  1>>>pF1KB7199 467 - 467 aa - 467 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1707+/-0.00108; mu= 0.3693+/- 0.063
 mean_var=294.7408+/-66.010, 0's: 0 Z-trim(113.1): 784  B-trim: 869 in 2/48
 Lambda= 0.074706
 statistics sampled from 12883 (13789) to 12883 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.424), width:  16
 Scan time:  2.920

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14663.1 ZIC3 gene_id:7547|Hs108|chrX           ( 467) 3303 369.7 3.7e-102
CCDS83494.1 ZIC3 gene_id:7547|Hs108|chrX           ( 457) 2912 327.5 1.8e-89
CCDS3136.1 ZIC1 gene_id:7545|Hs108|chr3            ( 447) 1790 206.6 4.4e-53
CCDS9495.1 ZIC2 gene_id:7546|Hs108|chr13           ( 532) 1720 199.1 9.2e-51
CCDS43160.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 334) 1346 158.6 9.1e-39
CCDS54653.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 372) 1346 158.7 9.8e-39
CCDS54652.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 384) 1346 158.7   1e-38
CCDS9494.2 ZIC5 gene_id:85416|Hs108|chr13          ( 663) 1007 122.4 1.5e-27
CCDS33283.1 GLI2 gene_id:2736|Hs108|chr2           (1586)  603 79.2 3.4e-14
CCDS5465.1 GLI3 gene_id:2737|Hs108|chr7            (1580)  600 78.9 4.2e-14
CCDS6451.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9         ( 775)  583 76.8 9.2e-14
CCDS43784.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9        ( 930)  583 76.8   1e-13
CCDS53806.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12          (1065)  577 76.3 1.8e-13
CCDS53807.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12          ( 978)  576 76.1 1.8e-13
CCDS8940.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12           (1106)  577 76.3 1.8e-13
CCDS582.1 GLIS1 gene_id:148979|Hs108|chr1          ( 620)  554 73.5 6.9e-13


>>CCDS14663.1 ZIC3 gene_id:7547|Hs108|chrX                (467 aa)
 initn: 3303 init1: 3303 opt: 3303  Z-score: 1947.6  bits: 369.7 E(32554): 3.7e-102
Smith-Waterman score: 3303; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHHEMPNREPAGMGLNPFGDSTHAAAAAAAAAAFKLSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHHEMPNREPAGMGLNPFGDSTHAAAAAAAAAAFKLSP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AAAHDLSSGQSSAFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AAAHDLSSGQSSAFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 NNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 RYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 EFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKVCDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKVCDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       
pF1KB7 ASSGYESSTPPAIASANSKDTTKTPSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ASSGYESSTPPAIASANSKDTTKTPSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV
              430       440       450       460       

>>CCDS83494.1 ZIC3 gene_id:7547|Hs108|chrX                (457 aa)
 initn: 2912 init1: 2912 opt: 2912  Z-score: 1719.9  bits: 327.5 E(32554): 1.8e-89
Smith-Waterman score: 2912; 100.0% identity (100.0% similar) in 408 aa overlap (1-408:1-408)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHHEMPNREPAGMGLNPFGDSTHAAAAAAAAAAFKLSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHHEMPNREPAGMGLNPFGDSTHAAAAAAAAAAFKLSP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AAAHDLSSGQSSAFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 AAAHDLSSGQSSAFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 NNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 NNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 RYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 EFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKVCDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::            
CCDS83 EFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKVCDKSYTHPSSLRKHMKCCPAWYPGQSLI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       
pF1KB7 ASSGYESSTPPAIASANSKDTTKTPSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV
                                                      
CCDS83 PDEELDTDVGMQQPALHNTTYPKCRVNAEPTVQEMIY          
              430       440       450                 

>>CCDS3136.1 ZIC1 gene_id:7545|Hs108|chr3                 (447 aa)
 initn: 1851 init1: 1275 opt: 1790  Z-score: 1066.5  bits: 206.6 E(32554): 4.4e-53
Smith-Waterman score: 2017; 64.5% identity (81.9% similar) in 476 aa overlap (3-467:1-447)

               10        20           30        40        50       
pF1KB7 MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHH---EMPNREPAGMGLNPFGDSTHAAAAAAAAAAFK
         ::::.:::.:..:: .::: :::   .. .:. .:.:.:::.:.          .:::
CCDS31   MLLDAGPQYPAIGVTTFGASRHHSAGDVAERD-VGLGINPFADGM---------GAFK
                 10        20        30         40                 

        60        70        80          90       100       110     
pF1KB7 LSPAAAHDLSSGQSSAFTPQGSGYANA--LGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNST
       :.:.. :.:.:. ..::: :. ::: :  ::::::  :       : ::   .:::::::
CCDS31 LNPSS-HELASAGQTAFTSQAPGYAAAAALGHHHHPGH-------VGSY---SSAAFNST
       50         60        70        80                  90       

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB7 REFLFRQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSP
       :.::::.:. : . ::....::.:::.::... .: :  .  ..:::::::::.::: ::
CCDS31 RDFLFRNRGFG-DAAAAASAQHSLFAASAGGFGGPHGHTDAAGHLLFPGLHEQAAGHASP
       100        110       120       130       140       150      

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 TGHVDNNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHG
         .: :.:..::. :... : . :  :.:::.. :::  :. .:.:::.::    :::::
CCDS31 --NVVNGQMRLGFSGDMYPRPEQYGQVTSPRSEHYAA-PQLHGYGPMNVNM----AAHHG
          160       170       180       190        200             

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB7 PGAFFRYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNH
        ::::::::::::::: ::::.  ::. :::::..:::::::::::::.::::::::.::
CCDS31 AGAFFRYMRQPIKQELICKWIEPEQLANPKKSCNKTFSTMHELVTHVTVEHVGGPEQSNH
     210       220       230       240       250       260         

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB7 VCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGE
       .:.::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS31 ICFWEECPREGKPFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKVFARSENLKIHKRTHTGE
     270       280       290       300       310       320         

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB7 KPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKVCDKSYTHPSSLRKHMKVHES--Q
       :::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::::::::::::::  :
CCDS31 KPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYLCKMCDKSYTHPSSLRKHMKVHESSSQ
     330       340       350       360       370       380         

           420       430       440        450          460       
pF1KB7 GSDSSPAASSGYESSTPPAIASANSKD-TTKTPSAVQTSTSHNPG---LPPNFNEWYV
       ::. ::::::::::::::.:.: .. . ::.. :  .... :. :   :  :::::::
CCDS31 GSQPSPAASSGYESSTPPTIVSPSTDNPTTSSLSPSSSAVHHTAGHSALSSNFNEWYV
     390       400       410       420       430       440       

>>CCDS9495.1 ZIC2 gene_id:7546|Hs108|chr13                (532 aa)
 initn: 1929 init1: 1152 opt: 1720  Z-score: 1024.8  bits: 199.1 E(32554): 9.2e-51
Smith-Waterman score: 1926; 63.9% identity (79.1% similar) in 479 aa overlap (3-453:1-463)

               10        20                  30         40         
pF1KB7 MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHH----------EMPNREPA-GMGLNPFGDSTHAAAA
         ::::.:::::..:::::.  .::          :: .:: . . . : : ::     :
CCDS94   MLLDAGPQFPAIGVGSFARHHHHSAAAAAAAAAEMQDRELSLAAAQNGFVDS-----A
                 10        20        30        40        50        

      50        60        70        80         90       100        
pF1KB7 AAAAAAFKLSPAAAHDLSSGQSSAFTPQGSG-YANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAA
       ::  .::::.:.: :.:: ::::::: :: : : .. .          :...: ::.:  
CCDS94 AAHMGAFKLNPGA-HELSPGQSSAFTSQGPGAYPGSAAAAAAAAALGPHAAHVGSYSGP-
            60         70        80        90       100       110  

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB7 SAAFNSTREFLFRQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQ
          :::::.::::.:  :....: ::::::::. .:..::   .  .  ..:::::: ::
CCDS94 --PFNSTRDFLFRSR--GFGDSAPGGGQHGLFGPGAGGLHHAHS--DAQGHLLFPGLPEQ
               120         130       140       150         160     

      170       180       190       200       210        220       
pF1KB7 GAGHPSPTGHVDNNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPN-YSPMNMNMG
        . : :   .: :.:..::: ::.:::.. :: :::::::::.: ::. : :.:::::::
CCDS94 HGPHGSQ--NVLNGQMRLGLPGEVFGRSEQYRQVASPRTDPYSA-AQLHNQYGPMNMNMG
         170         180       190       200        210       220  

       230                240        250       260       270       
pF1KB7 VNVAA---------HHGPGAFFRYMRQP-IKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHE
       .:.::         :: ::::::::::  ::::: :::::  ::: :::::..:::::::
CCDS94 MNMAAAAAHHHHHHHHHPGAFFRYMRQQCIKQELICKWIDPEQLSNPKKSCNKTFSTMHE
            230       240       250       260       270       280  

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB7 LVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGK
       :::::..::::::::.::::.::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LVTHVSVEHVGGPEQSNHVCFWEECPREGKPFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGK
            290       300       310       320       330       340  

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB7 IFARSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKVCDKSY
       .::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::
CCDS94 VFARSENLKIHKRTHTGEKPFQCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYLCKMCDKSY
            350       360       370       380       390       400  

       400       410         420       430       440          450  
pF1KB7 THPSSLRKHMKVHES--QGSDSSPAASSGYESSTPPAIASANSKDTTKT---PSAVQTST
       :::::::::::::::  :::.:::::::::::::::...: ...  ...   :.:. ...
CCDS94 THPSSLRKHMKVHESSPQGSESSPAASSGYESSTPPGLVSPSAEPQSSSNLSPAAAAAAA
            410       420       430       440       450       460  

            460                                                    
pF1KB7 SHNPGLPPNFNEWYV                                             
       .                                                           
CCDS94 AAAAAAAAVSAVHRGGGSGSGGAGGGSGGGSGSGGGGGGAGGGGGGSSGGGSGTAGGHSG
            470       480       490       500       510       520  

>>CCDS43160.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3               (334 aa)
 initn: 1270 init1: 856 opt: 1346  Z-score: 809.5  bits: 158.6 E(32554): 9.1e-39
Smith-Waterman score: 1356; 60.9% identity (77.1% similar) in 340 aa overlap (120-453:13-330)

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB7 HHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLFRQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHA
                                     .:   . :.:..:..:.::    .:::   
CCDS43                   MRYKTSLVMRKRLRLYRNTLKESSSSSGHHGPQLTAASS---
                                 10        20        30            

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB7 PAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVDNNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDP
              ::  .::::::.   . ::.  . :. ..::: :....: .:. :  . :.: 
CCDS43 -------PS--VFPGLHEEPP-QASPSRPL-NGLLRLGLPGDMYARPEPFPPGPAARSDA
             40          50          60        70        80        

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB7 YAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFFRYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCD
        ::.: . .:.  .::. ::.:: :::::::::::::::::: :::.     . :.  :.
CCDS43 LAAAAALHGYG--GMNLTVNLAAPHGPGAFFRYMRQPIKQELICKWLAADGTATPSL-CS
       90         100       110       120       130       140      

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB7 RTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFP
       .:::::::::::::.:::::::: ::.:.::::::.:: :::::::::::::::::::::
CCDS43 KTFSTMHELVTHVTVEHVGGPEQANHICFWEECPRQGKPFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFP
         150       160       170       180       190       200     

     330       340       350       360       370       380         
pF1KB7 CPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYI
       ::::::::.::::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::: ::::::::: 
CCDS43 CPFPGCGKVFARSENLKIHKRTHTGEKPFRCEFEGCERRFANSSDRKKHSHVHTSDKPYT
         210       220       230       240       250       260     

     390         400       410       420       430           440   
pF1KB7 CKV--CDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPAASSGYESSTPPAIASANS----KDTTK
       :::  ::: ::::::::::::::       ::  ::::.:.:: :..: .:    :. . 
CCDS43 CKVRGCDKCYTHPSSLRKHMKVH-----GRSPPPSSGYDSATPSALVSPSSDCGHKSQVA
         270       280            290       300       310       320

           450       460       
pF1KB7 TPSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV
       . .:: . :.              
CCDS43 SSAAVAARTADLSE          
              330              

>>CCDS54653.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3               (372 aa)
 initn: 1270 init1: 856 opt: 1346  Z-score: 808.9  bits: 158.7 E(32554): 9.8e-39
Smith-Waterman score: 1357; 58.0% identity (75.0% similar) in 364 aa overlap (100-453:27-368)

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB7 QSSAFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLFRQR----SS
                                     ..:  . : :  .     ...:.:     .
CCDS54     MNGPCQSLRKAEGLLEGCTSAVTVFRKLPLDSKAQSQKMRYKTSLVMRKRLRLYRN
                   10        20        30        40        50      

         130       140       150       160       170       180     
pF1KB7 GLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVDNNQVH
        :.:..:..:.::    .:::          ::  .::::::.   . ::.  . :. ..
CCDS54 TLKESSSSSGHHGPQLTAASS----------PS--VFPGLHEEPP-QASPSRPL-NGLLR
         60        70                    80         90        100  

         190       200       210       220       230       240     
pF1KB7 LGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFFRYMRQ
       ::: :....: .:. :  . :.:  ::.: . .:. ::..  ::.:: ::::::::::::
CCDS54 LGLPGDMYARPEPFPPGPAARSDALAAAAALHGYGGMNLT--VNLAAPHGPGAFFRYMRQ
            110       120       130       140         150       160

         250       260       270       280       290       300     
pF1KB7 PIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWEECPRE
       :::::: :::.     . :.  :..:::::::::::::.:::::::: ::.:.::::::.
CCDS54 PIKQELICKWLAADGTATPSL-CSKTFSTMHELVTHVTVEHVGGPEQANHICFWEECPRQ
              170       180        190       200       210         

         310       320       330       340       350       360     
pF1KB7 GKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFEGC
       :: :::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::
CCDS54 GKPFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKVFARSENLKIHKRTHTGEKPFRCEFEGC
     220       230       240       250       260       270         

         370       380       390         400       410       420   
pF1KB7 DRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKV--CDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPAASS
       .:::::::::::: ::::::::: :::  ::: ::::::::::::::       ::  ::
CCDS54 ERRFANSSDRKKHSHVHTSDKPYTCKVRGCDKCYTHPSSLRKHMKVH-----GRSPPPSS
     280       290       300       310       320            330    

           430           440       450       460       
pF1KB7 GYESSTPPAIASANS----KDTTKTPSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV
       ::.:.:: :..: .:    :. . . .:: . :.              
CCDS54 GYDSATPSALVSPSSDCGHKSQVASSAAVAARTADLSE          
          340       350       360       370            

>>CCDS54652.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3               (384 aa)
 initn: 1270 init1: 856 opt: 1346  Z-score: 808.7  bits: 158.7 E(32554): 1e-38
Smith-Waterman score: 1356; 60.9% identity (77.1% similar) in 340 aa overlap (120-453:63-380)

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB7 HHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLFRQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHA
                                     .:   . :.:..:..:.::    .:::   
CCDS54 LERIENNNTLWEKAQSQKMRYKTSLVMRKRLRLYRNTLKESSSSSGHHGPQLTAASS---
             40        50        60        70        80            

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB7 PAGIPEPPSYLLFPGLHEQGAGHPSPTGHVDNNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDP
              ::  .::::::.   . ::.  . :. ..::: :....: .:. :  . :.: 
CCDS54 -------PS--VFPGLHEEPP-QASPSRPL-NGLLRLGLPGDMYARPEPFPPGPAARSDA
             90         100         110       120       130        

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB7 YAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFFRYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCD
        ::.: . .:.  .::. ::.:: :::::::::::::::::: :::.     . :.  :.
CCDS54 LAAAAALHGYG--GMNLTVNLAAPHGPGAFFRYMRQPIKQELICKWLAADGTATPSL-CS
      140         150       160       170       180       190      

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB7 RTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFP
       .:::::::::::::.:::::::: ::.:.::::::.:: :::::::::::::::::::::
CCDS54 KTFSTMHELVTHVTVEHVGGPEQANHICFWEECPRQGKPFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFP
         200       210       220       230       240       250     

     330       340       350       360       370       380         
pF1KB7 CPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYI
       ::::::::.::::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::: ::::::::: 
CCDS54 CPFPGCGKVFARSENLKIHKRTHTGEKPFRCEFEGCERRFANSSDRKKHSHVHTSDKPYT
         260       270       280       290       300       310     

     390         400       410       420       430           440   
pF1KB7 CKV--CDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPAASSGYESSTPPAIASANS----KDTTK
       :::  ::: ::::::::::::::       ::  ::::.:.:: :..: .:    :. . 
CCDS54 CKVRGCDKCYTHPSSLRKHMKVH-----GRSPPPSSGYDSATPSALVSPSSDCGHKSQVA
         320       330            340       350       360       370

           450       460       
pF1KB7 TPSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV
       . .:: . :.              
CCDS54 SSAAVAARTADLSE          
              380              

>>CCDS9494.2 ZIC5 gene_id:85416|Hs108|chr13               (663 aa)
 initn: 1139 init1: 847 opt: 1007  Z-score: 608.3  bits: 122.4 E(32554): 1.5e-27
Smith-Waterman score: 1208; 48.3% identity (62.8% similar) in 462 aa overlap (105-467:184-625)

           80        90       100       110       120       130    
pF1KB7 TPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLFRQRSSGLSEAA---
                                     ::..:.. . .:.:..:.  :. . ::   
CCDS94 APPLPPTPSPPPPPPPPPPPALSGYTTTNSGGGGSSGKGHSRDFVLRRDLSATAPAAAMH
           160       170       180       190       200       210   

                                140       150       160        170 
pF1KB7 ---------SGGG--QH--------GLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHEQ-GA-
                :: :  ::        :.: .....  .: :   :    :::.::.  :: 
CCDS94 GAPLGGEQRSGTGSPQHPAPPPHSAGMFISASGTYAGPDGSGGPA---LFPALHDTPGAP
           220       230       240       250          260       270

               180       190              200        210           
pF1KB7 -GHPSPTGHVDNNQVHLGLRG-------ELFGRADPYRPVASPRT-DPY------AAGAQ
        ::: :     :.:..::: .       ::.:::.:  : : ::. : .      ::.: 
CCDS94 GGHPHPL----NGQMRLGLAAAAAAAAAELYGRAEP--PFA-PRSGDAHYGAVAAAAAAA
                  280       290       300          310       320   

         220       230                                             
pF1KB7 FPNYSPMNMNMGVNVAA------------HHGP-------------------------GA
       . .:. .:.:... .::            ::.:                         ::
CCDS94 LHGYGAVNLNLNLAAAAAAAAAGPGPHLQHHAPPPAPPPPPAPAQHPHQHHPHLPGAAGA
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      240       250          260                      270       280
pF1KB7 FFRYMRQPIKQELSCKWIDE---AQLSRPK---------------KSCDRTFSTMHELVT
       :.::::::::::: :::::    : :  :                : :..::.::::::.
CCDS94 FLRYMRQPIKQELICKWIDPDELAGLPPPPPPPPPPPPPPPAGGAKPCSKTFGTMHELVN
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pF1KB7 HVTMEHVGGPEQNNHVCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFA
       :::.::::::::..:::.::.:::::: :::::::.:::::::::::::::::::::.::
CCDS94 HVTVEHVGGPEQSSHVCFWEDCPREGKPFKAKYKLINHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKVFA
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pF1KB7 RSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKPYICKV--CDKSYT
       ::::::::::::::::::::::.::::.:::::::::: ::::::::: ::.  ::::::
CCDS94 RSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFDGCDRKFANSSDRKKHSHVHTSDKPYYCKIRGCDKSYT
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pF1KB7 HPSSLRKHMKVHESQGSDSSPAASSGYESSTPPAIASANSKDTTKTPSAVQTSTSHNPGL
       ::::::::::.:  ..   ::.   :: :   :. :         .: ... . ::.  :
CCDS94 HPSSLRKHMKIH-CKSPPPSPGPL-GYSSVGTPVGAPL-------SP-VLDPARSHSSTL
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pF1KB7 PP---NFNEWYV                                      
        :   :.:::::                                      
CCDS94 SPQVTNLNEWYVCQASGAPSHLHTPSSNGTTSETEDEEIYGNPEVVRTIH
           620       630       640       650       660   

>>CCDS33283.1 GLI2 gene_id:2736|Hs108|chr2                (1586 aa)
 initn: 502 init1: 394 opt: 603  Z-score: 368.4  bits: 79.2 E(32554): 3.4e-14
Smith-Waterman score: 617; 32.6% identity (60.4% similar) in 371 aa overlap (103-453:272-633)

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pF1KB7 AFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYGGAASAAFNSTREFLFRQRSSGLSEAAS
                                     :::  ...:.. .  : : .  . ..    
CCDS33 SLDLQRMIRTSPNSLVAYINNSRSSSAASGSYGHLSAGALSPA--FTFPHPINPVAYQQI
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pF1KB7 GGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLF-PGLHEQGAGHPSPTGHV-----DNNQVHL
        . :.::  ::: . :.:  :   :..:   :    .  . :.  .       :.:: . 
CCDS33 LSQQRGL--GSAFG-HTPPLIQPSPTFLAQQPMALTSINATPTQLSSSSNCLSDTNQNKQ
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pF1KB7 GLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFFRYMRQP
       . .. . . ..:       ..     : . :  ::. ...: .:..: . :  .   .. 
CCDS33 SSESAVSSTVNPVAIHKRSKVKTEPEGLR-PA-SPLALTQG-QVSGHGSCGCALPLSQEQ
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pF1KB7 I---KQELS---CKWIDEAQLSRPK---KSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVC
       .   :..:.   ::   :. . . .   ..: . ..:...:: :.. ::. : :... ::
CCDS33 LADLKEDLDRDDCKQEAEVVIYETNCHWEDCTKEYDTQEQLVHHINNEHIHG-EKKEFVC
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pF1KB7 YWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTHTGEKP
        :. : :: : :::.: :: :.: ::::::  : : ::.: ..: :::: : :.::::::
CCDS33 RWQACTREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCSKAYSRLENLKTHLRSHTGEKP
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pF1KB7 FKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMH-VHTSDKPYICKV--CDKSYTHPSSLRKHMKVHESQG
       . :: :::.. :.:.::: ::.. .:...::::::.  : : :: :::::::.:. ..  
CCDS33 YVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYICKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPD
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pF1KB7 SDSSPAASSGYESSTPPAIASANSKDTTKT--PSAVQTSTSHNPGLPPNFNEWYV     
       .  .    .  .  ::    ...:.  :.   : ....:..                   
CCDS33 AHVTKKQRNDVHLRTPLLKENGDSEAGTEPGGPESTEASSTSQAVEDCLHVRAIKTESSG
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CCDS33 LCQSSPGAQSSCSSEPSPLGSAPNNDSGVEMPGTGPGSLGDLTALDDTPPGADTSALAAP
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>>CCDS5465.1 GLI3 gene_id:2737|Hs108|chr7                 (1580 aa)
 initn: 595 init1: 390 opt: 600  Z-score: 366.6  bits: 78.9 E(32554): 4.2e-14
Smith-Waterman score: 637; 30.3% identity (56.9% similar) in 436 aa overlap (19-445:279-665)

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pF1KB7             MTMLLDGGPQFPGLGVGSFGAPRHHEMPNREPAGMGLNPFGDSTHAAA
                                     :..::    :.:. . ....:..: .    
CCDS54 SPYADIIPSAATAGTGAIHMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRT-LSISPLSDHSFDLQ
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pF1KB7 AAAAAAAFKLSPAAAHDLSSGQSSAFTPQGSGYANALGHHHHHHHHHHHTSQVPSYG-GA
       .      .. :: .   . ... :. . .::          . :      : . :.  ..
CCDS54 TM-----IRTSPNSLVTILNNSRSSSSASGS----------YGHLSASAISPALSFTYSS
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pF1KB7 ASAAFNSTREFLFRQRSSGLSEAASGGGQHGLFAGSASSLHAPAGIPEPPSYLLFPGLHE
       : ....  ...: ::.: :           . :. :   .: ::  :  :.   .::.  
CCDS54 APVSLHMHQQILSRQQSLG-----------SAFGHSPPLIH-PA--PTFPTQRPIPGIPT
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pF1KB7 QGAGHPSPTGHVDNNQVHLGLRGELFGRADPY---RPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNM
               .:  ...: .   .. . . .::.   :   .:  :  . ::.  . .:   
CCDS54 VLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSSTGDPMHNKRSKIKPDEDLPSPGARGQQEQPE--
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pF1KB7 NMGVNVAAHHGPGAFFRYMRQP-IKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVT
         :.... ..:     .  ..: .  : .:.:          ..: : :.:...:: :..
CCDS54 --GTTLVKEEGDKDESK--QEPEVIYETNCHW----------EGCAREFDTQEQLVHHIN
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pF1KB7 MEHVGGPEQNNHVCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSE
        .:. : :... :: : .: :: : :::.: :: :.: ::::::  : : :: : ..: :
CCDS54 NDHIHG-EKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCTKAYSRLE
             510       520       530       540       550       560 

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pF1KB7 NLKIHKRTHTGEKPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMH-VHTSDKPYICKV--CDKSYTHP
       ::: : :.::::::. :: :::.. :.:.::: ::.. .:...:::.::.  : : :: :
CCDS54 NLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPGCTKRYTDP
             570       580       590       600       610       620 

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pF1KB7 SSLRKHMK-VHESQGSDSSPAASSGYESSTPPAIASANSKDTTKTPSAVQTSTSHNPGLP
       ::::::.: ::  ..  ..   . :     ::   ...:.. ...:              
CCDS54 SSLRKHVKTVHGPEAHVTKK--QRGDIHPRPPPPRDSGSHSQSRSPGRPTQGALGEQQDL
             630       640         650       660       670         

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pF1KB7 PNFNEWYV                                                    
                                                                   
CCDS54 SNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSNSGLELPLTDGGSIG
     680       690       700       710       720       730         




467 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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