Result of FASTA (omim) for pF1KB5225
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5225, 701 aa
  1>>>pF1KB5225 701 - 701 aa - 701 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.9801+/-0.000499; mu= -38.4884+/- 0.031
 mean_var=851.9375+/-175.490, 0's: 0 Z-trim(125.1): 221  B-trim: 0 in 0/62
 Lambda= 0.043941
 statistics sampled from 47820 (48086) to 47820 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.807), E-opt: 0.2 (0.564), width:  16
 Scan time: 15.660

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016878879 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 794)  982 77.8 1.8e-13
NP_060524 (OMIM: 608293) rho GTPase-activating pro ( 803)  982 77.8 1.8e-13
XP_011544180 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 835)  982 77.8 1.8e-13
XP_011544179 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 836)  891 72.1   1e-11
XP_011544178 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 872)  891 72.1   1e-11
NP_001006635 (OMIM: 608293) rho GTPase-activating  ( 881)  891 72.1   1e-11
XP_011544177 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 885)  891 72.1 1.1e-11
XP_011544176 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 912)  891 72.1 1.1e-11
XP_011544175 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase- ( 913)  891 72.1 1.1e-11
NP_443180 (OMIM: 614902) rho GTPase-activating pro (1126)  427 42.7  0.0091


>>XP_016878879 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (794 aa)
 initn: 1548 init1: 722 opt: 982  Z-score: 363.0  bits: 77.8 E(85289): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 1703; 42.0% identity (65.3% similar) in 772 aa overlap (2-697:1-734)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
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XP_016  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
                10          20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
XP_016 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
        60        70        80         90       100       110      

              130       140       150       160        170         
pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
XP_016 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
        120       130       140       150       160          170   

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
XP_016 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
                    180       190       200       210       220    

     240       250              260                  270           
pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFPR-----VYGV
       ..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. .     ..:.
XP_016 KALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLDKWAEKPAFGT
          230       240       250       260       270       280    

        280       290       300       310       320       330      
pF1KB5 SLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEE
        :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:
XP_016 PLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDE
          290       300       310       320       330       340    

        340       350       360       370       380       390      
pF1KB5 FCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENL
       : ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:.
XP_016 FYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNF
          350       360       370       380       390       400    

        400       410       420       430       440       450      
pF1KB5 SNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVG
        :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.
XP_016 VNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVA
          410       420       430       440        450         460 

        460       470       480                 490       500      
pF1KB5 VVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPT
       :.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  ..  : ::  
XP_016 VIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVME
             470       480       490       500       510       520 

        510       520       530            540         550         
pF1KB5 PATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERTESEVP-----PRPA--SPKVTRSPPETAA-PV
          .   .: : :   :. :.. .  :..:..      :. :  : ... . :..:: : 
XP_016 GDLVKKESP-PKPKD-PVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAAAGSHQLSMGQPHNAAGPS
             530         540       550       560       570         

      560        570         580                 590               
pF1KB5 EDMARRT-KRPAPA--RPTMPPPQVSGSRSS------PPA----PPL----PPGS-----
           ::. :.::::  .:  :::   :..::      ::.    ::     :: .     
XP_016 PHTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPPGHPGGQSSSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQP
     580       590       600       610       620       630         

         600         610         620       630       640       650 
pF1KB5 -GSPGTPQAL--PRRLVGS--SLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPAS
        :.:..:. :  :::  .:   ..::. ::: :::   :  .    .: : .: .:  : 
XP_016 PGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPPPQPPTQATPLMH---TKPNSQGPPNPM-AL
     640       650       660       670       680          690      

             660       670       680       690              700    
pF1KB5 PSPVSLSNPAQVDLGAATAEGGAPEAISGVPTPPAIPPQ-------PRPRSLASETN   
       ::  .: .:...           :.    .::::. ::        : :..::       
XP_016 PSEHGLEQPSHTP----------PQ----TPTPPSTPPLGKQNPSLPAPQTLAGGNPETA
         700                 710           720       730       740 

XP_016 QPHAGTLPRPRPVPKPRNRPSVPPPPQPPGVHSAGDSSLTNTAPTASKIVTDV
             750       760       770       780       790    

>>NP_060524 (OMIM: 608293) rho GTPase-activating protein  (803 aa)
 initn: 1541 init1: 722 opt: 982  Z-score: 362.9  bits: 77.8 E(85289): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 1725; 42.7% identity (66.2% similar) in 749 aa overlap (2-697:1-702)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
        ::.:..::.:::.  ..::. : .: :.:::::.:.::. ..   :. :::: ::.:::
NP_060  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
                10          20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
NP_060 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
        60        70        80         90       100       110      

              130       140       150       160        170         
pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
NP_060 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
        120       130       140       150       160          170   

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
NP_060 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
                    180       190       200       210       220    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQADHSPSMTATHFPRVYGVSLATHLQELGREIALPIEACVMM
       ..:. :. .: :.: .. .  ..:.         .:. :  ::.. :::::::::::::.
NP_060 KALAVLEKTLPEMRAHQDKWAEKPA---------FGTPLEEHLKRSGREIALPIEACVML
          230       240                250       260       270     

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB5 LLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEEFCSDPHAVAGALKSYLRELPEPL
       ::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:: :::::::::::::::::::::
NP_060 LLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDEFYSDPHAVAGALKSYLRELPEPL
         280       290       300       310       320       330     

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB5 MTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENLSNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMT
       :::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:. :.:::.::::.::. ..:::::
NP_060 MTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNFVNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMT
         340       350       360       370       380       390     

     420       430       440       450       460       470         
pF1KB5 PSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVGVVEALIQSADTLFPGDINFNVSG
       ::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.:.: .:: :: .:: ...:::: 
NP_060 PSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVAVIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSE
         400       410        420         430       440       450  

     480                 490       500       510       520         
pF1KB5 LFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPTPATTPAPAPAPAPAPAPALASAA
        :  .:           .:. :  :  ..  : ::     .   .: : :   :. :.. 
NP_060 AFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVMEGDLVKKESP-PKPKD-PVSAAVP
            460       470       480       490        500        510

     530            540         550        560        570          
pF1KB5 TKERTESEVP-----PRPA--SPKVTRSPPETAA-PVEDMARRT-KRPAPA--RPTMPPP
       .  :..:..      :. :  : ... . :..:: :     ::. :.::::  .:  :::
NP_060 APGRNNSQIASGQNQPQAAAGSHQLSMGQPHNAAGPSPHTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP
              520       530       540       550       560       570

      580                 590                 600         610      
pF1KB5 QVSGSRSS------PPA----PPL----PPGS------GSPGTPQAL--PRRLVGS--SL
          :..::      ::.    ::     :: .      :.:..:. :  :::  .:   .
NP_060 GHPGGQSSSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPI
              580       590       600       610       620       630

          620       630       640       650       660       670    
pF1KB5 RAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSNPAQVDLGAATAEGGA
       .::. ::: :::   :  .    .: : .: .:  : ::  .: .:...           
NP_060 QAPNHPPPQPPTQATPLMH---TKPNSQGPPNPM-ALPSEHGLEQPSHTP----------
              640          650       660        670                

          680       690              700                           
pF1KB5 PEAISGVPTPPAIPPQ-------PRPRSLASETN                          
       :.    .::::. ::        : :..::                              
NP_060 PQ----TPTPPSTPPLGKQNPSLPAPQTLAGGNPETAQPHAGTLPRPRPVPKPRNRPSVP
            680       690       700       710       720       730  

>>XP_011544180 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (835 aa)
 initn: 1548 init1: 722 opt: 982  Z-score: 362.7  bits: 77.8 E(85289): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 1703; 42.0% identity (65.3% similar) in 772 aa overlap (2-697:1-734)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
        ::.:..::.:::.  ..::. : .: :.:::::.:.::. ..   :. :::: ::.:::
XP_011  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
                10          20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
XP_011 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
        60        70        80         90       100       110      

              130       140       150       160        170         
pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
XP_011 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
        120       130       140       150       160          170   

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
XP_011 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
                    180       190       200       210       220    

     240       250              260                  270           
pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFPR-----VYGV
       ..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. .     ..:.
XP_011 KALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLDKWAEKPAFGT
          230       240       250       260       270       280    

        280       290       300       310       320       330      
pF1KB5 SLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEE
        :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:
XP_011 PLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDE
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        340       350       360       370       380       390      
pF1KB5 FCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENL
       : ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:.
XP_011 FYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNF
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        400       410       420       430       440       450      
pF1KB5 SNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVG
        :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.
XP_011 VNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVA
          410       420       430       440        450         460 

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pF1KB5 VVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPT
       :.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  ..  : ::  
XP_011 VIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVME
             470       480       490       500       510       520 

        510       520       530            540         550         
pF1KB5 PATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERTESEVP-----PRPA--SPKVTRSPPETAA-PV
          .   .: : :   :. :.. .  :..:..      :. :  : ... . :..:: : 
XP_011 GDLVKKESP-PKPKD-PVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAAAGSHQLSMGQPHNAAGPS
             530         540       550       560       570         

      560        570         580                 590               
pF1KB5 EDMARRT-KRPAPA--RPTMPPPQVSGSRSS------PPA----PPL----PPGS-----
           ::. :.::::  .:  :::   :..::      ::.    ::     :: .     
XP_011 PHTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPPGHPGGQSSSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQP
     580       590       600       610       620       630         

         600         610         620       630       640       650 
pF1KB5 -GSPGTPQAL--PRRLVGS--SLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPAS
        :.:..:. :  :::  .:   ..::. ::: :::   :  .    .: : .: .:  : 
XP_011 PGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPPPQPPTQATPLMH---TKPNSQGPPNPM-AL
     640       650       660       670       680          690      

             660       670       680       690              700    
pF1KB5 PSPVSLSNPAQVDLGAATAEGGAPEAISGVPTPPAIPPQ-------PRPRSLASETN   
       ::  .: .:...           :.    .::::. ::        : :..::       
XP_011 PSEHGLEQPSHTP----------PQ----TPTPPSTPPLGKQNPSLPAPQTLAGGNPETA
         700                 710           720       730       740 

XP_011 QPHAGTLPRPRPVPKPRNRPSVPPPPQPPGVHSAGDSSLTNTAPTASKIVTDSNSRVSEP
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>>XP_011544179 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (836 aa)
 initn: 1337 init1: 722 opt: 891  Z-score: 331.5  bits: 72.1 E(85289): 1e-11
Smith-Waterman score: 1329; 39.0% identity (62.5% similar) in 662 aa overlap (81-691:1-632)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 KRLQACLQGQSGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLAR
                                     : :.  .:. :: .:: ::     .:::: 
XP_011                               MQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLAL
                                              10        20         

              120       130       140       150       160          
pF1KB5 ILAEFEMTLERDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-
        :.. :. .:.....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. 
XP_011 ELSQHEVFVEKEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNF
      30        40        50        60        70        80         

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB5 QGLGGSPGSHSHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIR
       :::   :         .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. 
XP_011 QGL---P---------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVT
      90                   100       110       120       130       

     230       240       250              260                  270 
pF1KB5 LLEIQADYHRRSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFP
       ::: ::::::..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. 
XP_011 LLEAQADYHRKALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLD
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pF1KB5 R-----VYGVSLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQT
       .     ..:. :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: .
XP_011 KWAEKPAFGTPLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAA
       200       210       220       230       240       250       

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pF1KB5 MASDPHSLEEFCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQE
       .  .   :.:: ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : .
XP_011 LDCSTSHLDEFYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWR
       260       270       280       290       300       310       

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pF1KB5 VCSRLPPENLSNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDA
       .:..:::.:. :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. :
XP_011 TCQKLPPQNFVNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAA
       320       330       340       350       360        370      

        450       460       470       480                 490      
pF1KB5 ASVSSIQVVGVVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLAS
       :.  :..::.:.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  
XP_011 AT--SVHVVAVIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLER
          380       390       400       410       420       430    

        500       510       520       530             540       550
pF1KB5 EELPSTAVPTPATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERT------ESEVPPRPASPKVTRS
       ..  : ::     .   . .       :   ..: .:       .  .::  .:  :  .
XP_011 KRPASMAVMEGDLVKKESFGVKLMDFQAHRRGGTLNRKHISPAFQPPLPPTDGSTVVPAG
          440       450       460       470       480       490    

                560       570       580       590         600      
pF1KB5 P--PETAAPVEDMARRTKRPAPARPTMPPPQVSGSRSSPPAP--PLPPGSGSPG------
       :  :  .. .:. .     :. :      :  : . .::: :  :.  .  .::      
XP_011 PEPPPQSSRAESSSGGGTVPSSAGILEQGP--SPGDGSPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQI
          500       510       520         530       540       550  

               610       620       630       640       650         
pF1KB5 -TPQALPRRLVGSSLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSN
        . :  :.  .::  .  ..  :   . :.:  .  ::.  .:.:: : :..: :   ..
XP_011 ASGQNQPQAAAGS--HQLSMGQPHNAAGPSP--HTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP---GH
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pF1KB5 PAQVDLGAATAEGGAPEAISGVPTPPAIPPQPRPRSLASETN                  
       :     :. .. : . .  :  : ::.  :.:                            
XP_011 P-----GGQSSSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSL
              610       620       630       640       650       660

XP_011 SPIQAPNHPPPQPPTQATPLMHTKPNSQGPPNPMALPSEHGLEQPSHTPPQTPTPPSTPP
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>>XP_011544178 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (872 aa)
 initn: 1548 init1: 722 opt: 891  Z-score: 331.2  bits: 72.1 E(85289): 1e-11
Smith-Waterman score: 1588; 40.4% identity (64.4% similar) in 741 aa overlap (2-691:1-709)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
        ::.:..::.:::.  ..::. : .: :.:::::.:.::. ..   :. :::: ::.:::
XP_011  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
                10          20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
XP_011 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
        60        70        80         90       100       110      

              130       140       150       160        170         
pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
XP_011 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
        120       130       140       150       160          170   

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
XP_011 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
                    180       190       200       210       220    

     240       250              260                  270           
pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFPR-----VYGV
       ..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. .     ..:.
XP_011 KALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLDKWAEKPAFGT
          230       240       250       260       270       280    

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pF1KB5 SLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEE
        :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:
XP_011 PLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDE
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pF1KB5 FCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENL
       : ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:.
XP_011 FYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNF
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pF1KB5 SNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVG
        :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.
XP_011 VNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVA
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pF1KB5 VVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPT
       :.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  ..  : ::  
XP_011 VIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVME
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pF1KB5 PATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERT------ESEVPPRPASPKVTRSP--PETAAPV
          .   . .       :   ..: .:       .  .::  .:  :  .:  :  .. .
XP_011 GDLVKKESFGVKLMDFQAHRRGGTLNRKHISPAFQPPLPPTDGSTVVPAGPEPPPQSSRA
             530       540       550       560       570       580 

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pF1KB5 EDMARRTKRPAPARPTMPPPQVSGSRSSPPAP--PLPPGSGSPG-------TPQALPRRL
       :. .     :. :      :  : . .::: :  :.  .  .::       . :  :.  
XP_011 ESSSGGGTVPSSAGILEQGP--SPGDGSPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAA
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pF1KB5 VGSSLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSNPAQVDLGAAT
       .::  .  ..  :   . :.:  .  ::.  .:.:: : :..: :   ..:     :. .
XP_011 AGS--HQLSMGQPHNAAGPSP--HTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP---GHP-----GGQS
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pF1KB5 AEGGAPEAISGVPTPPAIPPQPRPRSLASETN                            
       . : . .  :  : ::.  :.:                                      
XP_011 SSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPP
       690       700       710       720       730       740       

>>NP_001006635 (OMIM: 608293) rho GTPase-activating prot  (881 aa)
 initn: 1541 init1: 722 opt: 891  Z-score: 331.1  bits: 72.1 E(85289): 1e-11
Smith-Waterman score: 1610; 41.1% identity (65.3% similar) in 718 aa overlap (2-691:1-677)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
        ::.:..::.:::.  ..::. : .: :.:::::.:.::. ..   :. :::: ::.:::
NP_001  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
                10          20        30        40        50       

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pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
NP_001 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
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pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
NP_001 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
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pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
NP_001 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
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pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQADHSPSMTATHFPRVYGVSLATHLQELGREIALPIEACVMM
       ..:. :. .: :.: .. .  ..:.         .:. :  ::.. :::::::::::::.
NP_001 KALAVLEKTLPEMRAHQDKWAEKPA---------FGTPLEEHLKRSGREIALPIEACVML
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pF1KB5 LLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEEFCSDPHAVAGALKSYLRELPEPL
       ::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:: :::::::::::::::::::::
NP_001 LLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDEFYSDPHAVAGALKSYLRELPEPL
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pF1KB5 MTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENLSNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMT
       :::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:. :.:::.::::.::. ..:::::
NP_001 MTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNFVNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMT
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pF1KB5 PSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVGVVEALIQSADTLFPGDINFNVSG
       ::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.:.: .:: :: .:: ...:::: 
NP_001 PSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVAVIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSE
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pF1KB5 LFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPTPATTPAPAPAPAPAPAPALASAA
        :  .:           .:. :  :  ..  : ::     .   . .       :   ..
NP_001 AFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVMEGDLVKKESFGVKLMDFQAHRRGG
            460       470       480       490       500       510  

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pF1KB5 TKERT------ESEVPPRPASPKVTRSP--PETAAPVEDMARRTKRPAPARPTMPPPQVS
       : .:       .  .::  .:  :  .:  :  .. .:. .     :. :      :  :
NP_001 TLNRKHISPAFQPPLPPTDGSTVVPAGPEPPPQSSRAESSSGGGTVPSSAGILEQGP--S
            520       530       540       550       560         570

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pF1KB5 GSRSSPPAP--PLPPGSGSPG-------TPQALPRRLVGSSLRAPTVPPPLPPTPPQPAR
        . .::: :  :.  .  .::       . :  :.  .::  .  ..  :   . :.:  
NP_001 PGDGSPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAAAGS--HQLSMGQPHNAAGPSP--
              580       590       600       610         620        

            640       650       660       670       680       690  
pF1KB5 RQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSNPAQVDLGAATAEGGAPEAISGVPTPPAIPPQPR
       .  ::.  .:.:: : :..: :   ..:     :. .. : . .  :  : ::.  :.: 
NP_001 HTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP---GHP-----GGQSSSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPP
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            700                                                    
pF1KB5 PRSLASETN                                                   
                                                                   
NP_001 TQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPPPQPPTQATPLMHTKPNSQGPPNP
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>>XP_011544177 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (885 aa)
 initn: 1548 init1: 722 opt: 891  Z-score: 331.1  bits: 72.1 E(85289): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 1588; 40.4% identity (64.4% similar) in 741 aa overlap (2-691:1-709)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
        ::.:..::.:::.  ..::. : .: :.:::::.:.::. ..   :. :::: ::.:::
XP_011  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
                10          20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
XP_011 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
        60        70        80         90       100       110      

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pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
XP_011 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
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pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
XP_011 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
                    180       190       200       210       220    

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pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFPR-----VYGV
       ..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. .     ..:.
XP_011 KALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLDKWAEKPAFGT
          230       240       250       260       270       280    

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pF1KB5 SLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEE
        :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:
XP_011 PLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDE
          290       300       310       320       330       340    

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pF1KB5 FCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENL
       : ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:.
XP_011 FYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNF
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pF1KB5 SNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVG
        :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.
XP_011 VNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVA
          410       420       430       440        450         460 

        460       470       480                 490       500      
pF1KB5 VVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPT
       :.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  ..  : ::  
XP_011 VIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVME
             470       480       490       500       510       520 

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pF1KB5 PATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERT------ESEVPPRPASPKVTRSP--PETAAPV
          .   . .       :   ..: .:       .  .::  .:  :  .:  :  .. .
XP_011 GDLVKKESFGVKLMDFQAHRRGGTLNRKHISPAFQPPLPPTDGSTVVPAGPEPPPQSSRA
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pF1KB5 EDMARRTKRPAPARPTMPPPQVSGSRSSPPAP--PLPPGSGSPG-------TPQALPRRL
       :. .     :. :      :  : . .::: :  :.  .  .::       . :  :.  
XP_011 ESSSGGGTVPSSAGILEQGP--SPGDGSPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAA
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pF1KB5 VGSSLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSNPAQVDLGAAT
       .::  .  ..  :   . :.:  .  ::.  .:.:: : :..: :   ..:     :. .
XP_011 AGS--HQLSMGQPHNAAGPSP--HTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP---GHP-----GGQS
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pF1KB5 AEGGAPEAISGVPTPPAIPPQPRPRSLASETN                            
       . : . .  :  : ::.  :.:                                      
XP_011 SSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPP
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>>XP_011544176 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (912 aa)
 initn: 1548 init1: 722 opt: 891  Z-score: 330.9  bits: 72.1 E(85289): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 1536; 40.1% identity (63.8% similar) in 720 aa overlap (23-691:19-708)

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XP_011     MAADVSRNSLQAHDNFLAEKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
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        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
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       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
XP_011 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
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pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
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XP_011 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
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pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFPR-----VYGV
       ..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. .     ..:.
XP_011 KALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLDKWAEKPAFGT
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pF1KB5 SLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEE
        :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:
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pF1KB5 FCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENL
       : ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:.
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pF1KB5 SNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVG
        :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. ::  .:..::.
XP_011 VNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAA--TSVHVVA
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pF1KB5 VVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPT
       :.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  ..  : ::  
XP_011 VIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVME
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pF1KB5 PATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERT------ESEVPPRPASPKVTRSP--PETAAPV
          .   . .       :   ..: .:       .  .::  .:  :  .:  :  .. .
XP_011 GDLVKKESFGVKLMDFQAHRRGGTLNRKHISPAFQPPLPPTDGSTVVPAGPEPPPQSSRA
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pF1KB5 EDMARRTKRPAPARPTMPPPQVSGSRSSPPAP--PLPPGSGSPG-------TPQALPRRL
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XP_011 ESSSGGGTVPSSAGILEQGP--SPGDGSPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAA
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pF1KB5 VGSSLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSNPAQVDLGAAT
       .::  .  ..  :   . :.:  .  ::.  .:.:: : :..: :   ..:     :. .
XP_011 AGS--HQLSMGQPHNAAGPSP--HTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP---GHP-----GGQS
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pF1KB5 AEGGAPEAISGVPTPPAIPPQPRPRSLASETN                            
       . : . .  :  : ::.  :.:                                      
XP_011 SSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPP
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>>XP_011544175 (OMIM: 608293) PREDICTED: rho GTPase-acti  (913 aa)
 initn: 1548 init1: 722 opt: 891  Z-score: 330.9  bits: 72.1 E(85289): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 1588; 40.4% identity (64.4% similar) in 741 aa overlap (2-691:1-709)

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pF1KB5 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ
        ::.:..::.:::.  ..::. : .: :.:::::.:.::. ..   :. :::: ::.:::
XP_011  MKKQFNRMKQLANQ-TVGRA-EKTEVLSEDLLQIERRLDTVRSICHHSHKRLVACFQGQ
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pF1KB5 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE
        :.: ..: ::::: ::. .: :.  .:. :: .:: ::     .::::  :.. :. .:
XP_011 HGTDAERRHKKLPLTALAQNMQEASTQLE-DSLLGKMLETCGDAENQLALELSQHEVFVE
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pF1KB5 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSS-QGLGGSPGSH
       .....::  ..: :.: : :..:.: .:: ::.....: .:: :.::.. :::   :   
XP_011 KEIVDPLYGIAEVEIPNIQKQRKQLARLVLDWDSVRARWNQAHKSSGTNFQGL---P---
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pF1KB5 SHTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHR
             .:..::::: .:   :::::.:.  ::.:.:..::  :...:. ::: ::::::
XP_011 ------SKIDTLKEEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHR
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pF1KB5 RSLSSLDTALAELRENHGQ-------ADHS------P-----SMTATHFPR-----VYGV
       ..:. :. .: :.: ..:.       .:.       :     :..  :. .     ..:.
XP_011 KALAVLEKTLPEMRAHQGSPLNPLACVDEVWCRCSVPLQLLGSLSWCHLDKWAEKPAFGT
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pF1KB5 SLATHLQELGREIALPIEACVMMLLSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEE
        :  ::.. :::::::::::::.::  :::::::::..:::: ::.:: ..  .   :.:
XP_011 PLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLKKLKAALDCSTSHLDE
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pF1KB5 FCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENL
       : ::::::::::::::::::::::::.::..: ..::...   .:: : ..:..:::.:.
XP_011 FYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKLQDLWRTCQKLPPQNF
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pF1KB5 SNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTPSNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVG
        :.:::.::::.::. ..:::::::::::::::::::  ..::  :.. ::.  :..::.
XP_011 VNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWA-RNEGTLAEMAAAT--SVHVVA
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pF1KB5 VVEALIQSADTLFPGDINFNVSGLFSAVTL----------QDTVSDRLASEELPSTAVPT
       :.: .:: :: .:: ...::::  :  .:           .:. :  :  ..  : ::  
XP_011 VIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAFVPLTTPSSNHSFHTGNDSDSGTLERKRPASMAVME
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pF1KB5 PATTPAPAPAPAPAPAPALASAATKERT------ESEVPPRPASPKVTRSP--PETAAPV
          .   . .       :   ..: .:       .  .::  .:  :  .:  :  .. .
XP_011 GDLVKKESFGVKLMDFQAHRRGGTLNRKHISPAFQPPLPPTDGSTVVPAGPEPPPQSSRA
             530       540       550       560       570       580 

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pF1KB5 EDMARRTKRPAPARPTMPPPQVSGSRSSPPAP--PLPPGSGSPG-------TPQALPRRL
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XP_011 ESSSGGGTVPSSAGILEQGP--SPGDGSPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAA
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pF1KB5 VGSSLRAPTVPPPLPPTPPQPARRQSRRSPASPSPASPGPASPSPVSLSNPAQVDLGAAT
       .::  .  ..  :   . :.:  .  ::.  .:.:: : :..: :   ..:     :. .
XP_011 AGS--HQLSMGQPHNAAGPSP--HTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPP---GHP-----GGQS
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pF1KB5 AEGGAPEAISGVPTPPAIPPQPRPRSLASETN                            
       . : . .  :  : ::.  :.:                                      
XP_011 SSGTSQHPPSLSPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPP
       690       700       710       720       730       740       

>>NP_443180 (OMIM: 614902) rho GTPase-activating protein  (1126 aa)
 initn: 385 init1: 247 opt: 427  Z-score: 170.7  bits: 42.7 E(85289): 0.0091
Smith-Waterman score: 449; 30.2% identity (52.4% similar) in 464 aa overlap (272-697:311-744)

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB5 LSSLDTALAELRENHGQADHSPSMTATHFPRVYGVSLATHLQELGREIALPIEACVMMLL
                                     ::.: .:. ::.. :...   .. :  .. 
NP_443 PRGKLAGLLRTFMRSRPSRQRLRQRGILRQRVFGCDLGEHLSNSGQDVPQVLRCCSEFIE
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       ..:. . :..::.. .: ..::.. . :.  :. :   : .: :.:..  : :.::::.:
NP_443 AHGVVD-GIYRLSGVSSNIQRLRHEFDSERIPELSGPAFLQDIHSVSSLCKLYFRELPNP
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       :.:..::  . .: :.     ::  ...: ..::: .  .:.::.. :::.:...  ..:
NP_443 LLTYQLYGKFSEAMSVPGEEERLVRVHDVIQQLPPPHYRTLEYLLRHLARMARHSANTSM
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NP_443 HARNLAIVWAPNLLRSMELESVGMGGAAAFREVRVQSV----VVEFLLTHVDVLF-SD-T
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       :. .::  :          ::.   ::: . :     : : .   .:.   .: : :: :
NP_443 FTSAGLDPAGRCLLPRPKSLAGS-CPSTRLLTLEEAQARTQGRLGTPTEPTTPKAPASPA
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        .   :: :..  :  .:          :.: :. :    :    .:   .:. .::   
NP_443 ERRKGERGEKQRKPGGSSWKTFFALGRGPSVPRKKP---LPWLGGTRAPPQPSGSRPDTV
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       :.   .   : ::  .   :  ..:.:..    :    : :::   .:        ::  
NP_443 TLRSAKSEESLSSQASGAELLGAGGAPASATPTPALSPGRSLRPHLIPLLLRGAEAPLTD
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       .  :    . :  ..: .:.  :: :  : :.::  :           ::::      : 
NP_443 ACQQEMCSKLRGAQGPLGPDMESPLP--PPPLSLLRP-----------GGAP------PP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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