seq1 = pF1KB4619.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB4619/gi568815597f_207652213.tfa (gi568815597f:207652213_207893588), 241376 bp

>pF1KB4619 1152
>gi568815597f:207652213_207893588 (Chr1)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-286  (104802-104990)   100% ->
287-389  (105328-105430)   100% ->
390-475  (107427-107512)   100% ->
476-673  (109037-109234)   100% ->
674-856  (114801-114983)   100% ->
857-901  (115567-115611)   100% ->
902-943  (118109-118150)   100% ->
944-982  (131080-131118)   100% ->
983-1018  (132859-132894)   100% ->
1019-1082  (133407-133470)   100% ->
1083-1152  (141307-141376)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCTCCCGGCCGCCGCGAGTGTCCCTTTCCTTCCTGGCGCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCTCCCGGCCGCCGCGAGTGTCCCTTTCCTTCCTGGCGCTTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGTTGCTTCTGGCGGCCATGGTGTTGCTGCTGTACTCCTTCTCCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 TGGGTTGCTTCTGGCGGCCATGGTGTTGCTGCTGTACTCCTTCTCCGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       ATGCCTGTGAGGAGCCACCAACATTTGAAGCTATGGAGCTCATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...TAGATGCCTGTGAGGAGCCACCAACATTTGAAGCTATGGAGCTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTAAACCAAAACCCTACTATGAGATTGGTGAACGAGTAGATTATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104846 GGTAAACCAAAACCCTACTATGAGATTGGTGAACGAGTAGATTATAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAAAAAGGATACTTCTATATACCTCCTCTTGCCACCCATACTATTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104896 TAAAAAAGGATACTTCTATATACCTCCTCTTGCCACCCATACTATTTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCGGAATCATACATGGCTACCTGTCTCAGATGACGCCTGTTATA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104946 ATCGGAATCATACATGGCTACCTGTCTCAGATGACGCCTGTTATAGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     GAGAAACATGTCCATATATACGGGATCCTTTAAATGGCCAAGCAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104996 .CAGGAGAAACATGTCCATATATACGGGATCCTTTAAATGGCCAAGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCTGCAAATGGGACTTACGAGTTTGGTTATCAGATGCACTTTATTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105374 CCCTGCAAATGGGACTTACGAGTTTGGTTATCAGATGCACTTTATTTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAGGG         TTATTACTTAATTGGTGAAGAAATTCTATATTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105424 ATGAGGGGTA...TAGTTATTACTTAATTGGTGAAGAAATTCTATATTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACTTAAAGGATCAGTAGCAATTTGGAGCGGTAAGCCCCCAATATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 GAACTTAAAGGATCAGTAGCAATTTGGAGCGGTAAGCCCCCAATATGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AA         AGGTTTTGTGTACACCACCTCCAAAAATAAAAAATGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107511 AAGTA...AAGAGGTTTTGTGTACACCACCTCCAAAAATAAAAAATGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACACACCTTTAGTGAAGTAGAAGTATTTGAGTATCTTGATGCAGTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109076 AACACACCTTTAGTGAAGTAGAAGTATTTGAGTATCTTGATGCAGTAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATAGTTGTGATCCTGCACCTGGACCAGATCCATTTTCACTTATTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109126 TATAGTTGTGATCCTGCACCTGGACCAGATCCATTTTCACTTATTGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGCACGATTTATTGTGGTGACAATTCAGTGTGGAGTCGTGCTGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109176 GAGCACGATTTATTGTGGTGACAATTCAGTGTGGAGTCGTGCTGCTCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGTAAAG         TGGTCAAATGTCGATTTCCAGTAGTCGAAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109226 AGTGTAAAGGTA...CAGTGGTCAAATGTCGATTTCCAGTAGTCGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAAAACAGATATCAGGATTTGGAAAAAAATTTTACTACAAAGCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114833 GGAAAACAGATATCAGGATTTGGAAAAAAATTTTACTACAAAGCAACAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATGTTTGAATGCGATAAGGGTTTTTACCTCGATGGCAGCGACACAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114883 TATGTTTGAATGCGATAAGGGTTTTTACCTCGATGGCAGCGACACAATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTGTGACAGTAACAGTACTTGGGATCCCCCAGTTCCAAAGTGTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114933 TCTGTGACAGTAACAGTACTTGGGATCCCCCAGTTCCAAAGTGTCTTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 G         TGTCGACTTCTTCCACTACAAAATCTCCAGCGTCCAGTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114983 GGTA...CAGTGTCGACTTCTTCCACTACAAAATCTCCAGCGTCCAGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCAG         GTCCTAGGCCTACTTACAAGCCTCCAGTCTCAAATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115607 CTCAGGTT...TAGGTCCTAGGCCTACTTACAAGCCTCCAGTCTCAAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATCCAG         GATATCCTAAACCTGAGGAAGGAATACTTGACAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118145 ATCCAGGTT...TAGGATATCCTAAACCTGAGGAAGGAATACTTGACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTGG         ATGTTTGGGTCATTGCTGTGATTGTTATTGCCATAG 
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131115 TTGGGTT...CAGATGTTTGGGTCATTGCTGTGATTGTTATTGCCATAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019         TTGTTGGAGTTGCAGTAATTTGTGTTGTCCCGTACAGATATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132896 TA...TAGTTGTTGGAGTTGCAGTAATTTGTGTTGTCCCGTACAGATATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTCAAAGGAGGAAGAAGAAAGG         GAAAGCAGATGGTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133449 TTCAAAGGAGGAAGAAGAAAGGGTA...CAGGAAAGCAGATGGTGGAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAATATGCCACTTACCAGACTAAATCAACCACTCCAGCAGAGCAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141326 GAATATGCCACTTACCAGACTAAATCAACCACTCCAGCAGAGCAGAGAGG

   1250 
   1152 C
        |
 141376 C