Result of FASTA (ccds) for pF1KA2011
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA2011, 1024 aa
  1>>>pF1KA2011 1024 - 1024 aa - 1024 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0502+/-0.000945; mu= -1.7711+/- 0.057
 mean_var=373.7653+/-75.895, 0's: 0 Z-trim(116.9): 56  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.066340
 statistics sampled from 17552 (17605) to 17552 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.802), E-opt: 0.2 (0.541), width:  16
 Scan time:  6.380

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10           (1024) 6983 682.9 9.2e-196
CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10           ( 645) 4292 425.2 2.2e-118
CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5           ( 771) 2008 206.6 1.6e-52
CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8          (1047) 1919 198.2 7.4e-50
CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8          ( 513) 1904 196.5 1.2e-49
CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2          (1056) 1440 152.4 4.7e-36


>>CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10                (1024 aa)
 initn: 6983 init1: 6983 opt: 6983  Z-score: 3628.0  bits: 682.9 E(32554): 9.2e-196
Smith-Waterman score: 6983; 100.0% identity (100.0% similar) in 1024 aa overlap (1-1024:1-1024)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA2 MAQGAMRFCSEGDCAISPPRCPRRWLPEGPVPQSPPASMYGSTGSLLRRVAGPGPRGREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAQGAMRFCSEGDCAISPPRCPRRWLPEGPVPQSPPASMYGSTGSLLRRVAGPGPRGREL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA2 GRVTAPCTPLRGPPSPRVAPSPWAPSSPTGQPPPGAQSSVVIFRFVEKASVRPLNGLPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GRVTAPCTPLRGPPSPRVAPSPWAPSSPTGQPPPGAQSSVVIFRFVEKASVRPLNGLPAP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA2 GGLSRSWDLGGVSPPRPTPALGPGSNRKLRLEASTSDPLPARGGSALPGSRNLVHGPPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GGLSRSWDLGGVSPPRPTPALGPGSNRKLRLEASTSDPLPARGGSALPGSRNLVHGPPAP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA2 PQVGADGLYSSLPNGLGGPPERLATLFGGPADTGFLNQGDTWSSPREVSSHAQRIARAKW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PQVGADGLYSSLPNGLGGPPERLATLFGGPADTGFLNQGDTWSSPREVSSHAQRIARAKW
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA2 EFFYGSLDPPSSGAKPPEQAPPSPPGVGSRQGSGVAVGRAAKYSETDLDTVPLRCYRETD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EFFYGSLDPPSSGAKPPEQAPPSPPGVGSRQGSGVAVGRAAKYSETDLDTVPLRCYRETD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA2 IDEVLAEREEADSAIESQPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHPSLGSGNEDEDDDEAGGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IDEVLAEREEADSAIESQPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHPSLGSGNEDEDDDEAGGE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA2 EDVDDEVFEASEGARPGSRMPLKSPVPFLPGTSPSADGPDSFSCVFEAILESHRAKGTSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EDVDDEVFEASEGARPGSRMPLKSPVPFLPGTSPSADGPDSFSCVFEAILESHRAKGTSY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA2 TSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAPLEPDSGTSSAADGPWTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAPLEPDSGTSSAADGPWTQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA2 RGEEEEAEARAKLAPGREPPSPCHSEDSLGLGAAPLGSEPPLSQLVSDSDSELDSTERLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RGEEEEAEARAKLAPGREPPSPCHSEDSLGLGAAPLGSEPPLSQLVSDSDSELDSTERLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA2 LGSTDTLSNGQKADLEAAQRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LGSTDTLSNGQKADLEAAQRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVF
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA2 TGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDGAHTLTCALMLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDGAHTLTCALMLL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA2 NTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA2 LSELADPNPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LSELADPNPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA2 RGWKSFHGILKGMILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASDYSKRPHVFYLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RGWKSFHGILKGMILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASDYSKRPHVFYLR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA2 TADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA2 EEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA2 VKLKAGSEELDAVEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRHSSEPRPGAGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VKLKAGSEELDAVEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRHSSEPRPGAGSG
              970       980       990      1000      1010      1020

           
pF1KA2 RRKP
       ::::
CCDS31 RRKP
           

>>CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10                (645 aa)
 initn: 4292 init1: 4292 opt: 4292  Z-score: 2238.8  bits: 425.2 E(32554): 2.2e-118
Smith-Waterman score: 4292; 100.0% identity (100.0% similar) in 645 aa overlap (380-1024:1-645)

     350       360       370       380       390       400         
pF1KA2 EDEDDDEAGGEEDVDDEVFEASEGARPGSRMPLKSPVPFLPGTSPSADGPDSFSCVFEAI
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73                               MPLKSPVPFLPGTSPSADGPDSFSCVFEAI
                                             10        20        30

     410       420       430       440       450       460         
pF1KA2 LESHRAKGTSYTSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAPLEPDSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LESHRAKGTSYTSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAPLEPDSG
               40        50        60        70        80        90

     470       480       490       500       510       520         
pF1KA2 TSSAADGPWTQRGEEEEAEARAKLAPGREPPSPCHSEDSLGLGAAPLGSEPPLSQLVSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TSSAADGPWTQRGEEEEAEARAKLAPGREPPSPCHSEDSLGLGAAPLGSEPPLSQLVSDS
              100       110       120       130       140       150

     530       540       550       560       570       580         
pF1KA2 DSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEAAQRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEAAQRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKL
              160       170       180       190       200       210

     590       600       610       620       630       640         
pF1KA2 VAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDG
              220       230       240       250       260       270

     650       660       670       680       690       700         
pF1KA2 AHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQ
              280       290       300       310       320       330

     710       720       730       740       750       760         
pF1KA2 WAIDEEELRRSLSELADPNPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 WAIDEEELRRSLSELADPNPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHA
              340       350       360       370       380       390

     770       780       790       800       810       820         
pF1KA2 DPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASD
              400       410       420       430       440       450

     830       840       850       860       870       880         
pF1KA2 YSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 YSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRP
              460       470       480       490       500       510

     890       900       910       920       930       940         
pF1KA2 LLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEK
              520       530       540       550       560       570

     950       960       970       980       990      1000         
pF1KA2 SRYSTYAALLRVKLKAGSEELDAVEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SRYSTYAALLRVKLKAGSEELDAVEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRH
              580       590       600       610       620       630

    1010      1020    
pF1KA2 SSEPRPGAGSGRRKP
       :::::::::::::::
CCDS73 SSEPRPGAGSGRRKP
              640     

>>CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5                (771 aa)
 initn: 2054 init1: 1975 opt: 2008  Z-score: 1056.4  bits: 206.6 E(32554): 1.6e-52
Smith-Waterman score: 2096; 48.6% identity (68.9% similar) in 788 aa overlap (254-1013:9-769)

           230       240       250       260       270       280   
pF1KA2 SPREVSSHAQRIARAKWEFFYGSLDPPSSGAKPPEQAPPSPPGVGSRQGSGVAVGRAAKY
                                     : : :      ::   ..  ::  : :.. 
CCDS42                       MEEDKLLSAVPEEGDATRDPGPEPEEEPGVRNGMASEG
                                     10        20        30        

           290       300       310       320       330       340   
pF1KA2 SETDLDTVPLRCYRETDIDEVLAEREEADSAIESQPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHP
        ...: . : .  : :  :   .:.   :  .  .  : :   :        :   ::  
CCDS42 LNSSLCS-PGHERRGTPAD---TEEPTKDPDVAFHGLSLGLSLTN-------GLALGPDL
       40         50           60        70               80       

           350       360       370       380       390       400   
pF1KA2 SLGSGNEDEDDDEAGGEEDVDDEVFEASEGARPGSRMPLKSPVPFLPGTSPSADGPDSFS
       ..   . .    .::   . :.    ::..  : .. :  .    : : .   :  :.::
CCDS42 NILEDSAESRPWRAGVLAEGDN----ASRSLYPDAEDPQLG----LDGPGEP-DVRDGFS
        90       100           110       120           130         

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA2 CVFEAILESHRAKGTSYTSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAP
        .:: ::::.  .::.:.:: ::..:.    ..:   .:: :  :   .    .: : : 
CCDS42 ATFEKILESELLRGTQYSSLDSLDGLSLTDESDS-CVSFEAPLTPLIQQRARDSPEPGAG
      140       150       160       170        180       190       

                  470           480          490             500   
pF1KA2 L-------EPDSGTSSAADG----PWTQR---GEEEEAEARAKLA--PG--RE--PPSPC
       :       : : : ....::    :  .    .. :.. .: .:   :.  .:  : .: 
CCDS42 LGIGDMAFEGDMG-AAGGDGELGSPLRRSISSSRSENVLSRLSLMAMPNGFHEDGPQGPG
       200       210        220       230       240       250      

           510          520       530       540       550       560
pF1KA2 HSEDSLGLGAAPL---GSEPPLSQLVSDSDSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEAAQR
        .::.    .  :   .:.: :.. .:::::::.:.: :  ::.: :.:: ..  :::.:
CCDS42 GDEDDDEEDTDKLLNSASDPSLKDGLSDSDSELSSSEGLEPGSADPLANGCQGVSEAAHR
        260       270       280       290       300       310      

              570       580       590       600       610       620
pF1KA2 LAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELALMG
       ::.:::.:.::.. ::::.:::::.::.:::::::.:: :.:.::: :::.::: . :::
CCDS42 LARRLYHLEGFQRCDVARQLGKNNEFSRLVAGEYLSFFDFSGLTLDGALRTFLKAFPLMG
        320       330       340       350       360       370      

              630       640       650       660       670       680
pF1KA2 ETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDFIG
       :::::::::.:::.:: ::::.  .:::: :::::::::::::::::::::.:.: .::.
CCDS42 ETQERERVLTHFSRRYCQCNPDDSTSEDGIHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKKMSCQQFIA
        380       390       400       410       420       430      

              690       700       710       720            730     
pF1KA2 NLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADPN-----PKVIKRI
       ::. :::: :: ..:::.::.:::::::.:::::.:::.:::::.: .      :: . .
CCDS42 NLDQLNDGQDFAKDLLKTLYNSIKNEKLEWAIDEDELRKSLSELVDDKFGTGTKKVTRIL
        440       450       460       470       480       490      

         740       750       760       770       780       790     
pF1KA2 SGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMIL
       .::.     ::::.    .:..::::.:.::.::: : ..::::.::::.:...::: ::
CCDS42 DGGN-----PFLDVPQALSATTYKHGVLTRKTHADMDGKRTPRGRRGWKKFYAVLKGTIL
        500            510       520       530       540       550 

         800       810       820       830       840       850     
pF1KA2 YLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASDYSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAPSLE
       ::::.::.: ::::: .::::: .:::::::::::::. .:. :.::::::::::::: :
CCDS42 YLQKDEYRPDKALSEGDLKNAIRVHHALATRASDYSKKSNVLKLKTADWRVFLFQAPSKE
             560       570       580       590       600       610 

         860       870       880       890       900       910     
pF1KA2 QMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLKAMA
       .: ::: :::.:::.:::: :::::::.::: :::::: .::: ::::.:.:: ::. ..
CCDS42 EMLSWILRINLVAAIFSAPAFPAAVSSMKKFCRPLLPSCTTRLCQEEQLRSHENKLRQLT
             620       630       640       650       660       670 

         920       930       940       950       960       970     
pF1KA2 SELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLRVKLKAGSEELDAVEA
       .:: :::   . .  ..::::: : :: :: :::::: ::  :: .:.:.::..:. .::
CCDS42 AELAEHRCHPVERGIKSKEAEEYRLKEHYLTFEKSRYETYIHLLAMKIKVGSDDLERIEA
             680       690       700       710       720       730 

         980       990      1000      1010      1020    
pF1KA2 ALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRHSSEPRPGAGSGRRKP
        ::   . . .:  .::::.:.    .  .. . .. :           
CCDS42 RLATLEGDDPSLRKTHSSPALSQGHVTGSKTTKDATGPDT         
             740       750       760       770          

>>CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8               (1047 aa)
 initn: 1923 init1: 981 opt: 1919  Z-score: 1008.6  bits: 198.2 E(32554): 7.4e-50
Smith-Waterman score: 1970; 48.5% identity (71.2% similar) in 718 aa overlap (331-1023:368-1045)

              310       320       330       340       350          
pF1KA2 IDEVLAEREEADSAIESQPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHPSLGSGNEDED-DDEAGG
                                     :. :::   :   ...    ::. .::.  
CCDS43 SKVPRHLISSAGLCNSSSLTENVWDESWKAPSERPGTSSG---TFSPVRLDESGEDEVFL
       340       350       360       370          380       390    

     360       370       380            390       400       410    
pF1KA2 EEDVDDEVFEASEGARPGSRMP-----LKSPVPFLPGTSPSADGPDSFSCVFEAILESHR
       .:.  ... .. .  :   :.      .:.    . : . . :. : .:  ::.::..  
CCDS43 QEN-KQHLEKTPKPERDRERISEQEEHVKGEDEDILGPGYTEDSTDVYSSQFETILDN--
           400       410       420       430       440       450   

          420       430       440       450       460              
pF1KA2 AKGTSYTSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAPLEPDSG-----
          . : :  :::.: :  :  . .:.::.:  :   .    .   :   :  ::     
CCDS43 --TSLYYSAESLETLYSE-P--DSYFSFEMPLTPMIQQRIKEGGQFL---ERTSGGGHQD
               460          470       480       490          500   

      470       480       490       500       510           520    
pF1KA2 -TSSAADGPWTQRGEEEEAEARAKLAPGREPPSPCHSEDSLGLGAAP----LGSEPPLSQ
         : .:::  .. :        . .. : .  :     ::.   ..:     ::.  .. 
CCDS43 ILSVSADGGIVM-GYS------SGVTNGLNDAS-----DSIYTKGTPEIAFWGSNAGVKT
           510              520            530       540       550 

          530       540       550       560       570       580    
pF1KA2 LVSDSDSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEAAQRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNN
          .. ::. ::: :   . ..:::: ....:::.:::::::.:: :...:::.::::::
CCDS43 TRLEAHSEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNN
             560       570       580       590       600       610 

          590       600       610       620       630       640    
pF1KA2 DFSKLVAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEAL
       .:::::: :::::: ::::::::.:: :.: ..:.:::::::::: :::.::: :::...
CCDS43 EFSKLVAEEYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFSLVGETQERERVLIHFSNRYFYCNPDTI
             620       630       640       650       660       670 

          650       660       670       680       690       700    
pF1KA2 SSEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIK
       .:.::.: ::::.::::::::::::::.::: .::.::.:.:.: :: ..::::::.:::
CCDS43 ASQDGVHCLTCAIMLLNTDLHGHNIGKKMTCQEFIANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIK
             680       690       700       710       720       730 

          710       720            730       740       750         
pF1KA2 NEKLQWAIDEEELRRSLSELADP-----NPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYK
       ::::.::.:.:: ..: :: ..      .::.:.::    :: ..::::.  .:.:::::
CCDS43 NEKLEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHPKTISRI----GSTTNPFLDIPHDPNAAVYK
             740       750       760           770       780       

     760       770       780       790       800       810         
pF1KA2 HGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISI
        : :.::.::: : .::::::::::.:...::: .:::::.:::: ::::: .::::.:.
CCDS43 SGFLARKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKGTVLYLQKDEYKPEKALSEEDLKNAVSV
       790       800       810       820       830       840       

     820       830       840       850       860       870         
pF1KA2 HHALATRASDYSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAA
       :::::..:.:: :.:.:: :.::::::.:::. : :.::.::..:: :::.:::::::::
CCDS43 HHALASKATDYEKKPNVFKLKTADWRVLLFQTQSPEEMQGWINKINCVAAVFSAPPFPAA
       850       860       870       880       890       900       

     880       890       900       910       920       930         
pF1KA2 VSSQKKFSRPLLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQR
       ..:::::::::::...:.::::::...::.::: ...:: :::.    :: ..:...: .
CCDS43 IGSQKKFSRPLLPATTTKLSQEEQLKSHESKLKQITTELAEHRSYPPDKKVKAKDVDEYK
       910       920       930       940       950       960       

     940       950       960       970       980       990         
pF1KA2 QKEAYLEFEKSRYSTYAALLRVKLKAGSEELDAVEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPK
        :. ::::::.::  :...    :: :..::      :..  :   ::  :::::::.: 
CCDS43 LKDHYLEFEKTRYEMYVSI----LKEGGKEL------LSNDESEAAGLKKSHSSPSLNPD
       970       980           990            1000      1010       

    1000       1010         1020     
pF1KA2 PSS-QPRAQRHSSE---PRPGAGSGRRKP 
        :    ...:. ::    :: . : ..:  
CCDS43 TSPITAKVKRNVSERKDHRPETPSIKQKVT
      1020      1030      1040       

>>CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8               (513 aa)
 initn: 1920 init1: 981 opt: 1904  Z-score: 1004.9  bits: 196.5 E(32554): 1.2e-49
Smith-Waterman score: 1938; 59.0% identity (82.0% similar) in 505 aa overlap (528-1023:21-511)

       500       510       520       530       540       550       
pF1KA2 EPPSPCHSEDSLGLGAAPLGSEPPLSQLVSDSDSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEA
                                     .. ::. ::: :   . ..:::: ....::
CCDS34           MGSSWCLYGCCNAGVKTTRLEAHSEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEA
                         10        20        30        40        50

       560       570       580       590       600       610       
pF1KA2 AQRLAKRLYRLDGFRKADVARHLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELA
       :.:::::::.:: :...:::.::::::.:::::: :::::: ::::::::.:: :.: ..
CCDS34 AKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNNEFSKLVAEEYLKFFDFTGMTLDQSLRYFFKAFS
               60        70        80        90       100       110

       620       630       640       650       660       670       
pF1KA2 LMGETQERERVLAHFSQRYFQCNPEALSSEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGD
       :.:::::::::: :::.::: :::....:.::.: ::::.::::::::::::::.::: .
CCDS34 LVGETQERERVLIHFSNRYFYCNPDTIASQDGVHCLTCAIMLLNTDLHGHNIGKKMTCQE
              120       130       140       150       160       170

       680       690       700       710       720            730  
pF1KA2 FIGNLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADP-----NPKVI
       ::.::.:.:.: :: ..::::::.:::::::.::.:.:: ..: :: ..      .::.:
CCDS34 FIANLQGVNEGVDFSKDLLKALYNSIKNEKLEWAVDDEEKKKSPSESTEEKANGTHPKTI
              180       190       200       210       220       230

            740       750       760       770       780       790  
pF1KA2 KRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKG
       .::    :: ..::::.  .:.::::: : :.::.::: : .::::::::::.:...:::
CCDS34 SRI----GSTTNPFLDIPHDPNAAVYKSGFLARKIHADMDGKKTPRGKRGWKTFYAVLKG
                  240       250       260       270       280      

            800       810       820       830       840       850  
pF1KA2 MILYLQKEEYKPGKALSETELKNAISIHHALATRASDYSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAP
        .:::::.:::: ::::: .::::.:.:::::..:.:: :.:.:: :.::::::.:::. 
CCDS34 TVLYLQKDEYKPEKALSEEDLKNAVSVHHALASKATDYEKKPNVFKLKTADWRVLLFQTQ
        290       300       310       320       330       340      

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pF1KA2 SLEQMQSWITRINVVAAMFSAPPFPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLK
       : :.::.::..:: :::.:::::::::..:::::::::::...:.::::::...::.:::
CCDS34 SPEEMQGWINKINCVAAVFSAPPFPAAIGSQKKFSRPLLPATTTKLSQEEQLKSHESKLK
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pF1KA2 AMASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLRVKLKAGSEELDA
        ...:: :::.    :: ..:...: . :. ::::::.::  :...:    : :..::  
CCDS34 QITTELAEHRSYPPDKKVKAKDVDEYKLKDHYLEFEKTRYEMYVSIL----KEGGKEL--
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pF1KA2 VEAALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSS-QPRAQRHSSE---PRPGAGSGRRKP 
           :..  :   ::  :::::::.:  :    ...:. ::    :: . : ..:  
CCDS34 ----LSNDESEAAGLKKSHSSPSLNPDTSPITAKVKRNVSERKDHRPETPSIKQKVT
                  470       480       490       500       510   

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        .  .:: :  : ..   :   .. :    ::   :    :: : :    ::. .   : 
CCDS33 NVPPWGS-GVELTHL---GSWVHQDG--LEPCQEQTRATDPPESTRQDAPPWGSGVELTH
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          :.::      :    .   :.:. ::.    .::       :  : ..    .  : 
CCDS33 LGSPSAQRE---HRQNTASPGSPVNSHLPGSPKQNRSTSTQVVFWA-GILQAQMCVLDLE
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          ..   :.:. .  ::.     :::. .:  .::   . : :   :: :.: :    :
CCDS33 EELEKTEGLKAGLKCCLPT-PPVDLPGDTGLHSSPPENEDSGED---SSEPEGEGQAWLR
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pF1KA2 LATLFGGPADTGFLNQGDTWSSPREVSSHAQRIARAKWEFFYGSLDPPSSGAKPPEQA--
        .:  ..: . :  ...  .:.:  ..:  .. . .   : .:. :  ..    ::.   
CCDS33 EGTPDSSP-QWGAEEESMFFSNPLFLASPCSENSASGECFSWGASDSHAGVRTGPESPAT
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pF1KA2 --PPSPPG-VGSRQGSGVAVGRAAKYSETDLDTVPLRCYRETDIDEVLAEREEADSAIES
         :: :   :  .  :   .: .:  :       :.  :.  .:  . .      .: :.
CCDS33 LEPPLPEDTVLWELESEPDLGDGAAISGHCTPPFPVPIYKPHSICWASV------AAAEG
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pF1KA2 QPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHPSLGSGNEDEDDDEAGGEED--VDDEVFEASEGAR
        :..  ::: .   . : :: :.  : .         :::   :.  : ...  :.. ..
CCDS33 APAA--PPGHGESEGDRLGPAPSAAPCV---------DEALTWESGCVGSDLGPAAHPVQ
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CCDS33 PWASL---SPEGWQRG------GPFWPQVTLNSQDRDEREGGHPQESLPCTLA---PCPW
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pF1KA2 QSPFFTFELPPQP------PAPRPDPPAPAPLAP--------LEP----DSGTSSAADGP
       .::  . : : .:      :.:::.: .    .:        . :    :.. ::  .  
CCDS33 RSPASSPE-PSSPESESRGPGPRPSPASSQEGSPQLQHHSSGILPKWTLDASQSSLLETD
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         :. :  :  ...     :   :  : :.:: . . ..:  ::.:::::.::::..:: 
CCDS33 GSPMPQAQSPEEGQ-----RPPAG--DKLANGVRNN-KVAWNLASRLYRLEGFRKSEVAA
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pF1KA2 HLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYFQ
       .: ::::::. :: :::.:: : :..::.::: ::. :.: ::::::::.: .::.:. .
CCDS33 YLQKNNDFSRAVAEEYLSFFQFGGQSLDRALRSFLQALVLSGETQERERILYQFSRRFHH
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pF1KA2 CNPEALSSEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLKA
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CCDS33 CNPGIFPSVDSVHTLTCAIMLLNTDLHGQNIGKSMSCQEFITNLNGLRDGGNFPKELLKA
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pF1KA2 LYSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADPNPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEPGAAVY
       :: ::..:::.::.:::.  :   : :.:        :  .:. :.:::.:. .: . .:
CCDS33 LYWSIRSEKLEWAVDEEDTAR--PEKAQP--------SLPAGKMSKPFLQLAQDPTVPTY
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pF1KA2 KHGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYL--QKEEYK-PGKALSETELKN
       :.: :.::.: : : .::: :::::: :: .:.::.::.  : :..   :..:    . .
CCDS33 KQGILARKMHQDADGKKTPWGKRGWKMFHTLLRGMVLYFLKQGEDHCLEGESLVGQMVDE
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pF1KA2 AISIHHALATRASDYSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSAPP
        ...::.::: :. :.:.:::: :::::::..:::::. ..:.:::.:::..::  ::::
CCDS33 PVGVHHSLATPATHYTKKPHVFQLRTADWRLYLFQAPTAKEMSSWIARINLAAATHSAPP
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pF1KA2 FPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGKEA
       :::::.::..: ::.:: . .. : ::: :.::  : : :..: . .     ..:::.: 
CCDS33 FPAAVGSQRRFVRPILPVGPAQSSLEEQHRSHENCLDAAADDLLDLQRNLPERRGRGREL
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       ::.: .. :::.::.:: ::. :: ..:.  :. ::  :  :. .::.:..   .:  ::
CCDS33 EEHRLRKEYLEYEKTRYETYVQLLVARLHCPSDALDLWEEQLGREAGGTREPKLSLKKSH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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