Result of FASTA (omim) for pF1KA1944
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1944, 1099 aa
  1>>>pF1KA1944 1099 - 1099 aa - 1099 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8186+/-0.000408; mu= 19.5249+/- 0.026
 mean_var=68.9457+/-13.315, 0's: 0 Z-trim(110.9): 30  B-trim: 13 in 1/52
 Lambda= 0.154462
 statistics sampled from 19347 (19353) to 19347 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.227), width:  16
 Scan time: 13.750

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_597705 (OMIM: 611257) transmembrane protein 132 (1099) 7258 1627.1       0
NP_001291367 (OMIM: 616178) transmembrane protein  (1074) 1423 326.8 4.1e-88


>>NP_597705 (OMIM: 611257) transmembrane protein 132D pr  (1099 aa)
 initn: 7258 init1: 7258 opt: 7258  Z-score: 8730.0  bits: 1627.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7258; 100.0% identity (100.0% similar) in 1099 aa overlap (1-1099:1-1099)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MCPSEMGTLWHHWSPVLISLAALFSKVTEGRGILESIQRFSLLPTYLPVTYHINNADVSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 MCPSEMGTLWHHWSPVLISLAALFSKVTEGRGILESIQRFSLLPTYLPVTYHINNADVSF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 FLKEANQDIMRNSSLQSRVESFLIYKSRRLPVLNASYGPFSIEQVVPQDLMLPSNPFGFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 FLKEANQDIMRNSSLQSRVESFLIYKSRRLPVLNASYGPFSIEQVVPQDLMLPSNPFGFT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NKFSLNWKLKAHILRDKVYLSRPKVQVLFHIMGRDWDDRSAGEKLPCLRVFAFRETREVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 NKFSLNWKLKAHILRDKVYLSRPKVQVLFHIMGRDWDDRSAGEKLPCLRVFAFRETREVR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 GSCRLQGDLGLCVAELELLSSWFSPPTVVAGRRKSVDQPEGTPVELYYTVHPGGERGDCV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 GSCRLQGDLGLCVAELELLSSWFSPPTVVAGRRKSVDQPEGTPVELYYTVHPGGERGDCV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 REDARRSNGIRTGHSDIDESGPPLQRIGSIFLYQTHRKPSLRELRLDNSVAIHYIPKTVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 REDARRSNGIRTGHSDIDESGPPLQRIGSIFLYQTHRKPSLRELRLDNSVAIHYIPKTVR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 KGDVLTFPVSISRNSTEDRFTLRAKVKKGVNIIGVRASSPSIWDVKERTDYTGKYAPAVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 KGDVLTFPVSISRNSTEDRFTLRAKVKKGVNIIGVRASSPSIWDVKERTDYTGKYAPAVI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 VCQKKAAGSENSADGASYEVMQIDVEVEEPGDLPATQLVTWQVEYPGEITSDLGVSKIYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 VCQKKAAGSENSADGASYEVMQIDVEVEEPGDLPATQLVTWQVEYPGEITSDLGVSKIYV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 SPKDLIGVVPLAMEAEILNTAILTGKTVAVPVKVVSVEDDGTVTELLESVECRSSDEDVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 SPKDLIGVVPLAMEAEILNTAILTGKTVAVPVKVVSVEDDGTVTELLESVECRSSDEDVI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 KVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVPRLPLQIEVSDTELNQIKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 KVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVPRLPLQIEVSDTELNQIKG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 WRVPIVSSRRPAGDSEEEEDDERRGRGCTLQYQHAMVRVLTQFVAEAAGPGGHLAHLLGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 WRVPIVSSRRPAGDSEEEEDDERRGRGCTLQYQHAMVRVLTQFVAEAAGPGGHLAHLLGS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 DWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQILSPLSDTILAEKTITVLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 DWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQILSPLSDTILAEKTITVLD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 EKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQRPKQEAAISCWVQFSDGSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 EKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQRPKQEAAISCWVQFSDGSV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 TPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETEGQGTLVKVEMVISESCQKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 TPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETEGQGTLVKVEMVISESCQKS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA1 KRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENNVSDRRPKKPSQEWGSQEGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 KRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENNVSDRRPKKPSQEWGSQEGQ
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA1 YYGSSSMGLMEGRGTTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQTIPSDLTSFPAQVDLPRSNGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 YYGSSSMGLMEGRGTTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQTIPSDLTSFPAQVDLPRSNGE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA1 MDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVTFALKYRHKQVPFEEQEGMSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 MDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVTFALKYRHKQVPFEEQEGMSH
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA1 SHDWVGLSNRTELLENHINFASSQDEQITAIDRGMDFEESKYLLSTNSQKSINGQLFKPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 SHDWVGLSNRTELLENHINFASSQDEQITAIDRGMDFEESKYLLSTNSQKSINGQLFKPL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KA1 GPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYPTRNSIVMSSEDDIKWVCQDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 GPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYPTRNSIVMSSEDDIKWVCQDL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090         
pF1KA1 DPGDCKELHNYMERLHENV
       :::::::::::::::::::
NP_597 DPGDCKELHNYMERLHENV
             1090         

>>NP_001291367 (OMIM: 616178) transmembrane protein 132E  (1074 aa)
 initn: 2182 init1: 609 opt: 1423  Z-score: 1702.9  bits: 326.8 E(85289): 4.1e-88
Smith-Waterman score: 2556; 40.6% identity (70.5% similar) in 1091 aa overlap (47-1097:43-1072)

         20        30        40        50        60          70    
pF1KA1 LISLAALFSKVTEGRGILESIQRFSLLPTYLPVTYHINNADVSFFLKEAN--QDIMRNSS
                                     :::.:..... ..:::.::   .  . :::
NP_001 LLCLSALLAHASGRSHPASPSPPGPQASPVLPVSYRLSHTRLAFFLREARPPSPAVANSS
             20        30        40        50        60        70  

           80        90       100       110       120       130    
pF1KA1 LQSRVESFLIYKSRRLPVLNASYGPFSIEQVVPQDLMLPSNPFGFTNKFSLNWKLKAHIL
       :: : : :.......:::::.: ::::  ::: ..:. ::. . . .....:::..: :.
NP_001 LQ-RSEPFVVFQTKELPVLNVSLGPFSTSQVVARELLQPSSTLDIPERLTVNWKVRAFIV
              80        90       100       110       120       130 

          140       150       160       170       180       190    
pF1KA1 RDKVYLSRPKVQVLFHIMGRDWDDRSAGEKLPCLRVFAFRETREVRGSCRLQGDLGLCVA
       :..:  :.: :::::.. :::::: .. :.:::.:. :::..:::..::::.: :. :..
NP_001 RSHVPASQPVVQVLFYVAGRDWDDFGVTERLPCVRLHAFRDAREVKSSCRLSGGLATCLV
             140       150       160       170       180       190 

          200       210            220           230       240     
pF1KA1 ELELLSSWFSPPTVVA---GRRKSVD--QPEGT----PVELYYTVHPGGERGDCVREDAR
       . ::  .::.::. .:   .:::: :  .::.:     .:::::.:     : :    .:
NP_001 RAELPLAWFGPPAPAAPPTARRKSPDGLEPEATGESQQAELYYTLHAPDASGGC--GGSR
             200       210       220       230       240           

         250       260       270       280       290       300     
pF1KA1 RSNGIRTGHSDIDESGPPLQRIGSIFLYQTHRKPSLRELRLDNSVAIHYIPKTVRKGDVL
       :. :  .:    . .  :: ::::: :..   . .:.: :::... :.   . .. :.::
NP_001 RGAGPGVGARAESPTQHPLLRIGSISLFRPPPRRTLQEHRLDSNLMIRLPDRPLKPGEVL
     250       260       270       280       290       300         

         310             320       330       340       350         
pF1KA1 TFPVSISRNSTE------DRFTLRAKVKKGVNIIGVRASSPSIWDVKERTDYTGKYAPAV
       .. . .. ::.       ..::::.:.::::...:... : . : :  .    .:.. :.
NP_001 SILLYLAPNSSSPSSPSVEHFTLRVKAKKGVTLLGTKSRSGQ-WHVTSELLTGAKHSTAT
     310       320       330       340       350        360        

     360        370       380       390       400        410       
pF1KA1 I-VCQKKAAGSENSADGASYEVMQIDVEVEEPGDLPATQLVTWQVEYPGE-ITSDL--GV
       . :   ...        .  :..:.: :.:.  .  . . . :...: :.    ::  .:
NP_001 VDVAWAQSTPLPPREGQGPLEILQLDFEMENFTSQSVKRRIMWHIDYRGHGALPDLERAV
      370       380       390       400       410       420        

         420       430       440       450       460       470     
pF1KA1 SKIYVSPKDLIGVVPLAMEAEILNTAILTGKTVAVPVKVVSVEDDGTVTELLESVECRSS
       ... :  .:. ...::::..::.:::::::.:::.::::...: .: : ..   :::.:.
NP_001 TELTVIQRDVQAILPLAMDTEIINTAILTGRTVAIPVKVIAIEVNGLVLDISALVECESD
      430       440       450       460       470       480        

         480       490       500       510       520       530     
pF1KA1 DEDVIKVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVPRLPLQIEVSDTEL
       .::.::::. ::::::.::: .:..:. :.: :. :..:::::::::.:::.::.::..:
NP_001 NEDIIKVSSSCDYVFVSGKESRGSMNARVTFRYDVLNAPLEMTVWVPKLPLHIELSDARL
      490       500       510       520       530       540        

         540       550         560          570       580       590
pF1KA1 NQIKGWRVPIVSSRRPAGDSEEE--EDDERR---GRGCTLQYQHAMVRVLTQFVAEAAGP
       .:.:::::::. .:: . .::.:  :..:::   .:::::::::: ..:.::: . ..  
NP_001 SQVKGWRVPILPDRRSVRESEDEDEEEEERRQSASRGCTLQYQHATLQVFTQFHTTSSEG
      550       560       570       580       590       600        

              600       610       620       630       640       650
pF1KA1 GGHLAHLLGSDWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQILSPLSDTI
         ... .:: :: :..:.:..:::.: .::.:..  .. : : : : : ....:::....
NP_001 TDQVVTMLGPDWLVEVTDLVSDFMRVGDPRVAHMVDSSTLAGLEPGTTPFKVVSPLTEAV
      610       620       630       640       650       660        

              660       670       680       690       700       710
pF1KA1 LAEKTITVLDEKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQRPKQEAAIS
       :.:  .:: .:::.::.: .:.:..:.:::. ::::...:.::..::. :.  :::: .:
NP_001 LGETLLTVTEEKVSITQLQAQVVASLALSLRPSPGSSHTILATTAAQQTLSFLKQEALLS
      670       680       690       700       710       720        

              720       730       740       750       760       770
pF1KA1 CWVQFSDGSVTPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETEGQGTLVKVE
        :...:::...::..:. .:..:...::::.:... ::  :  :...::.::.: :...:
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