Result of FASTA (omim) for pF1KA1619
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1619, 843 aa
  1>>>pF1KA1619 843 - 843 aa - 843 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8376+/-0.000375; mu= 6.2935+/- 0.024
 mean_var=239.3392+/-48.206, 0's: 0 Z-trim(121.3): 187  B-trim: 38 in 1/56
 Lambda= 0.082902
 statistics sampled from 37558 (37753) to 37558 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.443), width:  16
 Scan time: 15.370

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011509683 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509681 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509685 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509684 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509682 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
NP_060259 (OMIM: 604462) semaphorin-4C precursor [ ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509680 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_016859882 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 875) 1789 227.6   2e-58
XP_011516430 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516433 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516432 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516426 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516425 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869686 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516427 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869683 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_005251711 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869687 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516435 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869685 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869682 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869684 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516436 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516429 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516431 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
NP_006369 (OMIM: 601866) semaphorin-4D isoform 1 p ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016859883 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 692) 1456 187.6 1.6e-46
NP_001135759 (OMIM: 601866) semaphorin-4D isoform  ( 738) 1412 182.4 6.6e-45
NP_064595 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform 1 p ( 837) 1394 180.3 3.2e-44
NP_945119 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform 1 p ( 837) 1394 180.3 3.2e-44
NP_001310960 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform  ( 890) 1394 180.3 3.3e-44
XP_006712669 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 495) 1358 175.8 4.3e-43
NP_001310961 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform  ( 602) 1312 170.4 2.2e-41
NP_001310963 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform  ( 847) 1310 170.3 3.4e-41
XP_005250168 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_011514036 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_005250167 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_006715902 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_016867162 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
NP_006071 (OMIM: 603961,614897) semaphorin-3A prec ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_016869688 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 534) 1186 155.2 7.1e-37
NP_689967 (OMIM: 609907) semaphorin-3D precursor [ ( 777) 1186 155.4 9.3e-37
XP_011514262 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 777) 1186 155.4 9.3e-37
XP_016867362 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 777) 1186 155.4 9.3e-37
XP_011530779 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 597) 1158 151.9 7.8e-36
XP_011530778 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 600) 1158 151.9 7.9e-36
XP_011530777 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 624) 1158 152.0 8.1e-36
NP_004254 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform 1 p ( 770) 1158 152.0 9.4e-36
NP_001310959 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform  ( 681) 1116 147.0 2.8e-34
NP_001310962 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform  ( 681) 1116 147.0 2.8e-34


>>XP_011509683 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin-4C i  (833 aa)
 initn: 1648 init1: 533 opt: 1789  Z-score: 1170.3  bits: 227.5 E(85289): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 1881; 42.8% identity (66.5% similar) in 830 aa overlap (34-830:29-821)

            10        20        30        40         50         60 
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHFKGQA-QNYSTLLL
                                     :: :.   ::. . :.:.  . :.. :: :
XP_011   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
                 10        20        30        40        50        

              70        80         90       100       110       120
pF1KA1 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
XP_011 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
       60        70        80           90       100       110     

              130       140       150        160       170         
pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
XP_011 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGE
         120       130       140       150       160       170     

     180       190        200        210       220       230       
pF1KA1 LYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPH-SLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDK
       ::.::  .: .  : : :.  :: :..::   . :::. .:: :. : :: .: .:::::
XP_011 LYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAF-WLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDK
         180       190       200        210       220       230    

       240       250       260       270       280       290       
pF1KA1 VYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP
       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
XP_011 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
          240             250       260       270       280        

           300       310       320       330       340       350   
pF1KA1 ---LY-ETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
XP_011 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
      290       300       310         320       330       340      

           360       370       380       390       400       410   
pF1KA1 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
XP_011 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
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           420       430       440       450       460       470   
pF1KA1 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
XP_011 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
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           480       490       500       510       520       530   
pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
XP_011 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
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pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
XP_011 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTP--KNITVVAGTDLVLPC
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     590       600       610          620       630       640      
pF1KA1 DQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG---YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRT
          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
XP_011 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
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        650       660       670       680       690       700      
pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
XP_011 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
        640        650        660            670          680      

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pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
XP_011 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
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pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
XP_011 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
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              820       830       840   
pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
XP_011 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
             810       820       830    

>>XP_011509681 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin-4C i  (833 aa)
 initn: 1648 init1: 533 opt: 1789  Z-score: 1170.3  bits: 227.5 E(85289): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 1881; 42.8% identity (66.5% similar) in 830 aa overlap (34-830:29-821)

            10        20        30        40         50         60 
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHFKGQA-QNYSTLLL
                                     :: :.   ::. . :.:.  . :.. :: :
XP_011   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
                 10        20        30        40        50        

              70        80         90       100       110       120
pF1KA1 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
XP_011 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
       60        70        80           90       100       110     

              130       140       150        160       170         
pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
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       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
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       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
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         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
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          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
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       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
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pF1KA1 VYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP
       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
XP_011 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
          240             250       260       270       280        

           300       310       320       330       340       350   
pF1KA1 ---LY-ETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
XP_011 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
      290       300       310         320       330       340      

           360       370       380       390       400       410   
pF1KA1 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
XP_011 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
        350       360       370       380       390       400      

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pF1KA1 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
XP_011 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
        410       420       430       440       450       460      

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pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
XP_011 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
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pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
XP_011 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTP--KNITVVAGTDLVLPC
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pF1KA1 DQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG---YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRT
          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
XP_011 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
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pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
XP_011 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
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pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
XP_011 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
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pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
XP_011 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
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pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
XP_011 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
             810       820       830    

>>XP_011509682 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin-4C i  (833 aa)
 initn: 1648 init1: 533 opt: 1789  Z-score: 1170.3  bits: 227.5 E(85289): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 1881; 42.8% identity (66.5% similar) in 830 aa overlap (34-830:29-821)

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pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHFKGQA-QNYSTLLL
                                     :: :.   ::. . :.:.  . :.. :: :
XP_011   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
                 10        20        30        40        50        

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pF1KA1 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
XP_011 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
       60        70        80           90       100       110     

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pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
XP_011 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGE
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pF1KA1 LYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPH-SLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDK
       ::.::  .: .  : : :.  :: :..::   . :::. .:: :. : :: .: .:::::
XP_011 LYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAF-WLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDK
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pF1KA1 VYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP
       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
XP_011 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
          240             250       260       270       280        

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pF1KA1 ---LY-ETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
XP_011 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
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       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
XP_011 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
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pF1KA1 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
XP_011 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
        410       420       430       440       450       460      

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pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
XP_011 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
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pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
XP_011 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTP--KNITVVAGTDLVLPC
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pF1KA1 DQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG---YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRT
          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
XP_011 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
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pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
XP_011 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
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pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
XP_011 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
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pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
XP_011 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
            750       760        770       780       790       800 

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pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
XP_011 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
             810       820       830    

>>NP_060259 (OMIM: 604462) semaphorin-4C precursor [Homo  (833 aa)
 initn: 1648 init1: 533 opt: 1789  Z-score: 1170.3  bits: 227.5 E(85289): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 1881; 42.8% identity (66.5% similar) in 830 aa overlap (34-830:29-821)

            10        20        30        40         50         60 
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHFKGQA-QNYSTLLL
                                     :: :.   ::. . :.:.  . :.. :: :
NP_060   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
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pF1KA1 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
NP_060 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
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pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
NP_060 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGE
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pF1KA1 LYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPH-SLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDK
       ::.::  .: .  : : :.  :: :..::   . :::. .:: :. : :: .: .:::::
NP_060 LYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAF-WLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDK
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       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
NP_060 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
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pF1KA1 ---LY-ETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
NP_060 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
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pF1KA1 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
NP_060 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
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pF1KA1 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
NP_060 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
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pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
NP_060 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
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pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
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          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
NP_060 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
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pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
NP_060 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
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pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
NP_060 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
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pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
NP_060 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
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pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
NP_060 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
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       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
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       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
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          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
XP_011 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
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       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
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         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
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pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
XP_011 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
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pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
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          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
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pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
XP_011 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
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pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
XP_011 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
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pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
XP_011 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
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pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
XP_011 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
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>>XP_016859882 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin-4C i  (875 aa)
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XP_016 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
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       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
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       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
XP_016 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
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XP_016 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
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pF1KA1 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
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XP_016 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
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           420       430       440       450       460       470   
pF1KA1 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
XP_016 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
      450       460       470       480       490       500        

           480       490       500       510       520       530   
pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
XP_016 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
       510       520       530       540       550       560       

           540       550       560           570       580         
pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
XP_016 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTP--KNITVVAGTDLVLPC
       570             580       590       600         610         

     590       600       610          620       630       640      
pF1KA1 DQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG---YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRT
          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
XP_016 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
     620       630        640       650       660       670        

        650       660       670       680       690       700      
pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
XP_016 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
      680        690        700            710       720           

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pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
XP_016 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
        730       740       750       760        770       780     

      760       770       780       790            800          810
pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
XP_016 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
          790       800        810       820       830       840   

              820       830       840   
pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
XP_016 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
           850       860       870      

>>XP_011516430 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin-4D i  (862 aa)
 initn: 721 init1: 721 opt: 1485  Z-score: 973.6  bits: 191.2 E(85289): 1.7e-47
Smith-Waterman score: 1485; 38.8% identity (66.3% similar) in 665 aa overlap (34-678:28-672)

            10        20        30        40        50        60   
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEE
                                     ::.:  ..:.  ..  . .  :::.::: :
XP_011    MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSE
                  10        20        30        40        50       

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pF1KA1 ASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQ
        .  : .::: :.:...: .:..  : :..:..: . ..:: .:::..::::.:..: ::
XP_011 DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQH-EVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQ
        60        70        80         90       100       110      

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pF1KA1 RLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTA
        :..: ::.:::.:::: :  ..  .: .  . :.:: .::.:::...:....:: ::..
XP_011 PLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
        120       130       140       150       160       170      

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pF1KA1 TRYEFR-SIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFF
       : :.:  : : : :.     :::: . . :::.  :::. ..:.:  :  :.::.::.::
XP_011 TSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYA-IPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
        180       190       200        210       220       230     

            250       260       270       280       290            
pF1KA1 TERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP----L
       :: ..:     :.       . :.::::::: :: . :::::::::::::::  :    .
XP_011 TEVSVEY---EFVFRVL---IPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLV
         240             250       260       270       280         

      300       310       320       330       340        350       
pF1KA1 YETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFA-GPYME---
       ...:: :  : .   .   ::: ::   : ...  ::.: :.:.  . ::. : ::.   
XP_011 FNVLRDVFVLRSPGLKVPVFYALFT--PQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTT
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pF1KA1 YQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPT
        ...  .: ::.: ::.::::.:: .  :. .:.:: .::. .:.::: ::::   :.: 
XP_011 VEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPI
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pF1KA1 RGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVF
        .:: :.:... ::...   . .  : .::..:..:  : .:::. :  ..:::::::.:
XP_011 DNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLF
       410       420       430       440       450       460       

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pF1KA1 RESQSVENLVISLLQHS--LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTH
       .. . :..:..:  . .  .:.:. :::.: ::. :... .: ::.:::::::.:.: : 
XP_011 QDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTA
       470       480       490       500       510       520       

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pF1KA1 ACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQP
       .:.:     . :.:    :::..  :. .   ... :     . .   .:  . : :.: 
XP_011 TCVALHQTESPSRG----LIQEMS-GDASVCPDKSKGS---YRQHFFKHGGTAELKCSQK
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pF1KA1 SNLARALW-LLNGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEE----NGLRTL
       :::::..: . :: .   . . :  .:  .::. . .   :: : : .::    . .  .
XP_011 SNLARVFWKFQNGVLKAESPKYGL-MGRKNLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQV
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pF1KA1 LASYSLTVRPATPAP--APKAPA--TPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYV
       .:.. : :. ..: :  ::   .  : :...:  :                         
XP_011 VAKHVLEVK-VVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITL
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pF1KA1 ACLREGRRGRRRKYSLGRASRAGGSAVQLQTVSGQCPGEEDEGDDEGAGGLEGSCLQIIP
                                                                   
XP_011 PPKPAPTGTSCEPKIVINTVPQLHSEKTMYLKSSDNRLLMSLFLFFFVLFLCLFFYNCYK
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>>XP_011516433 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin-4D i  (862 aa)
 initn: 721 init1: 721 opt: 1485  Z-score: 973.6  bits: 191.2 E(85289): 1.7e-47
Smith-Waterman score: 1485; 38.8% identity (66.3% similar) in 665 aa overlap (34-678:28-672)

            10        20        30        40        50        60   
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEE
                                     ::.:  ..:.  ..  . .  :::.::: :
XP_011    MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSE
                  10        20        30        40        50       

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pF1KA1 ASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQ
        .  : .::: :.:...: .:..  : :..:..: . ..:: .:::..::::.:..: ::
XP_011 DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQH-EVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQ
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pF1KA1 RLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTA
        :..: ::.:::.:::: :  ..  .: .  . :.:: .::.:::...:....:: ::..
XP_011 PLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
        120       130       140       150       160       170      

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pF1KA1 TRYEFR-SIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFF
       : :.:  : : : :.     :::: . . :::.  :::. ..:.:  :  :.::.::.::
XP_011 TSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYA-IPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
        180       190       200        210       220       230     

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pF1KA1 TERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP----L
       :: ..:     :.       . :.::::::: :: . :::::::::::::::  :    .
XP_011 TEVSVEY---EFVFRVL---IPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLV
         240             250       260       270       280         

      300       310       320       330       340        350       
pF1KA1 YETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFA-GPYME---
       ...:: :  : .   .   ::: ::   : ...  ::.: :.:.  . ::. : ::.   
XP_011 FNVLRDVFVLRSPGLKVPVFYALFT--PQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTT
     290       300       310         320       330       340       

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pF1KA1 YQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPT
        ...  .: ::.: ::.::::.:: .  :. .:.:: .::. .:.::: ::::   :.: 
XP_011 VEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPI
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pF1KA1 RGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVF
        .:: :.:... ::...   . .  : .::..:..:  : .:::. :  ..:::::::.:
XP_011 DNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLF
       410       420       430       440       450       460       

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pF1KA1 RESQSVENLVISLLQHS--LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTH
       .. . :..:..:  . .  .:.:. :::.: ::. :... .: ::.:::::::.:.: : 
XP_011 QDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTA
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pF1KA1 ACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQP
       .:.:     . :.:    :::..  :. .   ... :     . .   .:  . : :.: 
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