Result of FASTA (ccds) for pF1KA1619
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1619, 843 aa
  1>>>pF1KA1619 843 - 843 aa - 843 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4438+/-0.000903; mu= 8.8162+/- 0.055
 mean_var=218.6042+/-43.770, 0's: 0 Z-trim(113.6): 52  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.086745
 statistics sampled from 14200 (14252) to 14200 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.438), width:  16
 Scan time:  4.410

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10        ( 843) 5728 730.1 3.9e-210
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10       ( 702) 3869 497.4 3.7e-140
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2         ( 833) 1789 237.1 9.5e-62
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9         ( 862) 1485 199.1 2.8e-50
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9        ( 738) 1412 189.9 1.4e-47
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15       ( 837) 1394 187.7 7.2e-47
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7         ( 771) 1221 166.0 2.2e-40
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7       ( 777) 1186 161.6 4.7e-39
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2         ( 770) 1158 158.1 5.3e-38
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 748) 1049 144.5 6.6e-34
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7         ( 751) 1011 139.7 1.8e-32
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 749)  970 134.6 6.3e-31
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3         ( 782)  910 127.1 1.2e-28
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 737)  899 125.7 2.9e-28
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 754)  823 116.2 2.2e-25
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 775)  777 110.4 1.2e-23
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 715)  764 108.8 3.5e-23
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 686)  746 106.5 1.6e-22
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 615)  699 100.6 8.8e-21
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 754)  695 100.2 1.4e-20
CCDS77745.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 406)  563 83.4 8.6e-16
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1        ( 629)  491 74.6 6.1e-13
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1         ( 761)  491 74.6 7.1e-13
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1030)  468 71.9 6.5e-12
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1047)  468 71.9 6.6e-12
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1057)  467 71.8 7.2e-12
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1151)  467 71.8 7.7e-12
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1205)  467 71.8 7.9e-12


>>CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10             (843 aa)
 initn: 5728 init1: 5728 opt: 5728  Z-score: 3886.1  bits: 730.1 E(32554): 3.9e-210
Smith-Waterman score: 5728; 100.0% identity (100.0% similar) in 843 aa overlap (1-843:1-843)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 LEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 YTATRYEFRSIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YTATRYEFRSIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 FFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIPLYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIPLYE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 TLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 RWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 LKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVFRESQSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVFRESQSV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 ENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 ANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQPSNLARALW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQPSNLARALW
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 LLNGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRTLLASYSLTVRPATP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LLNGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRTLLASYSLTVRPATP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 APAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACLREGRRGRRRKYSLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 APAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACLREGRRGRRRKYSLG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 RASRAGGSAVQLQTVSGQCPGEEDEGDDEGAGGLEGSCLQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RASRAGGSAVQLQTVSGQCPGEEDEGDDEGAGGLEGSCLQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA1 ELTNGLVALPSRLRRMNGNSYVLLRQSNNGVPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ELTNGLVALPSRLRRMNGNSYVLLRQSNNGVPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDE
              790       800       810       820       830       840

          
pF1KA1 SSV
       :::
CCDS75 SSV
          

>>CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10            (702 aa)
 initn: 3869 init1: 3869 opt: 3869  Z-score: 2629.8  bits: 497.4 E(32554): 3.7e-140
Smith-Waterman score: 3869; 100.0% identity (100.0% similar) in 569 aa overlap (1-569:1-569)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 LEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 YTATRYEFRSIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YTATRYEFRSIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 FFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIPLYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIPLYE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 TLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 RWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 LKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVFRESQSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVFRESQSV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 ENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 ANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQPSNLARALW
       :::::::::::::::::::::::::::::                               
CCDS55 ANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGRALQVHMGSMSPPSAWPCVLDGPETRQDLCQ
              550       560       570       580       590       600

>>CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2              (833 aa)
 initn: 1648 init1: 533 opt: 1789  Z-score: 1222.1  bits: 237.1 E(32554): 9.5e-62
Smith-Waterman score: 1881; 42.8% identity (66.5% similar) in 830 aa overlap (34-830:29-821)

            10        20        30        40         50         60 
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHFKGQA-QNYSTLLL
                                     :: :.   ::. . :.:.  . :.. :: :
CCDS20   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
                 10        20        30        40        50        

              70        80         90       100       110       120
pF1KA1 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
CCDS20 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
       60        70        80           90       100       110     

              130       140       150        160       170         
pF1KA1 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
CCDS20 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGE
         120       130       140       150       160       170     

     180       190        200        210       220       230       
pF1KA1 LYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPH-SLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDK
       ::.::  .: .  : : :.  :: :..::   . :::. .:: :. : :: .: .:::::
CCDS20 LYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAF-WLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDK
         180       190       200        210       220       230    

       240       250       260       270       280       290       
pF1KA1 VYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP
       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
CCDS20 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
          240             250       260       270       280        

           300       310       320       330       340       350   
pF1KA1 ---LY-ETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
CCDS20 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
      290       300       310         320       330       340      

           360       370       380       390       400       410   
pF1KA1 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
CCDS20 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
        350       360       370       380       390       400      

           420       430       440       450       460       470   
pF1KA1 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
CCDS20 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
        410       420       430       440       450       460      

           480       490       500       510       520       530   
pF1KA1 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
CCDS20 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
         470       480       490       500       510       520     

           540       550       560           570       580         
pF1KA1 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
CCDS20 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTP--KNITVVAGTDLVLPC
            530          540       550       560         570       

     590       600       610          620       630       640      
pF1KA1 DQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG---YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRT
          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
CCDS20 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
       580       590        600       610       620       630      

        650       660       670       680       690       700      
pF1KA1 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
CCDS20 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
        640        650        660            670          680      

        710       720        730            740         750        
pF1KA1 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSGQ---CPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
CCDS20 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
          690       700       710       720        730       740   

      760       770       780       790            800          810
pF1KA1 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
CCDS20 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
            750       760        770       780       790       800 

              820       830       840   
pF1KA1 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
       .      .:.:: : :..:.             
CCDS20 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
             810       820       830    

>>CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9              (862 aa)
 initn: 721 init1: 721 opt: 1485  Z-score: 1016.3  bits: 199.1 E(32554): 2.8e-50
Smith-Waterman score: 1485; 38.8% identity (66.3% similar) in 665 aa overlap (34-678:28-672)

            10        20        30        40        50        60   
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEE
                                     ::.:  ..:.  ..  . .  :::.::: :
CCDS66    MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSE
                  10        20        30        40        50       

            70        80        90       100       110       120   
pF1KA1 ASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQ
        .  : .::: :.:...: .:..  : :..:..: . ..:: .:::..::::.:..: ::
CCDS66 DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQH-EVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQ
        60        70        80         90       100       110      

           130       140       150       160       170       180   
pF1KA1 RLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTA
        :..: ::.:::.:::: :  ..  .: .  . :.:: .::.:::...:....:: ::..
CCDS66 PLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
        120       130       140       150       160       170      

            190       200       210       220       230       240  
pF1KA1 TRYEFR-SIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFF
       : :.:  : : : :.     :::: . . :::.  :::. ..:.:  :  :.::.::.::
CCDS66 TSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYA-IPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
        180       190       200        210       220       230     

            250       260       270       280       290            
pF1KA1 TERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP----L
       :: ..:     :.       . :.::::::: :: . :::::::::::::::  :    .
CCDS66 TEVSVEY---EFVFRVL---IPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLV
         240             250       260       270       280         

      300       310       320       330       340        350       
pF1KA1 YETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFA-GPYME---
       ...:: :  : .   .   ::: ::   : ...  ::.: :.:.  . ::. : ::.   
CCDS66 FNVLRDVFVLRSPGLKVPVFYALFT--PQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTT
     290       300       310         320       330       340       

          360       370       380       390       400       410    
pF1KA1 YQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPT
        ...  .: ::.: ::.::::.:: .  :. .:.:: .::. .:.::: ::::   :.: 
CCDS66 VEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPI
       350       360       370       380       390       400       

          420       430       440       450       460       470    
pF1KA1 RGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVF
        .:: :.:... ::...   . .  : .::..:..:  : .:::. :  ..:::::::.:
CCDS66 DNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLF
       410       420       430       440       450       460       

          480       490         500       510       520       530  
pF1KA1 RESQSVENLVISLLQHS--LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTH
       .. . :..:..:  . .  .:.:. :::.: ::. :... .: ::.:::::::.:.: : 
CCDS66 QDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTA
       470       480       490       500       510       520       

            540       550       560       570       580       590  
pF1KA1 ACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQP
       .:.:     . :.:    :::..  :. .   ... :     . .   .:  . : :.: 
CCDS66 TCVALHQTESPSRG----LIQEMS-GDASVCPDKSKGS---YRQHFFKHGGTAELKCSQK
       530       540            550       560          570         

            600        610       620       630       640           
pF1KA1 SNLARALW-LLNGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEE----NGLRTL
       :::::..: . :: .   . . :  .:  .::. . .   :: : : .::    . .  .
CCDS66 SNLARVFWKFQNGVLKAESPKYGL-MGRKNLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQV
     580       590       600        610       620       630        

       650       660           670       680       690       700   
pF1KA1 LASYSLTVRPATPAP--APKAPA--TPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYV
       .:.. : :. ..: :  ::   .  : :...:  :                         
CCDS66 VAKHVLEVK-VVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITL
      640        650       660       670       680       690       

           710       720       730       740       750       760   
pF1KA1 ACLREGRRGRRRKYSLGRASRAGGSAVQLQTVSGQCPGEEDEGDDEGAGGLEGSCLQIIP
                                                                   
CCDS66 PPKPAPTGTSCEPKIVINTVPQLHSEKTMYLKSSDNRLLMSLFLFFFVLFLCLFFYNCYK
       700       710       720       730       740       750       

>>CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9             (738 aa)
 initn: 944 init1: 721 opt: 1412  Z-score: 967.8  bits: 189.9 E(32554): 1.4e-47
Smith-Waterman score: 1412; 41.6% identity (68.6% similar) in 551 aa overlap (34-573:28-564)

            10        20        30        40        50        60   
pF1KA1 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEE
                                     ::.:  ..:.  ..  . .  :::.::: :
CCDS47    MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSE
                  10        20        30        40        50       

            70        80        90       100       110       120   
pF1KA1 ASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQ
        .  : .::: :.:...: .:..  : :..:..: . ..:: .:::..::::.:..: ::
CCDS47 DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQH-EVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQ
        60        70        80         90       100       110      

           130       140       150       160       170       180   
pF1KA1 RLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTA
        :..: ::.:::.:::: :  ..  .: .  . :.:: .::.:::...:....:: ::..
CCDS47 PLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
        120       130       140       150       160       170      

            190       200       210       220       230       240  
pF1KA1 TRYEFR-SIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFF
       : :.:  : : : :.     :::: . . :::.  :::. ..:.:  :  :.::.::.::
CCDS47 TSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYA-IPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
        180       190       200        210       220       230     

            250       260       270       280       290            
pF1KA1 TERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP----L
       :: ..:     :.  :    . :.::::::: :: . :::::::::::::::  :    .
CCDS47 TEVSVEY---EFV-FRVL--IPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLV
         240             250       260       270       280         

      300       310       320       330       340        350       
pF1KA1 YETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFA-GPYME---
       ...:: :  : .   .   ::: ::   : ...  ::.: :.:.  . ::. : ::.   
CCDS47 FNVLRDVFVLRSPGLKVPVFYALFT--PQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTT
     290       300       310         320       330       340       

          360       370       380       390       400       410    
pF1KA1 YQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPT
        ...  .: ::.: ::.::::.:: .  :. .:.:: .::. .:.::: ::::   :.: 
CCDS47 VEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPI
       350       360       370       380       390       400       

          420       430       440       450       460       470    
pF1KA1 RGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVF
        .:: :.:... ::...   . .  : .::..:..:  : .:::. :  ..:::::::.:
CCDS47 DNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLF
       410       420       430       440       450       460       

          480       490         500       510       520       530  
pF1KA1 RESQSVENLVISLLQHS--LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTH
       .. . :..:..:  . .  .:.:. :::.: ::. :... .: ::.:::::::.:.: : 
CCDS47 QDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTA
       470       480       490       500       510       520       

            540       550       560       570       580       590  
pF1KA1 ACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQP
       .:.:     . :.:    :::..      : .:     :::                   
CCDS47 TCVALHQTESPSRG----LIQEMSGDASVCPASSPKPLPPPGSSSLSCLGHVGDRRLSSP
       530       540           550       560       570       580   

            600       610       620       630       640       650  
pF1KA1 SNLARALWLLNGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRTLLASYS
                                                                   
CCDS47 WTPWPASGAGPDSSSRVSLLPPFLSDQAQHVHALGNFYLFCQATGPADIRFVWEKNGRAL
           590       600       610       620       630       640   

>>CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15            (837 aa)
 initn: 825 init1: 393 opt: 1394  Z-score: 954.9  bits: 187.7 E(32554): 7.2e-47
Smith-Waterman score: 1406; 38.9% identity (63.8% similar) in 682 aa overlap (2-651:16-670)

                                 10        20        30        40  
pF1KA1               MWGRLWP----LLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPY--
                      :: : :    ::: .:     : :    :.  :  .::...:   
CCDS45 MLRTAMGLRSWLAAPWGALPPRPPLLLLLLLLLLLQPPP----PTWAL--SPRISLPLGS
               10        20        30            40          50    

               50        60        70        80          90        
pF1KA1 EELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEEASARLLVGARGALFSLSAND--IGDGAHKEIHWEASP
       ::    :    . .::..::: . .  : :::: :::.::.:   .  : ..:. : :. 
CCDS45 EERPFLRFEAEHISNYTALLLSRDGRTLYVGAREALFALSSNLSFLPGGEYQELLWGADA
           60        70        80        90       100       110    

      100       110       120       130       140       150        
pF1KA1 EMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS---
       : ...:  :::. : .: :....:  :...::..::: ::.:.:. :. : :::  .   
CCDS45 EKKQQCSFKGKDPQRDCQNYIKILLPLSGSHLFTCGTAAFSPMCTYINMENFTLARDEKG
          120       130       140       150       160       170    

            160       170       180       190        200       210 
pF1KA1 ---FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPHSLRTEETPMH
          .:.:: .::.::    :.:..:: :::.:   :..  : : ::.  .  .:: . ..
CCDS45 NVLLEDGKGRCPFDPNFKSTALVVDGELYTGTVSSFQGNDPAISRSQSLRPTKTESS-LN
          180       190       200       210       220       230    

             220       230       240       250       260       270 
pF1KA1 WLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCK
       ::.:  :: :. . :: .:  :::::.:.::.:      .:.  .   .  :.:.::.::
CCDS45 WLQDPAFVASAYIPESLGSLQGDDDKIYFFFSE------TGQEFEFFENTIVSRIARICK
           240       250       260             270       280       

             280       290           300       310         320     
pF1KA1 GDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIPL----YETLRGVCSLDAETSS--RTHFYAAFTLS
       :: ::...::..:::::::.:.:  :     ...:. : .:.   ..   : ::..::  
CCDS45 GDEGGERVLQQRWTSFLKAQLLCSRPDDGFPFNVLQDVFTLSPSPQDWRDTLFYGVFT--
       290       300       310       320       330       340       

           330       340       350       360       370       380   
pF1KA1 TQWK--TLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLR
       .::.  : :.::.: . . ..: ::.: : : .  ...:      :: ::::.:::.: :
CCDS45 SQWHRGTTEGSAVCVFTMKDVQRVFSGLYKEVNRETQQWYTVTHPVPTPRPGACITNSAR
         350       360       370       380       390       400     

           390       400       410       420       430        440  
pF1KA1 SQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPA-GPT
        .  ::: .::. ::.:.: : ::   :   :.: :::. . :: ...   :  :.   :
CCDS45 ERKINSSLQLPDRVLNFLKDHFLMDGQV---RSRMLLLQPQARYQRVAVHRV--PGLHHT
         410       420       430          440       450         460

            450       460       470       480       490       500  
pF1KA1 YDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVFRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQ
       ::.:::::.:: .:::: .:  .::::: :.:  .: :.::...  .  ::... :::.:
CCDS45 YDVLFLGTGDGRLHKAVSVGPRVHIIEELQIFSSGQPVQNLLLDTHRGLLYAASHSGVVQ
              470       480       490       500       510       520

            510       520       530       540       550       560  
pF1KA1 LPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG-
       .:...:: :::: ::.:::::::.:. :. .:  ..    . : .    ::::: ..   
CCDS45 VPMANCSLYRSCGDCLLARDPYCAWS-GS-SCKHVSLY--QPQLATRPWIQDIEGASAKD
              530       540         550         560       570      

              570            580        590       600       610    
pF1KA1 -CESSRDTGP---PPPLKT--RSVLRGDDV-LLPCDQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG
        : .:  ..:   :   :   .  .. . :  : :   ::::  ::: ::.  .. . . 
CCDS45 LCSASSVVSPSFVPTGEKPCEQVQFQPNTVNTLACPLLSNLATRLWLRNGA-PVNASASC
        580       590       600       610       620        630     

          620       630       640       650       660       670    
pF1KA1 YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRTLLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQL
       . . .  ::.. .:  . :.. :.. :.:.. :.:::                       
CCDS45 HVLPTGDLLLVGTQ--QLGEFQCWSLEEGFQQLVASYCPEVVEDGVADQTDEGGSVPVII
         640         650       660       670       680       690   

          680       690       700       710       720       730    
pF1KA1 APDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACLREGRRGRRRKYSLGRASRAGGSAVQLQT
                                                                   
CCDS45 STSRVSAPAGGKASWGADRSYWKEFLVMCTLFVLAVLLPVLFLLYRHRNSMKVFLKQGEC
           700       710       720       730       740       750   

>>CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7              (771 aa)
 initn: 835 init1: 164 opt: 1221  Z-score: 838.3  bits: 166.0 E(32554): 2.2e-40
Smith-Waterman score: 1221; 34.6% identity (61.2% similar) in 665 aa overlap (31-655:27-667)

               10        20        30        40           50       
pF1KA1 MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRH---FKGQAQN--
                                     . .::. . :.:.  . .   :.: :..  
CCDS55     MGWLTRIVCLFWGVLLTARANYQNGKNNVPRLKLSYKEMLESNNVITFNGLANSSS
                   10        20        30        40        50      

          60        70        80        90       100       110     
pF1KA1 YSTLLLEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTEC
       : :.::.:  .:: :::.  .::..  .: :   ..: : .:   ...:.  ::.   ::
CCDS55 YHTFLLDEERSRLYVGAKDHIFSFDLVNIKD--FQKIVWPVSYTRRDECKWAGKDILKEC
         60        70        80          90       100       110    

         120       130       140             150        160        
pF1KA1 FNHVRFLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDA------EAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPA
        : .. :.  :.:::::::: ::.:.:. :.       . : : .: ::.:. : :::: 
CCDS55 ANFIKVLKAYNQTHLYACGTGAFHPICTYIEIGHHPEDNIFKLENSHFENGRGKSPYDPK
          120       130       140       150       160       170    

      170       180         190       200       210       220      
pF1KA1 RGFTGLIIDGGLYTATRYEF--RSIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRE
          ..:.::: ::..:  .:  :..  .:   : : .:::.   .:::: .:. . :. :
CCDS55 LLTASLLIDGELYSGTAADFMGRDFAIFRTLGHHHPIRTEQHDSRWLNDPKFISAHLISE
          180       190       200       210       220       230    

        230       240        250       260       270       280     
pF1KA1 SKASAVGDDDKVYYFFTERATE-EGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWT
       :      .:::::.:: : : . : ::     ...:  ::....::.:.::.. : .:::
CCDS55 SDNP---EDDKVYFFFRENAIDGEHSG-----KATH--ARIGQICKNDFGGHRSLVNKWT
             240       250            260         270       280    

         290              300       310       320       330        
pF1KA1 SFLKARLICHIP-------LYETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICR
       .:::::::: .:        .. :. :  .. .  .    :..:: :..   ...::.: 
CCDS55 TFLKARLICSVPGPNGIDTHFDELQDVFLMNFKDPKNPVVYGVFTTSSN--IFKGSAVCM
          290       300       310       320       330         340  

      340       350       360       370       380       390        
pF1KA1 YDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVL
       :...... :: ::: . .  . .:  :.: :: ::::.: . ..   :..:..:::. :.
CCDS55 YSMSDVRRVFLGPYAHRDGPNYQWVPYQGRVPYPRPGTCPSKTF--GGFDSTKDLPDDVI
            350       360       370       380         390       400

      400       410       420         430       440       450      
pF1KA1 DFVKLHPLMARPVVPTRGRPLLLKRNIRY--THLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIH
        :.. :: :  :: :  .::...: .. :  :...   : .  :  ::..:.::  : . 
CCDS55 TFARSHPAMYNPVFPMNNRPIVIKTDVNYQFTQIVVDRVDAEDGQ-YDVMFIGTDVGTVL
              410       420       430       440        450         

        460             470       480       490       500       510
pF1KA1 KAVVLGSGMH------IIEETQVFRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSR
       :.: . .         ..::  ::::  ..  . .:  :..::.:. .:: ::::  :. 
CCDS55 KVVSIPKETWYDLEEVLLEEMTVFREPTAISAMELSTKQQQLYIGSTAGVAQLPLHRCDI
     460       470       480       490       500       510         

               520       530       540       550         560       
pF1KA1 Y-RSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGN--RGCES-SR
       : ..: .: :::::::.:: :. ::.     :.:   .:    :::. :.    : .  .
CCDS55 YGKACAECCLARDPYCAWD-GS-ACSRYFPTAKRR--TRR---QDIRNGDPLTHCSDLHH
     520       530        540        550            560       570  

          570       580       590       600       610          620 
pF1KA1 DT--GPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCDQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQ---GGYRVGVD-
       :.  :  :  .    .......: :.  :. : . : ..        .     . . .: 
CCDS55 DNHHGHSPEERIIYGVENSSTFLECSPKSQRALVYWQFQRRNEERKEEIRVDDHIIRTDQ
            580       590       600       610       620       630  

              630       640       650       660       670       680
pF1KA1 GLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRTLLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRL
       :::. . : . :::: :.: :.:.   : . .: :                         
CCDS55 GLLLRSLQQKDSGNYLCHAVEHGFIQTLLKVTLEVIDTEHLEELLHKDDDGDGSKTKEMS
            640       650       660       670       680       690  

              690       700       710       720       730       740
pF1KA1 LYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACLREGRRGRRRKYSLGRASRAGGSAVQLQTVSGQCP
                                                                   
CCDS55 NSMTPSQKVWYRDFMQLINHPNLNTMDEFCEQVWKRDRKQRRQRPGHTPGNSNKWKHLQE
            700       710       720       730       740       750  

>>CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7            (777 aa)
 initn: 804 init1: 190 opt: 1186  Z-score: 814.6  bits: 161.6 E(32554): 4.7e-39
Smith-Waterman score: 1203; 33.3% identity (62.1% similar) in 691 aa overlap (5-655:18-683)

                            10        20        30        40       
pF1KA1              MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEEL---S
                        :.: :. .:. : .  :     ....   ::. . :..:   .
CCDS34 MNANKDERLKARSQDFHLFPALM-MLSMTMLFLPVTGTLKQNI---PRLKLTYKDLLLSN
               10        20         30        40           50      

           50          60        70        80        90       100  
pF1KA1 GTRHFKGQAQ--NYSTLLLEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQS
       .   : :...  ...::::.:  .:::.::.  .: ::  :. .   :.:.: :. :   
CCDS34 SCIPFLGSSEGLDFQTLLLDEERGRLLLGAKDHIFLLSLVDL-NKNFKKIYWPAAKERVE
         60        70        80        90        100       110     

            110       120       130       140             150      
pF1KA1 KCHQKGKNNQTECFNHVRFLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEA------FTLPT-S
        :.  ::. .::: : .: ::  :.::.:.::: ::.:.:. ::  .      : : : .
CCDS34 LCKLAGKDANTECANFIRVLQPYNKTHIYVCGTGAFHPICGYIDLGVYKEDIIFKLDTHN
         120       130       140       150       160       170     

         160       170       180       190        200           210
pF1KA1 FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTATRYEFRSIPD-IRRSRHP----HSLRTEETPM
       .: :. :::.:: . :.... :  ::..:  .: .    . ::  :    : .::. .  
CCDS34 LESGRLKCPFDPQQPFASVMTDEYLYSGTASDFLGKDTAFTRSLGPTHDHHYIRTDISEH
         180       190       200       210       220       230     

              220       230       240       250       260       270
pF1KA1 HWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVC
       .::: :.:. . .. ..      ::::.:.:: : ...:::   :....   ..::.:::
CCDS34 YWLNGAKFIGTFFIPDTYNP---DDDKIYFFFRE-SSQEGS---TSDKTI--LSRVGRVC
         240       250          260        270            280      

              280       290              300       310       320   
pF1KA1 KGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP-------LYETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFT
       :.:.::.. : .:::.:::::::: ::        .. :. .  : ..       :..::
CCDS34 KNDVGGQRSLINKWTTFLKARLICSIPGSDGADTYFDELQDIYLLPTRDERNPVVYGVFT
        290       300       310       320       330       340      

           330       340       350       360       370       380   
pF1KA1 LSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLR
        ...   ...::.: :..:.:.::: ::: . .....:: .:.: .: ::::.: . .  
CCDS34 TTSS--IFKGSAVCVYSMADIRAVFNGPYAHKESADHRWVQYDGRIPYPRPGTCPSKTY-
        350         360       370       380       390       400    

           390       400       410       420         430       440 
pF1KA1 SQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLLLKRNIRY--THLTGTPVTTPAGP
       .   .:..:.:. :..:.: : .: . : :. : : . . :. :  :...   : .  : 
CCDS34 DPLIKSTRDFPDDVISFIKRHSVMYKSVYPVAGGPTFKRINVDYRLTQIVVDHVIAEDGQ
           410       420       430       440       450       460   

             450       460            470       480       490      
pF1KA1 TYDLLFLGTADGWIHKAVVLGS---GMH--IIEETQVFRESQSVENLVISLLQHSLYVGA
        ::..::::  : . :.: ...   .:.  ..:: :.:..:. . :. .:: :..::.:.
CCDS34 -YDVMFLGTDIGTVLKVVSISKEKWNMEEVVLEELQIFKHSSIILNMELSLKQQQLYIGS
            470       480       490       500       510       520  

        500       510        520       530       540       550     
pF1KA1 PSGVIQLPLSSCSRY-RSCYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTIANRSQGSRTALIQDI
        .:..:: :  :. : ..: :: :::::::.::   .::   .  :  :.  : :  ::.
CCDS34 RDGLVQLSLHRCDTYGKACADCCLARDPYCAWDG--NAC---SRYAPTSK--RRARRQDV
            530       540       550            560         570     

           560       570         580       590       600           
pF1KA1 ERGN--RGCESSRDTGPPPPLKTRSV--LRGDDVLLPCDQPSNLARALWLL--NGSMGLS
       . :.    : . .:.        . .  .. ....: :   :. :   : .  .:.    
CCDS34 KYGDPITQCWDIEDSISHETADEKVIFGIEFNSTFLECIPKSQQATIKWYIQRSGDEHRE
         580       590       600       610       620       630     

     610       620         630       640       650       660       
pF1KA1 DGQGGYRVGVD--GLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRTLLASYSLTVRPATPAPAPKAP
       . .   :.     :::. . : . :: : : :.:. .   ... .:.:            
CCDS34 ELKPDERIIKTEYGLLIRSLQKKDSGMYYCKAQEHTFIHTIVKLTLNVIENEQMENTQRA
         640       650       660       670       680       690     

       670       680       690       700       710       720       
pF1KA1 ATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACLREGRRGRRRKYSLGRASRAGG
                                                                   
CCDS34 EHEEGKVKDLLAESRLRYKDYIQILSSPNFSLDQYCEQMWHREKRRQRNKGGPKWKHMQE
         700       710       720       730       740       750     

>>CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2              (770 aa)
 initn: 754 init1: 482 opt: 1158  Z-score: 795.7  bits: 158.1 E(32554): 5.3e-38
Smith-Waterman score: 1309; 34.5% identity (57.6% similar) in 802 aa overlap (8-788:23-763)

                              10        20        30        40     
pF1KA1                MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSG
                             :::..:.     ::   :  :   ..:: ..:  : ..
CCDS19 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLS-----GPVSGRVPR---SVPRTSLPISEADS
               10        20             30           40        50  

            50        60        70        80        90       100   
pF1KA1 --TRHFKGQAQNYSTLLLEEASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSK
         ::    .. :::.::.. ::  : :::: ..:.::    :.   ..: : .    ...
CCDS19 CLTRFAVPHTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERP-RRIDWMVPEAHRQN
             60        70        80        90        100       110 

           110       120       130       140       150       160   
pF1KA1 CHQKGKNNQTECFNHVRFLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKC
       :..:::. . :: : :..:   :..:: .::: ::.: :..::.  :     .: :. ::
CCDS19 CRKKGKK-EDECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKC
              120       130       140       150       160       170

           170       180       190          200       210       220
pF1KA1 PYDPARGFTGLIIDGGLYTATRYEFRSI-PDIRRS--RHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVF
       :..::.  ....  : ::.::  .. .  : : :.  :    .::.  :  :::   :: 
CCDS19 PFEPAQRSAAVMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLP-SWLNAPAFVA
              180       190       200       210        220         

              230       240       250       260       270       280
pF1KA1 SVLVRESKASAVGDDDKVYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKIL
       .: .  .. .    ::..:.::::      : .: .:    .: :::::: :::::.: :
CCDS19 AVALSPAEWGDEDGDDEIYFFFTET-----SRAF-DSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTL
     230       240       250             260       270       280   

              290           300       310        320       330     
pF1KA1 QKKWTSFLKARLICHIPLY----ETLRGVCSLDAETSSRTH-FYAAFTLSTQWKTLEASA
       :..::.:::: :.:  : .     .:. :  :  : .. :  ::. :  :.::.    ::
CCDS19 QQRWTTFLKADLLCPGPEHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIF--SSQWEGATISA
           290       300       310       320       330         340 

         340       350        360       370       380       390    
pF1KA1 ICRYDLAEIQAVFAGPYMEYQ-DGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLP
       .: .   .:..:. ::. : . : .:     .. ::.:::: :::.... . ..:: .::
CCDS19 VCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLP
             350       360       370       380       390       400 

          400       410       420       430       440       450    
pF1KA1 SLVLDFVKLHPLMARPVVPTRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGW
       . :: :.. :::: ::: :. :.:::.  .  : ....  ::. .:  ::.:.::: :: 
CCDS19 DRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGH
             410       420       430       440       450       460 

          460       470       480       490        500       510   
pF1KA1 IHKAVVLGSGMHIIEETQVFRESQSVENLVISLLQHS-LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRS
       .:.:: .:. . ..:.  .: : : :::.    : :: : ::. . : :.  ..:.: .:
CCDS19 LHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQPVENMK---LYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQS
             470       480       490          500       510        

           520       530       540       550       560       570   
pF1KA1 CYDCILARDPYCGWDPGTHACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPP
       : .::::.:: :.:.     :.:         : . .:.:::: .. .    .. :  : 
CCDS19 CSECILAQDPVCAWSFRLDECVA-------HAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPV
      520       530       540              550       560       570 

           580       590       600        610       620       630  
pF1KA1 LKTRSVLRGDDVLLPCDQPSNLARALWLL-NGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHS
       .    :  .  :.:::.  :  :  .:   .:  .:.  . : .:     .::   :   
CCDS19 VFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGVTALTPRRDGLEV-----VVT---PGAM
             580       590       600       610               620   

            640       650       660       670       680       690  
pF1KA1 GNYGCYAEENGLRTLLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGL
       : :.:  .:.:   ..:.:::.   ..   ::.   : :: ::              : .
CCDS19 GAYACECQEGGAAHVVAAYSLVW--GSQRDAPSRAHTVGAGLA--------------GFF
           630       640         650       660                     

            700       710       720          730       740         
pF1KA1 CLILASSLLYVACLREGRRGRRRKYSLGRASRAG---GSAVQLQTVSGQCPGEEDEGDDE
         :::.::  .   :  :. :::.  :   ...:   :.  .  :  .: :   .  :..
CCDS19 LGILAASLTLILIGR--RQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPSPEDER
       670       680         690       700       710       720     

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pF1KA1 GAGGL--EGSCLQIIPGEGAPAPP---PPPPPPPPAELTNGLVALPSRLRRMNGNSYVLL
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CCDS77 HW                                                          
                                                                   




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