Result of FASTA (ccds) for pF1KA0291
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0291, 1011 aa
  1>>>pF1KA0291 1011 - 1011 aa - 1011 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3038+/-0.00119; mu= 0.3984+/- 0.071
 mean_var=354.3670+/-77.791, 0's: 0 Z-trim(112.5): 132  B-trim: 746 in 2/50
 Lambda= 0.068131
 statistics sampled from 13142 (13259) to 13142 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.407), width:  16
 Scan time:  4.180

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5570.1 CLIP2 gene_id:7461|Hs108|chr7           (1011) 6446 648.6 1.8e-185
CCDS5569.1 CLIP2 gene_id:7461|Hs108|chr7           (1046) 3549 363.9 9.8e-100
CCDS9233.1 CLIP1 gene_id:6249|Hs108|chr12          (1392) 2016 213.3 2.7e-54
CCDS58285.1 CLIP1 gene_id:6249|Hs108|chr12         (1438) 1549 167.5 1.8e-40
CCDS9232.1 CLIP1 gene_id:6249|Hs108|chr12          (1427) 1542 166.8   3e-40


>>CCDS5570.1 CLIP2 gene_id:7461|Hs108|chr7                (1011 aa)
 initn: 6446 init1: 6446 opt: 6446  Z-score: 3443.2  bits: 648.6 E(32554): 1.8e-185
Smith-Waterman score: 6446; 99.9% identity (99.9% similar) in 1011 aa overlap (1-1011:1-1011)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 PEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 DGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 TSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 TDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHKVIRIGFPSTSPAKAKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHKVIRIGFPSTSPAKAKK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARKISGTTALQEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARKISGTTALQEA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 LKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLELTTVAEKSRVLQLEEELTLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLELTTVAEKSRVLQLEEELTLR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 RGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAAEILRLRERLLSASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAAEILRLRERLLSASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 AEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 NSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 LAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA0 ISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDIS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA0 EETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVTALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVTALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA0 RLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVH
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA0 KAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDPSSAPELLRLQHQLMSTED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS55 KAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDRSSAPELLRLQHQLMSTED
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010 
pF1KA0 ALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH
              970       980       990      1000      1010 

>>CCDS5569.1 CLIP2 gene_id:7461|Hs108|chr7                (1046 aa)
 initn: 3479 init1: 3479 opt: 3549  Z-score: 1904.0  bits: 363.9 E(32554): 9.8e-100
Smith-Waterman score: 6346; 96.5% identity (96.5% similar) in 1043 aa overlap (4-1011:4-1046)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAA
          :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 PEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 DGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 TSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 TDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHKVIRIGFPSTSPAKAKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHKVIRIGFPSTSPAKAKK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARKISGTTALQEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARKISGTTALQEA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 LKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460                    
pF1KA0 VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLE--------------------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                    
CCDS55 VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLETQTQLEHARIGELEQSLLLE
              430       440       450       460       470       480

                             470       480       490       500     
pF1KA0 ---------------LTTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAA
                      :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KAQAERLLRELADNRLTTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAA
              490       500       510       520       530       540

         510       520       530       540       550       560     
pF1KA0 EILRLRERLLSASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EILRLRERLLSASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQ
              550       560       570       580       590       600

         570       580       590       600       610       620     
pF1KA0 QATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEH
              610       620       630       640       650       660

         630       640       650       660       670       680     
pF1KA0 QLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQE
              670       680       690       700       710       720

         690       700       710       720       730       740     
pF1KA0 AQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEV
              730       740       750       760       770       780

         750       760       770       780       790       800     
pF1KA0 ESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVT
              790       800       810       820       830       840

         810       820       830       840       850       860     
pF1KA0 ALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQ
              850       860       870       880       890       900

         870       880       890       900       910       920     
pF1KA0 ELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGL
              910       920       930       940       950       960

         930       940       950       960       970       980     
pF1KA0 DKEKSLSDQRRYSLIDPSSAPELLRLQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDK
       :::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DKEKSLSDQRRYSLIDRSSAPELLRLQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDK
              970       980       990      1000      1010      1020

         990      1000      1010 
pF1KA0 AQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH
       ::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH
             1030      1040      

>>CCDS9233.1 CLIP1 gene_id:6249|Hs108|chr12               (1392 aa)
 initn: 2176 init1: 814 opt: 2016  Z-score: 1088.1  bits: 213.3 E(32554): 2.7e-54
Smith-Waterman score: 2578; 43.7% identity (70.8% similar) in 1060 aa overlap (1-987:3-1037)

                 10        20        30        40        50        
pF1KA0   MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAA
         : :::::: : .  : .:   .: :      :.::   :  :  .: :: :::     
CCDS92 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPT------AVVAPVEKTISS-EKASSTPSS-----
               10        20              30         40             

       60        70        80        90       100       110        
pF1KA0 AAPEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVG
                  :. ..:. :: ::::::::: ::: .:.:::::::::::::.:::.:.:
CCDS92 -----------ETQEEFVDDFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIG
                  50        60        70        80        90       

      120       130       140       150       160          170     
pF1KA0 KNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQN---LSLHSGT
       ::::.:.:::::.:  :.:::::::::::.  ::  ..  ... .  : .    :  : .
CCDS92 KNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQTTPASRATSPLCTSTASMV
       100       110       120       130       140       150       

         180       190                  200       210       220    
pF1KA0 ATPPLTSRVIPLRESV-----------LNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDR
       .. : :   :: . :            ... .::..:: ::::..::.:.::..:..:::
CCDS92 SSSPSTPSNIPQKPSQPAAKEPSATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDR
       160       170       180       190       200       210       

          230       240       250       260       270       280    
pF1KA0 VLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHK
       :::::::.::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::::.::
CCDS92 VLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHK
       220       230       240       250       260       270       

          290       300          310       320       330       340 
pF1KA0 VIRIGFPSTSPAKAKKT--KR-MAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLT
       : .::::::.::::: .  .: ::   ..: .:::.::.::.:::::::..::::.::::
CCDS92 VTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLT
       280       290       300       310       320       330       

             350       360       370       380       390       400 
pF1KA0 ETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:.:: . 
CCDS92 ETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARD
       340       350       360       370       380       390       

             410       420       430       440       450       460 
pF1KA0 QHEQYVAEAEEKLQRARLLVESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLEL
        :.:.: : : :... : .::.. .:::.: ::::::.:::::::::::::::::::::.
CCDS92 GHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAADREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEV
       400       410       420       430       440       450       

             470       480       490       500            510      
pF1KA0 TTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAA-----EILRLRERLLS
       .::.::::...::..:.::  :. ::..  :.:. :  :  : .     ::  :.:.:  
CCDS92 ATVSEKSRIMELEKDLALRVQEVAELRR-RLESNKPAGD-VDMSLSLLQEISSLQEKLEV
       460       470       480        490        500       510     

        520       530       540       550       560       570      
pF1KA0 ASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMD
       .  .::::   :....    ...: :.  : .:.:: ..:  .::.:...:..::  .. 
CCDS92 TRTDHQREITSLKEHFGAREETHQKEIKALYTATEKLSKENESLKSKLEHANKENSDVIA
         520       530       540       550       560       570     

        580       590       600       610       620       630      
pF1KA0 NWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKH
        :::::..  ..::...:.::.....: :..  :..:::. .: .....: :. ::: ..
CCDS92 LWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIENLQNQQ
         580       590       600       610       620       630     

        640       650       660       670       680       690      
pF1KA0 DLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELR
       : : : :.:: :::: ::... .:  .  .  :..:.   .:: .:.... .. ..::..
CCDS92 DSERAAHAKEMEALRAKLMKVIKEKENSLEAIRSKLDKAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIK
         640       650       660       670       680       690     

        700       710       720       730       740       750      
pF1KA0 VHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEVESLREKLLVAE
       :.::: :...   :...:. .  :.. .:.:.:: . :..: ..::.:...::..: .::
CCDS92 VKELEVLQAKCNEQTKVIDNFTSQLKATEEKLLDLDALRKASSEGKSEMKKLRQQLEAAE
         700       710       720       730       740       750     

        760                                     770                
pF1KA0 NRLQAVE----ALCS--------------------------SQHTHMIESN---------
       .... .:    :  :                          ::  . .:..         
CCDS92 KQIKHLEIEKNAESSKASSITRELQGRELKLTNLQENLSEVSQVKETLEKELQILKEKFA
         760       770       780       790       800       810     

       780       790       800       810       820       830       
pF1KA0 DISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVTALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLK
       . :::.. ......   .::...... . :.:. : :: ... .:.: .  ... . :.:
CCDS92 EASEEAVSVQRSMQETVNKLHQKEEQFNMLSSDLEKLRENLADMEAKFREKDEREEQLIK
         820       830       840       850       860       870     

       840       850       860       870       880       890       
pF1KA0 EKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSR
        :..:: ..  . . . : :.::. ...::  :::...::.. : .::...   ....  
CCDS92 AKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERDVEELQLKLTKANENASFLQKSIED
         880       890       900       910       920       930     

       900         910       920       930             940         
pF1KA0 EVHKAEWRIKE--QKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQR------RYSLIDPSSAP---
        . :::   .:  .: ... . :..::. :.:.   : ..      ::      .     
CCDS92 MTVKAEQSQQEAAKKHEEEKKELERKLSDLEKKMETSHNQCQELKARYERATSETKTKHE
         940       950       960       970       980       990     

        950        960       970       980       990      1000     
pF1KA0 ELLR-LQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQ
       :.:. ::. :..::: :. : .. . . . .: .:.  :::.                  
CCDS92 EILQNLQKTLLDTEDKLKGAREENSGLLQELEELRKQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKE
        1000      1010      1020      1030      1040      1050     

        1010                                                       
pF1KA0 KQEDKH                                                      
                                                                   
CCDS92 KTETLASLEDTKQTNAKLQNELDTLKENNLKNVEELNKSKELLTVENQKMEEFRKEIETL
        1060      1070      1080      1090      1100      1110     

>>CCDS58285.1 CLIP1 gene_id:6249|Hs108|chr12              (1438 aa)
 initn: 2021 init1: 715 opt: 1549  Z-score: 839.9  bits: 167.5 E(32554): 1.8e-40
Smith-Waterman score: 2426; 42.8% identity (68.7% similar) in 1041 aa overlap (1-932:3-1018)

                 10        20        30        40        50        
pF1KA0   MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAA
         : :::::: : .  : .:   .: :      :.::   :  :  .: :: :::     
CCDS58 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPT------AVVAPVEKTISS-EKASSTPSS-----
               10        20              30         40             

       60        70        80        90       100       110        
pF1KA0 AAPEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVG
                  :. ..:. :: ::::::::: ::: .:.:::::::::::::.:::.:.:
CCDS58 -----------ETQEEFVDDFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIG
                  50        60        70        80        90       

      120       130       140       150       160          170     
pF1KA0 KNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQN---LSLHSGT
       ::::.:.:::::.:  :.:::::::::::.  ::  ..  ... .  : .    :  : .
CCDS58 KNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQTTPASRATSPLCTSTASMV
       100       110       120       130       140       150       

         180       190                  200       210       220    
pF1KA0 ATPPLTSRVIPLRESV-----------LNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDR
       .. : :   :: . :            ... .::..:: ::::..::.:.::..:..:::
CCDS58 SSSPSTPSNIPQKPSQPAAKEPSATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDR
       160       170       180       190       200       210       

          230       240       250       260       270       280    
pF1KA0 VLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIHK
       :::::::.::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::::.::
CCDS58 VLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHK
       220       230       240       250       260       270       

          290       300          310       320       330       340 
pF1KA0 VIRIGFPSTSPAKAKKT--KR-MAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLT
       : .::::::.::::: .  .: ::   ..: .:::.::.::.:::::::..::::.::::
CCDS58 VTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLT
       280       290       300       310       320       330       

             350       360       370       380       390       400 
pF1KA0 ETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:.:: . 
CCDS58 ETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARD
       340       350       360       370       380       390       

             410       420       430       440       450       460 
pF1KA0 QHEQYVAEAEEKLQRARLLVESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLE-
        :.:.: : : :... : .::.. .:::.: ::::::.::::::::::::::::::::: 
CCDS58 GHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAADREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEQ
       400       410       420       430       440       450       

                                                           470     
pF1KA0 ---------------------------------------------LTTVAEKSRVLQLEE
                                                    ..::.::::...::.
CCDS58 KSQISEDPENTQTKLEHARIKELEQSLLFEKTKADKLQRELEDTRVATVSEKSRIMELEK
       460       470       480       490       500       510       

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pF1KA0 ELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAA-----EILRLRERLLSASKEHQRESGVLRD
       .:.::  :. ::..  :.:. :  :  : .     ::  :.:.:  .  .::::   :..
CCDS58 DLALRVQEVAELRR-RLESNKPAGD-VDMSLSLLQEISSLQEKLEVTRTDHQREITSLKE
       520       530        540        550       560       570     

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pF1KA0 KYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQ
       ..    ...: :.  : .:.:: ..:  .::.:...:..::  ..  :::::..  ..::
CCDS58 HFGAREETHQKEIKALYTATEKLSKENESLKSKLEHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQ
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pF1KA0 KSLEDLKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEAL
       ...:.::.....: :..  :..:::. .: .....: :. ::: ..: : : :.:: :::
CCDS58 QAMEELKVSFSKGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIENLQNQQDSERAAHAKEMEAL
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pF1KA0 REKLQEAQEELAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQ
       : ::... .:  .  .  :..:.   .:: .:.... .. ..::..:.::: :...   :
CCDS58 RAKLMKVIKEKENSLEAIRSKLDKAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKVKELEVLQAKCNEQ
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pF1KA0 AQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVE----ALC
       ...:. .  :.. .:.:.:: . :..: ..::.:...::..: .::.... .:    :  
CCDS58 TKVIDNFTSQLKATEEKLLDLDALRKASSEGKSEMKKLRQQLEAAEKQIKHLEIEKNAES
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pF1KA0 S--------------------------SQHTHMIESN---------DISEETIRTKETVE
       :                          ::  . .:..         . :::.. ......
CCDS58 SKASSITRELQGRELKLTNLQENLSEVSQVKETLEKELQILKEKFAEASEEAVSVQRSMQ
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pF1KA0 GLQDKLNKRDKEVTALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSR
          .::...... . :.:. : :: ... .:.: .  ... . :.: :..:: ..  . .
CCDS58 ETVNKLHQKEEQFNMLSSDLEKLRENLADMEAKFREKDEREEQLIKAKEKLENDIAEIMK
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pF1KA0 KTHDASGQLVLISQELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKE--Q
        . : :.::. ...::  :::...::.. : .::...   ....   . :::   .:  .
CCDS58 MSGDNSSQLTKMNDELRLKERDVEELQLKLTKANENASFLQKSIEDMTVKAEQSQQEAAK
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pF1KA0 KLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDPSSAPELLRLQHQLMSTEDALRDALDQA
       : ... . :..::. :.:.   :                                     
CCDS58 KHEEEKKELERKLSDLEKKMETSHNQCQELKARYERATSETKTKHEEILQNLQKTLLDTE
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         : :::::: : .  : .:   .: :      :.::   :  :  .: :: :::     
CCDS92 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPT------AVVAPVEKTISS-EKASSTPSS-----
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       ::::.:.:::::.:  :.:::::::::::.  ::  ..  ... .  : .    :  : .
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       :::::::.::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::::.::
CCDS92 VLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHK
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       : .::::::.::::: .  .: ::   ..: .:::.::.::.:::::::..::::.::::
CCDS92 VTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLT
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. :.:.:.:: . 
CCDS92 ETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARD
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        :.:.: : : :... : .::.. .:::.: ::::::.::::::::::::::::::::: 
CCDS92 GHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAADREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLET
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CCDS92 QTKLEHARIKELEQSLLFEKTKADKLQRELEDTRVATVSEKSRIMELEKDLALRVQEVAE
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pF1KA0 LQQCLLHSGPPPPDHPDAA-----EILRLRERLLSASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQA
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CCDS92 LRR-RLESNKPAGD-VDMSLSLLQEISSLQEKLEVTRTDHQREITSLKEHFGAREETHQK
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pF1KA0 EVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATLN
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CCDS92 EIKALYTATEKLSKENESLKSKLEHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFS
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pF1KA0 SGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEEL
       .: :..  :..:::. .: .....: :. ::: ..: : : :.:: :::: ::... .: 
CCDS92 KGLGTETAEFAELKTQIEKMRLDYQHEIENLQNQQDSERAAHAKEMEALRAKLMKVIKEK
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CCDS92 ENSLEAIRSKLDKAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKVKELEVLQAKCNEQTKVIDNFTSQL
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pF1KA0 SLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVE----ALCS----------
       . .:.:.:: . :..: ..::.:...::..: .::.... .:    :  :          
CCDS92 KATEEKLLDLDALRKASSEGKSEMKKLRQQLEAAEKQIKHLEIEKNAESSKASSITRELQ
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CCDS92 GRELKLTNLQENLSEVSQVKETLEKELQILKEKFAEASEEAVSVQRSMQETVNKLHQKEE
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CCDS92 QFNMLSSDLEKLRENLADMEAKFREKDEREEQLIKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTK
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CCDS92 KLSDLEKKMETSHNQCQELKARYERATSETKTKHEEILQNLQKTLLDTEDKLKGAREENS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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