seq1 = pF1KA0188.tfa, 2670 bp
seq2 = pF1KA0188/gi568815596f_11665542.tfa (gi568815596f:11665542_11924788), 259247 bp

>pF1KA0188 2670
>gi568815596f:11665542_11924788 (Chr2)

1-192  (100001-100192)   100% ->
193-288  (102222-102317)   100% ->
289-596  (105831-106138)   100% ->
597-722  (108079-108204)   100% ->
723-849  (113978-114104)   100% ->
850-1156  (116660-116966)   100% ->
1157-1250  (118288-118381)   100% ->
1251-1441  (119345-119535)   100% ->
1442-1535  (121533-121626)   100% ->
1536-1605  (122846-122915)   100% ->
1606-1698  (126373-126465)   100% ->
1699-1778  (129867-129946)   100% ->
1779-1905  (137366-137492)   100% ->
1906-2054  (138882-139030)   100% ->
2055-2141  (139529-139615)   100% ->
2142-2294  (149547-149699)   100% ->
2295-2409  (153943-154057)   100% ->
2410-2513  (154870-154973)   100% ->
2514-2670  (159091-159247)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTACGTGGGGCAGTTAGCCGGCCAGGTGTTTGTCACCGTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTACGTGGGGCAGTTAGCCGGCCAGGTGTTTGTCACCGTGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTACAAGGGGCTGAATCCCGCCACACTCTCAGGGTGCATTGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTACAAGGGGCTGAATCCCGCCACACTCTCAGGGTGCATTGACATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTCATCCGCCAGCCCAATGGAAACCTCCAATGCTCCCCTTTCCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTCATCCGCCAGCCCAATGGAAACCTCCAATGCTCCCCTTTCCACGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTTGGGAAGATGGGGGTCCTGCGCTCCCGAGAGAAAGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 CGCTTTGGGAAGATGGGGGTCCTGCGCTCCCGAGAGAAAGTGGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  GTTGACATAGAAATCAATGGGGAATCTGTGGATTTGCATATGAAATTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102221 GGTTGACATAGAAATCAATGGGGAATCTGTGGATTTGCATATGAAATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGATAATGGAGAAGCATTTTTTGTTCAAGAAACAGATAATGATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102271 GAGATAATGGAGAAGCATTTTTTGTTCAAGAAACAGATAATGATCAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GAAGTTATCCCTATGCACCTGGCCACCTCCCCCATCCTGTCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102321 ...TAGGAAGTTATCCCTATGCACCTGGCCACCTCCCCCATCCTGTCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGAGCTTCGAGAATGGAATGCCAGCTGAAAAGGGGCTCTGTGGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105875 AGGAGCTTCGAGAATGGAATGCCAGCTGAAAAGGGGCTCTGTGGACAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGAGGCCTGGACCCCAGCACGCCAGCCCAAGTGATCGCTCCCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105925 TGAGAGGCCTGGACCCCAGCACGCCAGCCCAAGTGATCGCTCCCAGCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACGCCGTCAAGCAGCTCTGTAGTAAAGAAGAGAAGAAAAAGGAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105975 ACGCCGTCAAGCAGCTCTGTAGTAAAGAAGAGAAGAAAAAGGAGGAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCACAGCTGGACAGCCTGAAGAGAGATGACAACATGAACACATCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106025 GTCACAGCTGGACAGCCTGAAGAGAGATGACAACATGAACACATCTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGAGGACATGTTCCCCATCGAGATGAGCTCGGATGAGGCCATGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106075 ATGAGGACATGTTCCCCATCGAGATGAGCTCGGATGAGGCCATGGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAGAGCAGCAG         AACTCTTCCTAATGATATACCTCCATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106125 CTGGAGAGCAGCAGGTA...CAGAACTCTTCCTAATGATATACCTCCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAAGATGATATTCCTGAGGAAAACCTCTCCCTGGCTGTGATTTACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108106 CCAAGATGATATTCCTGAGGAAAACCTCTCCCTGGCTGTGATTTACCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGTCAGCCTCATACCCTAATTCGGATAGAGAGTGGTCACCCACTCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108156 AGTCAGCCTCATACCCTAATTCGGATAGAGAGTGGTCACCCACTCCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723         TCCTTCCGGTTCCCGACCTTCAACACCTAAAAGTGATTCAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108206 TA...AAGTCCTTCCGGTTCCCGACCTTCAACACCTAAAAGTGATTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATTGGTCAGCAAGTCCACGGAAAGGACAGGGCAGAAGAACCCAGAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114020 ATTGGTCAGCAAGTCCACGGAAAGGACAGGGCAGAAGAACCCAGAAATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTTGGCTGTGGGGAGAGCTGCCGCAGGCTGCTAAG         TCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114070 TTTGGCTGTGGGGAGAGCTGCCGCAGGCTGCTAAGGTG...TAGTCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTCCACACAAGATGAAAGAGTCCAGCCCATTGAGCAGTAGAAAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116666 TCTCCACACAAGATGAAAGAGTCCAGCCCATTGAGCAGTAGAAAAATTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGATAAAAGTCACTTTCAGGCCATTCACAGCGAATCTTCAGACACTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116716 TGATAAAAGTCACTTTCAGGCCATTCACAGCGAATCTTCAGACACTTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTGACCAATCGCCAACTCTGGTCGGTGGGGCACTTTTGGACCAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116766 GTGACCAATCGCCAACTCTGGTCGGTGGGGCACTTTTGGACCAGAACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTCAGACAGAAATGCAGTTTGTGAATGAAGAAGACCTGGAGACCTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116816 CCTCAGACAGAAATGCAGTTTGTGAATGAAGAAGACCTGGAGACCTTAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGCAGCAGCGCCACTCTTGCCCATGATCGAGGAGCTCAAACCCCCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116866 AGCAGCAGCGCCACTCTTGCCCATGATCGAGGAGCTCAAACCCCCCTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCAGTGTAGTCCAGACAGCAAACAAGACGGATTCTCCTTCCAGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116916 CCAGTGTAGTCCAGACAGCAAACAAGACGGATTCTCCTTCCAGGAAAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 G         ATAAACGAAGCCGACATCTTGGTGCTGACGGCGTCTACTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116966 GGTA...TAGATAAACGAAGCCGACATCTTGGTGCTGACGGCGTCTACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGATGACCTCACAGACATGGATCCTGAAGTGGCGGCCCTGTATTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118328 GGATGACCTCACAGACATGGATCCTGAAGTGGCGGCCCTGTATTTTCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAAA         CGGAGATCCTTCCGGACTCGCAAAACATGCAAGCGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118378 AAAAGTA...CAGCGGAGATCCTTCCGGACTCGCAAAACATGCAAGCGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACGGAGCCCGGTCAGCCAACCAGTCCCCGCAGTCGGTGGGCAGCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119382 AACGGAGCCCGGTCAGCCAACCAGTCCCCGCAGTCGGTGGGCAGCTCGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CGTGGACAGTGGCGTGGAGAGCACCTCGGACGGGCTGAGGGACCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119432 CGTGGACAGTGGCGTGGAGAGCACCTCGGACGGGCTGAGGGACCTCCCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCATCGCCATCTCCCTCTGCGGGGGCCTCAGCGACCACCGGGAGATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119482 CCATCGCCATCTCCCTCTGCGGGGGCCTCAGCGACCACCGGGAGATCACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAAG         ATGCATTCCTGGAGCAAGCTGTGTCATATCAACAGTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119532 AAAGGTA...CAGATGCATTCCTGGAGCAAGCTGTGTCATATCAACAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGTGGACAACCCCGCTATTATCGATGACCCCAATCTCGTGGTAAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121570 TGTGGACAACCCCGCTATTATCGATGACCCCAATCTCGTGGTAAAGATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GGAGTAA         ATATTATAACTGGACAACAGCAGCACCCCTCCTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121620 GGAGTAAGTA...TAGATATTATAACTGGACAACAGCAGCACCCCTCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CTGGCAATGCAGGCCTTCCAGAAACCTTTGCCAAAG         GCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122880 CTGGCAATGCAGGCCTTCCAGAAACCTTTGCCAAAGGTG...CAGGCCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGTGGAATCTATCATGAGGGATAAAATGCCCAAAAAGGGAGGAAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126378 TGTGGAATCTATCATGAGGGATAAAATGCCCAAAAAGGGAGGAAGATGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GGTTTTCATGGAGGGGAAGAAACACCACAATCAAGGAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126428 GGTTTTCATGGAGGGGAAGAAACACCACAATCAAGGAGGTA...TAGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTAAGCCAGAGCAGTGCTTGGCTGGCAAGGCCCATAGCACCGGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129870 AGTAAGCCAGAGCAGTGCTTGGCTGGCAAGGCCCATAGCACCGGAGAGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ACCGCCGCAGCTCAGCTTGGCCACCAG         GGTAAAGCATGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 129920 ACCGCCGCAGCTCAGCTTGGCCACCAGGTG...CAGGGTAAAGCATGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CATCCTCCAGTGATGAGGAGCGCGCAGCTGCCAAGCCATCAAACGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137380 CATCCTCCAGTGATGAGGAGCGCGCAGCTGCCAAGCCATCAAACGCAGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CACCTCCCTCTTCTGCCTAATGTCAGCTACAAGAAGACTCTCCGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137430 CACCTCCCTCTTCTGCCTAATGTCAGCTACAAGAAGACTCTCCGGCTGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TTCCGAGCAGCTT         AAAAGCTTGAAGTTGAAGAATGGCCCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 137480 TTCCGAGCAGCTTGTG...CAGAAAAGCTTGAAGTTGAAGAATGGCCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ACGACGTGGTTTTCAGTGTCACCACGCAGTACCAAGGCACGTGCCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138910 ACGACGTGGTTTTCAGTGTCACCACGCAGTACCAAGGCACGTGCCGCTGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GAGGGCACCATCTATCTGTGGAACTGGGATGATAAAGTCATCATTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138960 GAGGGCACCATCTATCTGTGGAACTGGGATGATAAAGTCATCATTTCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TATTGATGGGACAATTACCAG         ATCAGATACTCTTGGCCACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 139010 TATTGATGGGACAATTACCAGGTA...TAGATCAGATACTCTTGGCCACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TTTTGCCCACCCTTGGGAAGGATTGGACCCATCAGGGCATCGCTAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139549 TTTTGCCCACCCTTGGGAAGGATTGGACCCATCAGGGCATCGCTAAGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TACCATAAAGTGAGCCA         GAATGGATATAAATTTCTCTACTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 139599 TACCATAAAGTGAGCCAGTG...CAGGAATGGATATAAATTTCTCTACTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TTCTGCCCGTGCCATCGGGATGGCGGACATGACGCGGGGCTACCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149571 TTCTGCCCGTGCCATCGGGATGGCGGACATGACGCGGGGCTACCTGCACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GGGTCAACGAGAGGGGCACGGTGCTGCCCCAGGGGCCCCTGCTGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149621 GGGTCAACGAGAGGGGCACGGTGCTGCCCCAGGGGCCCCTGCTGCTGAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CCCAGCAGCCTCTTCTCTGCCCTGCACAG         AGAAGTGATTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 149671 CCCAGCAGCCTCTTCTCTGCCCTGCACAGGTA...CAGAGAAGTGATTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AAAGAAGCCAGAAAAGTTTAAAGTCCAGTGTTTGACAGACATCAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153955 AAAGAAGCCAGAAAAGTTTAAAGTCCAGTGTTTGACAGACATCAAAAACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TGTTTTTCCCCAACACAGAACCCTTTTATGCTGCTTTTGGAAACCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154005 TGTTTTTCCCCAACACAGAACCCTTTTATGCTGCTTTTGGAAACCGACCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GCT         GATGTGTATTCATACAAGCAAGTAGGAGTGTCTTTGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154055 GCTGTA...TAGGATGTGTATTCATACAAGCAAGTAGGAGTGTCTTTGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TAGAATATTTACCGTCAACCCTAAAGGAGAGCTGGTACAGGAACATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154908 TAGAATATTTACCGTCAACCCTAAAGGAGAGCTGGTACAGGAACATGCAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 AGACCAACATCTCTTC         GTATGTGAGACTCTGTGAAGTAGTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 154958 AGACCAACATCTCTTCGTG...CAGGTATGTGAGACTCTGTGAAGTAGTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GACCACGTTTTCCCGTTGCTGAAAAGAAGCCATTCTTCAGACTTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159116 GACCACGTTTTCCCGTTGCTGAAAAGAAGCCATTCTTCAGACTTTCCCTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 TTCGGATACCTTCAGTAACTTCACCTTTTGGAGAGAGCCACTGCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159166 TTCGGATACCTTCAGTAACTTCACCTTTTGGAGAGAGCCACTGCCACCTT

   2800     .    :    .    :    .    :
   2639 TTGAAAACCAGGACATTCATTCTGCCTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 159216 TTGAAAACCAGGACATTCATTCTGCCTCAGCG