Result of FASTA (omim) for
pF1KB9392
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9392, 802 aa
1>>>pF1KB9392 802 - 802 aa - 802 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7593+/-0.000439; mu= 15.1320+/- 0.027
mean_var=170.7683+/-37.211, 0's: 0 Z-trim(116.4): 346 B-trim: 14 in 1/50
Lambda= 0.098146
statistics sampled from 27142 (27599) to 27142 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.682), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 11.190
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_690856 (OMIM: 615211) E3 ubiquitin-protein liga ( 802) 5586 804.2 0
XP_011516006 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 579) 4075 590.1 9.4e-168
XP_011516007 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 579) 4075 590.1 9.4e-168
XP_016869743 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 522) 3658 531.0 5.2e-150
XP_016869742 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 729) 3649 529.8 1.6e-149
NP_001276980 (OMIM: 607990) E3 ubiquitin-protein l ( 793) 2118 313.1 3e-84
NP_001276981 (OMIM: 607990) E3 ubiquitin-protein l ( 793) 2118 313.1 3e-84
NP_001041666 (OMIM: 607990) E3 ubiquitin-protein l ( 793) 2118 313.1 3e-84
NP_001276979 (OMIM: 607990) E3 ubiquitin-protein l ( 793) 2118 313.1 3e-84
NP_037414 (OMIM: 607990) E3 ubiquitin-protein liga ( 806) 2118 313.1 3.1e-84
XP_011526244 (OMIM: 607990) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 758) 1213 184.9 1.1e-45
XP_011518539 (OMIM: 611780) PREDICTED: PHD and RIN (1609) 218 44.4 0.0047
NP_001273512 (OMIM: 611780) PHD and RING finger do (1645) 218 44.4 0.0048
XP_005253084 (OMIM: 611780) PREDICTED: PHD and RIN (1646) 218 44.4 0.0048
NP_001273511 (OMIM: 611780) PHD and RING finger do (1647) 218 44.4 0.0048
XP_011518538 (OMIM: 611780) PREDICTED: PHD and RIN (1647) 218 44.4 0.0048
NP_065952 (OMIM: 611780) PHD and RING finger domai (1648) 218 44.4 0.0048
XP_005253082 (OMIM: 611780) PREDICTED: PHD and RIN (1648) 218 44.4 0.0048
NP_001273510 (OMIM: 611780) PHD and RING finger do (1649) 218 44.4 0.0048
>>NP_690856 (OMIM: 615211) E3 ubiquitin-protein ligase U (802 aa)
initn: 5586 init1: 5586 opt: 5586 Z-score: 4287.2 bits: 804.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5586; 100.0% identity (100.0% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-802)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MWIQVRTIDGSKTCTIEDVSRKATIEELRERVWALFDVRPECQRLFYRGKQLENGYTLFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 MWIQVRTIDGSKTCTIEDVSRKATIEELRERVWALFDVRPECQRLFYRGKQLENGYTLFD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 YDVGLNDIIQLLVRPDPDHLPGTSTQIEAKPCSNSPPKVKKAPRVGPSNQPSTSARARLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 YDVGLNDIIQLLVRPDPDHLPGTSTQIEAKPCSNSPPKVKKAPRVGPSNQPSTSARARLI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 DPGFGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQSRGKTPLKNGSSCKRTNGNIKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 DPGFGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQSRGKTPLKNGSSCKRTNGNIKH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KSKENTNKLDSVPSTSNSDCVAADEDVIYHIQYDEYPESGTLEMNVKDLRPRARTILKWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 KSKENTNKLDSVPSTSNSDCVAADEDVIYHIQYDEYPESGTLEMNVKDLRPRARTILKWN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 ELNVGDVVMVNYNVESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 ELNVGDVVMVNYNVESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKII
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SVDEIFKIERPGAHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 SVDEIFKIERPGAHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 LCDECNVAYHIYCLNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSAST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 LCDECNVAYHIYCLNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSAST
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 ESRRDWGRGMACVGRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 ESRRDWGRGMACVGRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 RSNDGAYSLVLAGGFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 RSNDGAYSLVLAGGFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 CDAPLDDKIGAESRNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 CDAPLDDKIGAESRNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 HGFLVWRYLLRRDDVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 HGFLVWRYLLRRDDVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 TTKRPISDDDCPSASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 TTKRPISDDDCPSASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 PNFLKKLEQSFMCVCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_690 PNFLKKLEQSFMCVCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYI
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB9 MIPNEILQTLLDLFFPGYSKGR
::::::::::::::::::::::
NP_690 MIPNEILQTLLDLFFPGYSKGR
790 800
>>XP_011516006 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (579 aa)
initn: 4075 init1: 4075 opt: 4075 Z-score: 3132.7 bits: 590.1 E(85289): 9.4e-168
Smith-Waterman score: 4075; 100.0% identity (100.0% similar) in 579 aa overlap (224-802:1-579)
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 STSNSDCVAADEDVIYHIQYDEYPESGTLEMNVKDLRPRARTILKWNELNVGDVVMVNYN
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MNVKDLRPRARTILKWNELNVGDVVMVNYN
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 VESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPGA
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 HPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQLLCDECNVAYHIYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQLLCDECNVAYHIYC
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 LNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSASTESRRDWGRGMACV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSASTESRRDWGRGMACV
160 170 180 190 200 210
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 GRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLAG
220 230 240 250 260 270
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 GFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALNCDAPLDDKIGAES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALNCDAPLDDKIGAES
280 290 300 310 320 330
560 570 580 590 600 610
pF1KB9 RNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSSHGFLVWRYLLRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSSHGFLVWRYLLRRD
340 350 360 370 380 390
620 630 640 650 660 670
pF1KB9 DVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSGTTKRPISDDDCPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSGTTKRPISDDDCPS
400 410 420 430 440 450
680 690 700 710 720 730
pF1KB9 ASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPNFLKKLEQSFMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPNFLKKLEQSFMC
460 470 480 490 500 510
740 750 760 770 780 790
pF1KB9 VCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDL
520 530 540 550 560 570
800
pF1KB9 FFPGYSKGR
:::::::::
XP_011 FFPGYSKGR
>>XP_011516007 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (579 aa)
initn: 4075 init1: 4075 opt: 4075 Z-score: 3132.7 bits: 590.1 E(85289): 9.4e-168
Smith-Waterman score: 4075; 100.0% identity (100.0% similar) in 579 aa overlap (224-802:1-579)
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 STSNSDCVAADEDVIYHIQYDEYPESGTLEMNVKDLRPRARTILKWNELNVGDVVMVNYN
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MNVKDLRPRARTILKWNELNVGDVVMVNYN
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 VESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPGA
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 HPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQLLCDECNVAYHIYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQLLCDECNVAYHIYC
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 LNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSASTESRRDWGRGMACV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSASTESRRDWGRGMACV
160 170 180 190 200 210
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 GRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLAG
220 230 240 250 260 270
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 GFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALNCDAPLDDKIGAES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALNCDAPLDDKIGAES
280 290 300 310 320 330
560 570 580 590 600 610
pF1KB9 RNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSSHGFLVWRYLLRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSSHGFLVWRYLLRRD
340 350 360 370 380 390
620 630 640 650 660 670
pF1KB9 DVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSGTTKRPISDDDCPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSGTTKRPISDDDCPS
400 410 420 430 440 450
680 690 700 710 720 730
pF1KB9 ASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPNFLKKLEQSFMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPNFLKKLEQSFMC
460 470 480 490 500 510
740 750 760 770 780 790
pF1KB9 VCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDL
520 530 540 550 560 570
800
pF1KB9 FFPGYSKGR
:::::::::
XP_011 FFPGYSKGR
>>XP_016869743 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (522 aa)
initn: 3649 init1: 3649 opt: 3658 Z-score: 2814.1 bits: 531.0 E(85289): 5.2e-150
Smith-Waterman score: 3658; 99.2% identity (99.6% similar) in 520 aa overlap (283-802:3-522)
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 NVESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPG
:..: ::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLVSVFNLGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPG
10 20 30
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 AHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQLLCDECNVAYHIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQLLCDECNVAYHIY
40 50 60 70 80 90
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 CLNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSASTESRRDWGRGMAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CLNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSASTESRRDWGRGMAC
100 110 120 130 140 150
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 VGRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VGRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLA
160 170 180 190 200 210
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 GGFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALNCDAPLDDKIGAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTLTNMNRALALNCDAPLDDKIGAE
220 230 240 250 260 270
560 570 580 590 600 610
pF1KB9 SRNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSSHGFLVWRYLLRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRNWRAGKPVRVIRSFKGRKISKYAPEEGNRYDGIYKVVKYWPEISSSHGFLVWRYLLRR
280 290 300 310 320 330
620 630 640 650 660 670
pF1KB9 DDVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSGTTKRPISDDDCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DDVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGYPSDKEGKKPKGQSKKQPSGTTKRPISDDDCP
340 350 360 370 380 390
680 690 700 710 720 730
pF1KB9 SASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPNFLKKLEQSFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQQHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPNFLKKLEQSFM
400 410 420 430 440 450
740 750 760 770 780 790
pF1KB9 CVCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CVCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLD
460 470 480 490 500 510
800
pF1KB9 LFFPGYSKGR
::::::::::
XP_016 LFFPGYSKGR
520
>>XP_016869742 (OMIM: 615211) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (729 aa)
initn: 3649 init1: 3649 opt: 3649 Z-score: 2805.5 bits: 529.8 E(85289): 1.6e-149
Smith-Waterman score: 4951; 90.9% identity (90.9% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-729)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MWIQVRTIDGSKTCTIEDVSRKATIEELRERVWALFDVRPECQRLFYRGKQLENGYTLFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MWIQVRTIDGSKTCTIEDVSRKATIEELRERVWALFDVRPECQRLFYRGKQLENGYTLFD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 YDVGLNDIIQLLVRPDPDHLPGTSTQIEAKPCSNSPPKVKKAPRVGPSNQPSTSARARLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YDVGLNDIIQLLVRPDPDHLPGTSTQIEAKPCSNSPPKVKKAPRVGPSNQPSTSARARLI
70 80 90 100 110 120
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pF1KB9 DPGFGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQSRGKTPLKNGSSCKRTNGNIKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DPGFGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQSRGKTPLKNGSSCKRTNGNIKH
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pF1KB9 KSKENTNKLDSVPSTSNSDCVAADEDVIYHIQYDEYPESGTLEMNVKDLRPRARTILKWN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KSKENTNKLDSVPSTSNSDCVAADEDVIYHIQYDE-------------------------
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XP_016 ------------------------------------------------GSEGTLNDCKII
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SVDEIFKIERPGAHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVCGGKHEPNMQL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LCDECNVAYHIYCLNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSKKKAKMPSAST
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ESRRDWGRGMACVGRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGVHRPHVGGIHG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNFLKKLEQSFMCVCCQELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYI
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XP_016 MIPNEILQTLLDLFFPGYSKGR
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:::::::.:: .: :....:: . .::::... :: :.: :::::::::.:.:.::::
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. : : : : .::::::..::.:::.:...:: .:.:
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.::::.:: :::.::::::: . :. .:. . :.. : : : : .. :. :.:..:
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::...:. ::.::::..:.:::::.:::..:: :. :::: :..:.:::: :::::. ::
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::::: ::.. :.::::.::::::::.:::::::::::::::::::. :::::::::.::
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:::::.::::::::::::::::::. :.::.:. ::::::::..:.:::: . : :: :
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:: :::::::: ::..:. :::...::.::::::.:. :: : ::::: :::::::::::
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:::::: ..: ::::::::::::: ::.:::.:: .: ..: : .::: :: ..
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: .. : . ..: : : : :: . . ... .: ..:: ::
NP_001 EKENSKREEEEQQEGGFASPRTGKGKWKRKSAGGGPSRAGSPRRTSKKTKVEPYSLTAQQ
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. ::::: .: :::.:::. : . : ::.:.:..:.:.::::::..:.:: :
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::::::::.:::.::::::::::.:::..: : :. :::.:. .::::..::
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750 760 770 780 790
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:::::::.:: .: :....:: . .::::... :: :.: :::::::::.:.:.::::
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:.: ::: :::::: . :: .. . ... : . . :. : . . :
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pF1KB9 --ARARLIDPG-FGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQSRGKTPLKNGSSC
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. : : : : .::::::..::.:::.:...:: .:.:
NP_001 SST----------------SRP--------ALEEDVIYHVKYDDYPENGVVQMNSRDVRA
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:::::.::..:.::.:::.::: ..: .::::.::::. : .:: .:: ... :: .
NP_001 RARTIIKWQDLEVGQVVMLNYNPDNPKERGFWYDAEISR-KRETRTARELYANVVLG--D
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pF1KB9 GTLNDCKIISVDEIFKIERPG-AHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVC
.::::.:: :::.::::::: . :. .:. . :.. : : : : .. :. :.:..:
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NP_001 GGRQDPDKQLMCDECDMAFHIYCLDPPLSSVPSEDEWYCPECRNDASEVVLAGERLRESK
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pF1KB9 KKAKMPSASTESRRDWGRGMACVGRTRECTIVPSNHYGPIPGIPVGSTWRFRVQVSEAGV
::::: ::.. :.::::.::::::::.:::::::::::::::::::. :::::::::.::
NP_001 KKAKMASATSSSQRDWGKGMACVGRTKECTIVPSNHYGPIPGIPVGTMWRFRVQVSESGV
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pF1KB9 HRPHVGGIHGRSNDGAYSLVLAGGFADEVDRGDEFTYTGSGGKNLAGNKRIGAPSADQTL
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NP_001 HRPHVAGIHGRSNDGAYSLVLAGGYEDDVDHGNFFTYTGSGGRDLSGNKRTAEQSCDQKL
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:: :::::::: ::..:. :::...::.::::::.:. :: : ::::: :::::::::::
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pF1KB9 VKYWPEISSSHGFLVWRYLLRRDDVEPAPWTSEGIERSRRLCLRLQYPAGY-----PSDK
:::::: ..: ::::::::::::: ::.:::.:: .: ..: : .::: :: ..
NP_001 VKYWPEKGKS-GFLVWRYLLRRDDDEPGPWTKEGKDRIKKLGLTMQYPEGYLEALANRER
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pF1KB9 EGKKPKGQSKKQPSGTTKRP---------ISDDDCPSASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQ
: .. : . ..: : : : :: . . ... .: ..:: ::
NP_001 EKENSKREEEEQQEGGFASPRTGKGKWKRKSAGGGPSRAGSPRRTSKKTKVEPYSLTAQQ
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pF1KB9 QHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPN-------FLKKLEQSFMCVCCQELVYQPVTTECF
. ::::: .: :::.:::. : . : ::.:.:..:.:.::::::..:.:: :
NP_001 SSLIREDKSNAKLWNEVLASLKDRPASGSPFQLFLSKVEETFQCICCQELVFRPITTVCQ
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pF1KB9 HNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDLFFPGYSKGR
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NP_001 HNVCKDCLDRSFRAQVFSCPACRYDLGRSYAMQVNQPLQTVLNQLFPGYGNGR
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pF1KB9 MWIQVRTIDGSKTCTIEDVSRKATIEELRERVWALFDVRPECQRLFYRGKQLENGYTLFD
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NP_001 MWIQVRTMDGRQTHTVDSLSRLTKVEELRRKIQELFHVEPGLQRLFYRGKQMEDGHTLFD
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pF1KB9 YDVGLNDIIQLLVRPDPDHLPGTSTQIEAK------PCSNSPPKVKKAPRVGPSNQPSTS
:.: ::: :::::: . :: .. . ... : . . :. : . . :
NP_001 YEVRLNDTIQLLVRQSLV-LPHSTKERDSELSDTDSGCCLGQSESDKSSTHGEAAAETDS
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pF1KB9 --ARARLIDPG-FGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQSRGKTPLKNGSSC
: . : .:.::::: :::::...::::::.. ::: :.: .. :
NP_001 RPADEDMWDETELGLYKVNEYVDARDTNMGAWFEAQVVRVTR--------KAPSRD-EPC
120 130 140 150 160 170
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pF1KB9 KRTNGNIKHKSKENTNKLDSVPSTSNSDCVAADEDVIYHIQYDEYPESGTLEMNVKDLRP
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NP_001 SST----------------SRP--------ALEEDVIYHVKYDDYPENGVVQMNSRDVRA
180 190 200
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pF1KB9 RARTILKWNELNVGDVVMVNYNVESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTKKELRVKIFLGGSE
:::::.::..:.::.:::.::: ..: .::::.::::. : .:: .:: ... :: .
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pF1KB9 GTLNDCKIISVDEIFKIERPG-AHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGDPEKKCHSCSCRVC
.::::.:: :::.::::::: . :. .:. . :.. : : : : .. :. :.:..:
NP_001 DSLNDCRIIFVDEVFKIERPGEGSPM--VDNPMRRKSGPSCKHCKDDVNRLCRVCACHLC
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pF1KB9 GGKHEPNMQLLCDECNVAYHIYCLNPPLDKVPEEEYWYCPSCKTDSSEVVKAGERLKMSK
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::::: ::.. :.::::.::::::::.:::::::::::::::::::. :::::::::.::
NP_001 KKAKMASATSSSQRDWGKGMACVGRTKECTIVPSNHYGPIPGIPVGTMWRFRVQVSESGV
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:::::.::::::::::::::::::. :.::.:. ::::::::..:.:::: . : :: :
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pF1KB9 EGKKPKGQSKKQPSGTTKRP---------ISDDDCPSASKVYKASDSAEAIEAFQLTPQQ
: .. : . ..: : : : :: . . ... .: ..:: ::
NP_001 EKENSKREEEEQQEGGFASPRTGKGKWKRKSAGGGPSRAGSPRRTSKKTKVEPYSLTAQQ
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pF1KB9 QHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPN-------FLKKLEQSFMCVCCQELVYQPVTTECF
. ::::: .: :::.:::. : . : ::.:.:..:.:.::::::..:.:: :
NP_001 SSLIREDKSNAKLWNEVLASLKDRPASGSPFQLFLSKVEETFQCICCQELVFRPITTVCQ
690 700 710 720 730 740
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pF1KB9 HNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDLFFPGYSKGR
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NP_001 HNVCKDCLDRSFRAQVFSCPACRYDLGRSYAMQVNQPLQTVLNQLFPGYGNGR
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:::::::.:: .: :....:: . .::::... :: :.: :::::::::.:.:.::::
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10 20 30 40 50 60
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:.: ::: :::::: . :: .. . ... : . . :. : . . :
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70 80 90 100 110
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. : : : : .::::::..::.:::.:...:: .:.:
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.::::.:: :::.::::::: . :. .:. . :.. : : : : .. :. :.:..:
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:::::.::::::::::::::::::. :.::.:. ::::::::..:.:::: . : :: :
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NP_001 VKYWPEKGKS-GFLVWRYLLRRDDDEPGPWTKEGKDRIKKLGLTMQYPEGYLEALANRER
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: .. : . ..: : : : :: . . ... .: ..:: ::
NP_001 EKENSKREEEEQQEGGFASPRTGKGKWKRKSAGGGPSRAGSPRRTSKKTKVEPYSLTAQQ
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pF1KB9 QHLIREDCQNQKLWDEVLSHLVEGPN-------FLKKLEQSFMCVCCQELVYQPVTTECF
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::::::::.:::.::::::::::.:::..: : :. :::.:. .::::..::
NP_001 HNVCKDCLDRSFRAQVFSCPACRYDLGRSYAMQVNQPLQTVLNQLFPGYGNGR
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>>NP_037414 (OMIM: 607990) E3 ubiquitin-protein ligase U (806 aa)
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Smith-Waterman score: 2977; 53.8% identity (74.4% similar) in 833 aa overlap (1-802:14-806)
10 20 30 40
pF1KB9 MWIQVRTIDGSKTCTIEDVSRKATIEELRERVWALFDVRPECQRLFY
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NP_037 RGKQMEDGHTLFDYEVRLNDTIQLLVRQSLV-LPHSTKERDSELSDTDSGCCLGQSESDK
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pF1KB9 APRVGPSNQPSTS--ARARLIDPG-FGIYKVNELVDARDVGLGAWFEAHIHSVTRASDGQ
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NP_037 SSTHGEAAAETDSRPADEDMWDETELGLYKVNEYVDARDTNMGAWFEAQVVRVTR-----
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:.: .. :. : : : : .::::::..::.:::
NP_037 ---KAPSRD-EPCSST----------------SRP--------ALEEDVIYHVKYDDYPE
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pF1KB9 SGTLEMNVKDLRPRARTILKWNELNVGDVVMVNYNVESPGQRGFWFDAEITTLKTISRTK
.:...:: .:.: :::::.::..:.::.:::.::: ..: .::::.::::. : .::
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pF1KB9 KELRVKIFLGGSEGTLNDCKIISVDEIFKIERPG-AHPLSFADGKFLRRNDPECDLCGGD
.:: ... :: . .::::.:: :::.::::::: . :. .:. . :.. : : : :
NP_037 RELYANVVLG--DDSLNDCRIIFVDEVFKIERPGEGSPM--VDNPMRRKSGPSCKHCKDD
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NP_037 PAEGNRYDGIYKVVKYWPEKGKS-GFLVWRYLLRRDDDEPGPWTKEGKDRIKKLGLTMQY
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NP_037 KTKVEPYSLTAQQSSLIREDKSNAKLWNEVLASLKDRPASGSPFQLFLSKVEETFQCICC
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740 750 760 770 780 790
pF1KB9 QELVYQPVTTECFHNVCKDCLQRSFKAQVFSCPACRHDLGQNYIMIPNEILQTLLDLFFP
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NP_037 QELVFRPITTVCQHNVCKDCLDRSFRAQVFSCPACRYDLGRSYAMQVNQPLQTVLNQLFP
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pF1KB9 GYSKGR
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NP_037 GYGNGR
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]