Result of FASTA (ccds) for pF1KB5520
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5520, 334 aa
  1>>>pF1KB5520 334 - 334 aa - 334 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0233+/-0.000699; mu= 10.7073+/- 0.042
 mean_var=134.7575+/-27.198, 0's: 0 Z-trim(115.2): 56  B-trim: 829 in 1/51
 Lambda= 0.110484
 statistics sampled from 15721 (15777) to 15721 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.485), width:  16
 Scan time:  3.120

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5946.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7         ( 326) 2084 342.6 2.6e-94
CCDS47755.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7        ( 241) 1573 261.1 6.8e-70
CCDS14008.1 DNAJB7 gene_id:150353|Hs108|chr22      ( 309) 1033 175.1 6.7e-44
CCDS3048.1 DNAJB8 gene_id:165721|Hs108|chr3        ( 232)  721 125.2   5e-29
CCDS46519.1 DNAJB2 gene_id:3300|Hs108|chr2         ( 277)  573 101.7 7.3e-22
CCDS2439.1 DNAJB2 gene_id:3300|Hs108|chr2          ( 324)  573 101.8 8.2e-22
CCDS12312.1 DNAJB1 gene_id:3337|Hs108|chr19        ( 340)  420 77.4 1.9e-14
CCDS684.1 DNAJB4 gene_id:11080|Hs108|chr1          ( 337)  413 76.3   4e-14
CCDS35007.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9        ( 348)  394 73.2 3.4e-13
CCDS47959.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9        ( 420)  394 73.3 3.9e-13
CCDS47960.2 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9        ( 462)  394 73.3 4.2e-13
CCDS8227.1 DNAJB13 gene_id:374407|Hs108|chr11      ( 316)  368 69.1 5.5e-12
CCDS6533.1 DNAJA1 gene_id:3301|Hs108|chr9          ( 397)  369 69.3 5.9e-12
CCDS45316.1 DNAJA4 gene_id:55466|Hs108|chr15       ( 397)  346 65.6 7.5e-11
CCDS10299.2 DNAJA4 gene_id:55466|Hs108|chr15       ( 426)  346 65.7 7.9e-11
CCDS5752.1 DNAJB9 gene_id:4189|Hs108|chr7          ( 223)  340 64.5 9.3e-11


>>CCDS5946.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7              (326 aa)
 initn: 2156 init1: 2072 opt: 2084  Z-score: 1806.6  bits: 342.6 E(32554): 2.6e-94
Smith-Waterman score: 2084; 93.8% identity (96.6% similar) in 325 aa overlap (1-324:1-325)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 DFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 GGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDALAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDALAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ERMRRGQNALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPWDPLASAAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 ERMRRGQNALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPWDPLASAAG
              250       260       270       280       290       300

               310       320       330    
pF1KB5 VQREAAVE-QAQSETSLGARGQRGHKPRLGCCVLT
       ... .  . : : : :   .. .:.          
CCDS59 LKEGGKRKKQKQREESKKKKSTKGNH         
              310       320               

>>CCDS47755.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7             (241 aa)
 initn: 1573 init1: 1573 opt: 1573  Z-score: 1368.3  bits: 261.1 E(32554): 6.8e-70
Smith-Waterman score: 1573; 100.0% identity (100.0% similar) in 231 aa overlap (1-231:1-231)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 DFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 GGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDALAE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::         
CCDS47 GGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGKEQLLRLDN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ERMRRGQNALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPWDPLASAAG
                                                                   
CCDS47 K                                                           
                                                                   

>>CCDS14008.1 DNAJB7 gene_id:150353|Hs108|chr22           (309 aa)
 initn: 766 init1: 465 opt: 1033  Z-score: 901.6  bits: 175.1 E(32554): 6.7e-44
Smith-Waterman score: 1033; 64.7% identity (83.9% similar) in 249 aa overlap (1-248:1-243)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
       :::::::::.::.::::::::::.:.:::::::::::::::::::::.:::::::::. .
CCDS14 MVDYYEVLGLQRYASPEDIKKAYHKVALKWHPDKNPENKEEAERKFKEVAEAYEVLSNDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFE
       ::::::::: :::::::   ::::.  :.::::..:::::.:.:  :::::: :::: .:
CCDS14 KRDIYDKYGTEGLNGGG---SHFDDECEYGFTFHKPDDVFKEIFHERDPFSFHFFEDSLE
               70           80        90       100       110       

              130        140       150       160       170         
pF1KB5 DFFGNRRGPR-GSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTS
       :.. :: :   :.:.: .: :::. : .: :   :::.:::.:: ::::: ::::::: .
CCDS14 DLL-NRPGSSYGNRNRDAGYFFSTASEYPIF-EKFSSYDTGYTSQGSLGHEGLTSFSSLA
       120        130       140        150       160       170     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 FGGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDALA
       : .::: :. :..:: :.::::.:.::.:.:. ::: :.:..:.:  . .:.::.....:
CCDS14 FDNSGMDNYISVTTSDKIVNGRNINTKKIIESDQER-EAEDNGELTFFLVNSVANEEGFA
         180       190       200       210        220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB5 EERMRRGQNALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPWDPLASAA
       .:   : :.                                                   
CCDS14 KECSWRTQSFNNYSPNSHSSKHVSQYTFVDNDEGGISWVTSNRDPPIFSAGVKEGGKRKK
          240       250       260       270       280       290    

>>CCDS3048.1 DNAJB8 gene_id:165721|Hs108|chr3             (232 aa)
 initn: 699 init1: 628 opt: 721  Z-score: 634.6  bits: 125.2 E(32554): 5e-29
Smith-Waterman score: 954; 63.1% identity (83.3% similar) in 233 aa overlap (1-231:1-222)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
       :..::::::::  :::::::::::::::.:::::::.::::::.::: :.::::::::.:
CCDS30 MANYYEVLGVQASASPEDIKKAYRKLALRWHPDKNPDNKEEAEKKFKLVSEAYEVLSDSK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFE
       ::..::. : ..  .:::... . :::. :.:::::.:.::::::: :::::.:...:  
CCDS30 KRSLYDRAGCDSWRAGGGASTPYHSPFDTGYTFRNPEDIFREFFGGLDPFSFEFWDSP--
               70        80        90       100       110          

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 DFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSF
         :.. :: ::   ::  .: ..:. ::.:  .::::.     .:  : :. :.::::::
CCDS30 --FNSDRGGRGHGLRG--AFSAGFGEFPAFMEAFSSFNM----LGCSG-GSHTTFSSTSF
        120       130         140       150            160         

                190       200       210       220       230        
pF1KB5 GGSGMGN--FKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDAL
       :::. :.  :::. .::.:.::.:.:::::::::::::::::::::::.:.::       
CCDS30 GGSSSGSSGFKSVMSSTEMINGHKVTTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSVTVNGKEQLKWM
     170       180       190       200       210       220         

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB5 AEERMRRGQNALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPWDPLASA
                                                                   
CCDS30 DSK                                                         
     230                                                           

>>CCDS46519.1 DNAJB2 gene_id:3300|Hs108|chr2              (277 aa)
 initn: 778 init1: 392 opt: 573  Z-score: 506.0  bits: 101.7 E(32554): 7.3e-22
Smith-Waterman score: 810; 51.5% identity (69.8% similar) in 291 aa overlap (1-283:1-256)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
       :..:::.: : : :: .:::::::. ::.:::::::.::: ::.:::.:::::::::: .
CCDS46 MASYYEILDVPRSASADDIKKAYRRKALQWHPDKNPDNKEFAEKKFKEVAEAYEVLSDKH
               10        20        30        40        50        60

               70        80            90       100       110      
pF1KB5 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDS----PFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFE
       ::.:::.::.:::.: : : :. ..    :  : ::::.:..:::::::. :::. ..:.
CCDS46 KREIYDRYGREGLTGTGTGPSRAEAGSGGP-GFTFTFRSPEEVFREFFGSGDPFA-ELFD
               70        80        90        100       110         

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB5 D--PFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTS
       :  :: ..  . ::     :: .: ::.  :.::                   ::   ..
CCDS46 DLGPFSEL--QNRG-----SRHSGPFFTFSSSFP-------------------GH---SD
      120         130            140                               

          180        190       200       210       220       230   
pF1KB5 FSSTSFGGS-GMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVA
       :::.::. : : : :.:.:::: .:.::.:::.::.:::::::::::::::::.::::: 
CCDS46 FSSSSFSFSPGAGAFRSVSTSTTFVQGRRITTRRIMENGQERVEVEEDGQLKSVTINGVP
     150       160       170       180       190       200         

           240        250       260       270       280       290  
pF1KB5 DDDALAEERMRRGQN-ALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPW
       :: ::. :  :: :. .. .. .: .  . :    :       :::.:  :         
CCDS46 DDLALGLELSRREQQPSVTSRSGGTQVQQTPASCPL----DSDLSEDEDLQLAMAYSLSE
     210       220       230       240           250       260     

            300       310       320       330    
pF1KB5 DPLASAAGVQREAAVEQAQSETSLGARGQRGHKPRLGCCVLT
                                                 
CCDS46 MEAAGKKPADVF                              
         270                                     

>>CCDS2439.1 DNAJB2 gene_id:3300|Hs108|chr2               (324 aa)
 initn: 778 init1: 392 opt: 573  Z-score: 505.1  bits: 101.8 E(32554): 8.2e-22
Smith-Waterman score: 813; 46.9% identity (65.5% similar) in 339 aa overlap (1-321:1-306)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAK
       :..:::.: : : :: .:::::::. ::.:::::::.::: ::.:::.:::::::::: .
CCDS24 MASYYEILDVPRSASADDIKKAYRRKALQWHPDKNPDNKEFAEKKFKEVAEAYEVLSDKH
               10        20        30        40        50        60

               70        80            90       100       110      
pF1KB5 KRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDS----PFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFE
       ::.:::.::.:::.: : : :. ..    :  : ::::.:..:::::::. :::. ..:.
CCDS24 KREIYDRYGREGLTGTGTGPSRAEAGSGGP-GFTFTFRSPEEVFREFFGSGDPFA-ELFD
               70        80        90        100       110         

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB5 D--PFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTS
       :  :: ..  . ::     :: .: ::.  :.::                   ::   ..
CCDS24 DLGPFSEL--QNRG-----SRHSGPFFTFSSSFP-------------------GH---SD
      120         130            140                               

          180        190       200       210       220       230   
pF1KB5 FSSTSFGGS-GMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVA
       :::.::. : : : :.:.:::: .:.::.:::.::.:::::::::::::::::.::::: 
CCDS24 FSSSSFSFSPGAGAFRSVSTSTTFVQGRRITTRRIMENGQERVEVEEDGQLKSVTINGVP
     150       160       170       180       190       200         

           240        250       260                270        280  
pF1KB5 DDDALAEERMRRGQN-ALPAQPAGLRPPKPPRPASL---------LRHA-PHCLSEEEGE
       :: ::. :  :: :. .. .. .: .  . :    :         :. :  . ::: :. 
CCDS24 DDLALGLELSRREQQPSVTSRSGGTQVQQTPASCPLDSDLSEDEDLQLAMAYSLSEMEAA
     210       220       230       240       250       260         

            290       300       310       320       330         
pF1KB5 QDRPRAPGPWDPLASAAGVQREAAVEQAQSETSLGARGQRGHKPRLGCCVLT     
         .:   :  .      :  .    . . . :. ::::.                  
CCDS24 GKKP--AGGREAQHRRQGRPKAQHQDPGLGGTQEGARGEATKRSPSPEEKASRCLIL
     270         280       290       300       310       320    

>>CCDS12312.1 DNAJB1 gene_id:3337|Hs108|chr19             (340 aa)
 initn: 474 init1: 181 opt: 420  Z-score: 373.0  bits: 77.4 E(32554): 1.9e-14
Smith-Waterman score: 443; 47.0% identity (69.5% similar) in 164 aa overlap (3-160:4-147)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDA
          :::..::. : :: :.::.:::. ::..::::: :    ::.:::..::::.:::: 
CCDS12 MGKDYYQTLGLARGASDEEIKRAYRRQALRYHPDKNKEPG--AEEKFKEIAEAYDVLSDP
               10        20        30        40          50        

      60        70             80        90        100       110   
pF1KB5 KKRDIYDKYGKEGL-----NGGGGGGSHFDSPFEFGFTFR-NPDDVFREFFGGRDPFSFD
       .::.:.:.::.:::     .::.:::..  :   :..::. .:  .: ::::::.::   
CCDS12 RKREIFDRYGEEGLKGSGPSGGSGGGANGTS---FSYTFHGDPHAMFAEFFGGRNPF---
       60        70        80           90       100       110     

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB5 FFEDPFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLT
             . :::.: : .:       .. . :::::   .::.. . :             
CCDS12 ------DTFFGQRNGEEGM------DIDDPFSGFPMGMGGFTNVNFGRSRSAQEPARKKQ
                  120             130       140       150       160

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB5 SFSSTSFGGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVA
                                                                   
CCDS12 DPPVTHDLRVSLEEIYSGCTKKMKISHKRLNPDGKSIRNEDKILTIEVKKGWKEGTKITF
              170       180       190       200       210       220

>>CCDS684.1 DNAJB4 gene_id:11080|Hs108|chr1               (337 aa)
 initn: 274 init1: 200 opt: 413  Z-score: 367.0  bits: 76.3 E(32554): 4e-14
Smith-Waterman score: 433; 52.3% identity (69.5% similar) in 151 aa overlap (3-151:4-141)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDA
          ::: .::... :: ::::::::: :::.:::::  .. .::.:::.:::::::::: 
CCDS68 MGKDYYCILGIEKGASDEDIKKAYRKQALKFHPDKN--KSPQAEEKFKEVAEAYEVLSDP
               10        20        30          40        50        

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB5 KKRDIYDKYGKEGLNGGGGGGSHFDSPFEFGFTFRNPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPF
       :::.:::..:.:::.::.:: .   . :.. :   .:  .:  :::: .::         
CCDS68 KKREIYDQFGEEGLKGGAGGTDGQGGTFRYTF-HGDPHATFAAFFGGSNPF---------
       60        70        80        90        100                 

     120        130        140       150       160       170       
pF1KB5 EDFFGNRRGP-RGSRS-RGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSS
       : ::: : :  : :.  .  :. :::: ::   :                          
CCDS68 EIFFGRRMGGGRDSEEMEIDGDPFSAF-GFSMNGYPRDRNSVGPSRLKQDPPVIHELRVS
      110       120       130        140       150       160       

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB5 TSFGGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDA
                                                                   
CCDS68 LEEIYSGCTKRMKISRKRLNADGRSYRSEDKILTIEIKKGWKEGTKITFPREGDETPNSI
       170       180       190       200       210       220       

>>CCDS35007.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9             (348 aa)
 initn: 298 init1: 192 opt: 394  Z-score: 350.4  bits: 73.2 E(32554): 3.4e-13
Smith-Waterman score: 411; 31.5% identity (57.8% similar) in 289 aa overlap (3-281:4-258)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDA
          :::..::.   :. ..:::::::.:::.::::: :   .::.:::..::::.:::: 
CCDS35 MGKDYYKILGIPSGANEDEIKKAYRKMALKYHPDKNKE--PNAEEKFKEIAEAYDVLSDP
               10        20        30          40        50        

      60        70          80        90        100       110      
pF1KB5 KKRDIYDKYGKEGLNGGGG--GGSHFDSPFEFGFTFR-NPDDVFREFFGGRDPFSFDFFE
       ::: .::.::.:::. :::  :::  .    : .::. .:  .:  :::: .::..    
CCDS35 KKRGLYDQYGEEGLKTGGGTSGGSSGS----FHYTFHGDPHATFASFFGGSNPFDI----
       60        70        80            90       100       110    

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB5 DPFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFS
            ::.. :. :             ::::       .  .  : .:: .: .::.   
CCDS35 -----FFASSRSTR------------PFSGFDPDDMDVDEDEDPFGAFGRFGFNGLSR--
                               120       130       140       150   

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB5 STSFGGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENGQERVEVEEDGQLKSLTING--VAD
       .   .   .   .... .  .:.  ... ..: ... .:... .    . :. .:  :  
CCDS35 GPRRAPEPLYPRRKVQ-DPPVVHELRVSLEEIYHGSTKRMKITR----RRLNPDGRTVRT
             160        170       180       190           200      

          240            250       260       270       280         
pF1KB5 DDALAEERMRRGQN-----ALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAP
       .: . .  ..:: .     ..: .  .     :   . .:.  ::   ...:        
CCDS35 EDKILHIVIKRGWKEGTKITFPKEGDATPDNIPADIVFVLKDKPHAHFRRDGTNVLYSAL
        210       220       230       240       250       260      

     290       300       310       320       330                   
pF1KB5 GPWDPLASAAGVQREAAVEQAQSETSLGARGQRGHKPRLGCCVLT               
                                                                   
CCDS35 ISLKEALCGCTVNIPTIDGRVIPLPCNDVIKPGTVKRLRGEGLPFPKVPTQRGDLIVEFK
        270       280       290       300       310       320      

>>CCDS47959.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9             (420 aa)
 initn: 298 init1: 192 opt: 394  Z-score: 349.3  bits: 73.3 E(32554): 3.9e-13
Smith-Waterman score: 411; 31.5% identity (57.8% similar) in 289 aa overlap (3-281:76-330)

                                           10        20        30  
pF1KB5                             MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHP
                                     :::..::.   :. ..:::::::.:::.::
CCDS47 PLKLRAWTLNGFVKFRNKETSAGPVAVMGKDYYKILGIPSGANEDEIKKAYRKMALKYHP
          50        60        70        80        90       100     

             40        50        60        70          80        90
pF1KB5 DKNPENKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAKKRDIYDKYGKEGLNGGGG--GGSHFDSPFEFG
       ::: :   .::.:::..::::.:::: ::: .::.::.:::. :::  :::  .    : 
CCDS47 DKNKE--PNAEEKFKEIAEAYDVLSDPKKRGLYDQYGEEGLKTGGGTSGGSSGS----FH
         110         120       130       140       150             

               100       110       120       130       140         
pF1KB5 FTFR-NPDDVFREFFGGRDPFSFDFFEDPFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPS
       .::. .:  .:  :::: .::..         ::.. :. :             ::::  
CCDS47 YTFHGDPHATFASFFGGSNPFDI---------FFASSRSTR------------PFSGFDP
     160       170       180                190                    

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB5 FGSGFSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSFGGSGMGNFKSISTSTKMVNGRKITTKRIV
            .  .  : .:: .: .::.   .   .   .   .... .  .:.  ... ..: 
CCDS47 DDMDVDEDEDPFGAFGRFGFNGLSR--GPRRAPEPLYPRRKVQ-DPPVVHELRVSLEEIY
      200       210       220         230        240       250     

     210       220       230         240            250       260  
pF1KB5 ENGQERVEVEEDGQLKSLTING--VADDDALAEERMRRGQN-----ALPAQPAGLRPPKP
       ... .:... .    . :. .:  :  .: . .  ..:: .     ..: .  .     :
CCDS47 HGSTKRMKITR----RRLNPDGRTVRTEDKILHIVIKRGWKEGTKITFPKEGDATPDNIP
         260           270       280       290       300       310 

            270       280       290       300       310       320  
pF1KB5 PRPASLLRHAPHCLSEEEGEQDRPRAPGPWDPLASAAGVQREAAVEQAQSETSLGARGQR
          . .:.  ::   ...:                                         
CCDS47 ADIVFVLKDKPHAHFRRDGTNVLYSALISLKEALCGCTVNIPTIDGRVIPLPCNDVIKPG
             320       330       340       350       360       370 




334 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 22:37:33 2016 done: Thu Nov  3 22:37:34 2016
 Total Scan time:  3.120 Total Display time:  0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com