Result of FASTA (omim) for pF1KB4969
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4969, 2224 aa
  1>>>pF1KB4969 2224 - 2224 aa - 2224 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6312+/-0.000625; mu= 3.3729+/- 0.038
 mean_var=230.6538+/-48.942, 0's: 0 Z-trim(111.5): 255  B-trim: 294 in 2/52
 Lambda= 0.084449
 statistics sampled from 19831 (20099) to 19831 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.236), width:  16
 Scan time: 17.070

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_000121 (OMIM: 188055,227400,600880,601367,61230 (2224) 15037 1847.7       0
XP_016856149 (OMIM: 188055,227400,600880,601367,61 (2087) 14106 1734.3       0
NP_000123 (OMIM: 134500,300841,306700) coagulation (2351) 1809 236.1 3.7e-60
NP_001265571 (OMIM: 606018) EGF-like repeat and di ( 470)  924 127.9 2.9e-28
NP_005702 (OMIM: 606018) EGF-like repeat and disco ( 480)  924 127.9 2.9e-28
NP_000087 (OMIM: 117700,604290) ceruloplasmin prec (1065)  928 128.6   4e-28
XP_016861224 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1012)  922 127.8 6.4e-28
XP_006713564 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1065)  922 127.8 6.7e-28
XP_016861223 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1069)  922 127.8 6.7e-28
XP_006713563 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1069)  922 127.8 6.7e-28
XP_006713562 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1090)  922 127.8 6.8e-28
XP_011510737 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1094)  922 127.8 6.8e-28
XP_016885491 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1049)  900 125.1 4.2e-27
XP_016885490 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1050)  900 125.1 4.2e-27
XP_016885487 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1100)  900 125.2 4.4e-27
XP_011529377 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1101)  900 125.2 4.4e-27
NP_001124332 (OMIM: 300167) hephaestin isoform c p (1160)  900 125.2 4.6e-27
XP_006724785 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1161)  900 125.2 4.6e-27
XP_011529375 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1211)  900 125.2 4.7e-27
NP_620074 (OMIM: 300167) hephaestin isoform a [Hom (1212)  900 125.2 4.7e-27
NP_001297248 (OMIM: 602281) lactadherin isoform d  ( 343)  882 122.7 7.8e-27
NP_055614 (OMIM: 300167) hephaestin isoform b [Hom ( 891)  889 123.8 9.3e-27
NP_001297249 (OMIM: 602281) lactadherin isoform c  ( 379)  869 121.1 2.5e-26
NP_005919 (OMIM: 602281) lactadherin isoform a pre ( 387)  869 121.1 2.6e-26
NP_001297250 (OMIM: 602281) lactadherin isoform e  ( 275)  752 106.8 3.8e-22
XP_016885489 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1089)  745 106.3 2.1e-21
XP_016885488 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1090)  745 106.3 2.1e-21
XP_011529376 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  (1141)  745 106.3 2.2e-21
NP_063916 (OMIM: 134500,300841,306700) coagulation ( 216)  671 96.8 2.9e-19
NP_001108086 (OMIM: 602281) lactadherin isoform b  ( 335)  576 85.4 1.3e-15
XP_016885492 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin  ( 858)  505 77.0 1.1e-12
NP_001269070 (OMIM: 300167) hephaestin isoform d p ( 969)  505 77.0 1.2e-12
XP_011510721 (OMIM: 608698) PREDICTED: discoidin,  ( 699)  462 71.7 3.5e-11
NP_563615 (OMIM: 608698) discoidin, CUB and LCCL d ( 775)  462 71.7 3.8e-11
NP_957716 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 6 pr ( 555)  404 64.5 3.9e-09
XP_016860677 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 848)  404 64.7 5.5e-09
XP_016860676 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 853)  404 64.7 5.5e-09
NP_957719 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 5 pr ( 901)  404 64.7 5.8e-09
XP_016860675 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 901)  404 64.7 5.8e-09
NP_061004 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 4 pr ( 906)  404 64.7 5.8e-09
NP_958436 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 3 pr ( 909)  404 64.7 5.8e-09
XP_016860674 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 926)  404 64.7 5.9e-09
NP_003863 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 2 pr ( 926)  404 64.7 5.9e-09
NP_957718 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 1 pr ( 931)  404 64.7 5.9e-09
XP_005246991 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 931)  404 64.7 5.9e-09
XP_005246990 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 931)  404 64.7 5.9e-09
XP_016877695 (OMIM: 602281) PREDICTED: lactadherin ( 243)  388 62.4 7.7e-09
NP_000321 (OMIM: 300839,312700) retinoschisin prec ( 224)  387 62.2 7.8e-09
XP_011537078 (OMIM: 147920,602113) PREDICTED: hist (5525)  397 64.3 4.6e-08
XP_006719679 (OMIM: 147920,602113) PREDICTED: hist (5536)  397 64.3 4.6e-08


>>NP_000121 (OMIM: 188055,227400,600880,601367,612309,61  (2224 aa)
 initn: 15037 init1: 15037 opt: 15037  Z-score: 9911.2  bits: 1847.7 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 15037; 100.0% identity (100.0% similar) in 2224 aa overlap (1-2224:1-2224)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MFPGCPRLWVLVVLGTSWVGWGSQGTEAAQLRQFYVAAQGISWSYRPEPTNSSLNLSVTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MFPGCPRLWVLVVLGTSWVGWGSQGTEAAQLRQFYVAAQGISWSYRPEPTNSSLNLSVTS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 FKKIVYREYEPYFKKEKPQSTISGLLGPTLYAEVGDIIKVHFKNKADKPLSIHPQGIRYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FKKIVYREYEPYFKKEKPQSTISGLLGPTLYAEVGDIIKVHFKNKADKPLSIHPQGIRYS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 KLSEGASYLDHTFPAEKMDDAVAPGREYTYEWSISEDSGPTHDDPPCLTHIYYSHENLIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KLSEGASYLDHTFPAEKMDDAVAPGREYTYEWSISEDSGPTHDDPPCLTHIYYSHENLIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 DFNSGLIGPLLICKKGTLTEGGTQKTFDKQIVLLFAVFDESKSWSQSSSLMYTVNGYVNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DFNSGLIGPLLICKKGTLTEGGTQKTFDKQIVLLFAVFDESKSWSQSSSLMYTVNGYVNG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 TMPDITVCAHDHISWHLLGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNHHKVSAITLVSATSTTANMTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TMPDITVCAHDHISWHLLGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNHHKVSAITLVSATSTTANMTV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 GPEGKWIISSLTPKHLQAGMQAYIDIKNCPKKTRNLKKITREQRRHMKRWEYFIAAEEVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GPEGKWIISSLTPKHLQAGMQAYIDIKNCPKKTRNLKKITREQRRHMKRWEYFIAAEEVI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 WDYAPVIPANMDKKYRSQHLDNFSNQIGKHYKKVMYTQYEDESFTKHTVNPNMKEDGILG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 WDYAPVIPANMDKKYRSQHLDNFSNQIGKHYKKVMYTQYEDESFTKHTVNPNMKEDGILG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 PIIRAQVRDTLKIVFKNMASRPYSIYPHGVTFSPYEDEVNSSFTSGRNNTMIRAVQPGET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PIIRAQVRDTLKIVFKNMASRPYSIYPHGVTFSPYEDEVNSSFTSGRNNTMIRAVQPGET
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 YTYKWNILEFDEPTENDAQCLTRPYYSDVDIMRDIASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YTYKWNILEFDEPTENDAQCLTRPYYSDVDIMRDIASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 DIEQQAVFAVFDENKSWYLEDNINKFCENPDEVKRDDPKFYESNIMSTINGYVPESITTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DIEQQAVFAVFDENKSWYLEDNINKFCENPDEVKRDDPKFYESNIMSTINGYVPESITTL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 GFCFDDTVQWHFCSVGTQNEILTIHFTGHSFIYGKRHEDTLTLFPMRGESVTVTMDNVGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GFCFDDTVQWHFCSVGTQNEILTIHFTGHSFIYGKRHEDTLTLFPMRGESVTVTMDNVGT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 WMLTSMNSSPRSKKLRLKFRDVKCIPDDDEDSYEIFEPPESTVMATRKMHDRLEPEDEES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 WMLTSMNSSPRSKKLRLKFRDVKCIPDDDEDSYEIFEPPESTVMATRKMHDRLEPEDEES
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 DADYDYQNRLAAALGIRSFRNSSLNQEEEEFNLTALALENGTEFVSSNTDIIVGSNYSSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DADYDYQNRLAAALGIRSFRNSSLNQEEEEFNLTALALENGTEFVSSNTDIIVGSNYSSP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 SNISKFTVNNLAEPQKAPSHQQATTAGSPLRHLIGKNSVLNSSTAEHSSPYSEDPIEDPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SNISKFTVNNLAEPQKAPSHQQATTAGSPLRHLIGKNSVLNSSTAEHSSPYSEDPIEDPL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 QPDVTGIRLLSLGAGEFKSQEHAKHKGPKVERDQAAKHRFSWMKLLAHKVGRHLSQDTGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QPDVTGIRLLSLGAGEFKSQEHAKHKGPKVERDQAAKHRFSWMKLLAHKVGRHLSQDTGS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 PSGMRPWEDLPSQDTGSPSRMRPWKDPPSDLLLLKQSNSSKILVGRWHLASEKGSYEIIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PSGMRPWEDLPSQDTGSPSRMRPWKDPPSDLLLLKQSNSSKILVGRWHLASEKGSYEIIQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 DTDEDTAVNNWLISPQNASRAWGESTPLANKPGKQSGHPKFPRVRHKSLQVRQDGGKSRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DTDEDTAVNNWLISPQNASRAWGESTPLANKPGKQSGHPKFPRVRHKSLQVRQDGGKSRL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 KKSQFLIKTRKKKKEKHTHHAPLSPRTFHPLRSEAYNTFSERRLKHSLVLHKSNETSLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KKSQFLIKTRKKKKEKHTHHAPLSPRTFHPLRSEAYNTFSERRLKHSLVLHKSNETSLPT
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 DLNQTLPSMDFGWIASLPDHNQNSSNDTGQASCPPGLYQTVPPEEHYQTFPIQDPDQMHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DLNQTLPSMDFGWIASLPDHNQNSSNDTGQASCPPGLYQTVPPEEHYQTFPIQDPDQMHS
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB4 TSDPSHRSSSPELSEMLEYDRSHKSFPTDISQMSPSSEHEVWQTVISPDLSQVTLSPELS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TSDPSHRSSSPELSEMLEYDRSHKSFPTDISQMSPSSEHEVWQTVISPDLSQVTLSPELS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ARLNAQGRVNAWQAKANNNKQWLEIDLLKIKKITAIITQGCKSLSSEMYVKSYTIHYSEQ
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GVEWKPYRLKSSMVDKIFEGNTNTKGHVKNFFNPPIISRFIRVIPKTWNQSIALRLELFG
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       ::::
NP_000 CDIY
           

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Smith-Waterman score: 14106; 100.0% identity (100.0% similar) in 2087 aa overlap (138-2224:1-2087)

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLQVRQDGGKSRLKKSQFLIKTRKKKKEKHTHHAPLSPRTFHPLRSEAYNTFSERRLKHS
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NP_000 TKSDPRCLTRYYSSFVNMERDLASGLIGPLLICYKESVDQRGNQIMSDKRNVILFSVFDE
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NP_000 ---LSDLQEA---KYETFSDDPSPGAIDSNNSLSEMT--HFRPQLHHSGDMVFTPE-SGL
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