Result of FASTA (ccds) for pF1KB4582
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4582, 628 aa
  1>>>pF1KB4582 628 - 628 aa - 628 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4086+/-0.00121; mu= 15.6041+/- 0.073
 mean_var=149.3945+/-29.221, 0's: 0 Z-trim(108.1): 89  B-trim: 0 in 0/48
 Lambda= 0.104932
 statistics sampled from 9893 (9977) to 9893 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.306), width:  16
 Scan time:  1.920

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12          ( 628) 4618 711.6 7.8e-205
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7           (1786) 1284 207.4 1.4e-52
CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7         ( 772) 1263 203.8   7e-52
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7         (1761) 1263 204.2 1.2e-51
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3           (1798) 1256 203.2 2.6e-51
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1           (1172) 1007 165.3 4.3e-40
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17          ( 604)  804 134.2 4.9e-31
CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18         (3277)  811 136.1 7.3e-31
CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18         (3333)  811 136.1 7.4e-31
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20         (3695)  803 134.9 1.8e-30
CCDS5138.1 LAMA2 gene_id:3908|Hs108|chr6           (3122)  613 106.1 7.5e-22
CCDS44180.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1         ( 539)  583 100.7 5.3e-21
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16          ( 580)  556 96.6 9.6e-20
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1           (1546)  540 94.7 9.9e-19
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1          (5202)  540 95.3 2.2e-18
CCDS33068.1 NTN5 gene_id:126147|Hs108|chr19        ( 489)  522 91.4   3e-18
CCDS6946.1 NTNG2 gene_id:84628|Hs108|chr9          ( 530)  499 88.0 3.6e-17
CCDS30785.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1         ( 438)  359 66.7 7.5e-11


>>CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12               (628 aa)
 initn: 4618 init1: 4618 opt: 4618  Z-score: 3790.9  bits: 711.6 E(32554): 7.8e-205
Smith-Waterman score: 4618; 100.0% identity (100.0% similar) in 628 aa overlap (1-628:1-628)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEKACNPRMGNLALGRKLWADTTCGQNATEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEKACNPRMGNLALGRKLWADTTCGQNATEL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 YCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHLPSAMADSSFRFPRTWWQSAEDVHREKIQLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 YCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHLPSAMADSSFRFPRTWWQSAEDVHREKIQLD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 LEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGLEDDVVKKGAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGLEDDVVKKGAI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 CTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 CTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRND
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 LNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 GSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNVWEASGNRSGGVCD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 GSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNVWEASGNRSGGVCD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 DCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPSNGDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 DCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPSNGDC
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 PCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGDYGCRPCDCAGSCDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 PCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGDYGCRPCDCAGSCDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 VHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGT
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 HVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIRTGKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 HVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIRTGKL
              550       560       570       580       590       600

              610       620        
pF1KB4 IVNMKSFVQHWKPSLGRKVMDILKRECK
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IVNMKSFVQHWKPSLGRKVMDILKRECK
              610       620        

>>CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7                (1786 aa)
 initn: 1357 init1: 346 opt: 1284  Z-score: 1057.7  bits: 207.4 E(32554): 1.4e-52
Smith-Waterman score: 1313; 40.5% identity (63.2% similar) in 519 aa overlap (30-514:30-537)

               10        20        30         40          50       
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRC-EKACNPRMGNLALGR--KLWADTTCGQNA
                                    : : .: :  :.: .::  :: . .::: . 
CCDS57 MGLLQLLAFSFLALCRARVRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIGRAQKLSVTSTCGLHK
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90            100         110
pF1KB4 TELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHL-P-SAMAD---SSFRFPRT--WWQSAE
        : ::. :.  .    . ::  ::.  :.   : : : . .   ..:   :   :::: .
CCDS57 PEPYCIVSHLQE----DKKCFICNSQDPYHETLNPDSHLIENVVTTFAPNRLKIWWQSEN
               70            80        90       100       110      

              120       130       140       150       160          
pF1KB4 DVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATF-G
        :.   :::::::::.:::::. ::. :::::...::.::::::  :.::: .: :.: :
CCDS57 GVENVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPG
        120       130       140       150       160       170      

     170         180       190       200       210       220       
pF1KB4 LEDDVVKK--GAICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQ
       .    .::    :: :.::.  : : :::::.::.: .  :.::: ..:. :::::::..
CCDS57 ISTGPMKKVDDIICDSRYSDIEPSTEGEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQNLLKITNLRIK
        180       190       200       210       220       230      

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB4 LLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFH
       ..: ..   .  :   : ..  .::.::..:.:.::: :::..: :: ::   .. :   
CCDS57 FVKLHTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVYDMVVRGNCFCYGHASECAPVDGFNE-EVEG---
        240       250       260       270       280        290     

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB4 MVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNV
       ::::.:::.::: : .:. :  .:.: ::. :.:...  : :. :.:: :. .::::. :
CCDS57 MVHGHCMCRHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNS--NACKKCNCNEHSISCHFDMAV
            300       310       320         330       340       350

       350       360       370       380       390       400       
pF1KB4 WEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPA
       . :.:: :::::::::::: :. :..::: .:.  .: .  :. :. :.: :.::     
CCDS57 YLATGNVSGGVCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQHPERDIRDPNFCERCTCDPAGSQNEGI
              360       370       380       390       400       410

       410           420       430       440          450          
pF1KB4 NSVTFCDPSNG----DCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGD---YGCRPCDCA--GS----
        . .. : :.:    .: :: .: :..:: :  :.. ...   .::. : :   :.    
CCDS57 CD-SYTDFSTGLIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEGFYDLSSEDPFGCKSCACNPLGTIPGG
               420       430       440       450       460         

            460       470         480       490           500      
pF1KB4 --CDPITGDCISSHTDIDWYHE--VPDFRPVHNKSEPAWEWE-DAQGF---SALLHSGKC
         ::  :: :  ..     . .  .:.   . :  .     . :  :    : . .::.:
CCDS57 NPCDSETGHCYCKRLVTGQHCDQCLPEHWGLSNDLDGCRPCDCDLGGALNNSCFAESGQC
     470       480       490       500       510       520         

        510       520       530       540       550       560      
pF1KB4 ECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGTHVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTL
        :. . .:                                                    
CCDS57 SCRPHMIGRQCNEVEPGYYFATLDHYLYEAEEANLGPGVSIVERQYIQDRIPSWTGAGFV
     530       540       550       560       570       580         

>>CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7              (772 aa)
 initn: 1165 init1: 382 opt: 1263  Z-score: 1044.9  bits: 203.8 E(32554): 7e-52
Smith-Waterman score: 1280; 41.8% identity (67.6% similar) in 466 aa overlap (30-463:23-476)

               10        20        30         40          50       
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEK-ACNPRMGNLALGR--KLWADTTCGQNA
                                    :.. ::.:  :.: .::  .: :..::: . 
CCDS83        MQFQLTLFLHLGWLSYSKAQDDCNRGACHPTTGDLLVGRNTQLMASSTCGLSR
                      10        20        30        40        50   

        60        70        80         90           100         110
pF1KB4 TELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAH-LPSAMADS----SFRFPRT--WWQSAE
       .. ::. :    :  .: ::  :.. .:.  .  :.. .      ::.  :   :::: .
CCDS83 AQKYCILSY---LEGEQ-KCFICDSRFPYDPYDQPNSHTIENVIVSFEPDREKKWWQSEN
            60            70        80        90       100         

              120       130       140       150       160       170
pF1KB4 DVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGL
        . . .:.::::: : :.:::. ::. :::::...:: :.:..:: .:::: .:...:  
CCDS83 GLDHVSIRLDLEALFRFSHLILTFKTFRPAAMLVERSTDYGHNWKVFKYFAKDCATSFPN
     110       120       130       140       150       160         

                 180       190       200       210       220       
pF1KB4 EDDVVKKGA---ICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQ
         .   .:.   .: ::::.  : :::::..:.:.: .. :::::  .:. . .::::..
CCDS83 ITSGQAQGVGDIVCDSKYSDIEPSTGGEVVLKVLDPSFEIENPYSPYIQDLVTLTNLRIN
     170       180       190       200       210       220         

       230         240       250       260       270         280   
pF1KB4 LLKRQSC--PCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRP--VKAP
       . : ..          :.  ... .::.:..::.:::::::::..: :.. .:    . :
CCDS83 FTKLHTLGDALLGRRQNDSLDKY-YYALYEMIVRGSCFCNGHASECRPMQKMRGDVFSPP
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       :   ::::.:.:.::: : .:..:  ...: ::. ::: .    : ::.:.::.:.. ::
CCDS83 G---MVHGQCVCQHNTDGPNCERCKDFFQDAPWRPAADLQD---NACRSCSCNSHSSRCH
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       ::.... :::. :::::.:::::::::.:.::.: ::::  . .: : :: :: : : :.
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        .  .  :.  ::.     :.: :: .: : .::.:  ...:..     ::.::::   :
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CCDS34        MQFQLTLFLHLGWLSYSKAQDDCNRGACHPTTGDLLVGRNTQLMASSTCGLSR
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       .. ::. :    :  .: ::  :.. .:.  .  :.. .      ::.  :   :::: .
CCDS34 AQKYCILSY---LEGEQ-KCFICDSRFPYDPYDQPNSHTIENVIVSFEPDREKKWWQSEN
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CCDS34 GLDHVSIRLDLEALFRFSHLILTFKTFRPAAMLVERSTDYGHNWKVFKYFAKDCATSFPN
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CCDS34 ITSGQAQGVGDIVCDSKYSDIEPSTGGEVVLKVLDPSFEIENPYSPYIQDLVTLTNLRIN
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CCDS34 FTKLHTLGDALLGRRQNDSLDKY-YYALYEMIVRGSCFCNGHASECRPMQKMRGDVFSPP
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pF1KB4 GTFHMVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWE-AADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCH
       :   ::::.:.:.::: : .:..:  ...: ::. ::: .    : ::.:.::.:.. ::
CCDS34 G---MVHGQCVCQHNTDGPNCERCKDFFQDAPWRPAADLQD---NACRSCSCNSHSSRCH
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CCDS34 -ISGGICVSHSDPALGSVAGQCLCKENVEGAKCDQCKPNHYGLSATDPLGCQPCDCNPLG
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pF1KB4 S-----CDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRPVHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCEC
       :     ::  ::.:.                                             
CCDS34 SLPFLTCDVDTGQCLCLSYVTGAHCEECTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPK
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CCDS27 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCS---RGSCYPATGDLLVG
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pF1KB4 R--KLWADTTCGQNATELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHL-PSAM----ADS
       :  .: :..::: :. . ::. :.  :    . ::  :..  :  :.  : .     . .
CCDS27 RADRLTASSTCGLNGPQPYCIVSHLQD----EKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVT
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pF1KB4 SFRFPR--TWWQSAEDVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWK
       ::   :  .:::: . .    :::::::::.:::::. ::. :::::...:: :::.::.
CCDS27 SFAPQRRAAWWQSENGIPAVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWH
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pF1KB4 PYKYFATNCSATF-GLE-------DDVVKKGAICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDT
        :.::. .:.: : :.        ::::     : :.::   : : ::::...:.:    
CCDS27 VYRYFSYDCGADFPGVPLAPPRHWDDVV-----CESRYSEIEPSTEGEVIYRVLDPAIPI
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pF1KB4 ENPYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGH
        .:::...:. ::::::::.: . ..   .  :  .: ..  .::.:...:.:.::: ::
CCDS27 PDPYSSRIQNLLKITNLRVNLTRLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGH
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pF1KB4 ADQCIPVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWEAA-DGKTGAP
       :..: :. :  :..: :   :::: :.::::: : .:..:  .: : ::. : ::.. : 
CCDS27 ASECAPAPG-APAHAEG---MVHGACICKHNTRGLNCEQCQDFYRDLPWRPAEDGHSHA-
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pF1KB4 NECRTCKCNGHADTCHFDVNVWEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPF
         :: :.:.::. .::::. :. :::: :::::: ::::: :..:. :.: ::::  . .
CCDS27 --CRKCECHGHTHSCHFDMAVYLASGNVSGGVCDGCQHNTAGRHCELCRPFFYRDPTKDL
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pF1KB4 SAPDACKPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPS----NGDCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFG
         : .:. :.: :.::    .   .  ::.    .:.: ::  :.: ::..:  :..:..
CCDS27 RDPAVCRSCDCDPMGSQD-GGRCDSHDDPALGLVSGQCRCKEHVVGTRCQQCRDGFFGLS
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pF1KB4 --DY-GCRPCDCA------GS--CDPITGDC----ISSHTDID------W--YHEVPDFR
         :  ::: :.:       ::  ::: .:.:    . .    :      :   :..   :
CCDS27 ISDRLGCRRCQCNARGTVPGSTPCDPNSGSCYCKRLVTGRGCDRCLPGHWGLSHDLLGCR
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pF1KB4 PVHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKG
       :       : . .  .:      .:.:.:... .:                         
CCDS27 PCDCDVGGALDPQCDEG------TGQCHCRQHMVGRRCEQVQPGYFRPFLDHLIWEAEDT
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pF1KB4 THVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIRTGK
                                                                   
CCDS27 RGQVLDVVERLVTPGETPSWTGSGFVRLQEGQTLEFLVASVPKAMDYDLLLRLEPQVPEQ
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>>CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1                (1172 aa)
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CCDS14          MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLTK
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pF1KB4 TELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPH--LAHLPSAMADSSFRFPRTWWQSAEDVHRE
        : ::     :.    : :: ::..  ::   .:    .:.::   :  :::: .::.  
CCDS14 PETYC-----TQYGEWQMKCCKCDSRQPHNYYSHRVENVASSS--GPMRWWQSQNDVNPV
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pF1KB4 KIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGLEDDVV
       ..::::. .: . .... :..: ::.:...::.::::::. :.:.:..:..::      :
CCDS14 SLQLDLDRRFQLQEVMMEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTF----PRV
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pF1KB4 KKG-------AICTSKYSSPFP-CTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQ
       ..:       . : :  . :    .::.: .. ..         : :.::  .::::::.
CCDS14 RQGRPQSWQDVRCQSLPQRPNARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVN
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       . .    : ::.   . :. .  ::. .. ..:::::.::::.: :  :     .:.:  
CCDS14 FTRLAPVP-QRG--YHPPSAY--YAVSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPG--ASAGPSTAV
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pF1KB4 MVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNV
       .::  :.:.::::: .:..:::.::.:::. :.:. .  .::. : ::::..:::::  :
CCDS14 QVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNRPWRPAEGQDA--HECQRCDCNGHSETCHFDPAV
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pF1KB4 WEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRP-FSAPDACKPCSCHPVGSAVLP
       . :: .  :::::.:. .:::. :.::.  ..:. :::  :  ..:  : : : :.  .:
CCDS14 FAASQGAYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQLHYFRN-RRPGASIQETCISCECDPDGA--VP
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pF1KB4 ANSVTFCDPSNGDCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGF---GDYGCRPCDCA--GS-----CD
       .     ::: .:.: ::  : :.::: :  :. :.   .  ::. :::   ::     ::
CCDS14 GAP---CDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGLTYANPQGCHRCDCNILGSRRDMPCD
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pF1KB4 PITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRPVHNK------SEP-AWEWEDAQGFSALLHSGKCECK
         .: :.   . .    .  .  : : :       :: : . ... . .    .:.: :.
CCDS14 EESGRCLCLPNVVG--PKCDQCAPYHWKLASGQGCEPCACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCR
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pF1KB4 EQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGTHVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPE
       :                                                           
CCDS14 EGFGGLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRGTEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPR
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>>CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17               (604 aa)
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               ... : .  : : .  . :::  :: ...   :       . : : . : :.
CCDS11 MMRAVWEALAALAAVACLVGAVRGGPGLSMFAGQAAQPDPCSDENGHPRRCIPDFVNAAF
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pF1KB4 GRKLWADTTCGQNATELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHLPSAMADSSFRFPR
       :. . ...:::.  .. ::  ::  .   :  .:  :::. :. :: :. ..: .     
CCDS11 GKDVRVSSTCGRPPAR-YCVVSERGEERLR--SCHLCNASDPKKAHPPAFLTDLNNPHNL
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pF1KB4 TWWQSAEDV---HREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYF
       : ::: . .   :   . :.:  .:  :.. ..: :::: .:.. .:.:.:.:: :....
CCDS11 TCWQSENYLQFPHNVTLTLSLGKKFEVTYVSLQFCSPRPESMAIYKSMDYGRTWVPFQFY
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pF1KB4 ATNCSATFGLED--DVVKKG---AICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALS--PP-YDTENPYS
       .:.:   ..      ..:..   :.::.....  : .:: . :..:.  :  .: .:  :
CCDS11 STQCRKMYNRPHRAPITKQNEQEAVCTDSHTDMRPLSGGLIAFSTLDGRPSAHDFDN--S
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pF1KB4 AKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCI
         .:. .  :..:: . . ..   . .: .:  .    ::. :. : : : ::::: .:.
CCDS11 PVLQDWVTATDIRVAFSRLHTFGDENEDDSELARDSYFYAVSDLQVGGRCKCNGHAARCV
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pF1KB4 PVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTC
         .    :            : :.::::: .:..: :.. ::::. : .. .  ::: .:
CCDS11 RDRDDSLV------------CDCRHNTAGPECDRCKPFHYDRPWQRATAREA--NECVAC
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pF1KB4 KCNGHADTCHFDVNVWEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDAC
       .:: ::  :.:...... :: .::::: .:.::: :..:. :: :.:::. .:..   ::
CCDS11 NCNLHARRCRFNMELYKLSGRKSGGVCLNCRHNTAGRHCHYCKEGYYRDMGKPITHRKAC
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pF1KB4 KPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPSNGDCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGDYGCRPCDCA
       : :.:::::.:         :. ..:.:::: ::.:  :.::  ::              
CCDS11 KACDCHPVGAAG------KTCNQTTGQCPCKDGVTGITCNRCAKGYQQ------------
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pF1KB4 GSCDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRPVHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCECKEQT
        : .::.  ::          ..:   :  . .  . : :: ...        :. ..  
CCDS11 -SRSPIA-PCI----------KIP-VAPPTTAASSVEEPEDCDSY--------CKASKGK
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pF1KB4 LG-NAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGTHVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESW
       :  : : .:  : .:...:.::.:   :   . .:.: .: :.   .: :: ..:. .: 
CCDS11 LKINMKKYC--KKDYAVQIHILKADKAGDWWKFTVNIISVYKQGTSRIRRGDQSLWIRS-
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pF1KB4 TDRGCTCPILNPGLEYLVAGH-EDI--RTGKLIVNMKSFVQHWKPSLGRKVMDILKRECK
        : .: :: ..:  .::. :. ::   ..: .... .:.: .:. . .:..  . .:: :
CCDS11 RDIACKCPKIKPLKKYLLLGNAEDSPDQSG-IVADKSSLVIQWRDTWARRLRKFQQREKK
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CCDS11 GKCKKA
      600    

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CCDS45 MAAAARPRGRALGPVLPPTPLLLLVLRVLPACGATARDPGAAAGLS------LHPTYFNL
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pF1KB4 ALGRKLWADTTCGQNAT-------ELYCFY-----SENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAH
       : . ..:: .:::. .        ::::       . ..  : .   :: ::.  :. ::
CCDS45 AEAARIWATATCGERGPGEGRPQPELYCKLVGGPTAPGSGHTIQGQFCDYCNSEDPRKAH
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pF1KB4 LPSAMADSSFRFPRTWWQS-----AEDVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMF-KSPRPAAMV
         .   :.: :    ::::     . . .: .. :::   :. ..... : .::::   :
CCDS45 PVTNAIDGSER----WWQSPPLSSGTQYNRVNLTLDLGQLFHVAYILIKFANSPRPDLWV
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pF1KB4 LDRSQDFGKTWKPYKYFA---TNCSATFGLEDDVV---KKGAICTSKYSSPFPCTGGEVI
       :.:: :::.:..:..:::   ..:   :: : ...      ..:...::   :  .:::.
CCDS45 LERSVDFGSTYSPWQYFAHSKVDCLKEFGREANMAVTRDDDVLCVTEYSRIVPLENGEVV
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pF1KB4 FKALSPPYDTEN-PYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFT---HYAI
        . ..    ..:  .:  ..:  : ::.:...:. ..   .  .  ..    :   .:.:
CCDS45 VSLINGRPGAKNFTFSHTLREFTKATNIRLRFLRTNTLLGHLISKAQRDPTVTRRYYYSI
              240       250       260       270       280       290

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pF1KB4 YDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYND
        :. . :.: :::::. :        .. :  .     .: :.:.: :  :..:   ::.
CCDS45 KDISIGGQCVCNGHAEVC-------NINNPEKLF----RCECQHHTCGETCDRCCTGYNQ
              300              310           320       330         

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pF1KB4 RPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNV--WEASGNRSG-----GVCDDCQHNT
       : :. :  . .  .::..:.:.:::..:..: .:   .:: : .:     ::: .:::::
CCDS45 RRWRPAAWEQS--HECEACNCHGHASNCYYDPDVERQQASLNTQGIYAGGGVCINCQHNT
     340       350         360       370       380       390       

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pF1KB4 EGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPSNGDCPCKPGV
        :  :..:  :.::    : .:::.: :::: :        . .  :. ..: : :::. 
CCDS45 AGVNCEQCAKGYYRPYGVPVDAPDGCIPCSCDP--------EHADGCEQGSGRCHCKPNF
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pF1KB4 AGRRCDRCMVGYWGFGDYGCR----PCDCAGSCDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRPVH
        :  :..: .::..:  .  :    : .  .: ::..::   .  : .    .:..  .:
CCDS45 HGDNCEKCAIGYYNF-PFCLRIPIFPVSTPSSEDPVAGDI--KGCDCNLEGVLPEICDAH
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pF1KB4 NKS--EPAWEWE--DA--QGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAH
       ..   .:. :    :.  .:: ..     : :.  .::. .  :                
CCDS45 GRCLCRPGVEGPRCDTCRSGFYSFPICQACWCS--ALGSYQMPCSSVTGQCECRPGVTGQ
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pF1KB4 DKGTHVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIR
                                                                   
CCDS45 RCDRCLSGAYDFPHCQGSSSACDPAGTINSNLGYCQCKLHVEGPTCSRCKLLYWNLDKEN
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>>CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18              (3333 aa)
 initn: 729 init1: 214 opt: 811  Z-score: 667.4  bits: 136.1 E(32554): 7.4e-31
Smith-Waterman score: 885; 30.6% identity (56.2% similar) in 559 aa overlap (7-520:26-548)

                                  10        20        30        40 
pF1KB4                    MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEKACNPRMGNL
                                : .: .: ..:   ...::.:       .: . ::
CCDS42 MAAAARPRGRALGPVLPPTPLLLLVLRVLPACGATARDPGAAAGLS------LHPTYFNL
               10        20        30        40              50    

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pF1KB4 ALGRKLWADTTCGQNAT-------ELYCFY-----SENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAH
       : . ..:: .:::. .        ::::       . ..  : .   :: ::.  :. ::
CCDS42 AEAARIWATATCGERGPGEGRPQPELYCKLVGGPTAPGSGHTIQGQFCDYCNSEDPRKAH
           60        70        80        90       100       110    

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pF1KB4 LPSAMADSSFRFPRTWWQS-----AEDVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMF-KSPRPAAMV
         .   :.: :    ::::     . . .: .. :::   :. ..... : .::::   :
CCDS42 PVTNAIDGSER----WWQSPPLSSGTQYNRVNLTLDLGQLFHVAYILIKFANSPRPDLWV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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