Result of FASTA (ccds) for pF1KB4399
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4399, 2328 aa
  1>>>pF1KB4399 2328 - 2328 aa - 2328 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1640+/-0.00148; mu= 8.4104+/- 0.089
 mean_var=214.1906+/-42.477, 0's: 0 Z-trim(105.8): 142  B-trim: 12 in 1/50
 Lambda= 0.087634
 statistics sampled from 8508 (8642) to 8508 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.265), width:  16
 Scan time:  6.310

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32099.1 SPTB gene_id:6710|Hs108|chr14          (2328) 15343 1954.9       0
CCDS32100.1 SPTB gene_id:6710|Hs108|chr14          (2137) 13881 1770.0       0
CCDS33198.1 SPTBN1 gene_id:6711|Hs108|chr2         (2364) 8817 1129.8       0
CCDS33199.1 SPTBN1 gene_id:6711|Hs108|chr2         (2155) 8647 1108.3       0
CCDS8150.1 SPTBN2 gene_id:6712|Hs108|chr11         (2390) 7756 995.7       0
CCDS12559.1 SPTBN4 gene_id:57731|Hs108|chr19       (2564) 2908 382.8 1.2e-104
CCDS42569.1 SPTBN4 gene_id:57731|Hs108|chr19       ( 678) 1928 258.5   8e-68
CCDS6905.1 SPTAN1 gene_id:6709|Hs108|chr9          (2472) 1695 229.4 1.7e-58
CCDS61599.1 SPTBN5 gene_id:51332|Hs108|chr15       (3674) 1677 227.2 1.1e-57
CCDS75914.1 SPTAN1 gene_id:6709|Hs108|chr9         (2452) 1602 217.6 5.7e-55
CCDS12518.1 ACTN4 gene_id:81|Hs108|chr19           ( 911) 1425 195.0 1.4e-48
CCDS45129.1 ACTN1 gene_id:87|Hs108|chr14           ( 887) 1409 192.9 5.6e-48
CCDS9792.1 ACTN1 gene_id:87|Hs108|chr14            ( 892) 1409 192.9 5.6e-48
CCDS45130.1 ACTN1 gene_id:87|Hs108|chr14           ( 914) 1409 192.9 5.7e-48
CCDS60455.1 ACTN2 gene_id:88|Hs108|chr1            ( 894) 1386 190.0 4.2e-47
CCDS1613.1 ACTN2 gene_id:88|Hs108|chr1             ( 894) 1384 189.8   5e-47
CCDS41423.1 SPTA1 gene_id:6708|Hs108|chr1          (2419) 1368 188.0 4.6e-46
CCDS76439.1 ACTN3 gene_id:89|Hs108|chr11           ( 944) 1356 186.3 6.1e-46
CCDS43769.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4574) 1135 158.8 5.6e-37
CCDS43771.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4525) 1133 158.5 6.6e-37
CCDS47936.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4515) 1128 157.9   1e-36
CCDS43770.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4533) 1127 157.7 1.1e-36
CCDS43775.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4547) 1121 157.0 1.9e-36
CCDS43773.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4547) 1121 157.0 1.9e-36
CCDS43774.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4551) 1121 157.0 1.9e-36
CCDS43772.1 PLEC gene_id:5339|Hs108|chr8           (4684) 1121 157.0 1.9e-36
CCDS435.1 MACF1 gene_id:23499|Hs108|chr1           (5430)  869 125.2 8.6e-27
CCDS75474.1 DST gene_id:667|Hs108|chr6             (5537)  842 121.8 9.3e-26
CCDS55395.1 DMD gene_id:1756|Hs108|chrX            (3681)  790 115.1 6.4e-24
CCDS14233.1 DMD gene_id:1756|Hs108|chrX            (3685)  781 113.9 1.4e-23
CCDS34547.1 UTRN gene_id:7402|Hs108|chr6           (3433)  741 108.9 4.4e-22
CCDS48036.1 SPTAN1 gene_id:6709|Hs108|chr9         (2477)  697 103.2 1.6e-20
CCDS73053.1 ACTN2 gene_id:88|Hs108|chr1            ( 686)  622 93.4 4.1e-18
CCDS47705.1 FLNC gene_id:2318|Hs108|chr7           (2692)  496 77.8 7.6e-13
CCDS43644.1 FLNC gene_id:2318|Hs108|chr7           (2725)  496 77.8 7.7e-13
CCDS44021.1 FLNA gene_id:2316|Hs108|chrX           (2639)  484 76.3 2.2e-12
CCDS48194.1 FLNA gene_id:2316|Hs108|chrX           (2647)  484 76.3 2.2e-12
CCDS54601.1 FLNB gene_id:2317|Hs108|chr3           (2578)  466 74.0   1e-11
CCDS54600.1 FLNB gene_id:2317|Hs108|chr3           (2591)  466 74.0   1e-11
CCDS2885.1 FLNB gene_id:2317|Hs108|chr3            (2602)  466 74.0   1e-11
CCDS54599.1 FLNB gene_id:2317|Hs108|chr3           (2633)  466 74.0   1e-11


>>CCDS32099.1 SPTB gene_id:6710|Hs108|chr14               (2328 aa)
 initn: 15343 init1: 15343 opt: 15343  Z-score: 10489.6  bits: 1954.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 15343; 100.0% identity (100.0% similar) in 2328 aa overlap (1-2328:1-2328)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MTSATEFENVGNQPPYSRINARWDAPDDELDNDNSSARLFERSRIKALADEREVVQKKTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MTSATEFENVGNQPPYSRINARWDAPDDELDNDNSSARLFERSRIKALADEREVVQKKTF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 TKWVNSHLARVSCRITDLYKDLRDGRMLIKLLEVLSGEMLPKPTKGKMRIHCLENVDKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TKWVNSHLARVSCRITDLYKDLRDGRMLIKLLEVLSGEMLPKPTKGKMRIHCLENVDKAL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 QFLKEQRVHLENMGSHDIVDGNHRLVLGLIWTIILRFQIQDIVVQTQEGRETRSAKDALL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QFLKEQRVHLENMGSHDIVDGNHRLVLGLIWTIILRFQIQDIVVQTQEGRETRSAKDALL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 LWCQMKTAGYPHVNVTNFTSSWKDGLAFNALIHKHRPDLIDFDKLKDSNARHNLEHAFNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LWCQMKTAGYPHVNVTNFTSSWKDGLAFNALIHKHRPDLIDFDKLKDSNARHNLEHAFNV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 AERQLGIIPLLDPEDVFTENPDEKSIITYVVAFYHYFSKMKVLAVEGKRVGKVIDHAIET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AERQLGIIPLLDPEDVFTENPDEKSIITYVVAFYHYFSKMKVLAVEGKRVGKVIDHAIET
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 EKMIEKYSGLASDLLTWIEQTITVLNSRKFANSLTGVQQQLQAFSTYRTVEKPPKFQEKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKMIEKYSGLASDLLTWIEQTITVLNSRKFANSLTGVQQQLQAFSTYRTVEKPPKFQEKG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 NLEVLLFTIQSRMRANNQKVYTPHDGKLVSDINRAWESLEEAEYRRELALRNELIRQEKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NLEVLLFTIQSRMRANNQKVYTPHDGKLVSDINRAWESLEEAEYRRELALRNELIRQEKL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 EQLARRFDRKAAMRETWLSENQRLVAQDNFGYDLAAVEAAKKKHEAIETDTAAYEERVRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EQLARRFDRKAAMRETWLSENQRLVAQDNFGYDLAAVEAAKKKHEAIETDTAAYEERVRA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 LEDLAQELEKENYHDQKRITARKDNILRLWSYLQELLQSRRQRLETTLALQKLFQDMLHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LEDLAQELEKENYHDQKRITARKDNILRLWSYLQELLQSRRQRLETTLALQKLFQDMLHS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 IDWMDEIKAHLLSAEFGKHLLEVEDLLQKHKLMEADIAIQGDKVKAITAATLKFTEGKGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IDWMDEIKAHLLSAEFGKHLLEVEDLLQKHKLMEADIAIQGDKVKAITAATLKFTEGKGY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 QPCDPQVIQDRISHLEQCFEELSNMAAGRKAQLEQSKRLWKFFWEMDEAESWIKEKEQIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QPCDPQVIQDRISHLEQCFEELSNMAAGRKAQLEQSKRLWKFFWEMDEAESWIKEKEQIY
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 SSLDYGKDLTSVLILQRKHKAFEDELRGLDAHLEQIFQEAHGMVARKQFGHPQIEARIKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSLDYGKDLTSVLILQRKHKAFEDELRGLDAHLEQIFQEAHGMVARKQFGHPQIEARIKE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 VSAQWDQLKDLAAFCKKNLQDAENFFQFQGDADDLKAWLQDAHRLLSGEDVGQDEGATRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VSAQWDQLKDLAAFCKKNLQDAENFFQFQGDADDLKAWLQDAHRLLSGEDVGQDEGATRA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 LGKKHKDFLEELEESRGVMEHLEQQAQGFPEEFRDSPDVTHRLQALRELYQQVVAQADLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LGKKHKDFLEELEESRGVMEHLEQQAQGFPEEFRDSPDVTHRLQALRELYQQVVAQADLR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 QQRLQEALDLYTVFGETDACELWMGEKEKWLAEMEMPDTLEDLEVVQHRFDILDQEMKTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QQRLQEALDLYTVFGETDACELWMGEKEKWLAEMEMPDTLEDLEVVQHRFDILDQEMKTL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 MTQIDGVNLAANSLVESGHPRSREVKQYQDHLNTRWQAFQTLVSERREAVDSALRVHNYC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MTQIDGVNLAANSLVESGHPRSREVKQYQDHLNTRWQAFQTLVSERREAVDSALRVHNYC
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 VDCEETSKWITDKTKVVESTKDLGRDLAGIIAIQRKLSGLERDVAAIQARVDALERESQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VDCEETSKWITDKTKVVESTKDLGRDLAGIIAIQRKLSGLERDVAAIQARVDALERESQQ
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 LMDSHPEQKEDIGQRQKHLEELWQGLQQSLQGQEDLLGEVSQLQAFLQDLDDFQAWLSIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LMDSHPEQKEDIGQRQKHLEELWQGLQQSLQGQEDLLGEVSQLQAFLQDLDDFQAWLSIT
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 QKAVASEDMPESLPEAEQLLQQHAGIKDEIDGHQDSYQRVKESGEKVIQGQTDPEYLLLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QKAVASEDMPESLPEAEQLLQQHAGIKDEIDGHQDSYQRVKESGEKVIQGQTDPEYLLLG
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB4 QRLEGLDTGWNALGRMWESRSHTLAQCLGFQEFQKDAKQAEAILSNQEYTLAHLEPPDSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QRLEGLDTGWNALGRMWESRSHTLAQCLGFQEFQKDAKQAEAILSNQEYTLAHLEPPDSL
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB4 EAAEAGIRKFEDFLGSMENNRDKVLSPVDSGNKLVAEGNLYSDKIKEKVQLIEDRHRKNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EAAEAGIRKFEDFLGSMENNRDKVLSPVDSGNKLVAEGNLYSDKIKEKVQLIEDRHRKNN
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB4 EKAQEASVLLRDNLELQNFLQNCQELTLWINDKLLTSQDVSYDEARNLHNKWLKHQAFVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKAQEASVLLRDNLELQNFLQNCQELTLWINDKLLTSQDVSYDEARNLHNKWLKHQAFVA
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CCDS33 QAVVAVARELEAENYHDIKRITARKDNVIRLWEYLLELLRARRQRLEMNLGLQKIFQEML
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CCDS33 YIMDWMDEMKVLVLSQDYGKHLLGVEDLLQKHTLVEADIGIQAERVRGVNASAQKFATDG
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CCDS33 EGYKPCDPQVIRDRVAHMEFCYQELCQLAAERRARLEESRRLWKFFWEMAEEEGWIREKE
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CCDS33 KILSSDDYGKDLTSVMRLLSKHRAFEDEMSGRSGHFEQAIKEGEDMIAEEHFGSEKIRER
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CCDS33 IIYIREQWANLEQLSAIRKKRLEEASLLHQFQADADDIDAWMLDILKIVSSSDVGHDEYS
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CCDS33 TQSLVKKHKDVAEEIANYRPTLDTLHEQASALPQEHAESPDVRGRLSGIEERYKEVAELT
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CCDS12 QVSELEHWIAEKEVVAGSPELGQDFEHVSVLQEKFSEFASETGMAGRERLAAVNQMVDEL
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CCDS12 IECGHTAAATMAEWKDGLNEAWAELLELMGTRAQLLAASRELHKFFSDARELQGQIEEKR
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CCDS12 SREQEVLQGWKELLSACEDARLHVSSTADALRFHSQVRDLLSWMDGIASQIGAADKPRDV
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CCDS12 SSVEVLMNYHQGLKTELEARVPELTTCQELGRSLLLNKSAMADEIQAQLDKLGTRKEEVS
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CCDS12 EKWDRHWEWLQQMLEVHQFAQEAVVADAWLTAQEPLLQSRELGSSVDEVEQLIRRHEAFR
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       :..:.: :::..:.. ::.: .: .:  . :.   : ..  :.    . .. .::     
CCDS12 KAAAAWEERFSSLRRLTTIEKIKAEQSKQPPTPLLG-RKFFGDP---TELAAKAAPLLRP
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CCDS12 GGYERGLEP--LARRASDTLSAEVRTRVGYVRQELKPERLQPRIDRLPEIPGRVEPAALP
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pF1KB4 A-PRDHGQSVQMEGYLGRKHDLEGPNKKASNRSWNNLYCVLRNSELTFYKDAKNLALGMP
       : :.: ...                                                   
CCDS12 AAPEDAAETPATPAAAEQVRPRPERQESADRAEELPRRRRPERQESVDQSEEAARRRRPE
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>>CCDS42569.1 SPTBN4 gene_id:57731|Hs108|chr19            (678 aa)
 initn: 1511 init1: 1206 opt: 1928  Z-score: 1331.1  bits: 258.5 E(32554): 8e-68
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CCDS42                               MLMARDGTREDNHKLHKRWLRHQAFMAELA
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CCDS42 LPLAMQTERGNGLQAVQQHIKKNQGLRREIQAHGPRLEEVLERAGALASLRSPEAEAVRR
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CCDS42 LGEERRVALEQQYWLYQLSRQVSELEHWIAEKEVVAGSPELGQDFEHVSVLQEKFSEFAS
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CCDS42 ETGMAGRERLAAVNQMVDELIECGHTAAATMAEWKDGLNEAWAELLELMGTRAQLLAASR
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CCDS42 ELHKFFSDARELQGQIEEKRRRLPRLTTPPEPRPSASSMQRTLRAFEHDLQLLVSQVRQL
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CCDS42 QEGAAQLRTVYAGEHAEAIASREQEVLQGWKELLSACEDARLHVSSTADALRFHSQVRDL
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CCDS42 LSWMDGIASQIGAADKPRCPSSLLGLPASPWWPTPATPSPLTAPFSME            
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>>CCDS6905.1 SPTAN1 gene_id:6709|Hs108|chr9               (2472 aa)
 initn: 1405 init1: 497 opt: 1695  Z-score: 1163.8  bits: 229.4 E(32554): 1.7e-58
Smith-Waterman score: 2183; 29.1% identity (59.7% similar) in 1498 aa overlap (714-2069:15-1505)

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CCDS69                 MDPSGVKVLETAEDIQERRQQVLDRYHRFKELSTLRRQKLEDSY
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pF1KB4 NFFQFQGDADDLKAWLQDAHRLLSGEDVGQDEGATRALGKKHKDFLEELEESRGVMEHLE
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CCDS69 RFQFFQRDAEELEKWIQEKLQIASDENY-KDPTNLQGKLQKHQAFEAEVQANSGAIVKLD
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       . ..  . :    :  .  ::. :.. .. .. .   .  .: .:  :   . : .    
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CCDS69 WINDKEAIVTSEELGQDLEHVEVLQKKFEEFQTDMAAHEERVNEVNQFAAKLIQEQHPEE
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CCDS69 FGRDLASVQALLRKHEGLERDLAALEDKVKALCAEADRLQQSHPLSATQIQVKREELITN
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CCDS69 WEQIRTLAAERHARLNDSYRLQRFLADFRDLTSWVTEMKALINADELASDVAGAEALLDR
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pF1KB4 HAGIKDEIDGHQDSYQRVKESGEKVIQ-GQTDPEYLLLGQRLEGLDTGWNALGRMWESRS
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CCDS69 HQEHKGEIDAHEDSFKSADESGQALLAAGHYASDEVR--EKLTVLSEERAALLELWELRR
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pF1KB4 HTLAQCLGFQEFQKDAKQAEAILSNQEYTLAHLEPPDSLEAAEAGIRKFEDFLGSMENNR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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