Result of FASTA (omim) for pF1KB4336
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4336, 1093 aa
  1>>>pF1KB4336 1093 - 1093 aa - 1093 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.2475+/-0.000401; mu= -24.3610+/- 0.025
 mean_var=538.3033+/-109.628, 0's: 0 Z-trim(125.3): 93  B-trim: 0 in 0/61
 Lambda= 0.055279
 statistics sampled from 48686 (48782) to 48686 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.818), E-opt: 0.2 (0.572), width:  16
 Scan time: 19.730

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_005928 (OMIM: 600328) protein AF-17 [Homo sapie (1093) 7337 600.4 1.9e-170
XP_016880137 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- ( 889) 5828 480.0 2.6e-134
XP_006721974 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- (1067) 4954 410.3  3e-113
XP_016880138 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- ( 657) 4408 366.7 2.5e-100
XP_016880139 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF- ( 652) 4171 347.8 1.2e-94
NP_001182555 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform  (1068) 2187 189.7   8e-47
NP_004632 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform a [ (1027) 1540 138.1 2.6e-31
NP_001311226 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform  ( 823)  979 93.3 6.4e-18
NP_001305978 (OMIM: 602410) peregrin isoform 3 [Ho (1119)  601 63.2 9.9e-09
XP_005265509 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1125)  601 63.2 9.9e-09
NP_001305979 (OMIM: 602410) peregrin isoform 4 [Ho (1213)  601 63.2 1.1e-08
NP_004625 (OMIM: 602410) peregrin isoform 2 [Homo  (1214)  601 63.2 1.1e-08
XP_005265507 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1219)  601 63.2 1.1e-08
NP_001003694 (OMIM: 602410) peregrin isoform 1 [Ho (1220)  601 63.2 1.1e-08
XP_005265506 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1247)  601 63.2 1.1e-08
XP_011532403 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1248)  601 63.2 1.1e-08
XP_011532404 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin is (1248)  601 63.2 1.1e-08
XP_011512794 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain ( 832)  579 61.4 2.6e-08
XP_016866231 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1088)  579 61.4 3.3e-08
XP_011512793 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1131)  579 61.4 3.4e-08
XP_011512792 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1144)  579 61.4 3.4e-08
XP_005249068 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1205)  579 61.5 3.5e-08
XP_011512791 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1205)  579 61.5 3.5e-08
NP_056510 (OMIM: 616856) bromodomain and PHD finge (1205)  579 61.5 3.5e-08
XP_005249067 (OMIM: 616856) PREDICTED: bromodomain (1205)  579 61.5 3.5e-08
XP_016884210 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain ( 941)  565 60.3 6.2e-08
XP_016884209 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain ( 955)  565 60.3 6.3e-08
XP_016884208 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain ( 958)  565 60.3 6.3e-08
XP_016884207 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1023)  565 60.3 6.7e-08
NP_001291738 (OMIM: 604589) bromodomain-containing (1058)  565 60.3 6.9e-08
XP_016884203 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1187)  565 60.3 7.6e-08
XP_016884204 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1189)  565 60.3 7.6e-08
XP_016884205 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1189)  565 60.3 7.6e-08
XP_016884206 (OMIM: 604589) PREDICTED: bromodomain (1189)  565 60.3 7.6e-08
NP_001291737 (OMIM: 604589) bromodomain-containing (1189)  565 60.3 7.6e-08
NP_001182559 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform  ( 179)  493 54.2 8.2e-07
NP_001311225 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform  ( 179)  493 54.2 8.2e-07
NP_001182557 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform  ( 179)  493 54.2 8.2e-07
NP_001182556 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform  ( 126)  478 52.9 1.4e-06
NP_056103 (OMIM: 610515) protein Jade-2 isoform 3  ( 790)  494 54.6 2.7e-06
NP_001276913 (OMIM: 610515) protein Jade-2 isoform ( 791)  494 54.6 2.7e-06
XP_016864771 (OMIM: 610515) PREDICTED: protein Jad ( 833)  494 54.6 2.8e-06
XP_005272002 (OMIM: 610515) PREDICTED: protein Jad ( 834)  494 54.6 2.9e-06
XP_005272003 (OMIM: 610515) PREDICTED: protein Jad ( 834)  494 54.6 2.9e-06
XP_005272005 (OMIM: 610515) PREDICTED: protein Jad ( 834)  494 54.6 2.9e-06
NP_001295072 (OMIM: 610515) protein Jade-2 isoform ( 834)  494 54.6 2.9e-06
XP_011541593 (OMIM: 610515) PREDICTED: protein Jad ( 834)  494 54.6 2.9e-06
NP_001276914 (OMIM: 610515) protein Jade-2 isoform ( 850)  494 54.6 2.9e-06
NP_079176 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform 2  ( 509)  459 51.7 1.3e-05
NP_001274370 (OMIM: 610514) protein Jade-1 isoform ( 509)  459 51.7 1.3e-05


>>NP_005928 (OMIM: 600328) protein AF-17 [Homo sapiens]   (1093 aa)
 initn: 7337 init1: 7337 opt: 7337  Z-score: 3181.2  bits: 600.4 E(85289): 1.9e-170
Smith-Waterman score: 7337; 100.0% identity (100.0% similar) in 1093 aa overlap (1-1093:1-1093)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 ARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTMEPIVLQYVPHDRFNKTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTMEPIVLQYVPHDRFNKTC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 YICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEEEVLEVDNVKYCGYCKYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEEEVLEVDNVKYCGYCKYH
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 FSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASPSTQQEKHPTHHERGQKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASPSTQQEKHPTHHERGQKK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 SRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSESSRESKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSESSRESKG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 KKSSSHSLSHKGKKLSSGKGVSSFTSASSSSSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KKSSSHSLSHKGKKLSSGKGVSSFTSASSSSSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 LEQPEEDKYSKPTAPAPSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LEQPEEDKYSKPTAPAPSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRAR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 APSPGDYKSPHVTGSGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 APSPGDYKSPHVTGSGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 PKGSRNKEGTGGPAAPSLPSAQLAGFTATAASPFSGGSLVSSGLGGLSSRTFGPSGSLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PKGSRNKEGTGGPAAPSLPSAQLAGFTATAASPFSGGSLVSSGLGGLSSRTFGPSGSLPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 LSLESPLLGAGIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLGPPGTSALPRLSRSPFTSTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LSLESPLLGAGIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLGPPGTSALPRLSRSPFTSTL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 PSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGTPMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCSFRCRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGTPMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCSFRCRG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 TSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQGDGEAGVNIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQGDGEAGVNIV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 EMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKERLQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKERLQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 LPPQAGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNSLSTSSEDPHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LPPQAGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNSLSTSSEDPHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 QQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGLGRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGLGRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 GGLNGAAAPNPASLSQAGGAPTLQLPGCLNSLTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GGLNGAAAPNPASLSQAGGAPTLQLPGCLNSLTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLT
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 PEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 LLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGPKGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGPKGG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090   
pF1KB4 TADKGASANQEKG
       :::::::::::::
NP_005 TADKGASANQEKG
             1090   

>>XP_016880137 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF-17 i  (889 aa)
 initn: 5828 init1: 5828 opt: 5828  Z-score: 2532.2  bits: 480.0 E(85289): 2.6e-134
Smith-Waterman score: 5828; 100.0% identity (100.0% similar) in 889 aa overlap (205-1093:1-889)

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB4 GYCKYHFSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASPSTQQEKHPTHH
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MGGGGSGFISGRRSRSASPSTQQEKHPTHH
                                             10        20        30

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB4 ERGQKKSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERGQKKSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSES
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::
XP_016 GGPKGGTADKGASANQEKG
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>>XP_006721974 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF-17 i  (1067 aa)
 initn: 4930 init1: 4930 opt: 4954  Z-score: 2154.3  bits: 410.3 E(85289): 3e-113
Smith-Waterman score: 7118; 97.6% identity (97.6% similar) in 1093 aa overlap (1-1093:1-1067)

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 PEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGPKGG
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pF1KB4 TADKGASANQEKG
       :::::::::::::
XP_006 TADKGASANQEKG
         1060       

>>XP_016880138 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF-17 i  (657 aa)
 initn: 4608 init1: 4408 opt: 4408  Z-score: 1922.1  bits: 366.7 E(85289): 2.5e-100
Smith-Waterman score: 4408; 99.8% identity (100.0% similar) in 649 aa overlap (1-649:1-649)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
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pF1KB4 ARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTMEPIVLQYVPHDRFNKTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTMEPIVLQYVPHDRFNKTC
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pF1KB4 YICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEEEVLEVDNVKYCGYCKYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 TSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQGDGEAGVNIV

>>XP_016880139 (OMIM: 600328) PREDICTED: protein AF-17 i  (652 aa)
 initn: 4171 init1: 4171 opt: 4171  Z-score: 1820.0  bits: 347.8 E(85289): 1.2e-94
Smith-Waterman score: 4171; 100.0% identity (100.0% similar) in 612 aa overlap (1-612:1-612)

               10        20        30        40        50        60
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 PSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGTPMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCSFRCRG
       ::::::::::::                                                
XP_016 PSSSASISTTQVGHPSPACDPRKNGRAFWLPPPSGHCPPCKNKQAGCGGSRL        
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>>NP_001182555 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform c [H  (1068 aa)
 initn: 1913 init1: 1337 opt: 2187  Z-score: 961.6  bits: 189.7 E(85289): 8e-47
Smith-Waterman score: 2454; 44.0% identity (67.6% similar) in 1095 aa overlap (1-1009:18-1037)

                                10        20        30        40   
pF1KB4                  MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQ
                        ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
NP_001 MVSSDRPVSLEDEVSHSMKEMIGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHGCSVAVHQACYGIVQ
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pF1KB4 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_001 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVSTM
               70        80        90       100       110       120

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pF1KB4 EPIVLQYVPHDRFNKTCYICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEE
       :::::: :::::.:::::::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
NP_001 EPIVLQSVPHDRYNKTCYICDEQGRESKAATGACMTCNKHGCRQAFHVTCAQFAGLLCEE
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pF1KB4 EVLEVDNVKYCGYCKYHFSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASP
       :   .:::.:::::::::::.: :...:.                     :  .: : : 
NP_001 EGNGADNVQYCGYCKYHFSKLKKSKRGSNR--------------------SYDQSLSDSS
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pF1KB4 STQQEKHPTHHERGQKKSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSS-
       : .:.:   :::. .::. :.:.. ::::::.::  :. :.: .. :..:. .:.:..: 
NP_001 SHSQDK---HHEK-EKKKYKEKDKHKQKHKKQPEPSPA-LVPSLTVTTEKTYTSTSNNSI
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                                   290        300       310        
pF1KB4 -----------------------HHEASTQETSES-SRESKGKKSSSHSLSHKGKKLSSG
                               : .: ...::. . :.::::::.:: ...:.: ..:
NP_001 SGSLKRLEDTTARFTNANFQEVSAHTSSGKDVSETRGSEGKGKKSSAHSSGQRGRKPGGG
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pF1KB4 KGVSSFTSASSS--SSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPKLEQPEEDKYSKPTAPA
       .. .. .::.:   ..: :.. :.  . . ::.::  :: .:   .  ..:.::.     
NP_001 RNPGTTVSAASPFPQGSFSGTPGSVKSSSGSSVQSPQDFLSFTDSDL-RNDSYSH-----
         340       350       360       370       380               

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pF1KB4 PSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRARA--PSPGDYKSPHVTG
         .  : .. .  :..   :.   ..:. .. . .:.. ... ..   ::::  .    .
NP_001 --SQQSSATKDVHKGESGSQEGGVNSFSTLIGLPSTSAVTSQPKSFENSPGDLGN----S
       390       400       410       420       430       440       

          440       450       460       470       480       490    
pF1KB4 SGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGRPKGSRNKEGTG---
       :  .:: .::    . :    .::    .::::.:..:.:.::::::::..:.:...   
NP_001 SLPTAG-YKR----AQTSGIEEET----VKEKKRKGNKQSKHGPGRPKGNKNQENVSHLS
            450           460           470       480       490    

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pF1KB4 -GPAAPSLPSAQLAGFTATAA---SP--FSGGSLVS-----SGLGGLSSRTFGPSGSLPS
        . :.:.   :. ::  ....   ::  . .::: :     : .:.  :  .  .:. :.
NP_001 VSSASPTSSVASAAGSITSSSLQKSPTLLRNGSLQSLSVGSSPVGSEISMQYRHDGACPT
          500       510       520       530       540       550    

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pF1KB4 LSLESPLLGA---GIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLGPPGTSALPRLSR-SPF
        .. : ::.:   :::.::   .:  . .  .  :::.::: :   ... : ...  :: 
NP_001 TTF-SELLNAIHNGIYNSNDVAVSFPNVVSGSGSSTPVSSSHLPQQSSGHLQQVGALSP-
           560       570       580       590       600       610   

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pF1KB4 TSTLPSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGT-PMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCS
        :.. :.. ...:::. .:.::..:   .:..:.   ...  :..:.:...:. :: : :
NP_001 -SAVSSAAPAVATTQANTLSGSSLSQAPSHMYGNRSNSSMAALIAQSENNQTDQDLGDNS
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           660       670       680       690       700       710   
pF1KB4 --FRCRGTSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQ-GD
         .  ::.::. :::  ::.:::   .::    : :...:.   : ....:::::.: ..
NP_001 RNLVGRGSSPRGSLSPRSPVSSLQIRYDQ----P-GNSSLENLPPVAASIEQLLERQWSE
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pF1KB4 G-----EAGV--NIVEMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKERLQILNVQLSVPFPALP
       :     : :.  .:. :::.:: :: ::.::.::: .:::::::::.::.:::::::.. 
NP_001 GQQFLLEQGTPSDILGMLKSLHQLQVENRRLEEQIKNLTAKKERLQLLNAQLSVPFPTIT
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pF1KB4 AALPAANGPVPGPYGLPPQ-AGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNSLSTSSED-PHSGCPSR
       :  :. .  .   . .  : : ..:::..::::   .:.  :::: . ..:   ::  . 
NP_001 AN-PSPSHQI---HTFSAQTAPTTDSLNSSKSPHIGNSFLPDNSLPVLNQDLTSSGQSTS
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pF1KB4 SSSSLSFHSTPPPLPLLQQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGL-------GRAPGAAGLG
       :::.::   ::::     ::::    .. :.      :  ::.       :  : .. . 
NP_001 SSSALS---TPPPAG---QSPAQQGSGVSGV------QQVNGVTVGALASGMQPVTSTIP
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pF1KB4 AMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLLGGLNGAA-AP-----NPASLSQAGGAP--TLQLPGC
       :.  . :..:.: :.  : .::..:.:::.  .:     ::. :...   :  :  .:. 
NP_001 AVSAVGGIIGALPGNQ-LAINGIVGALNGVMQTPVTMSQNPTPLTHTTVPPNATHPMPAT
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pF1KB4 L-NS------LTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLTPE-HQTVVYQMIQQIQQKR--
       : ::      :..:::..: .:    ::.:::: : ::::: ::. .::..:. .:..  
NP_001 LTNSASGLGLLSDQQRQILIHQ----QQFQQLLNSQQLTPEQHQAFLYQLMQHHHQQHHQ
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pF1KB4 -ELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPPLLPAGALVAPSLGNNTS
        :::.::. : .:.:. .::::...: : ..:                            
NP_001 PELQQLQIPGPTQIPINNLLAGTQAPPLHTATTNPFLTIHGDNASQKVARLSDKTGPVAQ
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pF1KB4 LMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGPKGGTADKGASANQEKG
                                                               
NP_001 EKS                                                     
                                                               

>>NP_004632 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform a [Homo  (1027 aa)
 initn: 1845 init1: 1337 opt: 1540  Z-score: 683.0  bits: 138.1 E(85289): 2.6e-31
Smith-Waterman score: 2300; 43.2% identity (65.8% similar) in 1062 aa overlap (1-964:18-1004)

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pF1KB4                  MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQ
                        ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
NP_004 MVSSDRPVSLEDEVSHSMKEMIGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHGCSVAVHQACYGIVQ
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pF1KB4 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_004 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVSTM
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pF1KB4 EPIVLQYVPHDRFNKTCYICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEE
       :::::: :::::.:::::::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
NP_004 EPIVLQSVPHDRYNKTCYICDEQGRESKAATGACMTCNKHGCRQAFHVTCAQFAGLLCEE
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pF1KB4 EVLEVDNVKYCGYCKYHFSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASP
       :   .:::.:::::::::::.: :...:.                     :  .: : : 
NP_004 EGNGADNVQYCGYCKYHFSKLKKSKRGSNR--------------------SYDQSLSDSS
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pF1KB4 STQQEKHPTHHERGQKKSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSS-
       : .:.::   ::. .::. :.:.. ::::::.::  :. :.: .. :..:. .:.:..: 
NP_004 SHSQDKH---HEK-EKKKYKEKDKHKQKHKKQPEPSPA-LVPSLTVTTEKTYTSTSNNSI
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pF1KB4 -----------------------HHEASTQETSES-SRESKGKKSSSHSLSHKGKKLSSG
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NP_004 SGSLKRLEDTTARFTNANFQEVSAHTSSGKDVSETRGSEGKGKKSSAHSSGQRGRKPGGG
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pF1KB4 KGVSSFTSASSS--SSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPKLEQPEEDKYSKPTAPA
       .. .. .::.:   ..: :.. :.  . . ::.::  :: .:   .  ..:.::.     
NP_004 RNPGTTVSAASPFPQGSFSGTPGSVKSSSGSSVQSPQDFLSFTDSDL-RNDSYSH-----
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pF1KB4 PSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRARA--PSPGDYKSPHVTG
         .  : .. .  :..   :.   ..:. .. . .:.. ... ..   ::::  .  .  
NP_004 --SQQSSATKDVHKGESGSQEGGVNSFSTLIGLPSTSAVTSQPKSFENSPGDLGNSSLPT
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pF1KB4 SGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGRPKGSRNKEGTG---
       .:     .::    . :    .::    .::::.:..:.:.::::::::..:.:...   
NP_004 AG-----YKR----AQTSGIEEET----VKEKKRKGNKQSKHGPGRPKGNKNQENVSHLS
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pF1KB4 -GPAAPSLPSAQLAGFTATAA---SP--FSGGSLVS-----SGLGGLSSRTFGPSGSLPS
        . :.:.   :. ::  ....   ::  . .::: :     : .:.  :  .  .:. :.
NP_004 VSSASPTSSVASAAGSITSSSLQKSPTLLRNGSLQSLSVGSSPVGSEISMQYRHDGACPT
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pF1KB4 LSLESPLLGA-------------------GIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLG
        .. : ::.:                   :::.::   .:  . .  .  :::.::: : 
NP_004 TTF-SELLNAIHNDRGDSSTLTKQELKFIGIYNSNDVAVSFPNVVSGSGSSTPVSSSHLP
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pF1KB4 PPGTSALPRLSR-SPFTSTLPSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGT-PMGAVNPLL
         ... : ...  ::  :.. :.. ...:::. .:.::..:   .:..:.   ...  :.
NP_004 QQSSGHLQQVGALSP--SAVSSAAPAVATTQANTLSGSSLSQAPSHMYGNRSNSSMAALI
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pF1KB4 SQAESSHTEPDLEDCS--FRCRGTSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAA
       .:.:...:. :: : :  .  ::.::. :::  ::.:::   .::    : :...:.   
NP_004 AQSENNQTDQDLGDNSRNLVGRGSSPRGSLSPRSPVSSLQIRYDQ----P-GNSSLENLP
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pF1KB4 PGTTNMEQLLEKQ-GDG-----EAGV--NIVEMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKER
       : ....:::::.: ..:     : :.  .:. :::.:: :: ::.::.::: .:::::::
NP_004 PVAASIEQLLERQWSEGQQFLLEQGTPSDILGMLKSLHQLQVENRRLEEQIKNLTAKKER
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pF1KB4 LQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYGLPPQ-AGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNS
       ::.::.:::::::.. :  :. .  .   . .  : : ..:::..::::   .:.  :::
NP_004 LQLLNAQLSVPFPTITAN-PSPSHQI---HTFSAQTAPTTDSLNSSKSPHIGNSFLPDNS
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pF1KB4 LSTSSED-PHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLLQQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGL-
       : . ..:   ::  . :::.:   :::::     ::::    .. :.      :  ::. 
NP_004 LPVLNQDLTSSGQSTSSSSAL---STPPP---AGQSPAQQGSGVSGV------QQVNGVT
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pF1KB4 ------GRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLLGGLNGAA-AP-----NPASL
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NP_004 VGALASGMQPVTSTIPAVSAVGGIIGALPGNQ-LAINGIVGALNGVMQTPVTMSQNPTPL
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pF1KB4 SQAGGAP--TLQLPGCL-NS------LTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLTPEHQT
       ...   :  :  .:. : ::      :..:::..: .:    ::.:::: : :::: :. 
NP_004 THTTVPPNATHPMPATLTNSASGLGLLSDQQRQILIHQ----QQFQQLLNSQQLTPVHRH
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pF1KB4 VVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPPLLPAG
                                                                   
NP_004 PHFTQLPPTHFSPSMEIMQVRK                                      
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>>NP_001311226 (OMIM: 602409) protein AF-10 isoform f [H  (823 aa)
 initn: 666 init1: 213 opt: 979  Z-score: 442.7  bits: 93.3 E(85289): 6.4e-18
Smith-Waterman score: 1116; 35.2% identity (63.3% similar) in 802 aa overlap (270-1009:41-792)

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pF1KB4 KSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSES-SRES
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NP_001 PSMEKVHISKTYTSTSNNSISGSLKRLEDTTARFTNANFQEVSAHTSSGKDVSETRGSEG
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pF1KB4 KGKKSSSHSLSHKGKKLSSGKGVSSFTSASSS--SSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFS
       ::::::.:: ...:.: ..:.. .. .::.:   ..: :.. :.  . . ::.::  :: 
NP_001 KGKKSSAHSSGQRGRKPGGGRNPGTTVSAASPFPQGSFSGTPGSVKSSSGSSVQSPQDFL
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pF1KB4 AFPKLEQPEEDKYSKPTAPAPSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSS
       .:   .  ..:.::.       .  : .. .  :..   :.   ..:. .. . .:.. .
NP_001 SFTDSDL-RNDSYSH-------SQQSSATKDVHKGESGSQEGGVNSFSTLIGLPSTSAVT
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pF1KB4 GRARA--PSPGDYKSPHVTGSGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRS
       .. ..   ::::  .  .  .:     .::    . :    .::    .::::.:..:.:
NP_001 SQPKSFENSPGDLGNSSLPTAG-----YKR----AQTSGIEEET----VKEKKRKGNKQS
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pF1KB4 RHGPGRPKGSRNKEGTG----GPAAPSLPSAQLAGFTATAA---SP--FSGGSLVS----
       .::::::::..:.:...    . :.:.   :. ::  ....   ::  . .::: :    
NP_001 KHGPGRPKGNKNQENVSHLSVSSASPTSSVASAAGSITSSSLQKSPTLLRNGSLQSLSVG
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pF1KB4 -SGLGGLSSRTFGPSGSLPSLSLESPLLGA---GIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSS
        : .:.  :  .  .:. :. .. : ::.:   :::.::   .:  . .  .  :::.::
NP_001 SSPVGSEISMQYRHDGACPTTTF-SELLNAIHNGIYNSNDVAVSFPNVVSGSGSSTPVSS
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pF1KB4 SLLGPPGTSALPRLSR-SPFTSTLPSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGT-PMGAV
       : :   ... : ...  ::  :.. :.. ...:::. .:.::..:   .:..:.   ...
NP_001 SHLPQQSSGHLQQVGALSP--SAVSSAAPAVATTQANTLSGSSLSQAPSHMYGNRSNSSM
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pF1KB4 NPLLSQAESSHTEPDLEDCS--FRCRGTSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQL
         :..:.:...:. :: : :  .  ::.::. :::  ::.:::   .::    : :...:
NP_001 AALIAQSENNQTDQDLGDNSRNLVGRGSSPRGSLSPRSPVSSLQIRYDQ----P-GNSSL
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pF1KB4 DPAAPGTTNMEQLLEKQ-GDG-----EAGV--NIVEMLKALHALQKENQRLQEQILSLTA
       .   : ....:::::.: ..:     : :.  .:. :::.:: :: ::.::.::: .:::
NP_001 ENLPPVAASIEQLLERQWSEGQQFLLEQGTPSDILGMLKSLHQLQVENRRLEEQIKNLTA
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pF1KB4 KKERLQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYGLPPQ-AGSSDSLSTSKSPPGKSSLG
       ::::::.::.:::::::.. :  :.   :    . .  : : ..:::..::::   .:. 
NP_001 KKERLQLLNAQLSVPFPTITAN-PS---PSHQIHTFSAQTAPTTDSLNSSKSPHIGNSFL
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pF1KB4 LDNSLSTSSED-PHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLLQQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQ
        :::: . ..:   ::  . :::.::   ::::     ::::    .. :.      :  
NP_001 PDNSLPVLNQDLTSSGQSTSSSSALS---TPPPAG---QSPAQQGSGVSGV------QQV
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pF1KB4 NGL-------GRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLLGGLNGAA-AP-----N
       ::.       :  : .. . :.  . :..:.: :.  : .::..:.:::.  .:     :
NP_001 NGVTVGALASGMQPVTSTIPAVSAVGGIIGALPGNQ-LAINGIVGALNGVMQTPVTMSQN
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pF1KB4 PASLSQAGGAP--TLQLPGCL-NS------LTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLTP
       :. :...   :  :  .:. : ::      :..:::..: .:    ::.:::: : ::::
NP_001 PTPLTHTTVPPNATHPMPATLTNSASGLGLLSDQQRQILIHQ----QQFQQLLNSQQLTP
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pF1KB4 E-HQTVVYQMIQQIQQKR---ELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTAS
       : ::. .::..:. .:..   :::.::. : .:.:. .::::...: : ..:        
NP_001 EQHQAFLYQLMQHHHQQHHQPELQQLQIPGPTQIPINNLLAGTQAPPLHTATTNPFLTIH
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pF1KB4 APPLLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGP
                                                                   
NP_001 GDNASQKVARLSDKTGPVAQEKS                                     
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>>NP_001305978 (OMIM: 602410) peregrin isoform 3 [Homo s  (1119 aa)
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                                     ::.:.: .    : ...::   :..:::: 
NP_001 EYLMDRLEKESYFESHNKGDPNALVDEDAVCCICNDGECQNSNVILFCD--MCNLAVHQE
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pF1KB4 CYGIVQVPTGPWFCRKC-ESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQ
       :::.  .: : :.::.: .:  ::  : : :::.: ::.:.::.: ::::::::.:::: 
NP_001 CYGVPYIPEGQWLCRRCLQSPSRA--VDCALCPNKGGAFKQTDDGRWAHVVCALWIPEVC
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pF1KB4 FANVLTMEPI-VLQYVPHDRFNKTCYICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQ
       :::.. .:::  ....:  :.. :::::...:      ::::. :.. .:  ::::::::
NP_001 FANTVFLEPIDSIEHIPPARWKLTCYICKQRG------SGACIQCHKANCYTAFHVTCAQ
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       .:::      .... :.  :     ::  ::.    :.  :                   
NP_001 QAGLY-----MKMEPVRETGANGTSFSVRKTAYCDIHTPPG-------------------
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        :.::  . : :  .: .  ....:.       :. : : :.:.:.      .::  .: 
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        ... : .:                                                   
NP_001 -VVSVPCIPPHRLSKITNRLTIQRKSQFMQRLHSYWTLKRQSRNGVPLLRRLQTHLQSQR
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>>XP_005265509 (OMIM: 602410) PREDICTED: peregrin isofor  (1125 aa)
 initn: 538 init1: 221 opt: 601  Z-score: 277.7  bits: 63.2 E(85289): 9.9e-09
Smith-Waterman score: 605; 37.6% identity (59.5% similar) in 279 aa overlap (8-269:276-517)

                                      10        20        30       
pF1KB4                        MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQA
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XP_005 EYLMDRLEKESYFESHNKGDPNALVDEDAVCCICNDGECQNSNVILFCD--MCNLAVHQE
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XP_005 CYGVPYIPEGQWLCRRCLQSPSRA--VDCALCPNKGGAFKQTDDGRWAHVVCALWIPEVC
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pF1KB4 FANVLTMEPI-VLQYVPHDRFNKTCYICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQ
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XP_005 FANTVFLEPIDSIEHIPPARWKLTCYICKQRG------SGACIQCHKANCYTAFHVTCAQ
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pF1KB4 MAGLLCEEEVLEVDNVKYCGYCKYHFSKMKTSR---HSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGF
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XP_005 QAGLY-----MKMEPVRETGANGTSFSVRKTAYCDIHTPPG-------------------
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pF1KB4 ISGRRSRSASPSTQQEKHPTHHERGQK------KSRKDKERLKQKH------KKRPESPP
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XP_005 -SARRLPALSHSEGEEDEDEEEDEGKGWSSEKVKKAKAKSRIKMKKARKILAEKRAAAP-
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pF1KB4 SILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSESSRESKGKKSSSHSLSHKGKKLSSGKG
        ... : .:                                                   
XP_005 -VVSVPCIPPHRLSKITNRLTIQRKSQFMQRLHSYWTLKRQSRNGVPLLRRLQTHLQSQR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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