Result of FASTA (ccds) for pF1KB4336
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4336, 1093 aa
  1>>>pF1KB4336 1093 - 1093 aa - 1093 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0484+/-0.00104; mu= -10.9173+/- 0.063
 mean_var=452.1410+/-93.257, 0's: 0 Z-trim(117.2): 33  B-trim: 185 in 2/51
 Lambda= 0.060317
 statistics sampled from 17882 (17914) to 17882 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.811), E-opt: 0.2 (0.55), width:  16
 Scan time:  6.830

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11327.1 MLLT6 gene_id:4302|Hs108|chr17         (1093) 7337 653.3 8.2e-187
CCDS55708.1 MLLT10 gene_id:8028|Hs108|chr10        (1068) 2187 205.2 6.5e-52
CCDS7135.1 MLLT10 gene_id:8028|Hs108|chr10         (1027) 1540 148.9 5.6e-35


>>CCDS11327.1 MLLT6 gene_id:4302|Hs108|chr17              (1093 aa)
 initn: 7337 init1: 7337 opt: 7337  Z-score: 3467.4  bits: 653.3 E(32554): 8.2e-187
Smith-Waterman score: 7337; 100.0% identity (100.0% similar) in 1093 aa overlap (1-1093:1-1093)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQVPTGPWFCRKCESQERA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 ARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTMEPIVLQYVPHDRFNKTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTMEPIVLQYVPHDRFNKTC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 YICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEEEVLEVDNVKYCGYCKYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEEEVLEVDNVKYCGYCKYH
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 FSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASPSTQQEKHPTHHERGQKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASPSTQQEKHPTHHERGQKK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 SRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSESSRESKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSSHHEASTQETSESSRESKG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 KKSSSHSLSHKGKKLSSGKGVSSFTSASSSSSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KKSSSHSLSHKGKKLSSGKGVSSFTSASSSSSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 LEQPEEDKYSKPTAPAPSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LEQPEEDKYSKPTAPAPSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRAR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 APSPGDYKSPHVTGSGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 APSPGDYKSPHVTGSGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 PKGSRNKEGTGGPAAPSLPSAQLAGFTATAASPFSGGSLVSSGLGGLSSRTFGPSGSLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PKGSRNKEGTGGPAAPSLPSAQLAGFTATAASPFSGGSLVSSGLGGLSSRTFGPSGSLPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 LSLESPLLGAGIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLGPPGTSALPRLSRSPFTSTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LSLESPLLGAGIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLGPPGTSALPRLSRSPFTSTL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 PSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGTPMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCSFRCRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGTPMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCSFRCRG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 TSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQGDGEAGVNIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQGDGEAGVNIV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 EMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKERLQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EMLKALHALQKENQRLQEQILSLTAKKERLQILNVQLSVPFPALPAALPAANGPVPGPYG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 LPPQAGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNSLSTSSEDPHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LPPQAGSSDSLSTSKSPPGKSSLGLDNSLSTSSEDPHSGCPSRSSSSLSFHSTPPPLPLL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 QQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGLGRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QQSPATLPLALPGAPAPLPPQPQNGLGRAPGAAGLGAMPMAEGLLGGLAGSGGLPLNGLL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 GGLNGAAAPNPASLSQAGGAPTLQLPGCLNSLTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GGLNGAAAPNPASLSQAGGAPTLQLPGCLNSLTEQQRHLLQQQEQQLQQLQQLLASPQLT
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 PEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PEHQTVVYQMIQQIQQKRELQRLQMAGGSQLPMASLLAGSSTPLLSAGTPGLLPTASAPP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 LLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGPKGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLPAGALVAPSLGNNTSLMAAAAAAAAVAAAGGPPVLTAQTNPFLSLSGAEGSGGGPKGG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090   
pF1KB4 TADKGASANQEKG
       :::::::::::::
CCDS11 TADKGASANQEKG
             1090   

>>CCDS55708.1 MLLT10 gene_id:8028|Hs108|chr10             (1068 aa)
 initn: 1913 init1: 1337 opt: 2187  Z-score: 1045.5  bits: 205.2 E(32554): 6.5e-52
Smith-Waterman score: 2454; 44.0% identity (67.6% similar) in 1095 aa overlap (1-1009:18-1037)

                                10        20        30        40   
pF1KB4                  MKEMVGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHACSVAVHQACYGIVQ
                        ::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS55 MVSSDRPVSLEDEVSHSMKEMIGGCCVCSDERGWAENPLVYCDGHGCSVAVHQACYGIVQ
               10        20        30        40        50        60

            50        60        70        80        90       100   
pF1KB4 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVLTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS55 VPTGPWFCRKCESQERAARVRCELCPHKDGALKRTDNGGWAHVVCALYIPEVQFANVSTM
               70        80        90       100       110       120

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB4 EPIVLQYVPHDRFNKTCYICEEQGRESKAASGACMTCNRHGCRQAFHVTCAQMAGLLCEE
       :::::: :::::.:::::::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS55 EPIVLQSVPHDRYNKTCYICDEQGRESKAATGACMTCNKHGCRQAFHVTCAQFAGLLCEE
              130       140       150       160       170       180

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB4 EVLEVDNVKYCGYCKYHFSKMKTSRHSSGGGGGGAGGGGGSMGGGGSGFISGRRSRSASP
       :   .:::.:::::::::::.: :...:.                     :  .: : : 
CCDS55 EGNGADNVQYCGYCKYHFSKLKKSKRGSNR--------------------SYDQSLSDSS
              190       200       210                           220

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB4 STQQEKHPTHHERGQKKSRKDKERLKQKHKKRPESPPSILTPPVVPTADKVSSSASSSS-
       : .:.:   :::. .::. :.:.. ::::::.::  :. :.: .. :..:. .:.:..: 
CCDS55 SHSQDK---HHEK-EKKKYKEKDKHKQKHKKQPEPSPA-LVPSLTVTTEKTYTSTSNNSI
                 230        240       250        260       270     

                                   290        300       310        
pF1KB4 -----------------------HHEASTQETSES-SRESKGKKSSSHSLSHKGKKLSSG
                               : .: ...::. . :.::::::.:: ...:.: ..:
CCDS55 SGSLKRLEDTTARFTNANFQEVSAHTSSGKDVSETRGSEGKGKKSSAHSSGQRGRKPGGG
         280       290       300       310       320       330     

      320       330         340       350       360       370      
pF1KB4 KGVSSFTSASSS--SSSSSSSSGGPFQPAVSSLQSSPDFSAFPKLEQPEEDKYSKPTAPA
       .. .. .::.:   ..: :.. :.  . . ::.::  :: .:   .  ..:.::.     
CCDS55 RNPGTTVSAASPFPQGSFSGTPGSVKSSSGSSVQSPQDFLSFTDSDL-RNDSYSH-----
         340       350       360       370       380               

        380       390       400       410       420         430    
pF1KB4 PSAPPSPSAPEPPKADLFEQKVVFSGFGPIMRFSTTTSSSGRARA--PSPGDYKSPHVTG
         .  : .. .  :..   :.   ..:. .. . .:.. ... ..   ::::  .    .
CCDS55 --SQQSSATKDVHKGESGSQEGGVNSFSTLIGLPSTSAVTSQPKSFENSPGDLGN----S
       390       400       410       420       430       440       

          440       450       460       470       480       490    
pF1KB4 SGASAGTHKRMPALSATPVPADETPETGLKEKKHKASKRSRHGPGRPKGSRNKEGTG---
       :  .:: .::    . :    .::    .::::.:..:.:.::::::::..:.:...   
CCDS55 SLPTAG-YKR----AQTSGIEEET----VKEKKRKGNKQSKHGPGRPKGNKNQENVSHLS
            450           460           470       480       490    

              500       510            520            530       540
pF1KB4 -GPAAPSLPSAQLAGFTATAA---SP--FSGGSLVS-----SGLGGLSSRTFGPSGSLPS
        . :.:.   :. ::  ....   ::  . .::: :     : .:.  :  .  .:. :.
CCDS55 VSSASPTSSVASAAGSITSSSLQKSPTLLRNGSLQSLSVGSSPVGSEISMQYRHDGACPT
          500       510       520       530       540       550    

              550          560       570       580       590       
pF1KB4 LSLESPLLGA---GIYTSNKDPISHSGGMLRAVCSTPLSSSLLGPPGTSALPRLSR-SPF
        .. : ::.:   :::.::   .:  . .  .  :::.::: :   ... : ...  :: 
CCDS55 TTF-SELLNAIHNGIYNSNDVAVSFPNVVSGSGSSTPVSSSHLPQQSSGHLQQVGALSP-
           560       570       580       590       600       610   

        600       610       620       630        640       650     
pF1KB4 TSTLPSSSASISTTQVFSLAGSTFSLPSTHIFGT-PMGAVNPLLSQAESSHTEPDLEDCS
        :.. :.. ...:::. .:.::..:   .:..:.   ...  :..:.:...:. :: : :
CCDS55 -SAVSSAAPAVATTQANTLSGSSLSQAPSHMYGNRSNSSMAALIAQSENNQTDQDLGDNS
             620       630       640       650       660       670 

           660       670       680       690       700       710   
pF1KB4 --FRCRGTSPQESLSSMSPISSLPALFDQTASAPCGGGQLDPAAPGTTNMEQLLEKQ-GD
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CCDS55 GQQFLLEQGTPSDILGMLKSLHQLQVENRRLEEQIKNLTAKKERLQLLNAQLSVPFPTIT
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CCDS55 EKS                                                     
                                                               

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CCDS71 EGNGADNVQYCGYCKYHFSKLKKSKRGSNR--------------------SYDQSLSDSS
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CCDS71 SHSQDKH---HEK-EKKKYKEKDKHKQKHKKQPEPSPA-LVPSLTVTTEKTYTSTSNNSI
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CCDS71 QQSSGHLQQVGALSP--SAVSSAAPAVATTQANTLSGSSLSQAPSHMYGNRSNSSMAALI
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CCDS71 AQSENNQTDQDLGDNSRNLVGRGSSPRGSLSPRSPVSSLQIRYDQ----P-GNSSLENLP
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CCDS71 PVAASIEQLLERQWSEGQQFLLEQGTPSDILGMLKSLHQLQVENRRLEEQIKNLTAKKER
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CCDS71 LQLLNAQLSVPFPTITAN-PSPSHQI---HTFSAQTAPTTDSLNSSKSPHIGNSFLPDNS
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CCDS71 LPVLNQDLTSSGQSTSSSSAL---STPPP---AGQSPAQQGSGVSGV------QQVNGVT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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