Result of FASTA (ccds) for pF1KB3965
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3965, 764 aa
  1>>>pF1KB3965 764 - 764 aa - 764 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6929+/-0.00131; mu= 13.5689+/- 0.077
 mean_var=217.3273+/-74.223, 0's: 0 Z-trim(103.4): 196  B-trim: 435 in 1/46
 Lambda= 0.087000
 statistics sampled from 7146 (7380) to 7146 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.576), E-opt: 0.2 (0.227), width:  16
 Scan time:  3.710

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9872.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14           ( 764) 5083 652.8 5.7e-187
CCDS1842.1 LHCGR gene_id:3973|Hs108|chr2           ( 699) 1586 213.9 7.3e-55
CCDS1843.1 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2            ( 695) 1563 211.0 5.4e-54
CCDS1844.2 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2            ( 669) 1544 208.6 2.7e-53
CCDS32131.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14          ( 253) 1528 206.0 6.3e-53
CCDS55935.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14          ( 274) 1528 206.0 6.6e-53
CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11         ( 951)  685 101.0 9.6e-21
CCDS61195.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12          ( 835)  564 85.7 3.3e-16
CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12          ( 883)  564 85.7 3.4e-16
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12           ( 907)  564 85.7 3.5e-16
CCDS30972.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1          ( 828)  466 73.4 1.7e-12
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1           ( 915)  466 73.4 1.8e-12
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1          ( 967)  466 73.5 1.8e-12
CCDS75205.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4         ( 626)  451 71.3 5.2e-12
CCDS58930.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4         ( 724)  447 70.9 8.1e-12
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4         ( 757)  447 70.9 8.3e-12
CCDS75204.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4         ( 784)  447 71.0 8.4e-12
CCDS75206.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4         ( 601)  435 69.3 2.1e-11


>>CCDS9872.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14                (764 aa)
 initn: 5083 init1: 5083 opt: 5083  Z-score: 3470.2  bits: 652.8 E(32554): 5.7e-187
Smith-Waterman score: 5083; 99.9% identity (100.0% similar) in 764 aa overlap (1-764:1-764)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 CNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFEEQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 CNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFEEQE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 DEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKFLRIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKFLRIV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 VWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLYTHSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 VWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLYTHSE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 YYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLRHACA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 YYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLRHACA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 IMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVIVCCC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 IMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVIVCCC
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 YVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITVSNSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 YVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITVSNSK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 ILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNSTDIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNSTDIQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760    
pF1KB3 VQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
       ::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 VQKVTHEMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
              730       740       750       760    

>>CCDS1842.1 LHCGR gene_id:3973|Hs108|chr2                (699 aa)
 initn: 2057 init1: 1574 opt: 1586  Z-score: 1098.5  bits: 213.9 E(32554): 7.3e-55
Smith-Waterman score: 2270; 52.2% identity (75.6% similar) in 705 aa overlap (6-707:10-652)

                   10          20        30        40        50    
pF1KB3     MRPADLLQLVLLLD--LPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPST
                ::.:.:::.  ::: :    :  : :.:  .  .:  :      :.   . 
CCDS18 MKQRFSALQLLKLLLLLQPPLPRALREALCPEP-CNCVPDGALR--C------PGPTAGL
               10        20        30         40                50 

           60        70        80         90       100       110   
pF1KB3 QTLKLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVS-IDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRN
         :.:    ...:::.:: .: .. .: .: :: .:...:...: :: ....: :.::.:
CCDS18 TRLSLAYLPVKVIPSQAFRGLNEVIKIEISQID-SLERIEANAFDNLLNLSEILIQNTKN
              60        70        80         90       100       110

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB3 LTYIDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQ
       : ::.: :. .:: ::.:.: :::.. :::.:::.:..  ::::: :: ..:.:: ::::
CCDS18 LRYIEPGAFINLPRLKYLSICNTGIRKFPDVTKVFSSESNFILEICDNLHITTIPGNAFQ
              120       130       140       150       160       170

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB3 GLCNETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDV
       :. ::..:::::.:::  ::..::::: : .. :..: .:  . . :: :. .::. ::.
CCDS18 GMNNESVTLKLYGNGFEEVQSHAFNGTTLTSLELKENVHLEKMHNGAFRGA-TGPKTLDI
              180       190       200       210       220          

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB3 SQTSVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIR
       :.:.. :::: ::: ...::: ....:::::   .:..: .: :.::::::::.:     
CCDS18 SSTKLQALPSYGLESIQRLIATSSYSLKKLPSRETFVNLLEATLTYPSHCCAFRN-----
     230       240       250       260       270       280         

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB3 GILESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYY
            :  .:....     .:..           ::..      . .:  . ..:.. : 
CCDS18 -----LPTKEQNFS-----HSIS-----------ENFSK-----QCESTVRKVNNKTLYS
               290                       300            310        

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB3 VFFEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMG
        .. :.:                 :...:  :.: .:  .    :.:. : :::::::::
CCDS18 SMLAESE-----------------LSGWD--YEYGFCLPKTPR-CAPEPDAFNPCEDIMG
      320                        330         340        350        

           420       430       440       450       460       470   
pF1KB3 YKFLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASV
       : :::...:....::..::. ::..::::.:::.:::::::::.:::::::.::::::::
CCDS18 YDFLRVLIWLINILAIMGNMTVLFVLLTSRYKLTVPRFLMCNLSFADFCMGLYLLLIASV
      360       370       380       390       400       410        

           480       490       500       510       520       530   
pF1KB3 DLYTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKI
       :  :...::::::::::: ::.:::::::::::::::::::::::::..::.:..::.:.
CCDS18 DSQTKGQYYNHAIDWQTGSGCSTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWHTITYAIHLDQKL
      420       430       440       450       460       470        

           540       550       560       570       580       590   
pF1KB3 RLRHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVA
       :::::  ::.:::.   :.:.:::::.:.: :::::.:::.:: :. .::. .: ::.::
CCDS18 RLRHAILIMLGGWLFSSLIAMLPLVGVSNYMKVSICFPMDVETTLSQVYILTILILNVVA
      480       490       500       510       520       530        

           600       610       620       630       640       650   
pF1KB3 FVIVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPL
       : :.: ::.:::..::::.    .:::::::.::.:::::: :::::::.:.:: .. ::
CCDS18 FFIICACYIKIYFAVRNPELMATNKDTKIAKKMAILIFTDFTCMAPISFFAISAAFKVPL
      540       550       560       570       580       590        

           660       670       680       690       700       710   
pF1KB3 ITVSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPP
       :::.:::.:::::::.::::::::::::::.:::: :.:::::: :::.:. ::      
CCDS18 ITVTNSKVLLVLFYPINSCANPFLYAIFTKTFQRDFFLLLSKFGCCKRRAELYRRKDFSA
      600       610       620       630       640       650        

           720       730       740       750       760    
pF1KB3 KNSTDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
                                                          
CCDS18 YTSNCKNGFTGSNKPSQSTLKLSTLHCQGTALLDKTRYTEC          
      660       670       680       690                   

>>CCDS1843.1 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2                 (695 aa)
 initn: 2216 init1: 1540 opt: 1563  Z-score: 1082.9  bits: 211.0 E(32554): 5.4e-54
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            :..:. .:.:     : ::    :.: .    ::  :..  . .::: :: ..  
CCDS18  MALLLVSLLAFLSL-----GSGCHHRICHCSN----RVFLCQESKVTEIPSDLPRNAIE
                10             20            30        40        50

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       :... :.::.: . :::.. .. .: .: . .:. .:.  : :: :. .:.:... :: :
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       :.:.:...:: :..: : :::.: .::. :..: .   .:.: ::  . .:  :.: :: 
CCDS18 INPEAFQNLPNLQYLLISNTGIKHLPDVHKIHSLQKV-LLDIQDNINIHTIERNSFVGLS
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        . .::: :::.::.: ::.:..:::::   ... : .:.:.:::::::: : ..  . :
CCDS18 RIHSLPSYGLENLKKLRARSTYNLKKLPTLEKLVALMEASLTYPSHCCAFANWRRQISEL
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       . . ::.: .     :. :. ...   :               .:.. . .....     
CCDS18 HPI-CNKSIL-----RQEVDYMTQARGQ---------------RSSLAEDNESSYSR---
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CCDS18 --------GFDMTY------------TEFDYDLCNEVVDVTCSPKPDAFNPCEDIMGYNI
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       ::...::.:.::. ::..::.:: ::.:::.:::::::::::::.:.:.:::::::::..
CCDS18 LRVLIWFISILAITGNIIVLVILTTSQYKLTVPRFLMCNLAFADLCIGIYLLLIASVDIH
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       :.:.:.:.::::::: ::..:::::::::::::::::.::::::..:: ::.:: :..::
CCDS18 TKSQYHNYAIDWQTGAGCDAAGFFTVFASELSVYTLTAITLERWHTITHAMQLDCKVQLR
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       :: ..:: ::.  :  ::.:. ::::: ::::::::: ..::.  :.. .:.::..:::.
CCDS18 HAASVMVMGWIFAFAAALFPIFGISSYMKVSICLPMDIDSPLSQLYVMSLLVLNVLAFVV
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       .: ::..::.:::::.   ...::.::::::.::::::.:::::::.:.:: :. :::::
CCDS18 ICGCYIHIYLTVRNPNIVSSSSDTRIAKRMAMLIFTDFLCMAPISFFAISASLKVPLITV
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       :..:::::::.:.:::::::::::::: :.:: :::::: :  . ::: ::         
CCDS18 SKAKILLVLFHPINSCANPFLYAIFTKNFRRDFFILLSKCGCYEMQAQIYRTETSSTVHN
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CCDS18 THPRNGHCSSAPRVTSGSTYILVPLSHLAQN                 
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>>CCDS1844.2 FSHR gene_id:2492|Hs108|chr2                 (669 aa)
 initn: 2169 init1: 1540 opt: 1544  Z-score: 1070.2  bits: 208.6 E(32554): 2.7e-53
Smith-Waterman score: 2018; 47.2% identity (72.0% similar) in 706 aa overlap (6-707:5-629)

               10        20        30         40           50      
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRV-TCKD--IQRIPS-LPPSTQT
            :..:. .:.:     : ::    :.: .    ::  :..  . .::: :: ..  
CCDS18  MALLLVSLLAFLSL-----GSGCHHRICHCSN----RVFLCQESKVTEIPSDLPRNAIE
                10             20            30        40        50

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pF1KB3 LKLIETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTY
       :... :.::.: . :::.. .. .: .: . .:. .:.  : :: :. .:.:... :: :
CCDS18 LRFVLTKLRVIQKGAFSGFGDLEKIEISQNDVLEVIEADVFSNLPKLHEIRIEKANNLLY
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pF1KB3 IDPDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLC
       :.:.:...:: :..: : :::.: .::. :..:                           
CCDS18 INPEAFQNLPNLQYLLISNTGIKHLPDVHKIHSL--------------------------
              120       130       140                              

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pF1KB3 NETLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQT
        . . : : .::.  ... :::::.:: . :. :. :  . .:.: :. ::: .::.:.:
CCDS18 -QKVLLWLNKNGIQEIHNCAFNGTQLDELNLSDNNNLEELPNDVFHGA-SGPVILDISRT
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pF1KB3 SVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGIL
        . .::: :::.::.: ::.:..:::::   ... : .:.:.:::::::: : ..  . :
CCDS18 RIHSLPSYGLENLKKLRARSTYNLKKLPTLEKLVALMEASLTYPSHCCAFANWRRQISEL
            210       220       230       240       250       260  

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pF1KB3 ESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFF
       . . ::.: .     :. :. ...   :               .:.. . .....     
CCDS18 HPI-CNKSIL-----RQEVDYMTQARGQ---------------RSSLAEDNESSYSR---
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pF1KB3 EEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKF
               :: .              ...:: .:..  :..:.:: : ::::::::::..
CCDS18 --------GFDMTY------------TEFDYDLCNEVVDVTCSPKPDAFNPCEDIMGYNI
              300                   310       320       330        

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pF1KB3 LRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLY
       ::...::.:.::. ::..::.:: ::.:::.:::::::::::::.:.:.:::::::::..
CCDS18 LRVLIWFISILAITGNIIVLVILTTSQYKLTVPRFLMCNLAFADLCIGIYLLLIASVDIH
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pF1KB3 THSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLR
       :.:.:.:.::::::: ::..:::::::::::::::::.::::::..:: ::.:: :..::
CCDS18 TKSQYHNYAIDWQTGAGCDAAGFFTVFASELSVYTLTAITLERWHTITHAMQLDCKVQLR
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pF1KB3 HACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVI
       :: ..:: ::.  :  ::.:. ::::: ::::::::: ..::.  :.. .:.::..:::.
CCDS18 HAASVMVMGWIFAFAAALFPIFGISSYMKVSICLPMDIDSPLSQLYVMSLLVLNVLAFVV
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       .: ::..::.:::::.   ...::.::::::.::::::.:::::::.:.:: :. :::::
CCDS18 ICGCYIHIYLTVRNPNIVSSSSDTRIAKRMAMLIFTDFLCMAPISFFAISASLKVPLITV
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pF1KB3 SNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNS
       :..:::::::.:.:::::::::::::: :.:: :::::: :  . ::: ::         
CCDS18 SKAKILLVLFHPINSCANPFLYAIFTKNFRRDFFILLSKCGCYEMQAQIYRTETSSTVHN
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pF1KB3 TDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL
                                                       
CCDS18 THPRNGHCSSAPRVTSGSTYILVPLSHLAQN                 
      640       650       660                          

>>CCDS32131.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14               (253 aa)
 initn: 1528 init1: 1528 opt: 1528  Z-score: 1063.7  bits: 206.0 E(32554): 6.3e-53
Smith-Waterman score: 1528; 100.0% identity (100.0% similar) in 231 aa overlap (1-231:1-231)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
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pF1KB3 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
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pF1KB3 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::         
CCDS32 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLLPLGRKSLS
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pF1KB3 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLM
                                                                   
CCDS32 FETQKAPRSSMPS                                               
              250                                                  

>>CCDS55935.1 TSHR gene_id:7253|Hs108|chr14               (274 aa)
 initn: 1528 init1: 1528 opt: 1528  Z-score: 1063.4  bits: 206.0 E(32554): 6.6e-53
Smith-Waterman score: 1547; 87.7% identity (91.2% similar) in 284 aa overlap (1-281:1-274)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ETHLRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNETL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: : ...:..
CCDS55 TLKLYNNGFTSVQGYAFNGTKLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLL-VENVAVSG
              190       200       210       220       230          

              250       260          270       280       290       
pF1KB3 LPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPL---SLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILE
          ::.   : :.   .: : .:::   ::::        :.::                
CCDS55 ---KGF--CKSLF---SW-LYRLPLGRKSLSFETQKAPRSSMPS                
        240             250       260       270                    

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB3 SLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFE

>>CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11              (951 aa)
 initn: 730 init1: 384 opt: 685  Z-score: 485.9  bits: 101.0 E(32554): 9.6e-21
Smith-Waterman score: 685; 25.8% identity (60.7% similar) in 670 aa overlap (44-688:165-811)

            20        30        40        50            60         
pF1KB3 DLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLP----PSTQTLKLIETHLRTIPS
                                     . ..:  :    :. :.: :  ... .::.
CCDS31 RLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQALTLALNKISSIPD
          140       150       160       170       180       190    

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB3 HAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYIDPDALKELPLLK
        ::.:: ..  ...  .  ...: .: : .:...  ... :  ::  . :.:.: :: ::
CCDS31 FAFTNLSSLVVLHLH-NNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDL-NYNNLGEF-PQAIKALPSLK
          200        210       220       230        240        250 

     130       140       150       160       170        180        
pF1KB3 FLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCN-ETLTLKLYNNG
        ::. .......::     .. ..  ... ::: .. .  .::..: . ..:...    :
CCDS31 ELGFHSNSISVIPD-GAFDGNPLLRTIHLYDNP-LSFVGNSAFHNLSDLHSLVIR----G
             260        270       280        290       300         

      190        200        210       220       230       240      
pF1KB3 FTSVQGYA-FNGT-KLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSLLDVSQTSVTALPS-KG
        . :: .  ..:: .:... :. .:  ..   . .    .    ::.: ...  ::: .:
CCDS31 ASMVQQFPNLTGTVHLESLTLTGTKISSI--PNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLPSFNG
         310       320       330         340       350       360   

         250         260           270       280       290         
pF1KB3 LEHLKEL-IARNT-WTLKKLP----LSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESL
        . :.:. . ::  . .:.      .:: .: :.: .: .  :  :: .   : ..  :.
CCDS31 CHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSR-NLIHEIHSRAFATLGPITNLDVSF
           370       380       390        400       410       420  

     300           310         320       330       340        350  
pF1KB3 MCNES----SMQSLRQRKSVNA--LNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKS-KFQDTHNNAHY
           :    ....: : : :.   :.  :  .   :: .  : :  .   :    . :. 
CCDS31 NELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGCDSYANL
            430       440       450       460       470       480  

            360       370       380       390          400         
pF1KB3 YVFFEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMV---CTPKSDEFNPCE
            . ::. .   :. .  ::.   :  ..   :. .. ....   :::..  :.:::
CCDS31 -----NTEDNSL---QDHSVAQEKGT-ADAANVTSTLENEEHSQIIIHCTPSTGAFKPCE
                    490       500        510       520       530   

     410       420       430       440       450       460         
pF1KB3 DIMGYKFLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLL
        ..:  ..:..:::. :.::. :..:.:  ..:  .:   ....  .. ... ::.:  .
CCDS31 YLLGSWMIRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASCTSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIYTGI
           540       550       560       570       580       590   

     470       480       490       500       510       520         
pF1KB3 IASVDLYTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRL
       .. .:  . ... . .: :.:: ::..:::..::.:: ... : . :.::  .    :. 
CCDS31 LTFLDAVSWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDIMKN
           600       610       620       630       640       650   

     530       540       550       560       570        580        
pF1KB3 DRKIRLRHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDT-ETPLALAYIVFVLT
        .. .:..  .  . ...   . . .::   . :.   .:::. : ::: .:.. : .. 
CCDS31 GKSNHLKQFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGETP-SLGFTVTLVL
           660       670       680       690       700        710  

      590       600       610       620       630       640        
pF1KB3 LNIVAFVIVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAI
       :: .::...   :.:.: .... . . ..... : :..: ::::. : . :..:.... .
CCDS31 LNSLAFLLMAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMI-KHVAWLIFTNCIFFCPVAFFSFAPL
            720       730       740        750       760       770 

      650       660       670       680       690       700        
pF1KB3 LNKPLITVSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRG
       ..   :.    : . ..:.:: .: :: ::..:.  :..:                    
CCDS31 ITAISISPEIMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRVTKKSGSVSVSIS
             780       790       800       810       820       830 

      710       720       730       740       750       760        
pF1KB3 QRVPPKNSTDIQVQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL    
                                                                   
CCDS31 SQGGCLEQDFYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVASCQR
             840       850       860       870       880       890 

>>CCDS61195.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12               (835 aa)
 initn: 593 init1: 410 opt: 564  Z-score: 404.4  bits: 85.7 E(32554): 3.3e-16
Smith-Waterman score: 690; 24.4% identity (57.1% similar) in 708 aa overlap (32-732:162-796)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB3 RPADLLQLVLLLDLPRDLGGMGCSSPPCECHQEEDFRVTCKDIQRIPSLPPSTQTLKLIE
                                     :. : . .. ......:.   . ..:: . 
CCDS61 EALQNLRSLQSLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPTAIRTLSNLKELG
             140       150       160       170       180       190 

                 70        80        90       100       110        
pF1KB3 TH---LRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYID
        :   .:.:: .:: . :..  :.   :  .: .   .: .: ..  . . .. ..: . 
CCDS61 FHSNNIRSIPEKAFVGNPSLITIHF-YDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEF-
             200       210        220       230       240          

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 PDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNE
       :: :     :. : . .. .. .:. :   .   . .:... :  . ..:  .:. .:..
CCDS61 PD-LTGTANLESLTLTGAQISSLPQ-TVCNQLPNLQVLDLSYN-LLEDLP--SFS-VCQK
     250        260       270        280       290           300   

      180       190       200        210       220       230       
pF1KB3 TLTLKLYNNGFTSVQGYAFNGT-KLDAVYLNKNKYLTVIDKDAFGGVYSGPSL--LDVSQ
          . : .: .  ..  .:.   .: .. :  :: ...:  .::. .   :::  ::.:.
CCDS61 LQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLSLRSLNLAWNK-IAIIHPNAFSTL---PSLIKLDLSS
           310       320       330        340          350         

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB3 TSVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGI
       . ....:  ::. : .:   .. .:..:  : .: .:   .. :  .::::       :.
CCDS61 NLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHALQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAF-------GV
     360       370       380       390       400       410         

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB3 LESLMCNESSMQSLRQRKSVNALNSPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVF
            :...   : .  :. :.  . ::.             :. . ::   .       
CCDS61 -----CENAYKISNQWNKGDNSSMDDLHK-------------KDAGMFQAQDE-------
                 420       430                    440              

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB3 FEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQAFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYK
        .. :: .. :        :: :.:. :            . :.:.   :.::: ..   
CCDS61 -RDLEDFLLDF--------EEDLKALHS------------VQCSPSPGPFKPCEHLLDGW
        450               460                   470       480      

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB3 FLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDL
       ..:: :: ...:::  :..:   .. :   ..  ..:.  .: ...  :.   ..:.:: 
CCDS61 LIRIGVWTIAVLALTCNALVTSTVFRSPLYISPIKLLIGVIAAVNMLTGVSSAVLAGVDA
        490       500       510       520       530       540      

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB3 YTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGFFTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRL
       .: . .  :.  :..: ::.. ::...:::: ::. ::. .::: ... .. ... :  .
CCDS61 FTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGFLSIFASESSVFLLTLAALERGFSVKYSAKFETKAPF
        550       560       570       580       590       600      

         540       550       560       570       580       590     
pF1KB3 RHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFV
           .:..   .  . .: .::.: :.:.   .:::.    : ...:.: .. :: . :.
CCDS61 SSLKVIILLCALLALTMAAVPLLGGSKYGASPLCLPLPFGEPSTMGYMVALILLNSLCFL
        610       620       630       640       650       660      

         600       610       620       630       640       650     
pF1KB3 IVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLIT
       ..   :.:.: .. . . . .  : ...:..:.:.::. :   :..: ..:...:  .:.
CCDS61 MMTIAYTKLYCNLDKGDLE-NIWDCSMVKHIALLLFTNCILNCPVAFLSFSSLINLTFIS
        670       680        690       700       710       720     

         660       670       680       690       700       710     
pF1KB3 VSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKN
           :..:..  :: .: ::.:: .:.  :..:.  :       ..:. ..  .. :   
CCDS61 PEVIKFILLVVVPLPACLNPLLYILFNPHFKEDLVSL-------RKQTYVWTRSKHPSLM
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pF1KB3 STDIQ-VQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL       
       : . . :.: . :  :.:                                       
CCDS61 SINSDDVEKQSCDSTQALVTFTSSSITYDLPPSSVPSPAYPVTESCHLSSVAFVPCL
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>>CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12               (883 aa)
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                                     : .:: :  ..:  .:. :. .: :.....
CCDS61 AFGNLSSLVVLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPT-AIRTLSNLKELH
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          :  .: .   .: .: ..  . . .. ..: . :: :     :. : . .. .. .:
CCDS61 F-YDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEF-PD-LTGTANLESLTLTGAQISSLP
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       . :   .   . .:... :  . ..:  .:. .:..   . : .: .  ..  .:.   .
CCDS61 Q-TVCNQLPNLQVLDLSYN-LLEDLP--SFS-VCQKLQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLS
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       : .. :  :: ...:  .::. .   :::  ::.:.. ....:  ::. : .:   .. .
CCDS61 LRSLNLAWNK-IAIIHPNAFSTL---PSLIKLDLSSNLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHA
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pF1KB3 LKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGILESLMCNESSMQSLRQRKSVNALN
       :..:  : .: .:   .. :  .::::       :.     :...   : .  :. :.  
CCDS61 LQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAF-------GV-----CENAYKISNQWNKGDNSSM
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pF1KB3 SPLHQEYEENLGDSIVGYKEKSKFQDTHNNAHYYVFFEEQEDEIIGFGQELKNPQEETLQ
       . ::.             :. . ::   .        .. :: .. :        :: :.
CCDS61 DDLHK-------------KDAGMFQAQDE--------RDLEDFLLDF--------EEDLK
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pF1KB3 AFDSHYDYTICGDSEDMVCTPKSDEFNPCEDIMGYKFLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLIL
       :. :            . :.:.   :.::: ..   ..:: :: ...:::  :..:   .
CCDS61 ALHS------------VQCSPSPGPFKPCEHLLDGWLIRIGVWTIAVLALTCNALVTSTV
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pF1KB3 LTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDLYTHSEYYNHAIDWQTGPGCNTAGF
       . :   ..  ..:.  .: ...  :.   ..:.:: .: . .  :.  :..: ::.. ::
CCDS61 FRSPLYISPIKLLIGVIAAVNMLTGVSSAVLAGVDAFTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGF
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pF1KB3 FTVFASELSVYTLTVITLERWYAITFAMRLDRKIRLRHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVG
       ...:::: ::. ::. .::: ... .. ... :  .    .:..   .  . .: .::.:
CCDS61 LSIFASESSVFLLTLAALERGFSVKYSAKFETKAPFSSLKVIILLCALLALTMAAVPLLG
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pF1KB3 ISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFVIVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKD
        :.:.   .:::.    : ...:.: .. :: . :...   :.:.: .. . . . .  :
CCDS61 GSKYGASPLCLPLPFGEPSTMGYMVALILLNSLCFLMMTIAYTKLYCNLDKGDLE-NIWD
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pF1KB3 TKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLITVSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYA
        ...:..:.:.::. :   :..: ..:...:  .:.    :..:..  :: .: ::.:: 
CCDS61 CSMVKHIALLLFTNCILNCPVAFLSFSSLINLTFISPEVIKFILLVVVPLPACLNPLLYI
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pF1KB3 IFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKNSTDIQ-VQKVTHDMRQGLHNMEDV
       .:.  :..:.  :       ..:. ..  .. :   : . . :.: . :  :.:      
CCDS61 LFNPHFKEDLVSL-------RKQTYVWTRSKHPSLMSINSDDVEKQSCDSTQALVTFTSS
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pF1KB3 YELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL       
                                        
CCDS61 SITYDLPPSSVPSPAYPVTESCHLSSVAFVPCL
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>>CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12                (907 aa)
 initn: 594 init1: 410 opt: 564  Z-score: 404.0  bits: 85.7 E(32554): 3.5e-16
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CCDS90 YAFGNLSSLVVLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPTAIRTLSNLKELG
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pF1KB3 TH---LRTIPSHAFSNLPNISRIYVSIDVTLQQLESHSFYNLSKVTHIEIRNTRNLTYID
        :   .:.:: .:: . :..  :.   :  .: .   .: .: ..  . . .. ..: . 
CCDS90 FHSNNIRSIPEKAFVGNPSLITIHF-YDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEF-
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pF1KB3 PDALKELPLLKFLGIFNTGLKMFPDLTKVYSTDIFFILEITDNPYMTSIPVNAFQGLCNE
       :: :     :. : . .. .. .:. :   .   . .:... :  . ..:  .:. .:..
CCDS90 PD-LTGTANLESLTLTGAQISSLPQ-TVCNQLPNLQVLDLSYN-LLEDLP--SFS-VCQK
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CCDS90 LQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLSLRSLNLAWNK-IAIIHPNAFSTL---PSLIKLDLSS
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pF1KB3 TSVTALPSKGLEHLKELIARNTWTLKKLPLSLSFLHLTRADLSYPSHCCAFKNQKKIRGI
       . ....:  ::. : .:   .. .:..:  : .: .:   .. :  .::::       :.
CCDS90 NLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHALQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAF-------GV
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            :...   : .  :. :.  . ::.             :. . ::   .       
CCDS90 -----CENAYKISNQWNKGDNSSMDDLHK-------------KDAGMFQAQDE-------
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        .. :: .. :        :: :.:. :            . :.:.   :.::: ..   
CCDS90 -RDLEDFLLDF--------EEDLKALHS------------VQCSPSPGPFKPCEHLLDGW
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pF1KB3 FLRIVVWFVSLLALLGNVFVLLILLTSHYKLNVPRFLMCNLAFADFCMGMYLLLIASVDL
       ..:: :: ...:::  :..:   .. :   ..  ..:.  .: ...  :.   ..:.:: 
CCDS90 LIRIGVWTIAVLALTCNALVTSTVFRSPLYISPIKLLIGVIAAVNMLTGVSSAVLAGVDA
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       .: . .  :.  :..: ::.. ::...:::: ::. ::. .::: ... .. ... :  .
CCDS90 FTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGFLSIFASESSVFLLTLAALERGFSVKYSAKFETKAPF
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pF1KB3 RHACAIMVGGWVCCFLLALLPLVGISSYAKVSICLPMDTETPLALAYIVFVLTLNIVAFV
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CCDS90 SSLKVIILLCALLALTMAAVPLLGGSKYGASPLCLPLPFGEPSTMGYMVALILLNSLCFL
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pF1KB3 IVCCCYVKIYITVRNPQYNPGDKDTKIAKRMAVLIFTDFICMAPISFYALSAILNKPLIT
       ..   :.:.: .. . . . .  : ...:..:.:.::. :   :..: ..:...:  .:.
CCDS90 MMTIAYTKLYCNLDKGDLE-NIWDCSMVKHIALLLFTNCILNCPVAFLSFSSLINLTFIS
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pF1KB3 VSNSKILLVLFYPLNSCANPFLYAIFTKAFQRDVFILLSKFGICKRQAQAYRGQRVPPKN
           :..:..  :: .: ::.:: .:.  :..:.  :       ..:. ..  .. :   
CCDS90 PEVIKFILLVVVPLPACLNPLLYILFNPHFKEDLVSL-------RKQTYVWTRSKHPSLM
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pF1KB3 STDIQ-VQKVTHDMRQGLHNMEDVYELIENSHLTPKKQGQISEEYMQTVL       
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CCDS90 SINSDDVEKQSCDSTQALVTFTSSSITYDLPPSSVPSPAYPVTESCHLSSVAFVPCL
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764 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 21:19:30 2016 done: Thu Nov  3 21:19:31 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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