Result of FASTA (ccds) for pF1KB3482
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3482, 733 aa
  1>>>pF1KB3482 733 - 733 aa - 733 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7415+/-0.00103; mu= 6.5845+/- 0.063
 mean_var=185.7375+/-36.513, 0's: 0 Z-trim(110.6): 10  B-trim: 6 in 1/51
 Lambda= 0.094108
 statistics sampled from 11712 (11721) to 11712 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.36), width:  16
 Scan time:  4.330

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1180.3 IFI16 gene_id:3428|Hs108|chr1           ( 729) 4720 653.4 3.4e-187
CCDS58039.1 IFI16 gene_id:3428|Hs108|chr1          ( 729) 2777 389.6 8.8e-108
CCDS1179.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1        ( 483) 1981 281.5 2.1e-75
CCDS30908.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1       ( 452) 1966 279.4 8.3e-75
CCDS1178.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1        ( 492) 1530 220.2 5.9e-57
CCDS30907.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1       ( 461) 1515 218.2 2.3e-56
CCDS1177.1 MNDA gene_id:4332|Hs108|chr1            ( 407) 1285 186.9 5.2e-47
CCDS1181.1 AIM2 gene_id:9447|Hs108|chr1            ( 343)  529 84.2 3.6e-16


>>CCDS1180.3 IFI16 gene_id:3428|Hs108|chr1                (729 aa)
 initn: 4720 init1: 4720 opt: 4720  Z-score: 3474.2  bits: 653.4 E(32554): 3.4e-187
Smith-Waterman score: 4720; 99.7% identity (99.7% similar) in 729 aa overlap (5-733:1-729)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11     MGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
                   10        20        30        40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRKKEVDATSPAPSTSSTVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRKKEVDATSPAPSTSSTVK
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 TEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPSPKTSLSAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPSPKTSLSAP
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 PNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVATQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVATQ
        180       190       200       210       220       230      

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 TQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKIIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKIIN
        240       250       260       270       280       290      

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 RAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNIPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNIPC
        300       310       320       330       340       350      

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQEQSQLPNPSE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::: :::
CCDS11 EEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQEQRQLPYPSE
        360       370       380       390       400       410      

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 ASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSIG
        420       430       440       450       460       470      

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 PAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMVLNATESFVYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMVLNATESFVYE
        480       490       500       510       520       530      

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 PKEQKKMFHATVATENEVFRVKVFNIDLKEKFTPKKIIAIANYVCRNGFLEVYPFTLVAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PKEQKKMFHATVATENEVFRVKVFNIDLKEKFTPKKIIAIANYVCRNGFLEVYPFTLVAD
        540       550       560       570       580       590      

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 VNADRNMEIPKGLIRSASVTPKINQLCSQTKGSFVNGVFEVHKKNVRGEFTYYEIQDNTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VNADRNMEIPKGLIRSASVTPKINQLCSQTKGSFVNGVFEVHKKNVRGEFTYYEIQDNTG
        600       610       620       630       640       650      

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 KMEVVVHGRLTTINCEEGDKLKLTCFELAPKSGNTGELRSVIHSHIKVIKTRKNKKDILN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KMEVVVHGRLTTINCEEGDKLKLTCFELAPKSGNTGELRSVIHSHIKVIKTRKNKKDILN
        660       670       680       690       700       710      

              730   
pF1KB3 PDSSMETSPDFFF
       :::::::::::::
CCDS11 PDSSMETSPDFFF
        720         

>>CCDS58039.1 IFI16 gene_id:3428|Hs108|chr1               (729 aa)
 initn: 2598 init1: 2598 opt: 2777  Z-score: 2048.5  bits: 389.6 E(32554): 8.8e-108
Smith-Waterman score: 4115; 85.5% identity (85.5% similar) in 785 aa overlap (5-733:1-729)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58     MGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
                   10        20        30        40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRKKEVDATSPAPSTSSTVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRKKEVDATSPAPSTSSTVK
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 TEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPSPKTSLSAP
       :::::::::::                                                 
CCDS58 TEGAEATPGAQ-------------------------------------------------
        120                                                        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 PNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVATQ
              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 -------NPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVATQ
              130       140       150       160       170       180

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 TQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKIIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKIIN
              190       200       210       220       230       240

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 RAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNIPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNIPC
              250       260       270       280       290       300

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQEQSQLPNPSE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::: :::
CCDS58 EEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQEQRQLPYPSE
              310       320       330       340       350       360

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 ASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSIG
              370       380       390       400       410       420

              490       500                                        
pF1KB3 PAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTT-------------------------------------
       :::::::::::::::::::::::                                     
CCDS58 PAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSIGPAES
              430       440       450       460       470       480

                              510       520       530       540    
pF1KB3 -------------------LKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMVLNATESFVYEPKEQ
                          :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMVLNATESFVYEPKEQ
              490       500       510       520       530       540

          550       560       570       580       590       600    
pF1KB3 KKMFHATVATENEVFRVKVFNIDLKEKFTPKKIIAIANYVCRNGFLEVYPFTLVADVNAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KKMFHATVATENEVFRVKVFNIDLKEKFTPKKIIAIANYVCRNGFLEVYPFTLVADVNAD
              550       560       570       580       590       600

          610       620       630       640       650       660    
pF1KB3 RNMEIPKGLIRSASVTPKINQLCSQTKGSFVNGVFEVHKKNVRGEFTYYEIQDNTGKMEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RNMEIPKGLIRSASVTPKINQLCSQTKGSFVNGVFEVHKKNVRGEFTYYEIQDNTGKMEV
              610       620       630       640       650       660

          670       680       690       700       710       720    
pF1KB3 VVHGRLTTINCEEGDKLKLTCFELAPKSGNTGELRSVIHSHIKVIKTRKNKKDILNPDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VVHGRLTTINCEEGDKLKLTCFELAPKSGNTGELRSVIHSHIKVIKTRKNKKDILNPDSS
              670       680       690       700       710       720

          730   
pF1KB3 METSPDFFF
       :::::::::
CCDS58 METSPDFFF
                

>>CCDS1179.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1             (483 aa)
 initn: 1495 init1: 1495 opt: 1981  Z-score: 1467.1  bits: 281.5 E(32554): 2.1e-75
Smith-Waterman score: 1981; 65.2% identity (83.7% similar) in 486 aa overlap (5-489:1-483)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           :...::.::::::::::::::::.:::::::::::: ::.::::::::::::::::
CCDS11     MANNYKKIVLLKGLEVINDYHFRIVKSLLSNDLKLNPKMKEEYDKIQIADLMEEKF
                   10        20        30        40        50      

               70        80        90       100        110         
pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRK-KEVDATSPAPSTSSTV
        :::::::::..:..:::: :::::::.:::::::   :.: : :::  ..:: . :. .
CCDS11 PGDAGLGKLIEFFKEIPTLGDLAETLKREKLKVKGIIPSKKTKQKEVYPATPACTPSNRL
         60        70        80        90       100       110      

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 KTEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPSPKTSLSA
        ..::: : : ::::: ..:..: : ::.:.:::.:   :::. :::::::: :.:: ::
CCDS11 TAKGAEETLGPQKRKKPSEEETGTKRSKMSKEQTRPSCSAGASTSTAMGRSPPPQTSSSA
        120       130       140       150       160       170      

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB3 PPNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVAT
       :::.::::. : .:. ..:  .:.... :.:. ::..:: :.::. : :.. ::::::::
CCDS11 PPNTSSTESLKPLANRHATASKNIFREDPIIAMVLNATKVFKYESSENEQRRMFHATVAT
        180       190       200       210       220       230      

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB3 QTQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKII
       ::::::::::: .::.::  :.:::::.: . .::::::: :.::::::.::::::. ::
CCDS11 QTQFFHVKVLNINLKRKFIKKRIIIISNYSKRNSLLEVNEASSVSEAGPDQTFEVPKDII
        240       250       260       270       280       290      

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB3 NRAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNIP
        :::.  ::.:::::.:: ::::.:::: : ::.:::::::::  :.: ::: :.:::::
CCDS11 RRAKKIPKINILHKQTSGYIVYGLFMLHTKIVNRKTTIYEIQDKTGSMAVVGKGECHNIP
        300       310       320       330       340       350      

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pF1KB3 CEEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQEQSQLPNPS
       ::.::::.::::::::...::::.:::::::::.:.:: :..: .:: ::::::: :.::
CCDS11 CEKGDKLRLFCFRLRKRENMSKLMSEMHSFIQIQKNTNQRSHDSRSMALPQEQSQHPKPS
        360       370       380       390       400       410      

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pF1KB3 EASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSI
       :::::.:::::.:::::::::::: ::::.:   . ...   ..:    :   .: ..: 
CCDS11 EASTTLPESHLKTPQMPPTTPSSSSFTKKDETHPGAQSSPANFRIT---SPTVAPPLSSD
        420       430       440       450       460          470   

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pF1KB3 GPAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMVLNATESFVY
         .. :: .:                                                  
CCDS11 TSTNRHPAVP                                                  
           480                                                     

>>CCDS30908.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1            (452 aa)
 initn: 1987 init1: 1484 opt: 1966  Z-score: 1456.5  bits: 279.4 E(32554): 8.3e-75
Smith-Waterman score: 1966; 69.0% identity (86.6% similar) in 448 aa overlap (5-451:1-448)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           :...::.::::::::::::::::.:::::::::::: ::.::::::::::::::::
CCDS30     MANNYKKIVLLKGLEVINDYHFRIVKSLLSNDLKLNPKMKEEYDKIQIADLMEEKF
                   10        20        30        40        50      

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pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRK-KEVDATSPAPSTSSTV
        :::::::::..:..:::: :::::::.:::::::   :.: : :::  ..:: . :. .
CCDS30 PGDAGLGKLIEFFKEIPTLGDLAETLKREKLKVKGIIPSKKTKQKEVYPATPACTPSNRL
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pF1KB3 KTEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPSPKTSLSA
        ..::: : : ::::: ..:..: : ::.:.:::.:   :::. :::::::: :.:: ::
CCDS30 TAKGAEETLGPQKRKKPSEEETGTKRSKMSKEQTRPSCSAGASTSTAMGRSPPPQTSSSA
        120       130       140       150       160       170      

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pF1KB3 PPNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVAT
       :::.::::. : .:. ..:  .:.... :.:. ::..:: :.::. : :.. ::::::::
CCDS30 PPNTSSTESLKPLANRHATASKNIFREDPIIAMVLNATKVFKYESSENEQRRMFHATVAT
        180       190       200       210       220       230      

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pF1KB3 QTQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKII
       ::::::::::: .::.::  :.:::::.: . .::::::: :.::::::.::::::. ::
CCDS30 QTQFFHVKVLNINLKRKFIKKRIIIISNYSKRNSLLEVNEASSVSEAGPDQTFEVPKDII
        240       250       260       270       280       290      

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pF1KB3 NRAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNIP
        :::.  ::.:::::.:: ::::.:::: : ::.:::::::::  :.: ::: :.:::::
CCDS30 RRAKKIPKINILHKQTSGYIVYGLFMLHTKIVNRKTTIYEIQDKTGSMAVVGKGECHNIP
        300       310       320       330       340       350      

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pF1KB3 CEEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQEQSQLPNPS
       ::.::::.::::::::...::::.:::::::::.:.:: :..: .:: ::::::: :.::
CCDS30 CEKGDKLRLFCFRLRKRENMSKLMSEMHSFIQIQKNTNQRSHDSRSMALPQEQSQHPKPS
        360       370       380       390       400       410      

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pF1KB3 EASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPFMTSI
       :::::.:::::.:::::::::::: ::: ..:                            
CCDS30 EASTTLPESHLKTPQMPPTTPSSSSFTKVTKDKDIK                        
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pF1KB3 GPAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMVLNATESFVY

>>CCDS1178.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1             (492 aa)
 initn: 1950 init1: 1495 opt: 1530  Z-score: 1136.0  bits: 220.2 E(32554): 5.9e-57
Smith-Waterman score: 1953; 64.0% identity (82.2% similar) in 495 aa overlap (5-489:1-492)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           :...::.::::::::::::::::.:::::::::::: ::.::::::::::::::::
CCDS11     MANNYKKIVLLKGLEVINDYHFRIVKSLLSNDLKLNPKMKEEYDKIQIADLMEEKF
                   10        20        30        40        50      

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pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKV---------KGPALSRKRK-KEVDATS
        :::::::::..:..:::: :::::::.:::::         ::   :.: : :::  ..
CCDS11 PGDAGLGKLIEFFKEIPTLGDLAETLKREKLKVANKIESIPVKGIIPSKKTKQKEVYPAT
         60        70        80        90       100       110      

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pF1KB3 PAPSTSSTVKTEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRS
       :: . :. . ..::: : : ::::: ..:..: : ::.:.:::.:   :::. :::::::
CCDS11 PACTPSNRLTAKGAEETLGPQKRKKPSEEETGTKRSKMSKEQTRPSCSAGASTSTAMGRS
        120       130       140       150       160       170      

              180       190       200       210       220       230
pF1KB3 PSPKTSLSAPPNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKK
       : :.:: :::::.::::. : .:. ..:  .:.... :.:. ::..:: :.::. : :..
CCDS11 PPPQTSSSAPPNTSSTESLKPLANRHATASKNIFREDPIIAMVLNATKVFKYESSENEQR
        180       190       200       210       220       230      

              240       250       260       270       280       290
pF1KB3 IMFHATVATQTQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQ
        ::::::::::::::::::: .::.::  :.:::::.: . .::::::: :.::::::.:
CCDS11 RMFHATVATQTQFFHVKVLNINLKRKFIKKRIIIISNYSKRNSLLEVNEASSVSEAGPDQ
        240       250       260       270       280       290      

              300       310       320       330       340       350
pF1KB3 TFEVPNKIINRAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVV
       :::::. :: :::.  ::.:::::.:: ::::.:::: : ::.:::::::::  :.: ::
CCDS11 TFEVPKDIIRRAKKIPKINILHKQTSGYIVYGLFMLHTKIVNRKTTIYEIQDKTGSMAVV
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pF1KB3 GTGQCHNIPCEEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQ
       : :.:::::::.::::.::::::::...::::.:::::::::.:.:: :..: .:: :::
CCDS11 GKGECHNIPCEKGDKLRLFCFRLRKRENMSKLMSEMHSFIQIQKNTNQRSHDSRSMALPQ
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              420       430       440       450       460       470
pF1KB3 EQSQLPNPSEASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSH
       :::: :.:::::::.:::::.:::::::::::: ::::.:   . ...   ..:    : 
CCDS11 EQSQHPKPSEASTTLPESHLKTPQMPPTTPSSSSFTKKDETHPGAQSSPANFRIT---SP
        420       430       440       450       460       470      

              480       490       500       510       520       530
pF1KB3 FPGPFMTSIGPAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMV
         .: ..:   .. :: .:                                         
CCDS11 TVAPPLSSDTSTNRHPAVP                                         
           480       490                                           

>>CCDS30907.1 PYHIN1 gene_id:149628|Hs108|chr1            (461 aa)
 initn: 1986 init1: 1484 opt: 1515  Z-score: 1125.4  bits: 218.2 E(32554): 2.3e-56
Smith-Waterman score: 1938; 67.6% identity (84.9% similar) in 457 aa overlap (5-451:1-457)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           :...::.::::::::::::::::.:::::::::::: ::.::::::::::::::::
CCDS30     MANNYKKIVLLKGLEVINDYHFRIVKSLLSNDLKLNPKMKEEYDKIQIADLMEEKF
                   10        20        30        40        50      

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pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKV---------KGPALSRKRK-KEVDATS
        :::::::::..:..:::: :::::::.:::::         ::   :.: : :::  ..
CCDS30 PGDAGLGKLIEFFKEIPTLGDLAETLKREKLKVANKIESIPVKGIIPSKKTKQKEVYPAT
         60        70        80        90       100       110      

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pF1KB3 PAPSTSSTVKTEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRS
       :: . :. . ..::: : : ::::: ..:..: : ::.:.:::.:   :::. :::::::
CCDS30 PACTPSNRLTAKGAEETLGPQKRKKPSEEETGTKRSKMSKEQTRPSCSAGASTSTAMGRS
        120       130       140       150       160       170      

              180       190       200       210       220       230
pF1KB3 PSPKTSLSAPPNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKK
       : :.:: :::::.::::. : .:. ..:  .:.... :.:. ::..:: :.::. : :..
CCDS30 PPPQTSSSAPPNTSSTESLKPLANRHATASKNIFREDPIIAMVLNATKVFKYESSENEQR
        180       190       200       210       220       230      

              240       250       260       270       280       290
pF1KB3 IMFHATVATQTQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQ
        ::::::::::::::::::: .::.::  :.:::::.: . .::::::: :.::::::.:
CCDS30 RMFHATVATQTQFFHVKVLNINLKRKFIKKRIIIISNYSKRNSLLEVNEASSVSEAGPDQ
        240       250       260       270       280       290      

              300       310       320       330       340       350
pF1KB3 TFEVPNKIINRAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVV
       :::::. :: :::.  ::.:::::.:: ::::.:::: : ::.:::::::::  :.: ::
CCDS30 TFEVPKDIIRRAKKIPKINILHKQTSGYIVYGLFMLHTKIVNRKTTIYEIQDKTGSMAVV
        300       310       320       330       340       350      

              360       370       380       390       400       410
pF1KB3 GTGQCHNIPCEEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQIKKKTNPRNNDPKSMKLPQ
       : :.:::::::.::::.::::::::...::::.:::::::::.:.:: :..: .:: :::
CCDS30 GKGECHNIPCEKGDKLRLFCFRLRKRENMSKLMSEMHSFIQIQKNTNQRSHDSRSMALPQ
        360       370       380       390       400       410      

              420       430       440       450       460       470
pF1KB3 EQSQLPNPSEASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSH
       :::: :.:::::::.:::::.:::::::::::: ::: ..:                   
CCDS30 EQSQHPKPSEASTTLPESHLKTPQMPPTTPSSSSFTKVTKDKDIK               
        420       430       440       450       460                

              480       490       500       510       520       530
pF1KB3 FPGPFMTSIGPAESHPHTPQMPPSTPSSSFLTTLKPRLKTEPEEVSIEDSAQSDLKEVMV

>>CCDS1177.1 MNDA gene_id:4332|Hs108|chr1                 (407 aa)
 initn: 1045 init1: 576 opt: 1285  Z-score: 957.5  bits: 186.9 E(32554): 5.2e-47
Smith-Waterman score: 1285; 51.5% identity (78.4% similar) in 408 aa overlap (5-400:1-405)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           : ..::.:.::::.:...::::  .::::. :: :. ::.:::..:.:.::::.::
CCDS11     MVNEYKKILLLKGFELMDDYHFTSIKSLLAYDLGLTTKMQEEYNRIKITDLMEKKF
                   10        20        30        40        50      

               70        80        90               100       110  
pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKV--------KGPALSRKRKKEVDATSPA
       .: : : :::.. .:.:.:..:...:.::: ::        :.: ...  ..::  ..::
CCDS11 QGVACLDKLIELAKDMPSLKNLVNNLRKEKSKVAKKIKTQEKAP-VKKINQEEVGLAAPA
         60        70        80        90       100        110     

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pF1KB3 PSTSSTVKTEGAEATPGAQKRKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPS
       :.. . . .:.    : :::::  .:::.  : .:::.::..::.:.::. :.:. . : 
CCDS11 PTARNKLTSEARGRIPVAQKRKTPNKEKTEAKRNKVSQEQSKPPGPSGASTSAAVDHPPL
         120       130       140       150       160       170     

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pF1KB3 PKTSLSAPPNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIM
       :.:: :.: :.: : : .: :. ::  :::: :. :: : ::..: ::.::.::  :. :
CCDS11 PQTSSSTPSNTSFTPNQETQAQRQVDARRNVPQNDPVTVVVLKATAPFKYESPENGKSTM
         180       190       200       210       220       230     

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pF1KB3 FHATVATQTQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTF
       ::::::..::.:::::.. .:::::  ::.: :::: :  ...:..: :.::.   ::.:
CCDS11 FHATVASKTQYFHVKVFDINLKEKFVRKKVITISDYSECKGVMEIKEASSVSDF--NQNF
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pF1KB3 EVPNKIINRAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGT
       ::::.::. :..: ::. :.:::::..:::.:::.::.:..:.:::::::. :.:::::.
CCDS11 EVPNRIIEIANKTPKISQLYKQASGTMVYGLFMLQKKSVHKKNTIYEIQDNTGSMDVVGS
           300       310       320       330       340       350   

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pF1KB3 GQCHNIPCEEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQI----KKKTNPRNNDPKSMKL
       :. ::: ::.::::.:::..::  ..  ::.   ::::..    :.: .: :        
CCDS11 GKWHNIKCEKGDKLRLFCLQLRTVDRKLKLVCGSHSFIKVIKAKKNKEGPMNVN      
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pF1KB3 PQEQSQLPNPSEASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEG

>>CCDS1181.1 AIM2 gene_id:9447|Hs108|chr1                 (343 aa)
 initn: 673 init1: 437 opt: 529  Z-score: 403.8  bits: 84.2 E(32554): 3.6e-16
Smith-Waterman score: 595; 35.8% identity (62.0% similar) in 397 aa overlap (5-396:1-343)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MSVKMGKKYKNIVLLKGLEVINDYHFRMVKSLLSNDLKLNLKMREEYDKIQIADLMEEKF
           : .:::.:.:: ::. :.: ..   : .::.....     .  ..::.: :: .. 
CCDS11     MESKYKEILLLTGLDNITDEELDRFKFFLSDEFNIATGKLHTANRIQVATLMIQNA
                   10        20        30        40        50      

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pF1KB3 RGDAGLGKLIKIFEDIPTLEDLAETLKKEKLKVKGPALSRKRKKEVDATSPAPSTSSTVK
        . ... : :.::. .  .  ::. :..:: ::       :. : :  :.: : ..    
CCDS11 GAVSAVMKTIRIFQKLNYML-LAKRLQEEKEKVD------KQYKSV--TKPKPLSQ----
         60        70         80              90         100       

              130         140       150       160       170        
pF1KB3 TEGAEATPGAQK--RKKSTKEKAGPKGSKVSEEQTQPPSPAGAGMSTAMGRSPSPKTSLS
          :: .:.:.   :.  .:..:.::                         ::  :    
CCDS11 ---AEMSPAASAAIRNDVAKQRAAPK------------------------VSPHVK----
              110       120                               130      

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 APPNSSSTENPKTVAKCQVTPRRNVLQKRPVIVKVLSTTKPFEYETPEMEKKIMFHATVA
        :      :. . ::. : . :.. .::: . : ::.. ::: .:: : ... :::::::
CCDS11 -P------EQKQMVAQ-QESIREG-FQKRCLPVMVLKAKKPFTFETQEGKQE-MFHATVA
                   140         150       160       170        180  

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB3 TQTQFFHVKVLNTSLKEKFNGKKIIIISDYLEYDSLLEVNEESTVSEAGPNQTFEVPNKI
       :. .:: :::.:: ::.::  :.::::. : .....::::  : : .:  .:  .:: .:
CCDS11 TEKEFFFVKVFNTLLKDKFIPKRIIIIARYYRHSGFLEVNSASRVLDAESDQKVNVPLNI
            190       200       210       220       230       240  

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pF1KB3 INRAKETLKIDILHKQASGNIVYGVFMLHKKTVNQKTTIYEIQDDRGKMDVVGTGQCHNI
       : .: :: ::. :. :  :.:: :.:...: : ..:. .....:. :::.:.:. .  ..
CCDS11 IRKAGETPKINTLQTQPLGTIVNGLFVVQKVTEKKKNILFDLSDNTGKMEVLGVRNEDTM
            250       260       270       280       290       300  

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pF1KB3 PCEEGDKLQLFCFRLRKKNQMSKLISEMHSFIQI---KKKTNPRNNDPKSMKLPQEQSQL
        :.::::..:  : : :...  .: : .:: :..   ::::                   
CCDS11 KCKEGDKVRLTFFTLSKNGEKLQLTSGVHSTIKVIKAKKKT                   
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pF1KB3 PNPSEASTTFPESHLRTPQMPPTTPSSSFFTKKSEDTISKMNDFMRMQILKEGSHFPGPF




733 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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