Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3435
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3435, 406 aa
1>>>pF1KB3435 406 - 406 aa - 406 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8197+/-0.00121; mu= 14.2102+/- 0.071
mean_var=72.1565+/-14.578, 0's: 0 Z-trim(100.9): 77 B-trim: 33 in 1/50
Lambda= 0.150986
statistics sampled from 6208 (6288) to 6208 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.193), width: 16
Scan time: 2.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 406) 2629 582.5 2.4e-166
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 ( 407) 2426 538.3 4.9e-153
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 347) 2155 479.2 2.5e-135
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 ( 411) 1791 400.0 2.2e-111
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 ( 483) 943 215.3 1e-55
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 915 209.2 6.9e-54
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 478) 908 207.6 2e-53
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 483) 893 204.4 1.9e-52
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 874 200.2 3e-51
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6 ( 428) 874 200.2 3e-51
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 852 195.4 7.4e-50
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 824 189.3 5.1e-48
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1 ( 824) 825 189.7 8.8e-48
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 821 188.7 9.4e-48
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 821 188.7 9.5e-48
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 814 187.2 2.7e-47
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20 ( 796) 722 167.2 4.8e-41
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031) 707 164.0 5.9e-40
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 707 164.0 5.9e-40
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 701 162.5 7.1e-40
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 703 163.0 7.1e-40
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 ( 619) 692 160.6 3.6e-39
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 672 156.3 7.3e-38
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 672 156.3 7.3e-38
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 729) 667 155.2 1.8e-37
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 731) 667 155.2 1.8e-37
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 664 154.6 3.4e-37
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 882) 664 154.6 3.4e-37
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 629 146.9 3.9e-35
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 621 145.2 2.3e-34
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX ( 631) 608 142.3 1.2e-33
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 ( 599) 603 141.2 2.4e-33
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2 ( 670) 570 134.1 3.9e-31
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 646) 569 133.9 4.3e-31
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 662) 569 133.9 4.4e-31
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY ( 660) 566 133.2 7e-31
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5 ( 622) 556 131.0 3e-30
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 552 130.2 7.4e-30
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 543 128.2 2.4e-29
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 543 128.2 2.6e-29
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 541 127.8 3.3e-29
CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 575) 495 117.7 2.8e-26
CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 690) 495 117.7 3.3e-26
CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 704) 495 117.7 3.3e-26
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 724) 495 117.8 3.4e-26
CCDS8656.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 406) 451 108.1 1.6e-23
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12 ( 820) 390 94.9 2.9e-19
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 376 91.8 1.6e-18
CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12 ( 600) 351 86.4 8e-17
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 282 71.3 2.6e-12
>>CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 2629 init1: 2629 opt: 2629 Z-score: 3099.9 bits: 582.5 E(32554): 2.4e-166
Smith-Waterman score: 2629; 100.0% identity (100.0% similar) in 406 aa overlap (1-406:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 MALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB3 GRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
370 380 390 400
>>CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 (407 aa)
initn: 2418 init1: 2418 opt: 2426 Z-score: 2860.9 bits: 538.3 E(32554): 4.9e-153
Smith-Waterman score: 2426; 89.7% identity (98.0% similar) in 407 aa overlap (1-406:1-407)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
CCDS32 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV
::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: :::::::::::::::::::
CCDS32 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF
..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.::::
CCDS32 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS32 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS32 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400
pF1KB3 IGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
:::::::::::::::.::::::: ::::::::::..::::.::::::
CCDS32 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
370 380 390 400
>>CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 (347 aa)
initn: 2176 init1: 2155 opt: 2155 Z-score: 2543.0 bits: 479.2 E(32554): 2.5e-135
Smith-Waterman score: 2155; 99.4% identity (100.0% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 RAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 MALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
::::::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS58 AMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP
310 320 330 340
370 380 390 400
pF1KB3 GRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
>>CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 (411 aa)
initn: 1782 init1: 1254 opt: 1791 Z-score: 2113.3 bits: 400.0 E(32554): 2.2e-111
Smith-Waterman score: 1791; 66.7% identity (86.7% similar) in 406 aa overlap (1-406:7-411)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
:..: ..:.: . : :. ... .:: :.: :.::::::::::::
CCDS11 MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
::::::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.::::::::
CCDS11 PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
:::: ..::::::...:::::::::: ...::.. . :...:::::::::. :: : .
CCDS11 QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
:::.:::::::::..:::.::::... : :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
CCDS11 AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
:::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::.
CCDS11 LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRE
.::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.:::
CCDS11 ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB3 NYIHRIGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
:::::::.::.::::::::.: ..: : ::::: .:.:.:.:::.::::::
CCDS11 LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
360 370 380 390 400 410
>>CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 790 init1: 446 opt: 943 Z-score: 1113.9 bits: 215.3 E(32554): 1e-55
Smith-Waterman score: 943; 38.7% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (32-402:96-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
. :.:. :.. :: ::. .:.:::: ::..
CCDS44 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 AILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKVVM
.: ..: :..:.:..::::.... : .:....: ::.:..:::::: :.... .
CCDS44 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ALGDYMG-ASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMFV
.. .:: :. : ::::.: ....:. .. :....::::..:.... . ...:.:
CCDS44 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
:::::..::. : . . ::. : .: :..: :::.: .: . .. .. : .: . ::
CCDS44 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
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310 320 330 340 350 360
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370 380 390 400
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CCDS44 P
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CCDS10 KIAN
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CCDS10 KIAN
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CCDS44 EIEKIDY
480
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CCDS12 STYIEQSR
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CCDS46 FNYDMPEDSDTYLHRVARAGRFGTKGLAITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNISELPDEID
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CCDS46 ISSYIEQTR
420
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]