FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB3092, 716 aa 1>>>pF1KB3092 716 - 716 aa - 716 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7324+/-0.00116; mu= 17.9622+/- 0.070 mean_var=79.4927+/-15.656, 0's: 0 Z-trim(103.2): 60 B-trim: 49 in 1/51 Lambda= 0.143850 statistics sampled from 7240 (7299) to 7240 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.224), width: 16 Scan time: 2.880 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 4629 971.1 0 CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 4285 899.7 0 CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 3669 771.8 0 CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 1143 247.6 5.3e-65 CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 1015 221.1 5.2e-57 CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 619 138.7 1.6e-32 CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 619 138.7 1.6e-32 CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 588 132.3 1.5e-30 CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 584 131.6 4.4e-30 CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 564 127.3 4.4e-29 CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 551 124.6 2.7e-28 CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 551 124.6 3.1e-28 CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 543 123.0 9.8e-28 CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 528 120.0 1.3e-26 CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 528 120.0 1.3e-26 CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 528 120.0 1.5e-26 CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 523 118.8 1.6e-26 CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 523 118.8 1.7e-26 CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 526 119.6 2e-26 CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 522 118.6 2.2e-26 CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 517 117.7 5.8e-26 CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 508 115.7 1.6e-25 CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 505 115.1 2.5e-25 CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 502 114.7 6.9e-25 CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 490 112.2 4.7e-24 CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 490 112.2 4.9e-24 CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 483 110.6 7.3e-24 CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 483 110.7 8.6e-24 CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 462 106.2 1.1e-22 CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 451 103.9 5.5e-22 CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 442 102.1 2.5e-21 CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 442 102.1 2.6e-21 CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 442 102.3 5.2e-21 CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 440 101.9 7.2e-21 CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 429 99.4 1.8e-20 CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 397 92.6 1.1e-18 CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 390 91.2 3.7e-18 CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 356 84.1 3.5e-16 CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 297 72.1 3.6e-12 CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 279 68.3 4.7e-11 >>CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 (716 aa) initn: 4629 init1: 4629 opt: 4629 Z-score: 5191.1 bits: 971.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4629; 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CCDS11 GPAGIGRTGRGMGGLFSVGETTAKVLKDEIDVKFKDVAGCEEAKLEIMEFVNFLKNPKQY 280 290 300 310 320 330 310 320 330 340 350 360 pF1KB3 TILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRIRNLF ::.:.::: .:.:::::::::::.:.::::.::: .::::: ::::::: .:.:.:: CCDS11 QDLGAKIPKGAILTGPPGTGKTLLAKATAGEANVPFITVSGSEFLEMFVGVGPARVRDLF 340 350 360 370 380 390 370 380 390 400 410 420 pF1KB3 REAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYSRQ--TINQLLAEMDGFKPNEGVIIIGAT :. ::::..::::.:.:: :: .. . :.: :.::::.:::::. . .:.:...: CCDS11 ALARKNAPCILFIDEIDAVGRKRGRGNFGGQSEQENTLNQLLVEMDGFNTTTNVVILAGT 400 410 420 430 440 450 430 440 450 460 470 480 pF1KB3 NFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARG----T : :. :: ::.:::::: :. . ::.:::. :.: .: .:.:.... . .:: : CCDS11 NRPDILDPALLRPGRFDRQIFIGPPDIKGRASIFKVHLRPLKLDSTLEKDKLARKLASLT 460 470 480 490 500 510 490 500 510 520 530 540 pF1KB3 VGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAY :::::.. :. :.::: :: .. ...:..: . .... : :... .. ..: .:: CCDS11 PGFSGADVANVCNEAALIAARHLSDSINQKHFEQAIERVIGGLEKKTQVLQPEEKKTVAY 520 530 540 550 560 570 550 560 570 580 590 600 pF1KB3 HESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLLAQMDVSMGGR ::.:::. ..: . : :. :..:.::: ::... ::. ... :. ::: .: ...::: CCDS11 HEAGHAVAGWYLEHADPLLKVSIIPRGKGLGYAQYLPK-EQYLYTKEQLLDRMCMTLGGR 580 590 600 610 620 630 610 620 630 640 650 pF1KB3 VAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYS--DTGKL------S :.::..:: .:::::..:. ..:. : ....:::.::.: .... : . : CCDS11 VSEEIFFG--RITTGAQDDLRKVTQSAYAQIVQFGMNEKVGQISFDLPRQGDMVLEKPYS 640 650 660 670 680 690 660 670 680 690 700 710 pF1KB3 PETQSAIEQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAKEIQIVLEGKKL : :..:.:::. :.:.:. .: . . ...: :: :.:: ... . : : . CCDS11 EATARLIDDEVRILINDAYKRTVALLTEKKADVEKVALLLLEKEVLDKNDM-VELLGPRP 700 710 720 730 740 pF1KB3 EVR CCDS11 FAEKSTYEEFVEGTGSLDEDTSLPEGLKDWNKEREKEKEEPPGEKVAN 750 760 770 780 790 >>CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 (795 aa) initn: 913 init1: 470 opt: 1015 Z-score: 1137.0 bits: 221.1 E(32554): 5.2e-57 Smith-Waterman score: 1076; 38.6% identity (73.5% similar) in 456 aa overlap (269-708:296-747) 240 250 260 270 280 290 pF1KB3 ILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVV . :: . :.:.:. : :..::: :..: : CCDS10 AILWYVFRLAGMTGREGGFSAFNQLKMARFTIVDGKMGKGVSFKDVAGMHEAKLEVREFV 270 280 290 300 310 320 300 310 320 330 340 350 pF1KB3 EFLKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGV ..::.:..: ::.:.::: ::.:::: ::::::.::: ::.::: .: :: :.. :. CCDS10 DYLKSPERFLQLGAKVPKGALLLGPPGCGKTLLAKAVATEAQVPFLAMAGPEFVEVIGGL 330 340 350 360 370 380 360 370 380 390 400 410 pF1KB3 GASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYS----RQTINQLLAEMDGFK ::.:.:.::.::.: :::...:::.:.:: :: . : .: .::.::::.::::. CCDS10 GAARVRSLFKEARARAPCIVYIDEIDAVGKKR-STTMSGFSNTEEEQTLNQLLVEMDGMG 390 400 410 420 430 440 420 430 440 450 460 470 pF1KB3 PNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVD- .. ::....:: . ::.::.::::.: .: . : .. : ::.. .:...:. :: CCDS10 TTDHVIVLASTNRADILDGALMRPGRLDRHVFIDLPTLQERREIFEQHLKSLKLTQSSTF 450 460 470 480 490 500 480 490 500 510 520 530 pF1KB3 -PEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPERRSVEID . .:. : :::::.. :. :.:::.:: .:. : ..:.. ...: : ..: .. CCDS10 YSQRLAELTPGFSGADIANICNEAALHAAREGHTSVHTLNFEYAVERVLAGTAKKSKILS 510 520 530 540 550 560 540 550 560 570 580 590 pF1KB3 NKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPR-GPTLGHVSLLPENDRWNETRAQLL .... ..:.::::::..... . . . :..: :: . .:: ...::. :. :. ::. CCDS10 KEEQKVVAFHESGHALVGWMLEHTEAVMKVSITPRTNAALGFAQMLPR-DQHLFTKEQLF 570 580 590 600 610 620 600 610 620 630 640 pF1KB3 AQMDVSMGGRVAEELIFGTDHITTGASSDFDNATKIAKRMVTKFGMSEKLGVMTYSDT-- .: ...:::..: : : ...:.::..:. ..:.:: :: .:::. .: ... .. CCDS10 ERMCMALGGRASEALSF--NEVTSGAQDDLRKVTRIAYSMVKQFGMAPGIGPISFPEAQE 630 640 650 660 670 680 650 660 670 680 690 700 pF1KB3 -----GK--LSPETQSAIEQEIRILLRDSYERAKHILKTHAKEHKNLAEALLTYETLDAK :. .: :. ...: :.:. .:......:. . . . ::.::: :... . CCDS10 GLMGIGRRPFSQGLQQMMDHEARLLVAKAYRHTEKVLQDNLDKLQALANALLEKEVINYE 690 700 710 720 730 740 710 pF1KB3 EIQIVLEGKKLEVR .:. .. CCDS10 DIEALIGPPPHGPKKMIAPQRWIDAQREKQDLGEEETEETQQPPLGGEEPTWPK 750 760 770 780 790 >>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa) initn: 530 init1: 314 opt: 619 Z-score: 697.3 bits: 138.7 E(32554): 1.6e-32 Smith-Waterman score: 619; 37.1% identity (70.5% similar) in 275 aa overlap (267-531:119-393) 240 250 260 270 280 pF1KB3 RLILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPV-------QMKNVTFEHVKGVEE : . :::. .. . :.: . :... CCDS56 VDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDK 90 100 110 120 130 140 290 300 310 320 330 340 pF1KB3 AKQELQEVVEF-LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASG .:..::.:. .:.:. : :: :::.:: ::::::::::::::: ..: : .:: CCDS56 QIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSG 150 160 170 180 190 200 350 360 370 380 390 400 pF1KB3 SEFDEMFVGVGASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYS--RQTINQL ::. . :.: :: .:.:: :. .:: .::.::.::.:..:.:. : ..:. .: CCDS56 SELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLEL 210 220 230 240 250 260 410 420 430 440 450 460 pF1KB3 LAEMDGFKPNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKI : ..:::. .... .: ::: . ::.::.::::.: .. : :. ..: .::: . :. CCDS56 LNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKM 270 280 290 300 310 320 470 480 490 500 510 520 pF1KB3 KFDQSVDPEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPER .. .... . ::. : ::::.... ..:.. : . . ::....:.. :... . CCDS56 NLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSE 330 340 350 360 370 380 530 540 550 560 570 580 pF1KB3 RSVEIDNKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNET ... : CCDS56 KNMSIKKLWK 390 >>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa) initn: 530 init1: 314 opt: 619 Z-score: 697.2 bits: 138.7 E(32554): 1.6e-32 Smith-Waterman score: 619; 37.1% identity (70.5% similar) in 275 aa overlap (267-531:127-401) 240 250 260 270 280 pF1KB3 RLILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPV-------QMKNVTFEHVKGVEE : . :::. .. . :.: . :... CCDS11 VDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDK 100 110 120 130 140 150 290 300 310 320 330 340 pF1KB3 AKQELQEVVEF-LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASG .:..::.:. .:.:. : :: :::.:: ::::::::::::::: ..: : .:: CCDS11 QIKEIKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSG 160 170 180 190 200 210 350 360 370 380 390 400 pF1KB3 SEFDEMFVGVGASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPMHPYS--RQTINQL ::. . :.: :: .:.:: :. .:: .::.::.::.:..:.:. : ..:. .: CCDS11 SELVQKFIGEGARMVRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLEL 220 230 240 250 260 270 410 420 430 440 450 460 pF1KB3 LAEMDGFKPNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKI : ..:::. .... .: ::: . ::.::.::::.: .. : :. ..: .::: . :. CCDS11 LNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKM 280 290 300 310 320 330 470 480 490 500 510 520 pF1KB3 KFDQSVDPEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKELEFSKDKILMGPER .. .... . ::. : ::::.... ..:.. : . . ::....:.. :... . CCDS11 NLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSE 340 350 360 370 380 390 530 540 550 560 570 580 pF1KB3 RSVEIDNKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGHVSLLPENDRWNET ... : CCDS11 KNMSIKKLWK 400 >>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa) initn: 491 init1: 288 opt: 588 Z-score: 662.0 bits: 132.3 E(32554): 1.5e-30 Smith-Waterman score: 588; 35.3% identity (70.5% similar) in 278 aa overlap (250-521:141-417) 220 230 240 250 260 270 pF1KB3 LKAQALTQKTNDSLRRTRLILFVLLLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMK-- :. .: . .... .: .: .:.. CCDS57 YIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKY-QIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEK 120 130 140 150 160 280 290 300 310 320 330 pF1KB3 -NVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF-LKNPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAV .::. : : .: ..:.:::: : .:..:. :: . :::.:: ::::::::: :::: CCDS57 PDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAV 170 180 190 200 210 220 340 350 360 370 380 390 pF1KB3 AGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASRIRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVGGKRIESPM :...:. : . :::. . .:: :: .:.::. :... :.::.::.:..:: :... CCDS57 ANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGA 230 240 250 260 270 280 400 410 420 430 440 450 pF1KB3 HPYS--RQTINQLLAEMDGFKPNEGVIIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVK . ..:. .:. ..::: : .. .. ::: :..:: ::.::::.: .. ::.. CCDS57 GGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLE 290 300 310 320 330 340 460 470 480 490 500 510 pF1KB3 GRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIARGTVGFSGAELENLVNQAALKAAVDGKEMVTMKEL :::.:.: . ... .... :..:: . .:::.... ..:.. : ....: :.. CCDS57 GRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDF 350 360 370 380 390 400 520 530 540 550 560 570 pF1KB3 EFSKDKILMGPERRSVEIDNKNKTITAYHESGHAIIAYYTKDAMPINKATIMPRGPTLGH . .:.. CCDS57 LEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN 410 420 430 >>CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 (806 aa) initn: 578 init1: 297 opt: 584 Z-score: 653.5 bits: 131.6 E(32554): 4.4e-30 Smith-Waterman score: 608; 39.9% identity (68.5% similar) in 273 aa overlap (274-542:469-735) 250 260 270 280 290 300 pF1KB3 LLFGIYGLLKNPFLSVRFRTTTGLDSAVDPVQMKNVTFEHVKGVEEAKQELQEVVEF-LK :.. .::.: . :.:..:.::::.:.. .. CCDS65 AEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVE 440 450 460 470 480 490 310 320 330 340 350 360 pF1KB3 NPQKFTILGGKLPKGILLVGPPGTGKTLLARAVAGEADVPFYYASGSEFDEMFVGVGASR .:.:: .: ::.:. :::: ::::::.:.:.: .. : .: :. :. : . . CCDS65 HPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEAN 500 510 520 530 540 550 370 380 390 400 410 pF1KB3 IRNLFREAKANAPCVIFIDELDSVG---GKRIESPMHPYSRQTINQLLAEMDGFKPNEGV .:..: .:. ::::.:.:::::.. : : . .: .:::.:.::::.. ...: CCDS65 VREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADR-VINQILTEMDGMSTKKNV 560 570 580 590 600 610 420 430 440 450 460 470 pF1KB3 IIIGATNFPEALDNALIRPGRFDMQVTVPRPDVKGRTEILKWYLNKIKFDQSVDPEIIAR .:::::: :. .: :..::::.:. . .: :: :.:. ::: : : ..:: :..:. 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CCDS97 NGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV 360 370 380 390 400 716 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 20:36:48 2016 done: Thu Nov 3 20:36:48 2016 Total Scan time: 2.880 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]