Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1113
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1113, 1127 aa
1>>>pF1KA1113 1127 - 1127 aa - 1127 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7571+/-0.00105; mu= -4.2361+/- 0.063
mean_var=383.2597+/-79.674, 0's: 0 Z-trim(116.2): 63 B-trim: 754 in 1/50
Lambda= 0.065513
statistics sampled from 16729 (16789) to 16729 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.516), width: 16
Scan time: 4.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1127) 7660 738.6 1.8e-212
CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110) 7098 685.5 1.8e-196
CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1050) 2947 293.2 2.2e-78
CCDS47720.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1016) 1747 179.7 2.9e-44
CCDS12985.1 TRIM28 gene_id:10155|Hs108|chr19 ( 835) 1172 125.3 5.7e-28
>>CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1127 aa)
initn: 7660 init1: 7660 opt: 7660 Z-score: 3927.9 bits: 738.6 E(32554): 1.8e-212
Smith-Waterman score: 7660; 99.9% identity (99.9% similar) in 1127 aa overlap (1-1127:1-1127)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAENKGGGEAESGGGGSGSAPVTAGAAGPAAQEAEPPLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MAENKGGGEAESGGGGSGSAPVTAGAAGPAAQEAEPPLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 GPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTPAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTPAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCLPEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCLPEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 CPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 CPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 CIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRPVFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 CIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRPVFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 LLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEKKNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEKKNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQMKLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQMKLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 ASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAANGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAANGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 KPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 KPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 APVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQRGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 APVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQRGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 SVTAIELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SVTAIELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 PGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLSFKSDQVKVKQEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLSFKSDQVKVKQEPG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 TEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMHRSARIGGDGNNKDDDPNEDWCAVCQNGGDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMHRSARIGGDGNNKDDDPNEDWCAVCQNGGDLL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 CCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 CCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 VDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKKKLQKKHSQHYQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKKKLQKKHSQHYQI
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 PDDFVADVRLIFKNCERFNEMMKVVQVYADTQEINLKADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PDDFVADVRLIFKNCERFNEMMKVVQVYADTQEINLKADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120
pF1KA1 YSDRTFAPLPEFEQEEDDGEVTEDSDEDFIQPRRKRLKSDERPVHIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 YSDRTFAPLPEFEQEEDDGEVTEDSDEDFIQPRRKRLKSDERPVHIK
1090 1100 1110 1120
>>CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1 (1110 aa)
initn: 7098 init1: 7098 opt: 7098 Z-score: 3640.9 bits: 685.5 E(32554): 1.8e-196
Smith-Waterman score: 7512; 98.4% identity (98.4% similar) in 1127 aa overlap (1-1127:1-1110)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAENKGGGEAESGGGGSGSAPVTAGAAGPAAQEAEPPLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MAENKGGGEAESGGGGSGSAPVTAGAAGPAAQEAEPPLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 GPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTPAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTPAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCLPEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCLPEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 CPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 CPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 CIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRPVFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 CIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRPVFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 LLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEKKNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEKKNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQMKLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQMKLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 ASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAANGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 ASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAANGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 KPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 KPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 APVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQRGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 APVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQRGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 SVTAIELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SVTAIELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 PGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLSFKSDQVKVKQEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLSFKSDQVKVKQEPG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 TEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMHRSARIGGDGNNKDDDPNEDWCAVCQNGGDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMHRSARIGGDGNNKDDDPNEDWCAVCQNGGDLL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 CCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 CCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 VDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKKKLQKKHSQHYQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKKKLQKKHSQHYQI
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 PDDFVADVRLIFKNCERFNEMMKVVQVYADTQEINLKADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEI
:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS87 PDDFVADVRLIFKNCERFNE-----------------ADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEI
1030 1040 1050 1060
1090 1100 1110 1120
pF1KA1 YSDRTFAPLPEFEQEEDDGEVTEDSDEDFIQPRRKRLKSDERPVHIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 YSDRTFAPLPEFEQEEDDGEVTEDSDEDFIQPRRKRLKSDERPVHIK
1070 1080 1090 1100 1110
>>CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7 (1050 aa)
initn: 2703 init1: 1139 opt: 2947 Z-score: 1520.9 bits: 293.2 E(32554): 2.2e-78
Smith-Waterman score: 3335; 50.1% identity (72.1% similar) in 1108 aa overlap (67-1122:3-1046)
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 PLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVST
::. .. .: ::.: ::: :: ..
CCDS58 MEVAVEKAVAAAAAASAAAS------GGPSAA
10 20
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 PAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPA--SLLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
:. . ::.. : : .::::::::.:..::: ::::::::::: :::
CCDS58 PSGENEAESRQGPDS-ERGGEAARLNLLDTCAVCHQNIQSR---APKLLPCLHSFCQRCL
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190
pF1KA1 PEPERQL--------------SVPIPG----GSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDN
: :.: : :: :: ::. :::::::::: ::: . ..::
CCDS58 PAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFATQVGVIRCPVCSQECAERHIIDN
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 YFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLI
.:::::.:.:::. :::.:::::::::: : :::::: ::::::::.::::::::::: .
CCDS58 FFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECVEWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTV
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 RKKEDVS-ESVGASGQRPVFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEA
:.::.:: :.::...::::::: ::.:::::.:::::.::::::::::::::::::.:::
CCDS58 RQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDKLTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEA
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 FQNQKGAIENLLAKLLEKKNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINK
::::: :..:..::.:: .:..:...:.:::: :::...:.:::.::::::::. ::::
CCDS58 FQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQNQKQVEQDIKVAIFTLMVEINK
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 KGKSLLQQLENVTKERQMKLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLI
:::.::.:::...:...:::.:::....:::.:..:::.:..::..::::::::::::::
CCDS58 KGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVMHFSKWAVSSGSSTALLYSKRLI
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 TFQLRHILKARCDPVPAANGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTP--NVVVG
:..:::.:.:::: :..:..:.:::::.:::.:..:::.::::.: . : : ::
CCDS58 TYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINLGSLVIEDKESQPQMPKQNPVVE
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540
pF1KA1 QV--PPG---TNHISKTPGQINLAQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTT
: ::. .:..:: : ::.:::::::::::::.::..: .:. :::: .
CCDS58 QNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQVMAQRQQ------VQRRPAPVGLPNP
450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 TTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQ-RGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIPGIPRHS-
.: : : :: :::::. :. . . : . .:.: : .:::..
CCDS58 R-MQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRYPPNQ----NIPRQAI
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 --GP-QYSMM-QPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANAN-RGPTSPS
.: :.... : ... . . :.. : ....:. .:.::: .. :. . .. ::
CCDS58 KPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTP---STTNSTSSTPSSPTITSAAGYDGKAFGSP-
560 570 580 590 600
670 680 690 700 710
pF1KA1 VTAIELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSS-SLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMN-P
:.: : . :::::::: : .:. :::.. . . .: :.: :. .
CCDS58 --MIDLSSPVGGSYNLPSLPDI------DCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQ
610 620 630 640 650
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 SPGPSALSPGSSG---LSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLS----FKSDQ
::. :. ::: .: ... : :.: ::.::.::::: :::.. : : .
CCDS58 SPNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEP
660 670 680 690 700 710
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 VKVKQEPGTEDEICSFSGG-VKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTP-PLSTNLHLESELDA
...::: . : .: ::::. :..: :... : . :.: :.: ..
CCDS58 IRIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESR--------PQNANYPRSILTSLLLNSSQSS
720 730 740 750 760 770
840 850 860 870 880
pF1KA1 LASLENHVKTEPADMNESCKQSGL--SSLVNGKSPIRSLMHRSARIGGDGNNKDDDPNED
.: :. .... : . : :: .. :::: . ..: :. . :.::::::
CCDS58 -TSEETVLRSDAPD--STGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGE-TRKEDDPNED
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pF1KA1 WCAVCQNGGDLLCCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQH
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CCDS58 WCAVCQNGGELLCCEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSH
830 840 850 860 870 880
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 SKKGKTAQGL---SPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLST
... : ..:: .:.:.::::::::.:::::.:. ::.::: ..:.::::::.::::::
CCDS58 NSEKKKTEGLVKLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLST
890 900 910 920 930 940
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 VKKKLQKKHSQHYQIPDDFVADVRLIFKNCERFNEMMKVVQVYADTQEINLKADSEVAQA
.::.::. .:. :. :.::::: ::::.:: .::: :::::.:
CCDS58 IKKRLQEDYSM-YSKPEDFVADFRLIFQNCAEFNE-----------------PDSEVANA
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: . :::. : ..: .. : : :::..: .:.. ..:::.::.:::.::::: .::
CCDS58 GIKLENYFEELLKNLYPEKRF-PKPEFRNESEDNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQL
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pF1KA1 HIK
CCDS58 LK
1050
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CCDS47 RQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDKLTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEA
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CCDS47 FQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQNQKQVEQDIKVAIFTLMVEINK
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CCDS47 KGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVMHFSKWAVSSGSSTALLYSKRLI
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CCDS47 TYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINLGSLVIEDKESQPQMPKQNPVVE
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: ::. .:..:: : ::.:::::::::::: ::: : .
CCDS47 QNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQ---------------QPP---PRLIN
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pF1KA1 TTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQRGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIPGIPRHS--
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CCDS47 FQNHSPKPNGPVL----PP------------------HPQQLRYPPNQ----NIPRQAIK
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pF1KA1 -GP-QYSMM-QPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANAN-RGPTSPSV
.: :.... : ... . . :.. : ....:. .:.::: .. :. . .. ::
CCDS47 PNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTP---STTNSTSSTPSSPTITSAAGYDGKAFGSP--
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pF1KA1 TAIELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSS-SLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMN-PS
:.: : . :::::::: : .:. :::.. . . .: :.: :. . :
CCDS47 -MIDLSSPVGGSYNLPSLPDI------DCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQS
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pF1KA1 PGPSALSPGSSG---LSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLS----FKSDQV
:. :. ::: .: ... : :.: ::.::.::::: :::.. : : . .
CCDS47 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
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pF1KA1 KVKQEPGTEDEICSFSGG-VKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTP-PLSTNLHLESELDAL
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CCDS47 RIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESR--------PQNANYPRSILTSLLLNSSQSS-
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CCDS47 TSEETVLRSDAPD--STGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGE-TRKEDDPNEDW
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pF1KA1 CAVCQNGGDLLCCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHS
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CCDS47 CAVCQNGGELLCCEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHN
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pF1KA1 KKGKTAQGL---SPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTV
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CCDS47 SEKKKTEGLVKLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTI
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CCDS47 KKRLQEDYSM-YSKPEDFVADFRLIFQNCAEFNE-----------------PDSEVANAG
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pF1KA1 KAVALYFEDKLTEIYSDRTFAPLPEFEQEEDDGEVTEDSDEDFIQPRRKRLKS-DERPVH
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CCDS47 IKLENYFEELLKNLYPEKRF-PKPEFRNESEDNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLL
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pF1KA1 IK
CCDS47 K
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CCDS12 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
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CCDS12 G-P----AAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQ
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CCDS12 DANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGPAKSRDGE
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CCDS12 RTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLG
210 220 230 240 250 260
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.:. .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .
CCDS12 DKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQ
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CCDS12 QERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVE
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CCDS12 P-HGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAER----------------PGTNSTGPAP-----
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pF1KA1 AQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLIS
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CCDS12 ------------------------MAPPRAPGPLS--------KQGSGS---SQP-----
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. .:.: :. . : :: .::. .:..:. :..
CCDS12 -MEVQEGY---------------------GFGSGDDP-YSSAEPHVSGVKRSRSGEGEV-
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.. : .. : :. .: ..: . : . .:
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::.. : ::. : .: . :. : . . :: :: .
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: . :.: .. . . . . : :. . ... : : : : :
CCDS12 -------GMAIVKEEETEAAIGAPPT-ATEGPETKPVLMALAEGPGAE----GPR----L
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.:: .: . : :...: : : :. :
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620 630 640 650 660
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pF1KA1 CTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVP
:..:. . . : .:. . . .. :::..::::::.:: :.::: .:.
CCDS12 CSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPC----RPLH
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CCDS12 QLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFK---QFN---KL
730 740 750 760 770
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CCDS12 TEDKADVQSII------------GLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLS
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CCDS12 SQELSGGPGDGP
830
1127 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 19:52:47 2016 done: Thu Nov 3 19:52:48 2016
Total Scan time: 4.840 Total Display time: 0.210
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]