Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1100
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1100, 432 aa
  1>>>pF1KSDA1100 432 - 432 aa - 432 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8360+/-0.000388; mu= -10.2536+/- 0.024
 mean_var=456.3240+/-93.945, 0's: 0 Z-trim(125.5): 67  B-trim: 0 in 0/61
 Lambda= 0.060040
 statistics sampled from 49234 (49322) to 49234 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.833), E-opt: 0.2 (0.578), width:  16
 Scan time: 11.320

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_005251423 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_011516014 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_006716784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_005251424 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_016869784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_011516015 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919313 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_005251425 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919311 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919309 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919310 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 465) 1836 172.9 1.6e-42
NP_073618 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 515) 1836 172.9 1.7e-42
XP_016869783 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 444) 1760 166.3 1.5e-40
XP_016869785 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 402) 1757 166.0 1.6e-40
XP_016869786 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 402) 1757 166.0 1.6e-40


>>XP_005251423 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
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XP_005 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
               10        20        30            40        50      

                        70        80           90       100        
pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
XP_005 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
         60        70        80        90       100       110      

      110       120       130       140       150       160        
pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
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XP_005 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
        120       130       140       150       160       170      

      170       180       190       200       210       220        
pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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XP_005 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
        180       190        200       210       220       230     

      230       240       250       260       270       280        
pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
         .:.:::  ::  :.: ::.::..: :::::::.::::::  .:::::. . ::: :::
XP_005 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
         240       250       260       270       280       290     

       290       300       310       320       330       340       
pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
XP_005 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
                300       310        320       330       340       

       350       360       370       380       390       400       
pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
XP_005 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
       350       360       370       380       390       400       

       410       420       430  
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_005 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>XP_011516014 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
XP_011 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
               10        20        30            40        50      

                        70        80           90       100        
pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
XP_011 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
         60        70        80        90       100       110      

      110       120       130       140       150       160        
pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
XP_011 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
        120       130       140       150       160       170      

      170       180       190       200       210       220        
pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
XP_011 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
        180       190        200       210       220       230     

      230       240       250       260       270       280        
pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
         .:.:::  ::  :.: ::.::..: :::::::.::::::  .:::::. . ::: :::
XP_011 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
         240       250       260       270       280       290     

       290       300       310       320       330       340       
pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
XP_011 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
                300       310        320       330       340       

       350       360       370       380       390       400       
pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
XP_011 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
       350       360       370       380       390       400       

       410       420       430  
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_011 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>XP_006716784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
XP_006 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
               10        20        30            40        50      

                        70        80           90       100        
pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
XP_006 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
         60        70        80        90       100       110      

      110       120       130       140       150       160        
pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
XP_006 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
        120       130       140       150       160       170      

      170       180       190       200       210       220        
pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
XP_006 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
        180       190        200       210       220       230     

      230       240       250       260       270       280        
pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
         .:.:::  ::  :.: ::.::..: :::::::.::::::  .:::::. . ::: :::
XP_006 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
         240       250       260       270       280       290     

       290       300       310       320       330       340       
pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
XP_006 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
                300       310        320       330       340       

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pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
XP_006 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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       410       420       430  
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_006 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>XP_005251424 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
XP_005 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
               10        20        30            40        50      

                        70        80           90       100        
pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
XP_005 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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      110       120       130       140       150       160        
pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
XP_005 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
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         .:.:::  ::  :.: ::.::..: :::::::.::::::  .:::::. . ::: :::
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       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
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       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_005 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>XP_016869784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
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       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
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       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
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       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
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       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
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       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
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       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_016 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>XP_011516015 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
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       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
XP_011 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
XP_011 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
XP_011 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
XP_011 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
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pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
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XP_011 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
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       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
XP_011 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
XP_011 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_011 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>NP_919313 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein ligase R  (432 aa)
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pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
NP_919 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
NP_919 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
NP_919 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
NP_919 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
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pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
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NP_919 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
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pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
NP_919 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
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NP_919 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
NP_919 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>XP_005251425 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

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pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
XP_005 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
XP_005 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
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pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
         .:.:::  ::  :.: ::.::..: :::::::.::::::  .:::::. . ::: :::
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       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
XP_005 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
XP_005 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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       410       420       430  
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
XP_005 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>NP_919311 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein ligase R  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
NP_919 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
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       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
NP_919 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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       ::::::. .:.:: ::::::.::.::.:.:::.::::: :.: .:::..:::..:.::::
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       : :.: ::::: ...:::  .:  .: :. : :::: .:::. : ::::..:.:.: :..
NP_919 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
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         .:.:::  ::  :.: ::.::..: :::::::.::::::  .:::::. . ::: :::
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       .::       :::.::.::: :::::. : :.:::.:..:::.: :.:::::::::::::
NP_919 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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       :.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
NP_919 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
       :::::::::::::::::::: :..:
NP_919 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
       410       420       430  

>>NP_919309 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein ligase R  (432 aa)
 initn: 1381 init1: 730 opt: 1836  Z-score: 884.9  bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
       :::: .. .: :::.  .:..::.   .::..   ::    :.    .: .::  ..  :
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
       .     :::      .:: ::  : . :::.::::.   ::.  :::.:.:.::: ::.:
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NP_919 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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NP_919 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
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pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
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NP_919 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
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pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
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NP_919 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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NP_919 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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