Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0959, 768 aa
1>>>pF1KSDA0959 768 - 768 aa - 768 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9494+/-0.00108; mu= 6.8597+/- 0.065
mean_var=122.1639+/-23.599, 0's: 0 Z-trim(106.6): 66 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.116039
statistics sampled from 9006 (9069) to 9006 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16
Scan time: 2.740
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS72992.1 RGL1 gene_id:23179|Hs108|chr1 ( 768) 5021 852.4 0
CCDS1359.1 RGL1 gene_id:23179|Hs108|chr1 ( 803) 4960 842.2 0
CCDS43897.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 ( 859) 1750 304.8 3.7e-82
CCDS65174.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 ( 885) 1750 304.8 3.8e-82
CCDS65172.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 ( 902) 1750 304.8 3.9e-82
CCDS65173.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 ( 913) 1750 304.8 3.9e-82
CCDS6959.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 ( 914) 1750 304.8 3.9e-82
CCDS32910.1 RGL3 gene_id:57139|Hs108|chr19 ( 710) 598 112.0 3.5e-24
CCDS54221.1 RGL3 gene_id:57139|Hs108|chr19 ( 716) 598 112.0 3.5e-24
CCDS4774.1 RGL2 gene_id:5863|Hs108|chr6 ( 777) 570 107.3 9.9e-23
CCDS13811.1 RGL4 gene_id:266747|Hs108|chr22 ( 473) 520 98.9 2.1e-20
>>CCDS72992.1 RGL1 gene_id:23179|Hs108|chr1 (768 aa)
initn: 5021 init1: 5021 opt: 5021 Z-score: 4548.7 bits: 852.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5021; 100.0% identity (100.0% similar) in 768 aa overlap (1-768:1-768)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKLLWQAKMSSIQDWGEEVEEGAVYHVTLKRVQIQQAANKGARWLGVEGDQLPPGHTVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MKLLWQAKMSSIQDWGEEVEEGAVYHVTLKRVQIQQAANKGARWLGVEGDQLPPGHTVSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD YETCKIRTIKAGTLEKLVENLLTAFGDNDFTYISIFLSTYRGFASTKEVLELLLDRYGNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 YETCKIRTIKAGTLEKLVENLLTAFGDNDFTYISIFLSTYRGFASTKEVLELLLDRYGNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TSPNCEEDGSQSSSESKMVIRNAIASILRAWLDQCAEDFREPPHFPCLQKLLDYLTRMMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 TSPNCEEDGSQSSSESKMVIRNAIASILRAWLDQCAEDFREPPHFPCLQKLLDYLTRMMP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GSDPERRAQNLLEQFQKQEVETDNGLPNTISFSLEEEEELEGGESAEFTCFSEDLVAEQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GSDPERRAQNLLEQFQKQEVETDNGLPNTISFSLEEEEELEGGESAEFTCFSEDLVAEQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVSTILGGKEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 TYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVSTILGGKEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRAIVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRDRMLMFEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 KTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRAIVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRDRMLMFEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LSDIFSDHNNHLTSRELLMKEGTSKFANLDSSVKENQKRTQRRLQLQKDMGVMQGTVPYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LSDIFSDHNNHLTSRELLMKEGTSKFANLDSSVKENQKRTQRRLQLQKDMGVMQGTVPYL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GTFLTDLTMLDTALQDYIEGGLINFEKRRREFEVIAQIKLLQSACNSYCMTPDQKFIQWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GTFLTDLTMLDTALQDYIEGGLINFEKRRREFEVIAQIKLLQSACNSYCMTPDQKFIQWF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QRQQLLTEEESYALSCEIEAAADASTTSPKPRKSMVKRLSLLFLGSDMITSPTPTKEQPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QRQQLLTEEESYALSCEIEAAADASTTSPKPRKSMVKRLSLLFLGSDMITSPTPTKEQPK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD STASGSSGESMDSVSVSSCESNHSEAEEGSITPMDTPDEPQKKLSESSSSCSSIHSMDTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 STASGSSGESMDSVSVSSCESNHSEAEEGSITPMDTPDEPQKKLSESSSSCSSIHSMDTN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SSGMSSLINPLSSPPSCNNNPKIHKRSVSVTSITSTVLPPVYNQQNEDTCIIRISVEDNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SSGMSSLINPLSSPPSCNNNPKIHKRSVSVTSITSTVLPPVYNQQNEDTCIIRISVEDNN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD GNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMLKHNLDSDPAEEYELVQVISEDKELVIPDSANVFYAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMLKHNLDSDPAEEYELVQVISEDKELVIPDSANVFYAM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KSD NSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTLPRTAKRGCWSNRHSKITL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 NSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTLPRTAKRGCWSNRHSKITL
730 740 750 760
>>CCDS1359.1 RGL1 gene_id:23179|Hs108|chr1 (803 aa)
initn: 4959 init1: 4959 opt: 4960 Z-score: 4493.2 bits: 842.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4960; 99.0% identity (99.5% similar) in 768 aa overlap (4-768:36-803)
10 20 30
pF1KSD MKLLWQA---KMSSIQDWGEEVEEGAVYHVTLK
.:.. . :::::::::::::::::::::
CCDS13 VGEPTQEVSKFKLSTKVESTGHWLVEDHVRIWEVLKTEESSIQDWGEEVEEGAVYHVTLK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD RVQIQQAANKGARWLGVEGDQLPPGHTVSQYETCKIRTIKAGTLEKLVENLLTAFGDNDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RVQIQQAANKGARWLGVEGDQLPPGHTVSQYETCKIRTIKAGTLEKLVENLLTAFGDNDF
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TYISIFLSTYRGFASTKEVLELLLDRYGNLTSPNCEEDGSQSSSESKMVIRNAIASILRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TYISIFLSTYRGFASTKEVLELLLDRYGNLTSPNCEEDGSQSSSESKMVIRNAIASILRA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD WLDQCAEDFREPPHFPCLQKLLDYLTRMMPGSDPERRAQNLLEQFQKQEVETDNGLPNTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WLDQCAEDFREPPHFPCLQKLLDYLTRMMPGSDPERRAQNLLEQFQKQEVETDNGLPNTI
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD SFSLEEEEELEGGESAEFTCFSEDLVAEQLTYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SFSLEEEEELEGGESAEFTCFSEDLVAEQLTYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENK
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD HLAPTIRATISQFNTLTKCVVSTILGGKELKTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HLAPTIRATISQFNTLTKCVVSTILGGKELKTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRA
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD IVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRDRMLMFEELSDIFSDHNNHLTSRELLMKEGTSKFANLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRDRMLMFEELSDIFSDHNNHLTSRELLMKEGTSKFANLD
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD SSVKENQKRTQRRLQLQKDMGVMQGTVPYLGTFLTDLTMLDTALQDYIEGGLINFEKRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSVKENQKRTQRRLQLQKDMGVMQGTVPYLGTFLTDLTMLDTALQDYIEGGLINFEKRRR
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD EFEVIAQIKLLQSACNSYCMTPDQKFIQWFQRQQLLTEEESYALSCEIEAAADASTTSPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EFEVIAQIKLLQSACNSYCMTPDQKFIQWFQRQQLLTEEESYALSCEIEAAADASTTSPK
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PRKSMVKRLSLLFLGSDMITSPTPTKEQPKSTASGSSGESMDSVSVSSCESNHSEAEEGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PRKSMVKRLSLLFLGSDMITSPTPTKEQPKSTASGSSGESMDSVSVSSCESNHSEAEEGS
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KSD ITPMDTPDEPQKKLSESSSSCSSIHSMDTNSSGMSSLINPLSSPPSCNNNPKIHKRSVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ITPMDTPDEPQKKLSESSSSCSSIHSMDTNSSGMSSLINPLSSPPSCNNNPKIHKRSVSV
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KSD TSITSTVLPPVYNQQNEDTCIIRISVEDNNGNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMLKHNLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TSITSTVLPPVYNQQNEDTCIIRISVEDNNGNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMLKHNLDS
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KSD DPAEEYELVQVISEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPAEEYELVQVISEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTL
730 740 750 760 770 780
760
pF1KSD PRTAKRGCWSNRHSKITL
::::::::::::::::::
CCDS13 PRTAKRGCWSNRHSKITL
790 800
>>CCDS43897.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 (859 aa)
initn: 1881 init1: 751 opt: 1750 Z-score: 1588.5 bits: 304.8 E(32554): 3.7e-82
Smith-Waterman score: 1934; 44.7% identity (66.8% similar) in 805 aa overlap (76-757:68-851)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD GVEGDQLPPGHTVSQYETCKIRTIKAGTLEKLVENLLTAFGDNDFTYISIFLSTYRGFAS
::::.:. :: .:..:..::: :::.:..
CCDS43 GQRWLGYENESALNLYETCKVRTVKAGTLEKLVEHLVPAFQGSDLSYVTIFLCTYRAFTT
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150
pF1KSD TKEVLELLLDRYGN---LTS--------PNCEEDGSQSSSESKMVIRNAIASILRAWLDQ
:..::.::. ::: ::. : .:::. ... ..:::.::: .::::
CCDS43 TQQVLDLLFKRYGRCDALTASSRYGCILPYSDEDGGPQDQ-----LKNAISSILGTWLDQ
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200
pF1KSD CAEDFREPPHFPCLQKLLDYLTRMMPGSDPERRAQNLLEQFQKQE-VETDN---------
.::: .:: ::::..:. :. ::::: ::::. :: :....: .:..
CCDS43 YSEDFCQPPDFPCLKQLVAYVQLNMPGSDLERRAHLLLAQLEHSEPIEAEPEALSPVPAL
160 170 180 190 200 210
pF1KSD --------------------------------------------------------GLPN
:: .
CCDS43 KPTPELELALTPARAPSPVPAPAPEPEPAPTPAPGSELEVAPAPAPELQQAPEPAVGLES
220 230 240 250 260 270
210 220 230
pF1KSD TISFSLEEEE------------ELE--------------------GGESAE---FTCFSE
. . .:: : ::: .: : : . :
CCDS43 APAPALELEPAPEQDPAPSQTLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFPP
280 290 300 310 320 330
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DLVAEQLTYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVST
::::::.: :::.:::::::.:::: :::.:::: ..:::::::::..:::....::..:
CCDS43 DLVAEQFTLMDAELFKKVVPYHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVITT
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ILGGKELKTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRAIVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRD
::.. :. .::...:.::..:.:::.::::::: ::.::::::::.:::::: : ::
CCDS43 CLGNRSTKAPDRARVVEHWIEVARECRILKNFSSLYAILSALQSNSIHRLKKTWEDVSRD
400 410 420 430 440 450
360 370 380 390 400 410
pF1KSD RMLMFEELSDIFSDHNNHLTSRELLMKEGTSKFANLDSSVKENQKRTQRRLQLQKDMGVM
. .:..::.::::.::. :::::.::::::::.:. : ::.:.: :. :..
CCDS43 SFRIFQKLSEIFSDENNYSLSRELLIKEGTSKFATLE----MNPKRAQKR---PKETGII
460 470 480 490 500
420 430 440 450 460 470
pF1KSD QGTVPYLGTFLTDLTMLDTALQDYIEGGLINFEKRRREFEVIAQIKLLQSACNSYCMTPD
::::::::::::::.:::::..::. : ::::::::.::::::::::::::::.: ..::
CCDS43 QGTVPYLGTFLTDLVMLDTAMKDYLYGRLINFEKRRKEFEVIAQIKLLQSACNNYSIAPD
510 520 530 540 550 560
480 490 500 510 520 530
pF1KSD QKFIQWFQRQQLLTEEESYALSCEIEAAADASTTSPKPRKS--MVKRLSLLFLGSDMIT-
..: ::. . :.: ::: ::::.: ....... . .:. .::: : : ..
CCDS43 EQFGAWFRAVERLSETESYNLSCELEPPSESASNTLRTKKNTAIVKRWSDRQAPSTELST
570 580 590 600 610 620
540 550 560 570 580
pF1KSD ---SPTPTKEQPKSTASGSSGESMDSVSVSSCESNHSEAEEGSITPM-DTPDEPQKKLSE
: . . .: . :::. :..:: : :. :..:: .:. . ..:: .::. :
CCDS43 SGSSHSKSCDQLRCGPYLSSGDIADALSVHSAGSSSSDVEEINISFVPESPDGQEKKFWE
630 640 650 660 670 680
590 600 610 620 630 640
pF1KSD SSSSCSSIHSMDTNSSGMSSLINPLSSPPSCNNNP----KIHKRSVSVTSITSTVLPPVY
:.:. : ..::.:: . :: : ...: . :::::: .:..:: .:
CCDS43 SASQSSP------ETSGISSASSSTSSS-SASTTPVAATRTHKRSVSGLCNSSSALP-LY
690 700 710 720 730
650 660 670 680 690 700
pF1KSD NQQNEDTCIIRISVEDNNGNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMLKHNLDSDPAEEYELVQVI
::: : ::::.:.. .::::::::..:::::.::::..:: ::::. . :.:::.:..
CCDS43 NQQVGDCCIIRVSLDVDNGNMYKSILVTSQDKAPAVIRKAMDKHNLEEEEPEDYELLQIL
740 750 760 770 780 790
710 720 730 740 750 760
pF1KSD SEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTLPRTAKRGCWSNR
:.:..: ::..::::::::: .:.::.:.:. .. . ::.. .: :::: ..:
CCDS43 SDDRKLKIPENANVFYAMNSTANYDFVLKKR-TFTKGVKVKHGASSTLPRMKQKGLKIAK
800 810 820 830 840 850
pF1KSD HSKITL
CCDS43 GIF
>>CCDS65174.1 RALGDS gene_id:5900|Hs108|chr9 (885 aa)
initn: 1878 init1: 751 opt: 1750 Z-score: 1588.3 bits: 304.8 E(32554): 3.8e-82
Smith-Waterman score: 2027; 45.7% identity (68.0% similar) in 806 aa overlap (64-757:94-877)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD IQQAANKGARWLGVEGDQLPPGHTVSQYETCKIRTIKAGTLEKLVENLLTAFGDNDFTYI
::.::.::::::::::.:. :: .:..:.
CCDS65 LRKVQLHHGGNKGQRWLGYENESALNLYETCKVRTVKAGTLEKLVEHLVPAFQGSDLSYV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD SIFLSTYRGFASTKEVLELLLDRYGNLTSPNCEEDGSQSSSESKMVIRNAIASILRAWLD
.::: :::.:..:..::.::. ::: . : .:::. ... ..:::.::: .:::
CCDS65 TIFLCTYRAFTTTQQVLDLLFKRYGCIL-PYSDEDGGPQDQ-----LKNAISSILGTWLD
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KSD QCAEDFREPPHFPCLQKLLDYLTRMMPGSDPERRAQNLLEQFQKQE-VETDN--------
: .::: .:: ::::..:. :. ::::: ::::. :: :....: .:..
CCDS65 QYSEDFCQPPDFPCLKQLVAYVQLNMPGSDLERRAHLLLAQLEHSEPIEAEPEALSPVPA
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ---------------------------------------------------------GLP
::
CCDS65 LKPTPELELALTPARAPSPVPAPAPEPEPAPTPAPGSELEVAPAPAPELQQAPEPAVGLE
240 250 260 270 280 290
210 220 230
pF1KSD NTISFSLEEEE------------ELE--------------------GGESAE---FTCFS
.. . .:: : ::: .: : : . :
CCDS65 SAPAPALELEPAPEQDPAPSQTLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFP
300 310 320 330 340 350
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EDLVAEQLTYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVS
::::::.: :::.:::::::.:::: :::.:::: ..:::::::::..:::....::..
CCDS65 PDLVAEQFTLMDAELFKKVVPYHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVIT
360 370 380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TILGGKELKTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRAIVSALQSNSIYRLKKTWAAVPR
: ::.. :. .::...:.::..:.:::.::::::: ::.::::::::.:::::: : :
CCDS65 TCLGNRSTKAPDRARVVEHWIEVARECRILKNFSSLYAILSALQSNSIHRLKKTWEDVSR
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DRMLMFEELSDIFSDHNNHLTSRELLMKEGTSKFANLDSSVKENQKRTQRRLQLQKDMGV
: . .:..::.::::.::. :::::.::::::::.:. : ::.:.: :. :.
CCDS65 DSFRIFQKLSEIFSDENNYSLSRELLIKEGTSKFATLEM----NPKRAQKR---PKETGI
480 490 500 510 520 530
420 430 440 450 460 470
pF1KSD MQGTVPYLGTFLTDLTMLDTALQDYIEGGLINFEKRRREFEVIAQIKLLQSACNSYCMTP
.::::::::::::::.:::::..::. : ::::::::.::::::::::::::::.: ..:
CCDS65 IQGTVPYLGTFLTDLVMLDTAMKDYLYGRLINFEKRRKEFEVIAQIKLLQSACNNYSIAP
540 550 560 570 580 590
480 490 500 510 520 530
pF1KSD DQKFIQWFQRQQLLTEEESYALSCEIEAAADASTTSPKPRKS--MVKRLSLLFLGSDMIT
:..: ::. . :.: ::: ::::.: ....... . .:. .::: : : ..
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160 170 180 190 200
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CCDS65 TSGSSHSKSCDQLRCGPYLSSGDIADALSVHSAGSSSSDVEEINISFVPESPDGQEKKFW
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CCDS65 ESASQSSP------ETSGISSASSSTSSS-SASTTPVAATRTHKRSVSGLCNSSSALP-L
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CCDS65 KGIF
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160 170 180 190 200
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CCDS65 GIF
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CCDS69 NQQVGDCCIIRVSLDVDNGNMYKSILVTSQDKAPAVIRKAMDKHNLEEEEPEDYELLQIL
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pF1KSD SEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTLPRTAKRGCWSNR
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CCDS69 SDDRKLKIPENANVFYAMNSTANYDFVLKKR-TFTKGVKVKHGASSTLPRMKQKGLKIAK
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CCDS69 GIF
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CCDS32 NPIYRLKRSWGAVSREPLSTFRKLSQIFSDENNHLSSREILFQEEAT-----EGSQEEDN
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: : . : :::::::::::.:::::: :..:: ::::::::.:.:..:.
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460 470 480 490 500 510
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:. :: :.:: ..: .. .. :. ::::.:: :: :: : . .::. :. :.
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:. :. :: : .: : .: ::.:: .:
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760
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::..::::.: ::....::. : . :::. .:::: ::..:: :.::::::::.:::::
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CCDS54 --TPGSLPSKPP----PGPVPYLGTFLTDLVMLDTALPDMLEGDLINFEKRRKEWEILAR
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:. :: :.:: ..: .. .. :. ::::.:: :: :: : . .::. :. :.
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:. :... . ..: .: . .: :. . ::: :: :. .. :
CCDS54 PPSSPRSRDAPAGSPPAS-----PGPQGPSTKL-PLSLDLPS----PRPFALPLGSPRI-
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pF1KSD STVLPPVYNQQNEDTCIIRISVEDNNGNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMLKHNLDSDPAE
:. ::. .. .::.:.....::.:.::.::::::.:.:..::. :::. . :
CCDS54 -----PLPAQQSSEARVIRVSIDNDHGNLYRSILLTSQDKAPSVVRRALQKHNVPQPWAC
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pF1KSD EYELVQVISEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRKKNSMEEQVKLRSRTSLTLPRTA
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CCDS54 DYQLFQVLPGDRVLLIPDNANVFYAMSPVAPRDFMLRRKEGTRNTLSVSPS
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CCDS47 -------MPPPRSS--------RRLRAGTLEALVRHLLDTRTSGTDVSFMSAFLATHRAF
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CCDS47 TSTPALLGLMADRLEALESHPTDE--LERTTEVAI-------SVLSTWLASHPEDFGSEA
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CCDS47 K-GQLDRLESFLLQTGYAAGKGVGGGSADLIRNLRSRVDPQAPDLPKPLALPGDPP----
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CCDS47 -ADPTDVLVFLADHLAEQLTLLDAELFLNLIPSQCLGGLWGHRDRPGHSHLCPSVRATVT
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CCDS47 QFNKVAGAVVSSVLGATSTGEGPGEVTIRPLRPPQRARLLEKWIRVAEECRLLRNFSSVY
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CCDS47 AVVSALQSSPIHRLRAAWGEATRDSLRVFSSLCQIFSEEDNYSQSRELLVQE-----VKL
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CCDS47 KEFAVLSELRRLQNECRGYNLQPDHDIQRWLQGLRPLTEAQSHRVSCEVEPPGSSDPPAP
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18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]