FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0865, 1858 aa 1>>>pF1KSDA0865 1858 - 1858 aa - 1858 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4046+/-0.000609; mu= -19.0444+/- 0.038 mean_var=889.9831+/-181.560, 0's: 0 Z-trim(121.7): 273 B-trim: 39 in 1/59 Lambda= 0.042992 statistics sampled from 38287 (38599) to 38287 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.453), width: 16 Scan time: 23.950 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055826 (OMIM: 615479) unconventional myosin-XVI (1858) 12436 789.0 0 XP_011519364 (OMIM: 615479) PREDICTED: unconventio (1858) 12436 789.0 0 NP_001185879 (OMIM: 615479) unconventional myosin- (1880) 12436 789.0 0 XP_011517813 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1009) 1040 81.9 3.6e-14 XP_011517812 (OMIM: 606808,607101) PREDICTED: myos (1135) 1040 81.9 3.9e-14 XP_011517810 (OMIM: 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XP_011 TLEPTLSQRSIYQNANSMEKEKKTSVVTQRAPICSQEEGRGRLRHETVKERQVEPVTQAQ 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1410 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KSD DEDDSEPVYIEMLGHAARPDSPDPGESVYEEMKCCLPDDGGPGAGSFLLHGASPPLLHRA .:.:. :.:. XP_011 EEEDKAAVFIQSKYRGYKRRQQLRKDKMSSFKHQRIVTTPTEVARNTHNLYSYPTKHEEI 1350 1360 1370 1380 1390 1400 >>NP_001077084 (OMIM: 610040) myosin-IIIb isoform 1 [Hom (1314 aa) initn: 1379 init1: 253 opt: 1040 Z-score: 374.1 bits: 82.0 E(85289): 4.2e-14 Smith-Waterman score: 1525; 31.8% identity (62.8% similar) in 1026 aa overlap (304-1300:256-1217) 280 290 300 310 320 330 pF1KSD LLMHQANPHLVNCNEEKASDIAASEFIEEMLLKAEIAWEEKMKEPLSASTLAQEEPYEEI ::. : : :.... .: . . : . 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