Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0637
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0637, 1171 aa
  1>>>pF1KSDA0637 1171 - 1171 aa - 1171 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6835+/-0.000376; mu= 16.9622+/- 0.024
 mean_var=123.6504+/-24.908, 0's: 0 Z-trim(116.9): 31  B-trim: 303 in 2/56
 Lambda= 0.115339
 statistics sampled from 28346 (28377) to 28346 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.333), width:  16
 Scan time: 15.150

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055653 (OMIM: 612552) zinc finger BED domain-co (1171) 7802 1310.4       0
NP_001167579 (OMIM: 613512) zinc finger BED domain ( 979)  641 118.7 1.8e-25
NP_004720 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain-co ( 694)  503 95.7 1.1e-18
NP_001164607 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain ( 694)  503 95.7 1.1e-18
NP_001164606 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain ( 694)  503 95.7 1.1e-18


>>NP_055653 (OMIM: 612552) zinc finger BED domain-contai  (1171 aa)
 initn: 7802 init1: 7802 opt: 7802  Z-score: 7017.2  bits: 1310.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7802; 99.9% identity (100.0% similar) in 1171 aa overlap (1-1171:1-1171)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MENNLKTCPKEDGDFVSDKIKFKIEEEDDDGIPPDSLERMDFKSEQEDMKQTDSGGERAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MENNLKTCPKEDGDFVSDKIKFKIEEEDDDGIPPDSLERMDFKSEQEDMKQTDSGGERAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD LGGTGCSCKPPGKYLSAESEDDYGALFSQYSSTLYDVAMEAVTQSLLSSRNMSSRKKSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LGGTGCSCKPPGKYLSAESEDDYGALFSQYSSTLYDVAMEAVTQSLLSSRNMSSRKKSPA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD WKHFFISPRDSTKAICMYCVKEFSRGKNEKDLSTSCLMRHVRRAHPTVLIQENGSVSAVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 WKHFFISPRDSTKAICMYCVKEFSRGKNEKDLSTSCLMRHVRRAHPTVLIQENGSVSAVS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SFPSPSLLLPPQPADAGDLSTILSPIKLVQKVASKIPSPDRITEESVSVVSSEEISSDMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SFPSPSLLLPPQPADAGDLSTILSPIKLVQKVASKIPSPDRITEESVSVVSSEEISSDMS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VSEKCGREEALVGSSPHLPALHYDEPAENLAEKSLPLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLSPLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VSEKCGREEALVGSSPHLPALHYDEPAENLAEKSLPLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLSPLD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPTLLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPTLLP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSDDV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_055 SLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSDDI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD GEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSEVWHHFSLAPMDSLKAECRYC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSEVWHHFSLAPMDSLKAECRYC
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GCAISRGKKGDVGTSCLMRHLYRRHPEVVGSQKGFLGASLANSPYATLASAESSSSKLTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GCAISRGKKGDVGTSCLMRHLYRRHPEVVGSQKGFLGASLANSPYATLASAESSSSKLTD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD LPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD LRHLQRFHSNVLKTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFDDTNEKFYDSHPVAKKITS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LRHLQRFHSNVLKTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFDDTNEKFYDSHPVAKKITS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD LIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYFSRTAIPGMYDNVKQIIMSHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYFSRTAIPGMYDNVKQIIMSHL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD KEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPARPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPARPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD GNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAI
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD KSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQREYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQREYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD RLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCRALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCRALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPM
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD VHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSLKEAMVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASLFTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSLKEAMVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASLFTEE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD EAEQYKQDLIRELELMNSTSEDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EAEQYKQDLIRELELMNSTSEDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD PEAMVLAYLEEEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PEAMVLAYLEEEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTE
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170 
pF1KSD NGSLGQSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
       :::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NGSLGQSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
             1150      1160      1170 

>>NP_001167579 (OMIM: 613512) zinc finger BED domain-con  (979 aa)
 initn: 763 init1: 279 opt: 641  Z-score: 578.4  bits: 118.7 E(85289): 1.8e-25
Smith-Waterman score: 1026; 28.0% identity (55.5% similar) in 958 aa overlap (336-1171:18-955)

         310       320       330       340       350         360   
pF1KSD CIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPT--LLPSLL
                                     :  .....:  :  :. :.     ..   .
NP_001              MSVCTLSVPVSSLSPGRRCNTFSDSGILGCVPINSNTDEEDVVEEKM
                            10        20        30        40       

           370       380       390            400       410        
pF1KSD PPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDR-----LTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSD
         :: ... ...:.:  :..    ..  :     :.. ... :. :  .  :. :. .:.
NP_001 VAEG-VNKEAKQPAKKKRKKGLRIKGKRRRKKLILAKKFSKDLGSGRPVA-DAPALLASN
        50         60        70        80        90        100     

      420       430       440       450       460        470       
pF1KSD DVGEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSE-VWHHFSLAPMDSLKAEC
       :        ::... .     ::::. : .:      : :.  ::: : . :. . .: :
NP_001 D--------PEQDEES-----LFESN-IEKQIYLPSTRAKTSIVWHFFHVDPQYTWRAIC
                 110             120       130       140       150 

       480       490        500                510        520      
pF1KSD RYCGCAISRGKKGD-VGTSCLMRHLYRRH-PE--------VVGSQKGF-LGASLANS---
         :  ..:::: :. .::: :.:::  :: :.        :..... : : .::. :   
NP_001 NLCEKSVSRGKPGSHLGTSTLQRHLQARHSPHWTRANKFGVASGEEDFTLDVSLSPSSGS
             160       170       180       190       200       210 

                  530               540       550          560     
pF1KSD -------PYATLASA-------ESSSSKL-TDLPTVVTKNNQV---MFPVNSKKTSKLWN
              :   : .        .:.:. : ..    . :.: :   ..: .  ::: .::
NP_001 NGSFEYIPTDPLDDNRMGKKHDKSASDALRAERGRFLIKSNIVKHALIPGTRAKTSAVWN
             220       230       240       250       260       270 

         570       580       590       600                     610 
pF1KSD HFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCLLRHLQRFH--------------SNV
        :       ...::  : :..:::.  ..:::: : ::::  :              .: 
NP_001 FFYTDPQHISRAVCNICKRSVSRGRPGSHLGTSTLQRHLQATHPIHWAVANKDSGAVANG
             280       290       300       310       320       330 

                620       630       640        650                 
pF1KSD L---KTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFD-DTNEKFYD-----------------
       :   .:: :.    .    .   . .:.. .  : :..: . .                 
NP_001 LDEAETERSDLLSDTLHGEKSTGSQDLTAEDLSDSDSDEPMLEVENRSESPIPVAEQGTL
             340       350       360       370       380       390 

                         660       670       680       690         
pF1KSD -----------SHPVAKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSY
                  ..::...:.. : .::. :..::.. .. .:.:... . :.: ::. .:
NP_001 MRAQERETTCCGNPVSSHISQAIIQMIVEDMHPYNYFSTPAFQRFMQIVAPDYRLPSETY
             400       410       420       430       440       450 

     700       710       720       730       740       750         
pF1KSD FSRTAIPGMYDNVKQIIMSHLKEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPA--
       :   :.: .:: :.. :.  :....:  ::.:  ::  . . .:. .:.::::.:. .  
NP_001 FFTKAVPQLYDCVREKIFLTLENVQSQKIHLTVDIWTHDPSTDYFIVTVHWVSLETASFL
             460       470       480       490       500       510 

        760       770       780       790       800       810      
pF1KSD -RPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNAS-IGK
          :  : .  :.: :. .  :   ..: ..:.     :.. . :  .. :.::.: . .
NP_001 NNGRIPDFRKWAVLCVTGLAKDCLITNILQELNDQIGLWLSPNFLIPSFIVSDNSSNVVH
             520       530       540       550       560       570 

         820       830       840       850       860       870     
pF1KSD TLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
       ....:  . : :: : .:..... .  .. ..:.:  ::: :..  .: ::.. : :.: 
NP_001 AIKDGGFTHVPCFLHCLNMVIQDFFCEHKSIENMLVAARKTCHHFSHSVKARQILQEFQN
             580       590       600       610       620       630 

         880       890       900       910       920       930     
pF1KSD EYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLERLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCR
       .. :: ..: ::  ..: ..:.::. :.:.  .... :.      ...  :: .:  :: 
NP_001 DHQLPWKNLKQDETGHWISTFYMLKWLLEHCYSVHH-SLGRASGVVLTSLQWTLMTYVCD
             640       650       660        670       680       690

         940       950       960       970         980             
pF1KSD ALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPMVHILNRKVEMLFEETM--GIDTMLR-----SLKEA
        ::::: :....:.. . :.::.:..: :  ... : :. .  ::   :      :::  
NP_001 ILKPFEEATQKVSVKTAGLNQVLPLIHHLLLSLQKLREDFQVRGITQALNLVDSLSLKLE
              700       710       720       730       740       750

      990      1000      1010        1020        1030      1040    
pF1KSD MVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASL--FTEEEA--EQYKQDLIRELELMNSTSEDVA
         . ::: :..   ..:::::: .: ::  :  . :  : ::: : .:.  .  .: .. 
NP_001 TDTLLSAMLKSKPCILATLLDPCFKNSLEDFFPQGADLETYKQFLAEEVCNYMESSPEIC
              760       770       780       790       800       810

         1050      1060                    1070      1080          
pF1KSD ASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSL--------------VAKVKKKDPREKLPEAMVLA--Y
            .:. ::   .:.    ::              : .:   .    .: :....  :
NP_001 QIPTSEASCPSVTVGADSFTSSLKEGTSSSGSVDSSAVDNVALGSKSFMFPSAVAVVDEY
              820       830       840       850       860       870

     1090        1100      1110      1120      1130      1140      
pF1KSD LEEEVLEHSC--DPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTENGSLGQ
       ..:.  : :   ::: ::. : . ::.:. .:...:.::     :: .:   :.:. .  
NP_001 FKEKYSEFSGGDDPLIYWQRKISIWPALTQVAIQYLSCPMCSWQSECIF---TKNSHFHP
              880       890       900       910          920       

       1150         1160      1170                         
pF1KSD SRLM---MEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY                        
       ...:   ....:.:.:::.::  . ..:                        
NP_001 KQIMSLDFDNIEQLMFLKMNLKNVNYDYSTLVLSWDPEQNEVVQSSEKEILP
       930       940       950       960       970         

>>NP_004720 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain-contai  (694 aa)
 initn: 402 init1: 136 opt: 503  Z-score: 456.3  bits: 95.7 E(85289): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 556; 25.5% identity (56.8% similar) in 648 aa overlap (558-1163:20-650)

       530       540       550       560             570       580 
pF1KSD LASAESSSSKLTDLPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSI------CSADSTKVVCLH
                                     .  ::.:..:..      :  .  :. :  
NP_004            MENKSLESSQTDLKLVAHPRAKSKVWKYFGFDTNAEGCILQWKKIYCRI
                          10        20        30        40         

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pF1KSD CGRTISRGKKPTNLGTSCLLRHLQRFHSNVLK-TEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASS
       :   :. . . .::.      : ..:   : . ::  . :  .. .   :....  : ..
NP_004 CMAQIAYSGNTSNLSYHLEKNHPEEFCEFVKSNTEQMREAFATAFSKLKPESSQQPGQDA
      50        60        70        80        90       100         

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pF1KSD FDDTNEKFYDSHPVAKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYF
       .     . :::.   ...:. .  .:   : : :.::.  :. ::.   :.: ::. .:.
NP_004 LAVKAGHGYDSKK-QQELTAAVLGLICEGLYPASIVDEPTFKVLLKTADPRYELPSRKYI
     110       120        130       140       150       160        

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pF1KSD SRTAIPGMYDNVKQIIMSHLKEAE-SGVIHFTSGIWMS-NQTREYLTLTAHWVSFESPAR
       :  :::  :  :...:...: ::   :.   .. .: : ::.: :.::.::.... .:  
NP_004 STKAIPEKYGAVREVILKELAEATWCGI---STDMWRSENQNRAYVTLAAHFLGLGAPN-
      170       180       190          200       210       220     

      760       770       780       790       800       810        
pF1KSD PRCDDHHCSALLDVSQVDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKT--
         : .   :  : . .:  . ....: . :   .  :  :. .  : :.. . .: :.  
NP_004 --CLSMG-SRCLKTFEVPEENTAETITRVLYEVFIEWGISAKV-FGATTNYGKDIVKACS
             230       240       250       260        270       280

         820       830       840       850       860       870     
pF1KSD -LNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
        :. . :  . :..:: :  ...:..  ..   :::  ::. :  ..:  :   : : :.
NP_004 LLDVAVH--MPCLGHTFNAGIQQAFQLPKL-GALLSRCRKLVEYFQQSAVAMYMLYEKQK
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         880       890       900       910         920       930   
pF1KSD EYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLERLIEQKRAINEMSVE--CNFRELISCDQWEVMQSV
       .  . .  :...  : :.... ::.:: ::. .:  . ::   : . ..  ..: .....
NP_004 QQNVAHCMLVSNRVSWWGSTLAMLQRLKEQQFVIAGVLVEDSNNHHLMLEASEWATIEGL
       340       350       360       370       380       390       

           940        950       960       970       980        990 
pF1KSD CRALKPFEAASREMS-TQMSTLSQVIPMVHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSL-KEAMVS
        . :.::. ... .: ... :.:.: :..:.:  .. . ..::   :.   :. ::....
NP_004 VELLQPFKQVAEMLSASRYPTISMVKPLLHML-LNTTLNIKET---DSKELSMAKEVIAK
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             1000          1010       1020      1030       1040    
pF1KSD RLSATLHD-PRY-VF---ATLLDPRYKASLF-TEEEAEQYKQDLIRELE-LMNSTS----
       .:: : .. :.  .:   ::.::::::   : .  : .: .. ...: . :.....    
NP_004 ELSKTYQETPEIDMFLNVATFLDPRYKRLPFLSAFERQQVENRVVEEAKGLLDKVKDGGY
           460       470       480       490       500       510   

                        1050      1060      1070      1080         
pF1KSD -----------EDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKLPEAMVLAYL
                  :.  ...   ...:   :. .. :  .  ..   . .:.  .:.:.  :
NP_004 RPAEDKIFPVPEEPPVKKLMRTSTPPPASVINNMLAEIFCQTGGVEDQEEW-HAQVVEEL
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    1090          1100      1110      1120      1130      1140     
pF1KSD E----EEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTENGSLG
            ..::  . ::: .:. . : .: :  .  ..     . :  :.::.. ..  :  
NP_004 SNFKSQKVLGLNEDPLKWWSDRLALFPLLPKVLQKYWCVTATRVAPERLFGSAANVVSAK
            580       590       600       610       620       630  

        1150      1160      1170                                   
pF1KSD QSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY                                  
       ..::   : .. .::  :                                          
NP_004 RNRLAPAHVDEQVFLYENARSGAEAEPEDQDEGEWGLDQEQVFSLGDGVSGGFFGIRDSS
            640       650       660       670       680       690  

>>NP_001164607 (OMIM: 300178) zinc finger BED domain-con  (694 aa)
 initn: 402 init1: 136 opt: 503  Z-score: 456.3  bits: 95.7 E(85289): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 556; 25.5% identity (56.8% similar) in 648 aa overlap (558-1163:20-650)

       530       540       550       560             570       580 
pF1KSD LASAESSSSKLTDLPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSI------CSADSTKVVCLH
                                     .  ::.:..:..      :  .  :. :  
NP_001            MENKSLESSQTDLKLVAHPRAKSKVWKYFGFDTNAEGCILQWKKIYCRI
                          10        20        30        40         

             590       600       610        620       630       640
pF1KSD CGRTISRGKKPTNLGTSCLLRHLQRFHSNVLK-TEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASS
       :   :. . . .::.      : ..:   : . ::  . :  .. .   :....  : ..
NP_001 CMAQIAYSGNTSNLSYHLEKNHPEEFCEFVKSNTEQMREAFATAFSKLKPESSQQPGQDA
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pF1KSD FDDTNEKFYDSHPVAKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYF
       .     . :::.   ...:. .  .:   : : :.::.  :. ::.   :.: ::. .:.
NP_001 LAVKAGHGYDSKK-QQELTAAVLGLICEGLYPASIVDEPTFKVLLKTADPRYELPSRKYI
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pF1KSD SRTAIPGMYDNVKQIIMSHLKEAE-SGVIHFTSGIWMS-NQTREYLTLTAHWVSFESPAR
       :  :::  :  :...:...: ::   :.   .. .: : ::.: :.::.::.... .:  
NP_001 STKAIPEKYGAVREVILKELAEATWCGI---STDMWRSENQNRAYVTLAAHFLGLGAPN-
      170       180       190          200       210       220     

      760       770       780       790       800       810        
pF1KSD PRCDDHHCSALLDVSQVDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKT--
         : .   :  : . .:  . ....: . :   .  :  :. .  : :.. . .: :.  
NP_001 --CLSMG-SRCLKTFEVPEENTAETITRVLYEVFIEWGISAKV-FGATTNYGKDIVKACS
             230       240       250       260        270       280

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pF1KSD -LNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
        :. . :  . :..:: :  ...:..  ..   :::  ::. :  ..:  :   : : :.
NP_001 LLDVAVH--MPCLGHTFNAGIQQAFQLPKL-GALLSRCRKLVEYFQQSAVAMYMLYEKQK
                290       300        310       320       330       

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pF1KSD EYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLERLIEQKRAINEMSVE--CNFRELISCDQWEVMQSV
       .  . .  :...  : :.... ::.:: ::. .:  . ::   : . ..  ..: .....
NP_001 QQNVAHCMLVSNRVSWWGSTLAMLQRLKEQQFVIAGVLVEDSNNHHLMLEASEWATIEGL
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pF1KSD CRALKPFEAASREMS-TQMSTLSQVIPMVHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSL-KEAMVS
        . :.::. ... .: ... :.:.: :..:.:  .. . ..::   :.   :. ::....
NP_001 VELLQPFKQVAEMLSASRYPTISMVKPLLHML-LNTTLNIKET---DSKELSMAKEVIAK
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pF1KSD RLSATLHD-PRY-VF---ATLLDPRYKASLF-TEEEAEQYKQDLIRELE-LMNSTS----
       .:: : .. :.  .:   ::.::::::   : .  : .: .. ...: . :.....    
NP_001 ELSKTYQETPEIDMFLNVATFLDPRYKRLPFLSAFERQQVENRVVEEAKGLLDKVKDGGY
           460       470       480       490       500       510   

                        1050      1060      1070      1080         
pF1KSD -----------EDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKLPEAMVLAYL
                  :.  ...   ...:   :. .. :  .  ..   . .:.  .:.:.  :
NP_001 RPAEDKIFPVPEEPPVKKLMRTSTPPPASVINNMLAEIFCQTGGVEDQEEW-HAQVVEEL
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pF1KSD E----EEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTENGSLG
            ..::  . ::: .:. . : .: :  .  ..     . :  :.::.. ..  :  
NP_001 SNFKSQKVLGLNEDPLKWWSDRLALFPLLPKVLQKYWCVTATRVAPERLFGSAANVVSAK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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