Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0438
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0438, 708 aa
  1>>>pF1KSDA0438 708 - 708 aa - 708 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0760+/-0.00093; mu= 12.9470+/- 0.056
 mean_var=148.2296+/-29.917, 0's: 0 Z-trim(110.9): 76  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.105343
 statistics sampled from 11905 (11976) to 11905 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.368), width:  16
 Scan time:  4.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4099.1 PJA2 gene_id:9867|Hs108|chr5            ( 708) 4813 743.7 2.2e-214
CCDS35316.1 PJA1 gene_id:64219|Hs108|chrX          ( 588) 1210 196.0 1.3e-49
CCDS14393.1 PJA1 gene_id:64219|Hs108|chrX          ( 643) 1210 196.0 1.4e-49
CCDS14392.1 PJA1 gene_id:64219|Hs108|chrX          ( 455) 1160 188.3 2.1e-47


>>CCDS4099.1 PJA2 gene_id:9867|Hs108|chr5                 (708 aa)
 initn: 4813 init1: 4813 opt: 4813  Z-score: 3962.2  bits: 743.7 E(32554): 2.2e-214
Smith-Waterman score: 4813; 99.9% identity (100.0% similar) in 708 aa overlap (1-708:1-708)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQSFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQSFV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD AVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 AVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDH
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD SSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS40 SSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSEQNTN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD DREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQRSVQRWREALEVEESGSDDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQRSVQRWREALEVEESGSDDL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD LIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQSDSSGPEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQSDSSGPEE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD ENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQPAFMLDGNNNLEDDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 ENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQPAFMLDGNNNLEDDS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD SVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD VEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPC
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700        
pF1KSD VSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
              670       680       690       700        

>>CCDS35316.1 PJA1 gene_id:64219|Hs108|chrX               (588 aa)
 initn: 1353 init1: 1090 opt: 1210  Z-score: 1003.9  bits: 196.0 E(32554): 1.3e-49
Smith-Waterman score: 1624; 46.9% identity (67.9% similar) in 605 aa overlap (107-680:4-586)

         80        90       100       110        120       130     
pF1KSD SGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-FVAVHHSEEGRDTLGSS
                                     :: .:::. :.: : ....: .  .. :..
CCDS35                            MHRSAPSQTTKRSRSPFSTTRRSWDDSESSGTN
                                          10        20        30   

         140       150       160       170       180       190     
pF1KSD TNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDHLQLSAEVVEGSRYQE
        :. :.. ..: :    ::. . :.:  : :::  : .. :    ..      . .....
CCDS35 LNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAGPVERPPVRGKTGKFKD
            40        50        60        70        80        90   

         200       210       220       230       240       250     
pF1KSD SLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVKSSAGDTEFVHQNSQE
          . ... : . :.. .:  :   ::. .::.: ..:: :: .. ::. ..:. :.:  
CCDS35 ---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAARCSASRADFLPQSSVA
              100        110       120       130       140         

         260       270       280       290       300       310     
pF1KSD IQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNTNDREKNHGSSPEQVVR
        : ::. ....  . ... .::. .. :   . .:  ::.       :..  :. : :::
CCDS35 SQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG-----GGENTSKSAEEPVVR
     150       160         170       180            190       200  

         320       330       340         350       360       370   
pF1KSD PKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDC
       ::.:.: : . :  .  :.  .  .  .:..:::.. . .:. :: :    ..  :: . 
CCDS35 PKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHSDGL---ARRGRGESSS
            210       220       230       240          250         

           380       390       400       410       420       430   
pF1KSD MFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSD
        . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  ::.   :::.  :.: ::    :
CCDS35 GYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDDYYKYCDEDSDS----D
     260         270       280       290       300       310       

           440       450       460       470                       
pF1KSD GEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS------DSSGPE--------
        :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: ::   .       : ::         
CCDS35 KEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSASTGTSPGPGASASAGAG
           320       330       340       350       360       370   

                  480       490       500       510       520      
pF1KSD -------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQP
                    :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.:::.  :. ..:. ::
CCDS35 AGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQP
           380       390        400       410        420       430 

         530       540       550       560       570       580     
pF1KSD A-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
       . :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
             440       450       460       470       480       490 

         590       600       610       620       630       640     
pF1KSD AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDD
       :::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:::.:::::::::.: .
CCDS35 AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGE
             500       510       520       530       540       550 

         650       660       670       680       690       700     
pF1KSD IATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIA
       .::::::::.::::::::::::::::::::  :::                         
CCDS35 VATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL                       
             560       570       580                               

          
pF1KSD EAP

>>CCDS14393.1 PJA1 gene_id:64219|Hs108|chrX               (643 aa)
 initn: 1567 init1: 1090 opt: 1210  Z-score: 1003.4  bits: 196.0 E(32554): 1.4e-49
Smith-Waterman score: 1782; 45.4% identity (65.7% similar) in 700 aa overlap (12-680:1-641)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
                  : :::.: :::.:.::::. ::::::::::::::.:  ...::      
CCDS14            MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRER------
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110          
pF1KSD DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-F
                                   . :.   .:...:.:   :: .:::. :.: :
CCDS14 ----------------------------IASQ---RKTNSEVPMHRSAPSQTTKRSRSPF
                                           50        60        70  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD VAVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDND
        ....: .  .. :.. :. :.. ..: :    ::. . :.:  : :::  : .. :   
CCDS14 STTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAG
             80        90       100       110       120       130  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD HLQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLV
        ..      . .....   . ... : . :.. .:  :   ::. .::.: ..:: :: .
CCDS14 PVERPPVRGKTGKFKD---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAA
            140          150        160       170       180        

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNT
       . ::. ..:. :.:   : ::. ....  . ... .::. .. :   . .:  ::.    
CCDS14 RCSASRADFLPQSSVASQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG----
      190       200       210         220       230       240      

     300       310       320       330       340         350       
pF1KSD NDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGS
          :..  :. : :::::.:.: : . :  .  :.  .  .  .:..:::.. . .:. :
CCDS14 -GGENTSKSAEEPVVRPKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHS
             250       260       270       280       290       300 

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       : :  . .   :: .  . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  ::.   :
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       ::.  :.: ::    : :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: ::   .    
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       :::.  :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:
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       ::.:::::::::.: ..::::::::.::::::::::::::::::::  :::         
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CCDS14 QAKVSASTGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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