FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0396, 627 aa 1>>>pF1KSDA0396 627 - 627 aa - 627 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5463+/-0.00163; mu= 12.2138+/- 0.095 mean_var=118.4416+/-24.402, 0's: 0 Z-trim(99.1): 231 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.117848 statistics sampled from 5341 (5602) to 5341 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.508), E-opt: 0.2 (0.172), width: 16 Scan time: 3.180 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10228.1 FEM1B gene_id:10116|Hs108|chr15 ( 627) 4127 714.4 1.1e-205 CCDS4118.1 FEM1C gene_id:56929|Hs108|chr5 ( 617) 1387 248.5 1.9e-65 CCDS12135.1 FEM1A gene_id:55527|Hs108|chr19 ( 669) 672 127.0 8.1e-29 CCDS6121.1 ANK1 gene_id:286|Hs108|chr8 (1880) 355 73.4 3e-12 CCDS6119.1 ANK1 gene_id:286|Hs108|chr8 (1881) 355 73.4 3e-12 CCDS47849.1 ANK1 gene_id:286|Hs108|chr8 (1897) 355 73.4 3e-12 CCDS13675.1 RIPK4 gene_id:54101|Hs108|chr21 ( 784) 346 71.6 4.4e-12 CCDS54796.1 ANK2 gene_id:287|Hs108|chr4 (1863) 339 70.7 2e-11 CCDS43261.1 ANK2 gene_id:287|Hs108|chr4 (1872) 339 70.7 2e-11 CCDS55712.1 ANK3 gene_id:288|Hs108|chr10 (1861) 338 70.5 2.2e-11 CCDS3702.1 ANK2 gene_id:287|Hs108|chr4 (3957) 339 71.0 3.5e-11 CCDS7258.1 ANK3 gene_id:288|Hs108|chr10 (4377) 338 70.8 4.3e-11 CCDS55711.1 ANK3 gene_id:288|Hs108|chr10 (1868) 332 69.5 4.5e-11 CCDS11879.1 ANKRD29 gene_id:147463|Hs108|chr18 ( 301) 316 66.2 7.3e-11 >>CCDS10228.1 FEM1B gene_id:10116|Hs108|chr15 (627 aa) initn: 4127 init1: 4127 opt: 4127 Z-score: 3805.9 bits: 714.4 E(32554): 1.1e-205 Smith-Waterman score: 4127; 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CCDS41 IMAYDYAKEVNSAEELEGLIADPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KSD EFEQCIKLWLHALHLRQKG----NRNTHKDLLRFAQVFSQMIH------LNETVKAPDIE .:..::.:: .:: ..:.. . : ..:: ::..:: :.. :. :: :. CCDS41 NFKRCINLWKYALDMQQSNLDPLSPMTASSLLSFAELFSFMLQDRAKGLLGTTVTFDDLM 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KSD CVLRCSVLEIEQSMNRVKNISDADVHNAMDNYECNLYTFLYLVCISTKTQCS-EEDQCKI .: ::::::....... .: : : .:.:.:. :. :. :.:. : CCDS41 GILCKSVLEIERAIKQTQCPADPLQLNK------ALSIILHLICLLEKVPCTLEQDHFK- 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KSD NKQIYNLIHLDPRTREGFTLLHLAVNSNTPVDDFHTNDVCSFPNALVTKLLLDCGAEVNA .. :: ...: :: ...:. :::::..:: ::.::. :: .:..:::.::. CCDS41 KQTIYRFLKLHPRGKNNFSPLHLAVDKNTTC--VGRYPVCKFPSLQVTAILIECGADVNV 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KSD VDNEGNSALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLVEAGAHTDMTNKQNKTPLDK-STTGVSE :.. :: ::: . :.: :...: :...::: : :: ...: : . ... CCDS41 RDSDDNSPLHIAALNNHP--DIMNL------LIKSGAHFDATNLHKQTASDLLDEKEIAK 530 540 550 560 570 590 600 610 620 pF1KSD ILLKTQMKMSLKCLAARAVRANDINYQDQIPRTLEEFVGFH :.. . .:.:::::.. . : :. .::. :: ::..: CCDS41 NLIQPINHTTLQCLAARVIVNHRIYYKGHIPEKLETFVSLHR 580 590 600 610 >>CCDS12135.1 FEM1A gene_id:55527|Hs108|chr19 (669 aa) initn: 1098 init1: 349 opt: 672 Z-score: 630.8 bits: 127.0 E(32554): 8.1e-29 Smith-Waterman score: 1191; 35.8% identity (62.9% similar) in 674 aa overlap (8-612:7-654) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAK ::.:: .::. : :: .::. .. : : :. :: .:::.:::: :: CCDS12 MDLRTAVYNAARDGKLQLLQKLLSGRSREELDELTGEVA--GG--GTPLLIAARYGHLD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KSD VVRLLLEHYRVQTQQTGTVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVT ::. :... .... :.:.::: .:.:: :: :..:::..::. :. .::.::.:: : CCDS12 VVEYLVDRCGASVEAGGSVHFDGETIEGAPPLWAASAAGHLDVVRSLLRRGASVNRTTRT 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KSD NSTPLRAACFDGRLDIVKYLV-ENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRAD ::::::::::::.:..:.::: :..:.. .::.. .:::::. :::: ...:::::: :. CCDS12 NSTPLRAACFDGHLEVVRYLVGEHQADLEVANRHGHTCLMISCYKGHREIARYLLEQGAQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD PNAKAHCGATALHFAAEAGHIDIVKELIKWRAAIVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLL : .. : :::: ::.: ..:.. :. .: . .:.::::: .:. . ....:: :. CCDS12 VNRRSAKGNTALHDCAESGSLEILQLLLGCKARMERDGYGMTPLLAASVTGHTNIVEYLI 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD -------------------------------------------------SHADC---DRR :. .: .:. CCDS12 QEQPGQEQVAGGEAQPGLPQEDPSTSQGCAQPQGAPCCSSSPEEPLNGESYESCCPTSRE 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KSD SRIEALELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPP--IHAYGNR . .::::::::.... .. :.. . .. :: : : :. . . : :: . :: CCDS12 AAVEALELLGATYVDKKR--DLLGALKHWRRAMELRHQGGEYLPKPE--PPQLVLAYDYS 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 360 pF1KSD TECRNPQELESIRQDRDALHMEGLIVRERILGADNIDVSHPIIYRGAVYADNMEFEQCIK : . .:::.. : : ..:..:..:::::: .. :.:. : ::::::::. .::.::. CCDS12 REVNTTEELEALITDPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSGNFERCIR 360 370 380 390 400 410 370 380 390 400 410 pF1KSD LWLHALHLRQKG----NRNTHKDLLRFAQVFSQMIH-------LNETVKAPDIECVLRCS :: .:: ..:.. . : ...: ::..:: ... :. . :. :: . CCDS12 LWKYALDMQQSNLEPLSPMTASSFLSFAELFSYVLQDRAAKGSLGTQIGFADLMGVLTKG 420 430 440 450 460 470 420 430 440 450 460 470 pF1KSD VLEIEQSMNRVKNISDADVHNAMDNYECNLYTFLYLVCISTKTQCSEEDQCKINKQIYNL : :.:.... .. .:. .. : .:.:. . :..:. .. .. .: : CCDS12 VREVERALQLPREPGDSA------QFTKALAIILHLLYLLEKVECTPSQEHLKHQTVYRL 480 490 500 510 520 480 490 500 510 520 530 pF1KSD IHLDPRTREGFTLLHLAVNSNTPVDDFHTNDVCSFPNALVTKLLLDCGAEVNAVDNEGNS .. :: ..::: ::.::...: . : ::. :.:.::::::. .. : ..:. CCDS12 LKCAPRGKNGFTPLHMAVDKDT--TNVGRYPVGRFPSLHVVKVLLDCGADPDSRDFDNNT 530 540 550 560 570 580 540 550 560 570 580 590 pF1KSD ALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLVEAGAHTDMTNKQNKTP---LDKSTTGVSEILLKT ::: .: : : .:. .:.::::: : :: .:: ::.. ... .. CCDS12 PLHIAAQNNCP--------AIMNALIEAGAHMDATNAFKKTAYELLDEKL--LARGTMQP 590 600 610 620 630 600 610 620 pF1KSD QMKMSLKCLAARAVRANDINYQDQIPRTLEEFVGFH ..:.::::::. : : : CCDS12 FNYVTLQCLAARALDKNKIPYKGFIPEDLEAFIELH 640 650 660 >>CCDS6121.1 ANK1 gene_id:286|Hs108|chr8 (1880 aa) initn: 1280 init1: 273 opt: 355 Z-score: 333.3 bits: 73.4 E(32554): 3e-12 Smith-Waterman score: 387; 36.4% identity (65.4% similar) in 228 aa overlap (48-271:373-586) 20 30 40 50 60 70 pF1KSD LTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTG ::: :: ...:..:..::: .:: CCDS61 HVAAHCGHHRVAKVLLDKGAKPNSRALNGFTPLHIACKKNHVRVMELLL--------KTG 350 360 370 380 390 80 90 100 110 120 130 pF1KSD TVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIV . .:. . .: : : :. ::. .:: :...::. : ..: :::. : :. ... CCDS61 A-SIDAVTESGLTPLHVASFMGHLPIVKNLLQRGASPNVSNVKVETPLHMAARAGHTEVA 400 410 420 430 440 450 140 150 160 170 180 190 pF1KSD KYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEA :::..:.:... : :.: : :: :::..:. :::. :.:: . : : ::.::. CCDS61 KYLLQNKAKVNAKAKDDQTPLHCAARIGHTNMVKLLLENNANPNLATTAGHTPLHIAARE 460 470 480 490 500 510 200 210 220 230 240 250 pF1KSD GHIDIVKELIKWRAA-IVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLL---SHADCDRRSRIEAL ::.. : :.. .:. .. .:.:::.:::. :. :.:::: .: . .. . : CCDS61 GHVETVLALLEKEASQACMTKKGFTPLHVAAKYGKVRVAELLLERDAHPNAAGKNGLTPL 520 530 540 550 560 570 260 270 280 290 300 310 pF1KSD ELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQE .. : ..: ::.: CCDS61 HV-----AVHHNNLDIVKLLLPRGGSPHSPAWNGYTPLHIAAKQNQVEVARSLLQYGGSA 580 590 600 610 620 >>CCDS6119.1 ANK1 gene_id:286|Hs108|chr8 (1881 aa) initn: 1280 init1: 273 opt: 355 Z-score: 333.3 bits: 73.4 E(32554): 3e-12 Smith-Waterman score: 387; 36.4% identity (65.4% similar) in 228 aa overlap (48-271:373-586) 20 30 40 50 60 70 pF1KSD LTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTG ::: :: ...:..:..::: .:: CCDS61 HVAAHCGHHRVAKVLLDKGAKPNSRALNGFTPLHIACKKNHVRVMELLL--------KTG 350 360 370 380 390 80 90 100 110 120 130 pF1KSD TVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIV . .:. . .: : : :. ::. .:: :...::. : ..: :::. : :. ... CCDS61 A-SIDAVTESGLTPLHVASFMGHLPIVKNLLQRGASPNVSNVKVETPLHMAARAGHTEVA 400 410 420 430 440 450 140 150 160 170 180 190 pF1KSD KYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEA :::..:.:... : :.: : :: :::..:. :::. :.:: . : : ::.::. CCDS61 KYLLQNKAKVNAKAKDDQTPLHCAARIGHTNMVKLLLENNANPNLATTAGHTPLHIAARE 460 470 480 490 500 510 200 210 220 230 240 250 pF1KSD GHIDIVKELIKWRAA-IVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLL---SHADCDRRSRIEAL ::.. : :.. .:. .. .:.:::.:::. :. :.:::: .: . .. . : CCDS61 GHVETVLALLEKEASQACMTKKGFTPLHVAAKYGKVRVAELLLERDAHPNAAGKNGLTPL 520 530 540 550 560 570 260 270 280 290 300 310 pF1KSD ELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQE .. : ..: ::.: CCDS61 HV-----AVHHNNLDIVKLLLPRGGSPHSPAWNGYTPLHIAAKQNQVEVARSLLQYGGSA 580 590 600 610 620 >>CCDS47849.1 ANK1 gene_id:286|Hs108|chr8 (1897 aa) initn: 1280 init1: 273 opt: 355 Z-score: 333.3 bits: 73.4 E(32554): 3e-12 Smith-Waterman score: 387; 36.4% identity (65.4% similar) in 228 aa overlap (48-271:406-619) 20 30 40 50 60 70 pF1KSD LTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTG ::: :: ...:..:..::: .:: CCDS47 HVAAHCGHHRVAKVLLDKGAKPNSRALNGFTPLHIACKKNHVRVMELLL--------KTG 380 390 400 410 420 80 90 100 110 120 130 pF1KSD TVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIV . .:. . .: : : :. ::. .:: :...::. : ..: :::. : :. ... CCDS47 A-SIDAVTESGLTPLHVASFMGHLPIVKNLLQRGASPNVSNVKVETPLHMAARAGHTEVA 430 440 450 460 470 480 140 150 160 170 180 190 pF1KSD KYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEA :::..:.:... : :.: : :: :::..:. :::. :.:: . : : ::.::. CCDS47 KYLLQNKAKVNAKAKDDQTPLHCAARIGHTNMVKLLLENNANPNLATTAGHTPLHIAARE 490 500 510 520 530 540 200 210 220 230 240 250 pF1KSD GHIDIVKELIKWRAA-IVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLL---SHADCDRRSRIEAL ::.. : :.. .:. .. .:.:::.:::. :. :.:::: .: . .. . : CCDS47 GHVETVLALLEKEASQACMTKKGFTPLHVAAKYGKVRVAELLLERDAHPNAAGKNGLTPL 550 560 570 580 590 600 260 270 280 290 300 310 pF1KSD ELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQE .. : ..: ::.: CCDS47 HV-----AVHHNNLDIVKLLLPRGGSPHSPAWNGYTPLHIAAKQNQVEVARSLLQYGGSA 610 620 630 640 650 660 >>CCDS13675.1 RIPK4 gene_id:54101|Hs108|chr21 (784 aa) initn: 479 init1: 288 opt: 346 Z-score: 330.3 bits: 71.6 E(32554): 4.4e-12 Smith-Waterman score: 346; 33.8% identity (63.9% similar) in 216 aa overlap (29-241:550-757) 10 20 30 40 50 pF1KSD MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLL--GY-VSQQGGQRSTPLIIAAR :. .: :: : :: :: . :: :: CCDS13 TRLLLEKNASVNEVDFEGRTPMHVACQHGQENIVRILLRRGVDVSLQGKDAWLPLHYAAW 520 530 540 550 560 570 60 70 80 90 100 110 pF1KSD NGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTGTVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVN .:: .:.:: ..: : : .. ..:: : : :: ::..:...:.. ..:: CCDS13 QGHLPIVKLL-------AKQPG-VSVNAQTLDGRTPLHLAAQRGHYRVARILIDLCSDVN 580 590 600 610 620 630 120 130 140 150 160 170 pF1KSD HTTVTNSTPLRAACFDGRLDIVKYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLE .. .:::..: :. . .. :.. .:. .. : : .:: .:: .:. :.: CCDS13 VCSLLAQTPLHVAAETGHTSTARLLLHRGAGKEAMTSDGYTALHLAARNGHLATVKLLVE 640 650 660 670 680 690 180 190 200 210 220 230 pF1KSD QRADPNAKAHCGATALHFAAEAGHIDIVKELIKWRAAIVVNGHGMTPLKVAAESCKADVV ..:: :.. . ::::.:: :: ..:.::.. . . . .:.. :..::.. .:..: CCDS13 EKADVLARGPLNQTALHLAAAHGHSEVVEELVSADVIDLFDEQGLSALHLAAQGRHAQTV 700 710 720 730 740 750 240 250 260 270 280 290 pF1KSD ELLLSHADCDRRSRIEALELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEV : :: : CCDS13 ETLLRHGAHINLQSLKFQGGHGPAATLLRRSKT 760 770 780 >>CCDS54796.1 ANK2 gene_id:287|Hs108|chr4 (1863 aa) initn: 266 init1: 266 opt: 339 Z-score: 318.7 bits: 70.7 E(32554): 2e-11 Smith-Waterman score: 387; 25.0% identity (53.6% similar) in 577 aa overlap (12-538:252-779) 10 20 30 40 pF1KSD MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQ ::. ... :::.:. : .. 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CCDS54 KQGANVNAKTKNGYTPLHQAAQQG------HTH---------IINVLLQHGAKPNATTAN 730 740 750 760 770 540 550 560 570 580 590 pF1KSD GNSALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLVEAGAHTDMTNKQNKTPLDKSTTGVSEILLKT ::.:: : CCDS54 GNTALAIAKRLGYISVVDTLKVVTEEVTTTTTTITEKHKLNVPETMTEVLDVSDEEGDDT 780 790 800 810 820 830 >>CCDS43261.1 ANK2 gene_id:287|Hs108|chr4 (1872 aa) initn: 266 init1: 266 opt: 339 Z-score: 318.7 bits: 70.7 E(32554): 2e-11 Smith-Waterman score: 387; 25.0% identity (53.6% similar) in 577 aa overlap (12-538:273-800) 10 20 30 40 pF1KSD MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQ ::. ... :::.:. : .. CCDS43 YGNVNVATLLLNRGAAVDFTARNGITPLHVASKRGNTNMVKLLLDRG--------GQIDA 250 260 270 280 290 50 60 70 80 pF1KSD QGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLE----------------HYRVQTQQTGTVRF---- . . ::: :::.:: .::.:::: :. .: ... :. 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CCDS43 KQGANVNAKTKNGYTPLHQAAQQG------HTH---------IINVLLQHGAKPNATTAN 750 760 770 780 790 540 550 560 570 580 590 pF1KSD GNSALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLVEAGAHTDMTNKQNKTPLDKSTTGVSEILLKT ::.:: : CCDS43 GNTALAIAKRLGYISVVDTLKVVTEEVTTTTTTITEKHKLNVPETMTEVLDVSDEEGDDT 800 810 820 830 840 850 >>CCDS55712.1 ANK3 gene_id:288|Hs108|chr10 (1861 aa) initn: 1113 init1: 283 opt: 338 Z-score: 317.8 bits: 70.5 E(32554): 2.2e-11 Smith-Waterman score: 391; 23.9% identity (53.0% similar) in 589 aa overlap (48-622:330-836) 20 30 40 50 60 70 pF1KSD LTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTG .:: .:... : . :.:::.: CCDS55 HCGARSGHEQVVEMLLDRAAPILSKTKNGLSPLHMATQGDHLNCVQLLLQH--------- 300 310 320 330 340 350 80 90 100 110 120 130 pF1KSD TVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIV .: : . : ::: :: ::..:.:.:... :: : .... :::. :: .:. .. CCDS55 NVPVDDVTNDYLTALHVAAHCGHYKVAKVLLDKKANPNAKALNGFTPLHIACKKNRIKVM 360 370 380 390 400 410 140 150 160 170 180 190 pF1KSD KYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEA . :....:.:. ... : . .::. ::...: :... :.::. : ::::.::.. CCDS55 ELLLKHGASIQAVTESGLTPIHVAAFMGHVNIVSQLMHHGASPNTTNVRGETALHMAARS 420 430 440 450 460 470 200 210 220 230 240 250 pF1KSD GHIDIVKELIKWRAAIVVNGHG-MTPLKVAAESCKADVVELLLSHADCDRRSRIEALELL :. ..:. :.. : . .... .:::...:. :::.:. ::... . . : CCDS55 GQAEVVRYLVQDGAQVEAKAKDDQTPLHISARLGKADIVQQLLQQGASPNAATTSGYTPL 480 490 500 510 520 530 260 270 280 290 300 310 pF1KSD GASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQELES : ::... . .. . : : .: :. . :.:. .. . . . : . 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