Result of FASTA (ccds) for pF1KB7804
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7804, 591 aa
  1>>>pF1KB7804 591 - 591 aa - 591 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7747+/-0.000974; mu= 7.2708+/- 0.058
 mean_var=128.2019+/-25.283, 0's: 0 Z-trim(108.7): 29  B-trim: 8 in 1/49
 Lambda= 0.113273
 statistics sampled from 10361 (10370) to 10361 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.319), width:  16
 Scan time:  3.430

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4343.1 EBF1 gene_id:1879|Hs108|chr5            ( 591) 3946 656.5 2.8e-188
CCDS31314.1 EBF3 gene_id:253738|Hs108|chr10        ( 551) 3170 529.6 3.9e-150
CCDS46573.1 EBF4 gene_id:57593|Hs108|chr20         ( 598) 2979 498.4  1e-140
CCDS43726.1 EBF2 gene_id:64641|Hs108|chr8          ( 575) 2912 487.5  2e-137
CCDS78081.1 EBF1 gene_id:1879|Hs108|chr5           ( 560) 2629 441.2 1.6e-123


>>CCDS4343.1 EBF1 gene_id:1879|Hs108|chr5                 (591 aa)
 initn: 3946 init1: 3946 opt: 3946  Z-score: 3493.7  bits: 656.5 E(32554): 2.8e-188
Smith-Waterman score: 3946; 100.0% identity (100.0% similar) in 591 aa overlap (1-591:1-591)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 GRRARRLDPSEGTPSYLEHATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GRRARRLDPSEGTPSYLEHATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 WSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 WSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 KVIPRHPGDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KVIPRHPGDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 LPALANTSVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LPALANTSVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQTN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 YNSVTTSMNGYGSAAMSNLGGSPTFLNGSAANSPYAIVPSSPTMASSTSLPSNCSSSSGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YNSVTTSMNGYGSAAMSNLGGSPTFLNGSAANSPYAIVPSSPTMASSTSLPSNCSSSSGI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590 
pF1KB7 FSFSPANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FSFSPANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM
              550       560       570       580       590 

>>CCDS31314.1 EBF3 gene_id:253738|Hs108|chr10             (551 aa)
 initn: 3413 init1: 1629 opt: 3170  Z-score: 2808.9  bits: 529.6 E(32554): 3.9e-150
Smith-Waterman score: 3295; 83.3% identity (91.1% similar) in 594 aa overlap (1-591:1-551)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
       ::::::.: :.:..::::::::::: ::.::. :::.:::::::::::::::::::::::
CCDS31 MFGIQENIPRGGTTMKEEPLGSGMNPVRSWMHTAGVVDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
       :::::::::::::::::::::::::::::: ::::::: :.:::::::::.::::::::.
CCDS31 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVEKEKEPNNEKTNNGIHYKLQLLYSNGV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RTEQDLYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 GRRARRLDPSEGTPSYLEHATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLV
       :::::::::::        ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS31 GRRARRLDPSE--------ATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLV
              250               260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 WSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::
CCDS31 WSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGAPGRFVYTALNEPTIDYGFQRLQ
            300       310       320       330       340       350  

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 KVIPRHPGDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQ
       :::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KVIPRHPGDPERLPKEVLLKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQ
            360       370       380       390       400       410  

              430       440       450        460       470         
pF1KB7 LPALANTSVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQ-GFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQT
       .:.:.:. .:.:::::::::.::::::::.:::..: :..::.:::::.:::::.::::.
CCDS31 IPTLGNNPAHTGMMGVNSFSSQLAVNVSETSQANDQVGYSRNTSSVSPRGYVPSSTPQQS
            420       430       440       450       460       470  

     480       490       500         510       520       530       
pF1KB7 NYNSVTTSMNGYGSAAMSNLG--GSPTFLNGSAANSPYAIVPSSPTMASSTSLPSNCSSS
       :::.:.::::::::.::..::  ::: :::::.:::::..                    
CCDS31 NYNTVSTSMNGYGSGAMASLGVPGSPGFLNGSSANSPYGM--------------------
            480       490       500       510                      

       540       550       560       570       580       590 
pF1KB7 SGIFSFSPANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM
                      :::::::::::::.::::.:::.:::.:::.::..::::
CCDS31 ---------------KQKSAFAPVVRPQASPPPSCTSANGNGLQAMSGLVVPPM
                           520       530       540       550 

>>CCDS46573.1 EBF4 gene_id:57593|Hs108|chr20              (598 aa)
 initn: 1864 init1: 1468 opt: 2979  Z-score: 2639.6  bits: 498.4 E(32554): 1e-140
Smith-Waterman score: 2979; 74.5% identity (91.4% similar) in 581 aa overlap (6-580:2-574)

               10        20         30        40        50         
pF1KB7 MFGIQESIQRSGSSMKEEPL-GSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPP
            ... ::: ..:::::  .:...::.::::::.:::.:::::::::::::::::::
CCDS46     MDALPRSGLNLKEEPLLPAGLGSVRSWMQGAGILDASTAAQSGVGLARAHFEKQPP
                   10        20        30        40        50      

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 SNLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNG
       ::::::::::::::.:::::::::.:::::. ::::..: ..:::::::::::.:.:.::
CCDS46 SNLRKSNFFHFVLAMYDRQGQPVEVERTAFIDFVEKDREPGAEKTNNGIHYRLRLVYNNG
         60        70        80        90       100       110      

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 IRTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSD
       .:::::.::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS46 LRTEQDLYVRLIDSMSKQAIIYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDRKSCGNRNETPSD
        120       130       140       150       160       170      

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 PVIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS46 PVIIDRFFLKFFLKCNQNCLKNAGNPRDMRRFQVVVSTTVSVDGHVLAVSDNMFVHNNSK
        180       190       200       210       220       230      

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 HGRRARRLDPSEGTPSYLEHATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTML
       ::::::::::::.       ::::::::::.:::::::::::.:::::::::::.::..:
CCDS46 HGRRARRLDPSEA-------ATPCIKAISPGEGWTTGGATVIVIGDNFFDGLQVVFGNVL
        240              250       260       270       280         

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 VWSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::.::::::::::::::::
CCDS46 VWSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGCPGRFVYTALNEPTIDYGFQRL
     290       300       310       320       330       340         

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB7 QKVIPRHPGDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHN
       ::::::::::::::::::.:::::::.:::::.: .:::..::::::.::::::.::  .
CCDS46 QKVIPRHPGDPERLPKEVLLKRAADLAEALYGVPGSNQELLLKRAADVAEALYSTPRAPG
     350       360       370       380       390       400         

     420       430       440       450       460       470         
pF1KB7 QLPALANTSVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQT
        :  :: .  : ...:.:.::. ::. :..:. . . :..:. ::.::.:..::   ::.
CCDS46 PLAPLAPSHPHPAVVGINAFSSPLAIAVGDATPGPEPGYARSCSSASPRGFAPSPGSQQS
     410       420       430       440       450       460         

     480        490       500         510       520         530    
pF1KB7 NYNS-VTTSMNGYGSAAMSNLG--GSPTFLNGSAANSPYAIVPSSPTMA--SSTSLPSNC
       .:.. . ....:::. ....::  :::.:::::.:.::.::.:::: .:  :: :::.  
CCDS46 GYGGGLGAGLGGYGAPGVAGLGVPGSPSFLNGSTATSPFAIMPSSPPLAAASSMSLPAAA
     470       480       490       500       510       520         

          540       550       560       570       580       590    
pF1KB7 SSSSGIFSFSPANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM   
        ..: .:::::.::.:::::.::::::.:: .::: .:  ..:..:              
CCDS46 PTTS-VFSFSPVNMISAVKQRSAFAPVLRPPSSPPQACPRAHGEGLPDQSFEDSDKFHSP
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CCDS46 ARGLQGLAYS
      590        

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       :::::... : : ..::. ::. :..::.:....::.:::.::::::.:.::::::::::
CCDS43 MFGIQDTLGR-GPTLKEKSLGAEMDSVRSWVRNVGVVDANVAAQSGVALSRAHFEKQPPS
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CCDS43 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVDFVENDKEQGNEKTNNGTHYKLQLLYSNGV
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       :::::.:::::::.::: :.::::.:::::::::::::.::::::.::::::::::::::
CCDS43 RTEQDLYVRLIDSVTKQPIAYEGQNKNPEMCRVLLTHEVMCSRCCEKKSCGNRNETPSDP
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CCDS43 VIIDRFFLKFFLKCNQNCLKTAGNPRDMRRFQVVLSTTVNVDGHVLAVSDNMFVHNNSKH
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       :::::::::::        ::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::::
CCDS43 GRRARRLDPSE--------ATPCIKAISPSEGWTTGGAMVIIIGDNFFDGLQVVFGTMLV
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS43 WSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGAPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQ
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pF1KB7 KVIPRHPGDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQ
       ::::::::::::: ::..::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::: .:
CCDS43 KVIPRHPGDPERLAKEMLLKRAADLVEALYGTPHNNQDIILKRAADIAEALYSVPRNPSQ
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pF1KB7 LPALANTSVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQTN
       ::::... .:.::::.::...::.:..::..:..:::. ::.::.::.::  :.::::.:
CCDS43 LPALSSSPAHSGMMGINSYGSQLGVSISESTQGNNQGYIRNTSSISPRGYSSSSTPQQSN
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       :.. ..:::::... :.:::  ::: ::::: ..:::.:. ::::..::        :.:
CCDS43 YSTSSNSMNGYSNVPMANLGVPGSPGFLNGSPTGSPYGIMSSSPTVGSS--------STS
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       .:. :: ...  :::::::::::.::: :: :.:.: :::...:..:..::::
CCDS43 SILPFS-SSVFPAVKQKSAFAPVIRPQGSPSPACSSGNGNGFRAMTGLVVPPM
            530       540       550       560       570     

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CCDS78 MFGIQESIQRSGSSMKEEPLGSGMNAVRTWMQGAGVLDANTAAQSGVGLARAHFEKQPPS
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pF1KB7 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
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CCDS78 NLRKSNFFHFVLALYDRQGQPVEIERTAFVGFVEKEKEANSEKTNNGIHYRLQLLYSNGI
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pF1KB7 RTEQDFYVRLIDSMTKQAIVYEGQDKNPEMCRVLLTHEIMCSRCCDKKSCGNRNETPSDP
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CCDS78 GRRARRLDPSE--------ATPCIKAISPSEGWTTGGATVIIIGDNFFDGLQVIFGTMLV
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CCDS78 WSELITPHAIRVQTPPRHIPGVVEVTLSYKSKQFCKGTPGRFIYTALNEPTIDYGFQRLQ
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CCDS78 KVIPRHPGDPERLPKEVILKRAADLVEALYGMPHNNQEIILKRAADIAEALYSVPRNHNQ
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CCDS78 LPALANTSVHAGMMGVNSFSGQLAVNVSEASQATNQGFTRNSSSVSPHGYVPSTTPQQTN
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CCDS78 FSFSPANMVSAVKQKSAFAPVVRPQTSPPPTCTSTNGNSLQAISGMIVPPM
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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