FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5695, 636 aa 1>>>pF1KB5695 636 - 636 aa - 636 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9195+/-0.00148; mu= 0.3663+/- 0.089 mean_var=320.2606+/-64.997, 0's: 0 Z-trim(109.7): 135 B-trim: 717 in 1/50 Lambda= 0.071668 statistics sampled from 10918 (11046) to 10918 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.339), width: 16 Scan time: 3.860 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 ( 636) 4211 449.8 5.4e-126 CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 ( 631) 3818 409.1 9.1e-114 CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 631) 3255 350.9 3e-96 CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 644) 2648 288.2 2.4e-77 CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 660) 2646 288.0 2.8e-77 CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 ( 614) 2427 265.3 1.8e-70 CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX ( 382) 1606 180.2 4.5e-45 CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX ( 200) 1076 125.1 8.9e-29 CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX ( 200) 1076 125.1 8.9e-29 >>CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 (636 aa) initn: 4211 init1: 4211 opt: 4211 Z-score: 2375.5 bits: 449.8 E(32554): 5.4e-126 Smith-Waterman score: 4211; 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78.8% identity (90.8% similar) in 641 aa overlap (1-631:1-630) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ :: .: ::::::::::::: ::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS :::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: CCDS44 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE ::::::::::::::::::::.::::::::::..::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER :::::.::::::::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:. 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CCDS44 T--TTQRVGVPTAVQNLAPR--AAVAAAAP--RAVAPYKYASSVRSP--HPAIQP-LQAP 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KB5 QPAVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSEL ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:: .::::::::::::::::: CCDS44 QPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLFPLIQTMHSNLAGKITGMLLEIDNSEL 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 pF1KB5 LHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EAAQK--AVNSATGVPTV ::::::::::::::::::::::::.:: ::::: :: .:: CCDS44 LHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKVGAVAAATS 590 600 610 620 630 >>CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (644 aa) initn: 3011 init1: 2487 opt: 2648 Z-score: 1502.0 bits: 288.2 E(32554): 2.4e-77 Smith-Waterman score: 3232; 77.2% identity (89.2% similar) in 650 aa overlap (1-631:1-643) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ :: .: ::::::::::::: ::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: CCDS43 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS :::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: CCDS43 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE ::::::::::::::::::::.::::::::::..::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER :::::.::::::::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:. 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CCDS43 PPYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGSECPDRLAM 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 -------TQRVANTSTQTMG-PR------PAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHL .:. . : :. : : : ::.:::.: :.: ::::..::.: : CCDS43 DFGGAGAAQQGLTDSCQSGGVPTAVQNLAPRAAVAAAAP--RAVAPYKYASSVRSP--HP 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB5 NAQPQVTMQQPAVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGM :: . ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:: .:::::::: CCDS43 AIQP-LQAPQPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLFPLIQTMHSNLAGKITGM 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KB5 LLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EAAQK--AVNSATGVPTV :::::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::::: :: .:: CCDS43 LLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKVGAVAAATS 600 610 620 630 640 >>CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (660 aa) initn: 3391 init1: 2487 opt: 2646 Z-score: 1500.8 bits: 288.0 E(32554): 2.8e-77 Smith-Waterman score: 3200; 75.4% identity (87.0% similar) in 670 aa overlap (1-631:1-659) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ :: .: ::::::::::::: ::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS :::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: CCDS44 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE ::::::::::::::::::::.::::::::::..::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER :::::.::::::::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:. CCDS44 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN ::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.::::::::.::.::.::::::::.:: CCDS44 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT ::: ::::.:::::::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::.. 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CCDS42 AELGARALEFTNIYVKNLPVDVDEQGLQDLFSQFGKMLSVKVMRDNSGHSRCFGFVNFEK 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN ::.::::: .:::::..:. .:.:::::.::::.::::.::::::::. ::::::::::: CCDS42 HEEAQKAVVHMNGKEVSGRLLYAGRAQKRVERQNELKRRFEQMKQDRLRRYQGVNLYVKN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT :::.:::..:::::::.:.::::::: :::.:::::::::::::::::::::::::::.: CCDS42 LDDSIDDDKLRKEFSPYGVITSAKVMTEGGHSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGT 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNRA ::::::::::::::.: ::::::::....:.. ::... .: ::.::. :.:: .: CCDS42 KPLYVALAQRKEERKAILTNQYMQRLSTMRTLSNPLLGSFQ--QPSSYFLPAMPQPPAQA 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 pF1KB5 AYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRP-AAPR-PP--FSTMRPASSQVPR- ::: . .. .:.::::.: :: . . .:: ..:: :: .:..: ::.:::: CCDS42 AYYGCGPVTPTQPAPRWTSQPPRP----SCASMVRPPVVPRRPPAHISSVRQASTQVPRT 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 VMSTQRVANTSTQTMGPRPAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQP : :::::: .::: :: .... ::. .: .: :. .:.: CCDS42 VPHTQRVANIGTQTTGP---SGVGCCTPGRPLLPCKCSSA----------AHSTYRVQEP 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KB5 AVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLH :::. :::::::::::.:: .:::::.::::.:::. .: :::::::::::::::::: CCDS42 AVHIPGQEPLTASMLAAAPLHEQKQMIGERLYPLIHDVHTQLAGKITGMLLEIDNSELLL 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 pF1KB5 MLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEAAQKAVNSATGVPTV ::::::::..:.:::::::::::: : CCDS42 MLESPESLHAKIDEAVAVLQAHQAMEQPKAYMH 590 600 610 >>CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX (382 aa) initn: 1791 init1: 838 opt: 1606 Z-score: 922.7 bits: 180.2 E(32554): 4.5e-45 Smith-Waterman score: 1606; 64.3% identity (84.5% similar) in 373 aa overlap (2-371:7-379) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MNPSAPS--YPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLG ::.. . : :.:::::: ::::: :::.:: ::::. :.::: .:: :: CCDS14 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 YAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNK :.::::. ::::: ::.:::::.:.::: :.:::: : ::::::::::::::::::::. CCDS14 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 ALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRF ::. :::::::::::::::.::::::..:::.. ::.::: .:::. ::.:.:.:::: CCDS14 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 KSRKEREAELGARAKE-FTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKG : .:: ::. .: . ::::..::.:.:.:::.::.:: ..::. ::::. : :::::: CCDS14 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 FGFVSFERHEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQ :::: .: :: ::::: ...:: ..:: .::::::::.:: .::.:.::... . .: CCDS14 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 GVNLYVKNLDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE :: .:.::::. :.::.:..::: ::.:. :::::: :..:::: ::::: ::::::: : CCDS14 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 MNGRIVATKPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAA ::::::..:::.:.:.: . CCDS14 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC 370 380 >>CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX (200 aa) initn: 1150 init1: 1076 opt: 1076 Z-score: 630.1 bits: 125.1 E(32554): 8.9e-29 Smith-Waterman score: 1076; 80.1% identity (93.4% similar) in 196 aa overlap (10-205:1-196) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ :::::::::::.::::::::::::::::::::.::: ::::::::::::.: CCDS35 MASLYVGDLHPEVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDKITRRSLGYAYVNYQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS ::.::.:::.:.:::::::.::::::::::::::::::::.::::: :.:::::::. :: CCDS35 QPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNKALYNIFS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE ::::::::::.:::.: ::::::::. ::.:::::. ::::.:: ::.:::::::.:::: CCDS35 AFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRFKSHKERE 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER :: :: :.. :.. .:.: :: :.: CCDS35 AERGAWARQSTSADVKDFEEDTDEEATLR 180 190 200 >>CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX (200 aa) initn: 1150 init1: 1076 opt: 1076 Z-score: 630.1 bits: 125.1 E(32554): 8.9e-29 Smith-Waterman score: 1076; 80.1% identity (93.4% similar) in 196 aa overlap (10-205:1-196) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ :::::::::::.::::::::::::::::::::.::: ::::::::::::.: CCDS43 MASLYVGDLHPEVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDKITRRSLGYAYVNYQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS ::.::.:::.:.:::::::.::::::::::::::::::::.::::: :.:::::::. :: CCDS43 QPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNKALYNIFS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE ::::::::::.:::.: ::::::::. ::.:::::. ::::.:: ::.:::::::.:::: CCDS43 AFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRFKSHKERE 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER :: :: :.. :.. .:.: :: :.: CCDS43 AERGAWARQSTSADVKDFEEDTDEEATLR 180 190 200 636 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 18:01:38 2016 done: Thu Nov 3 18:01:39 2016 Total Scan time: 3.860 Total Display time: 0.120 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]