Result of FASTA (ccds) for pF1KB5562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5562, 787 aa
  1>>>pF1KB5562 787 - 787 aa - 787 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3384+/-0.00102; mu= 1.7983+/- 0.061
 mean_var=212.6032+/-44.036, 0's: 0 Z-trim(111.0): 56  B-trim: 72 in 1/50
 Lambda= 0.087961
 statistics sampled from 11953 (12002) to 11953 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.369), width:  16
 Scan time:  4.430

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS65642.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1            ( 787) 5327 689.4  6e-198
CCDS970.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1              ( 789) 5313 687.6 2.1e-197
CCDS65641.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1            ( 775) 5205 673.9 2.7e-193
CCDS971.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1              ( 774) 4802 622.8 6.8e-178
CCDS32307.1 ARNT2 gene_id:9915|Hs108|chr15         ( 717) 2160 287.5 5.4e-77
CCDS31430.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 625) 1134 157.2 7.5e-38
CCDS73259.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 626) 1130 156.7 1.1e-37
CCDS44543.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 582) 1129 156.6 1.1e-37
CCDS76387.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 583) 1125 156.1 1.6e-37
CCDS58219.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 622)  617 91.6 4.2e-18
CCDS8712.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12        ( 636)  614 91.2 5.6e-18
CCDS58222.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 540)  605 90.1 1.1e-17
CCDS58220.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 588)  605 90.1 1.1e-17
CCDS58221.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 599)  605 90.1 1.2e-17


>>CCDS65642.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                 (787 aa)
 initn: 5327 init1: 5327 opt: 5327  Z-score: 3667.2  bits: 689.4 E(32554): 6e-198
Smith-Waterman score: 5327; 100.0% identity (100.0% similar) in 787 aa overlap (1-787:1-787)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 TGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 TEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 QVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 QVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 PLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENF
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB5 SGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKTRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKTRT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB5 SQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTAEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTAEG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB5 VGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPDLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPDLT
              730       740       750       760       770       780

              
pF1KB5 MFPPFSE
       :::::::
CCDS65 MFPPFSE
              

>>CCDS970.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                   (789 aa)
 initn: 5313 init1: 4056 opt: 5313  Z-score: 3657.6  bits: 687.6 E(32554): 2.1e-197
Smith-Waterman score: 5313; 99.7% identity (99.7% similar) in 789 aa overlap (1-787:1-789)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 TGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 TEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 QVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 QVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 PLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENF
              550       560       570       580       590       600

                610       620       630       640       650        
pF1KB5 --SGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKT
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RNSGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKT
              610       620       630       640       650       660

      660       670       680       690       700       710        
pF1KB5 RTSQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RTSQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTA
              670       680       690       700       710       720

      720       730       740       750       760       770        
pF1KB5 EGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 EGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPD
              730       740       750       760       770       780

      780       
pF1KB5 LTMFPPFSE
       :::::::::
CCDS97 LTMFPPFSE
                

>>CCDS65641.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                 (775 aa)
 initn: 5211 init1: 2074 opt: 5205  Z-score: 3583.7  bits: 673.9 E(32554): 2.7e-193
Smith-Waterman score: 5205; 99.1% identity (99.1% similar) in 780 aa overlap (10-787:1-775)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
                :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65          MTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
                        10        20        30        40        50 

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::     :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PHFVVVHCTGYIKAWPPA-----DDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 QVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQ
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB5 --SGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKT
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB5 RTSQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RTSQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTA
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pF1KB5 EGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 EGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPD
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      780       
pF1KB5 LTMFPPFSE
       :::::::::
CCDS65 LTMFPPFSE
        770     

>>CCDS971.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                   (774 aa)
 initn: 4785 init1: 3528 opt: 4802  Z-score: 3307.3  bits: 622.8 E(32554): 6.8e-178
Smith-Waterman score: 5180; 97.8% identity (97.8% similar) in 789 aa overlap (1-787:1-774)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MAATTANPEMTSDVPSLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFL
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               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 RCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
       ::::::::::::::::               :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RCDDDQMSNDKERFAR---------------ENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCS
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              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 ALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVS
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pF1KB5 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 CETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLK
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pF1KB5 TGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGE
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pF1KB5 PHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB5 TEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 QVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQ
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              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSK
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pF1KB5 PLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENF
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pF1KB5 --SGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKT
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RNSGLAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKT
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pF1KB5 RTSQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RTSQFGVGSFQTPSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTA
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      720       730       740       750       760       770        
pF1KB5 EGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 EGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPD
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      780       
pF1KB5 LTMFPPFSE
       :::::::::
CCDS97 LTMFPPFSE
         770    

>>CCDS32307.1 ARNT2 gene_id:9915|Hs108|chr15              (717 aa)
 initn: 2344 init1: 2147 opt: 2160  Z-score: 1495.8  bits: 287.5 E(32554): 5.4e-77
Smith-Waterman score: 2900; 59.1% identity (76.7% similar) in 798 aa overlap (3-787:5-717)

                 10         20        30        40        50       
pF1KB5   MAATTANPEMTSDVP-SLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDD-DGEGN
           :..  :::.::.: :.   .:   .   .. .::.  :. ::: :.:::: :::: 
CCDS32 MATPAAVNPPEMASDIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGEGP
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB5 SKFLRCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMV
       :::                              .:::::::::::::::: :::::::::
CCDS32 SKF------------------------------SRENHSEIERRRRNKMTQYITELSDMV
                                             70        80        90

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB5 PTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFL
       :::::::::::::::::::::::::.::::: ::::.:::::::.:::::::::::::::
CCDS32 PTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFL
              100       110       120       130       140       150

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pF1KB5 FIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRI
       :.:. :::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::: ::::..::::
CCDS32 FVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRI
              160       170       180       190       200       210

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB5 LDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::.. .: . .::.. .:.: ::::: :
CCDS32 LDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPV
              220       230       240       250       260       270

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB5 KDGEPHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSN
       :.:: ...:::::::::::::::...:..: ..:::::.:::::::::::::: : ::..
CCDS32 KEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDMNG
              280       290       300       310       320       330

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB5 VCQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVV
       .  ::::.:::: .::.:::: ::....:::::.::::.:.::::::::. ::.::::::
CCDS32 MSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVV
              340       350       360       370       380       390

        420       430       440       450       460       470      
pF1KB5 KLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLS
       ::::::::::.:::.::.::. .::::::::::::::::::::::::::           
CCDS32 KLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK-----------
              400       410       420       430                    

        480       490       500       510       520       530      
pF1KB5 NTIQRPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTG-
             ::                   ::::.::. :  ::::.::. :::  :   .: 
CCDS32 ------QL-------------------QQQQAELE-VHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGV
           440                           450       460       470   

         540       550       560       570       580       590     
pF1KB5 PEHSKPLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPR
        : .: .::.:..:.:.:::::.:.. .:.:...: .::... .:::..:::. :: . .
CCDS32 HEAGKSVEKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFP-SGH
           480       490       500       510       520        530  

         600          610       620       630       640       650  
pF1KB5 PAENFSGLA---PPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVAT
        .. ::. .   : :. .: :.:.:: ..::::. : .: :   :: . :  : .::. .
CCDS32 SGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVA---WTGS-RPPFPGQQIPS
            540       550       560       570           580        

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pF1KB5 QATAKTRTSQFGVGSFQT----PSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQ
       : ..::..: ::.:. .:    :::.: .: :.  :.::.. :: ::.::  .:: :.::
CCDS32 Q-SSKTQSSPFGIGTSHTYPADPSSYSPLSSPA--TSSPSGNAYSSLANRTPGFA-ESGQ
       590       600       610       620         630       640     

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pF1KB5 TAGQFQTRTAEGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQS
       ..:::: : .:   :: :::.:  :: ..:.::: .:    :::: ::::.:: : :: .
CCDS32 SSGQFQGRPSE---VWSQWQSQ--HHGQQSGEQHSHQ----QPGQTEVFQDMLPMPGDPT
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         770       780       
pF1KB5 N---SYNNEEFPDLTMFPPFSE
       .   .:: :.: :: :::::::
CCDS32 QGTGNYNIEDFADLGMFPPFSE
         700       710       

>>CCDS31430.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (625 aa)
 initn: 1138 init1: 625 opt: 1134  Z-score: 793.0  bits: 157.2 E(32554): 7.5e-38
Smith-Waterman score: 1143; 39.7% identity (67.2% similar) in 478 aa overlap (46-518:32-485)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KB5 SLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFLRCDDDQMSNDKERFA
                                     :.: .   .:.:      : : : : ..  
CCDS31 ADQRMDISSTISDFMSPGPTDLLSSSLGTSGVDCNRKRKGSST-----DYQESMDTDKDD
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pF1KB5 RSDDEQSSADKERL--ARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILR
            . .  . :.  ::: ::.::.:::.::...: ::...::::.:..:: ::::.::
CCDS31 PHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLR
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pF1KB5 MAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCETGRVVYVSDSV
       :::.:::.:::. :  :...:::.::.:.:::::::.:::::::.:.:. :....::.::
CCDS31 MAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESV
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pF1KB5 TPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLKTGT-VKKEGQQSS
         .::  :.. .:..:.: .:: :. :..::::.:..:   :..: :::  :: .   . 
CCDS31 FKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGP
        180       190       200       210       220       230      

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pF1KB5 MRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGEPHFVVVHCTGYI
        :.: :.::::.:::.:.  ::   .:.  .:  . :     : :  .  : ..: :::.
CCDS31 SRLCSGARRSFFCRMKCNRPSV---KVEDKDFP-STC-----SKKKDRKSFCTIHSTGYL
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pF1KB5 KAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKF-CLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQPTEFISRHNIEG
       :.:::. ..: .:.   ..: .. ::::::::.    :. ..     .  :..::: :.:
CCDS31 KSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSMEYVSRHAIDG
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pF1KB5 IFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRS
        :.:::.: .: ..: :::::: .  :. : .:   : .  .::.. . .. .  ..:. 
CCDS31 KFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKI
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pF1KB5 KNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNV-KNSSQEPRPTLSNTIQRPQLGPTANL
       :.  .. .:.  :.:.::.. :.:::. ::: :  :  .   ::. .    :. .  . :
CCDS31 KDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPH-SMDSML
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pF1KB5 PLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSKPLEKSDGLFA
       :    ::. .:.. .       :::  :                                
CCDS31 P----SGEGGPKRTH-----PTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCG
            470            480       490       500       510       

>>CCDS73259.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (626 aa)
 initn: 1138 init1: 625 opt: 1130  Z-score: 790.3  bits: 156.7 E(32554): 1.1e-37
Smith-Waterman score: 1139; 39.5% identity (67.4% similar) in 478 aa overlap (46-518:32-486)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KB5 SLGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFLRCDDDQMSNDKERFA
                                     :.: .   .:.:      : : : : ..  
CCDS73 ADQRMDISSTISDFMSPGPTDLLSSSLGTSGVDCNRKRKGSST-----DYQESMDTDKDD
              10        20        30        40             50      

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pF1KB5 RSDDEQSSADKERL--ARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILR
            . .  . :.  ::: ::.::.:::.::...: ::...::::.:..:: ::::.::
CCDS73 PHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLR
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           140       150       160       170       180       190   
pF1KB5 MAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCETGRVVYVSDSV
       :::.:::.:::. :  :...:::.::.:.:::::::.:::::::.:.:. :....::.::
CCDS73 MAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESV
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pF1KB5 TPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLKTGT-VKKEGQQSS
         .::  :.. .:..:.: .:: :. :..::::.:..:   :..: :::  :: .   . 
CCDS73 FKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGP
        180       190       200       210       220       230      

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pF1KB5 MRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGEPHFVVVHCTGYI
        :.: :.::::.:::.:.  ::   .:.  .:  . :    .. :  .  : ..: :::.
CCDS73 SRLCSGARRSFFCRMKCNRPSV---KVEDKDFP-STC----SKKKADRKSFCTIHSTGYL
        240       250          260            270       280        

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pF1KB5 KAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKF-CLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQPTEFISRHNIEG
       :.:::. ..: .:.   ..: .. ::::::::.    :. ..     .  :..::: :.:
CCDS73 KSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSMEYVSRHAIDG
      290       300       310       320       330       340        

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pF1KB5 IFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRS
        :.:::.: .: ..: :::::: .  :. : .:   : .  .::.. . .. .  ..:. 
CCDS73 KFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKI
      350       360       370       380       390       400        

             440       450       460        470       480       490
pF1KB5 KNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNV-KNSSQEPRPTLSNTIQRPQLGPTANL
       :.  .. .:.  :.:.::.. :.:::. ::: :  :  .   ::. .    :. .  . :
CCDS73 KDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPH-SMDSML
      410       420       430       440       450       460        

              500       510       520       530       540       550
pF1KB5 PLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSKPLEKSDGLFA
       :    ::. .:.. .       :::  :                                
CCDS73 P----SGEGGPKRTH-----PTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCG
           470            480       490       500       510        

>>CCDS44543.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (582 aa)
 initn: 1138 init1: 625 opt: 1129  Z-score: 790.1  bits: 156.6 E(32554): 1.1e-37
Smith-Waterman score: 1138; 40.3% identity (68.5% similar) in 457 aa overlap (65-518:5-442)

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB5 AIVQRAIKRRPGLDFDDDGEGNSKFLRCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENH
                                     ..:..::.      .      . . ::: :
CCDS44                           MINIESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAH
                                         10        20        30    

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB5 SEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSY
       :.::.:::.::...: ::...::::.:..:: ::::.:::::.:::.:::. :  :...:
CCDS44 SQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANY
           40        50        60        70        80        90    

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB5 KPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVH
       ::.::.:.:::::::.:::::::.:.:. :....::.::  .::  :.. .:..:.: .:
CCDS44 KPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLH
          100       110       120       130       140       150    

          220       230       240        250       260       270   
pF1KB5 PDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLKTGT-VKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSS
       : :. :..::::.:..:   :..: :::  :: .   .  :.: :.::::.:::.:.  :
CCDS44 PKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPS
          160       170       180       190       200       210    

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pF1KB5 VDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGEPHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGS
       :   .:.  .:  . :     : :  .  : ..: :::.:.:::. ..: .:.   ..: 
CCDS44 V---KVEDKDFP-STC-----SKKKDRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGC
             220             230       240       250       260     

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pF1KB5 KF-CLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELL
       .. ::::::::.    :. ..     .  :..::: :.: :.:::.: .: ..: :::::
CCDS44 NLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSMEYVSRHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELL
         270       280       290       300       310       320     

            400       410       420       430       440       450  
pF1KB5 GKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSD
       : .  :. : .:   : .  .::.. . .. .  ..:. :.  .. .:.  :.:.::.. 
CCDS44 GTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTK
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pF1KB5 EIEYIICTNTNV-KNSSQEPRPTLSNTIQRPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELD
       :.:::. ::: :  :  .   ::. .    :. .  . ::    ::. .:.. .      
CCDS44 EVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPH-SMDSMLP----SGEGGPKRTH-----P
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CCDS44 TVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCGSSPLNITSTPPPDASSPGGKK
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CCDS76                           MINIESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAH
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       ::.::.:.:::::::.:::::::.:.:. :....::.::  .::  :.. .:..:.: .:
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       : :. :..::::.:..:   :..: :::  :: .   .  :.: :.::::.:::.:.  :
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          :.:.  .:  . : .     :  .  : ..: :::.:.:::. ..: .:.   ..: 
CCDS76 ---VKVEDKDFP-STCSKK----KADRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGC
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       : .  :. : .:   : .  .::.. . .. .  ..:. :.  .. .:.  :.:.::.. 
CCDS76 GTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTK
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pF1KB5 EIEYIICTNTNV-KNSSQEPRPTLSNTIQRPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELD
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CCDS76 EVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPH-SMDSMLP----SGEGGPKRTH-----P
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pF1KB5 MVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTGPEHSKPLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKG
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CCDS76 TVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCGSSPLNITSTPPPDASSPGGKK
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>>CCDS58219.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12            (622 aa)
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CCDS58 MAAEEEAAAGGKVLREENQCIAPVVSSRVSPGTRPTAMGSFSSHMTEFPRKRKGSDSDPS
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pF1KB5 GEG--NSKFLRCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYIT
         :  . : .    ...:..   .  :   . ::..   .:: ::. :.:::.::.  : 
CCDS58 QSGIMTEKVV----EKLSQNPLTYLLSTRIEISASSG--SREAHSQTEKRRRDKMNNLIE
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pF1KB5 ELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILE
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CCDS58 ELSAMIPQCNPMARKLDKLTVLRMAVQHLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILK
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pF1KB5 AADGFLFIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSEN
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CCDS58 TAEGFLFVVGCERGKILFVSKSVSKILNYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDI
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       .   ...: :::  :... . .  :.  ::::::.::.. :       .::..    .. 
CCDS58 SPREKLIDAKTGLQVHSNLHAGRTRVYSGSRRSFFCRIKSC------KISVKE----EHG
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pF1KB5 CRNGLGSVKDGEPHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKF-CLVAIGRLQVTS
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CCDS58 CLPN--SKKKEHRKFYTIHCTGYLRSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQPYI
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pF1KB5 SPNCTDMSNVCQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQL
        :. .   :: .:::::.:  ..: :..::.: .: .:: :::::: .  :. : .:.. 
CCDS58 VPQNSGEINV-KPTEFITRFAVNGKFVYVDQRATAILGYLPQELLGTSCYEYFHQDDHNN
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pF1KB5 LRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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