Result of FASTA (omim) for pF1KB5324
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5324, 460 aa
  1>>>pF1KB5324 460 - 460 aa - 460 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7000+/-0.000327; mu= 14.1284+/- 0.021
 mean_var=170.7631+/-37.123, 0's: 0 Z-trim(121.1): 447  B-trim: 3597 in 2/55
 Lambda= 0.098147
 statistics sampled from 36565 (37259) to 36565 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.437), width:  16
 Scan time: 10.110

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011543044 (OMIM: 118510) PREDICTED: muscarinic  ( 460) 3121 453.8 4.4e-127
NP_000729 (OMIM: 118510) muscarinic acetylcholine  ( 460) 3121 453.8 4.4e-127
XP_011542348 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542345 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855650 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855651 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542347 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_005273089 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
NP_000731 (OMIM: 100100,118494) muscarinic acetylc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855648 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542349 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855642 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855646 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855641 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542346 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_011542343 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855645 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855647 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855644 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855643 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855649 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
XP_016855652 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: musc ( 590) 1117 170.2 1.4e-41
NP_036257 (OMIM: 118496) muscarinic acetylcholine  ( 532) 1093 166.7 1.3e-40
NP_001307846 (OMIM: 118496) muscarinic acetylcholi ( 532) 1093 166.7 1.3e-40
NP_000732 (OMIM: 118495) muscarinic acetylcholine  ( 479)  935 144.3 6.8e-34
NP_001006628 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
XP_011514071 (OMIM: 118493) PREDICTED: muscarinic  ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_001006631 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_001006633 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_001006632 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_001006630 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_001006627 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_000730 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholine  ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_001006629 (OMIM: 118493) muscarinic acetylcholi ( 466)  919 142.0 3.2e-33
NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465)  595 96.2 2.1e-19
NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462)  522 85.8 2.7e-16
NP_009163 (OMIM: 604525) histamine H3 receptor [Ho ( 445)  518 85.2 3.8e-16
XP_005260323 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H ( 453)  518 85.2 3.9e-16
XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) ( 443)  514 84.7 5.7e-16
NP_000786 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 443)  514 84.7 5.7e-16
NP_000854 (OMIM: 182131) 5-hydroxytryptamine recep ( 390)  465 77.7 6.4e-14
NP_000016 (OMIM: 109691,601665) beta-3 adrenergic  ( 408)  458 76.7 1.3e-13
NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamin ( 422)  448 75.3 3.6e-13
NP_000852 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor [Ho ( 487)  443 74.7 6.4e-13
XP_011531954 (OMIM: 600167) PREDICTED: histamine H ( 487)  443 74.7 6.4e-13
XP_011531955 (OMIM: 600167) PREDICTED: histamine H ( 487)  443 74.7 6.4e-13
NP_001091681 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor  ( 487)  443 74.7 6.4e-13
NP_001091683 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor  ( 487)  443 74.7 6.4e-13
XP_016861773 (OMIM: 600167) PREDICTED: histamine H ( 487)  443 74.7 6.4e-13
NP_001091682 (OMIM: 600167) histamine H1 receptor  ( 487)  443 74.7 6.4e-13


>>XP_011543044 (OMIM: 118510) PREDICTED: muscarinic acet  (460 aa)
 initn: 3121 init1: 3121 opt: 3121  Z-score: 2402.6  bits: 453.8 E(85289): 4.4e-127
Smith-Waterman score: 3121; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460
pF1KB5 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
              430       440       450       460

>>NP_000729 (OMIM: 118510) muscarinic acetylcholine rece  (460 aa)
 initn: 3121 init1: 3121 opt: 3121  Z-score: 2402.6  bits: 453.8 E(85289): 4.4e-127
Smith-Waterman score: 3121; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460
pF1KB5 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
              430       440       450       460

>>XP_011542348 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: muscarin  (590 aa)
 initn: 1646 init1: 1094 opt: 1117  Z-score: 867.7  bits: 170.2 E(85289): 1.4e-41
Smith-Waterman score: 1398; 50.9% identity (68.8% similar) in 491 aa overlap (10-409:51-535)

                                    10          20        30       
pF1KB5                      MNTSAPPAVSPNITVLAP--GKGPWQVAFIGITTGLLSL
                                     ::. :.  :  :.  :::.::.. ::.:.:
XP_011 IHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRAAGNFSSPDGTTDDPLGGHTVWQVVFIAFLTGILAL
               30        40        50        60        70        80

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB5 ATVTGNLLVLISFKVNTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLA
       .:. ::.::..::::: .::::::::::::::::::::..::::.:::..:..::::.::
XP_011 VTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLA
               90       100       110       120       130       140

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB5 CDLWLALDYVASNASVMNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLW
       ::::::.:::::::::::::.::::::::.::::.:::::: .::..::::::..:::::
XP_011 CDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLW
              150       160       170       180       190       200

       160       170       180       190       200       210       
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       :::::::::.::.:::  :.:.:::::.: ::::::.::::.:::.:  ::::::.:::.
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       . . :::   :. ..:..:            .:. .::. :. :::      .:.:.:  
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pF1KB5 APAILFWQYLVGERTVLAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETEN
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>>XP_016855651 (OMIM: 100100,118494) PREDICTED: muscarin  (590 aa)
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pF1KB5                      MNTSAPPAVSPNITVLAP--GKGPWQVAFIGITTGLLSL
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XP_016 VTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLA
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pF1KB5 RARELAALQGSET---------PGKGGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL
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XP_005 FKMLLLCQCDKKKRRKQQYQQRQSVIFHKRAPEQAL
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>>NP_000731 (OMIM: 100100,118494) muscarinic acetylcholi  (590 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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