Result of FASTA (omim) for pF1KB5199
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5199, 452 aa
  1>>>pF1KB5199 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8336+/-0.000436; mu= 19.6604+/- 0.027
 mean_var=59.2482+/-12.048, 0's: 0 Z-trim(108.1): 143  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.166624
 statistics sampled from 15984 (16137) to 15984 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.189), width:  16
 Scan time:  8.630

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_000806 (OMIM: 137163,613060) gamma-aminobutyric ( 452) 2965 721.8 9.1e-208
XP_011539496 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamm ( 465) 2826 688.4 1.1e-197
XP_016856425 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamm ( 687) 2821 687.3 3.4e-197
NP_068712 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-amino ( 473) 1093 271.8 2.8e-72
NP_068711 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid r ( 512) 1093 271.8 2.9e-72
NP_000804 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid r ( 474) 1090 271.1 4.6e-72
NP_000803 (OMIM: 137190,617153) gamma-aminobutyric ( 474) 1088 270.6 6.4e-72
NP_000805 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-amino ( 473) 1077 268.0   4e-71
NP_055026 (OMIM: 602729) gamma-aminobutyric acid r ( 440) 1060 263.8 6.4e-70
NP_001243632 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 462) 1049 261.2 4.1e-69
NP_002033 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric acid r ( 479) 1049 261.2 4.3e-69
NP_001254511 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 392) 1048 260.9 4.3e-69
XP_016866178 (OMIM: 137161) PREDICTED: gamma-amino ( 392) 1048 260.9 4.3e-69
NP_001243633 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 392) 1048 260.9 4.3e-69
NP_002034 (OMIM: 137162) gamma-aminobutyric acid r ( 465) 1032 257.1 7.1e-68
XP_011534015 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 421) 1006 250.9   5e-66
NP_944494 (OMIM: 137164,607681,611277) gamma-amino ( 475)  968 241.8 3.1e-63
NP_001139512 (OMIM: 138491,149400) glycine recepto ( 457)  967 241.5 3.5e-63
XP_016864119 (OMIM: 600421) PREDICTED: glycine rec ( 424)  965 241.0 4.6e-63
NP_006520 (OMIM: 600421) glycine receptor subunit  ( 464)  965 241.0   5e-63
XP_011529486 (OMIM: 300349) PREDICTED: gamma-amino ( 406)  936 234.0 5.6e-61
NP_061028 (OMIM: 300349) gamma-aminobutyric acid r ( 632)  936 234.1   8e-61
NP_001178250 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 402)  933 233.3 9.2e-61
XP_011519730 (OMIM: 137192,612269,617113) PREDICTE ( 414)  933 233.3 9.4e-61
NP_000162 (OMIM: 138491,149400) glycine receptor s ( 449)  927 231.9 2.7e-60
XP_011534018 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366)  926 231.6 2.7e-60
XP_011534017 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366)  926 231.6 2.7e-60
XP_011534019 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366)  926 231.6 2.7e-60
XP_011534016 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366)  926 231.6 2.7e-60
XP_016864838 (OMIM: 138491,149400) PREDICTED: glyc ( 465)  927 231.9 2.8e-60
XP_011543798 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436)  926 231.6 3.1e-60
XP_011543797 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436)  926 231.6 3.1e-60
XP_006724550 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436)  926 231.6 3.1e-60
NP_001112357 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 452)  926 231.6 3.2e-60
NP_001112358 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 452)  926 231.6 3.2e-60
XP_016884916 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 452)  926 231.6 3.2e-60
NP_002054 (OMIM: 305990) glycine receptor subunit  ( 452)  926 231.6 3.2e-60
NP_000807 (OMIM: 137164,607681,611277) gamma-amino ( 467)  924 231.2 4.6e-60
NP_001036008 (OMIM: 600421) glycine receptor subun ( 449)  918 229.7 1.2e-59
NP_001178249 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 388)  910 227.8 4.1e-59
NP_001265560 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 388)  910 227.8 4.1e-59
XP_005265929 (OMIM: 602729) PREDICTED: gamma-amino ( 361)  903 226.1 1.2e-58
NP_150092 (OMIM: 600233) gamma-aminobutyric acid r ( 467)  885 221.8 3.1e-57
NP_001191195 (OMIM: 137141) gamma-aminobutyric aci ( 535)  861 216.1 1.9e-55
NP_000800 (OMIM: 137141) gamma-aminobutyric acid r ( 554)  861 216.1 1.9e-55
XP_011519732 (OMIM: 600233) PREDICTED: gamma-amino ( 473)  858 215.3 2.8e-55
NP_775807 (OMIM: 137166) gamma-aminobutyric acid r ( 465)  854 214.3 5.4e-55
NP_001278914 (OMIM: 602729) gamma-aminobutyric aci ( 289)  850 213.2 7.1e-55
NP_000802 (OMIM: 137143) gamma-aminobutyric acid r ( 453)  851 213.6 8.7e-55
NP_000799 (OMIM: 305660) gamma-aminobutyric acid r ( 492)  849 213.2 1.3e-54


>>NP_000806 (OMIM: 137163,613060) gamma-aminobutyric aci  (452 aa)
 initn: 2965 init1: 2965 opt: 2965  Z-score: 3851.1  bits: 721.8 E(85289): 9.1e-208
Smith-Waterman score: 2965; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 GPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLW
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECML
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 DLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 FHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 LPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450  
pF1KB5 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
              430       440       450  

>>XP_011539496 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamma-am  (465 aa)
 initn: 2821 init1: 2821 opt: 2826  Z-score: 3670.3  bits: 688.4 E(85289): 1.1e-197
Smith-Waterman score: 2826; 98.6% identity (99.1% similar) in 438 aa overlap (15-452:31-465)

                               10        20        30        40    
pF1KB5                 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNL
                                     :.:.    ::::::::::::::::::::::
XP_011 MSEATPLDRNDSENTGGLISRPHPWDQSPSCVQE---DRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNL
               10        20        30           40        50       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB5 DGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNH
        60        70        80        90       100       110       

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB5 TNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVAC
       120       130       140       150       160       170       

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB5 DMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTE
       180       190       200       210       220       230       

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB5 LMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGI
       240       250       260       270       280       290       

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB5 TTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAK
       300       310       320       330       340       350       

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB5 VKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKE
       360       370       380       390       400       410       

          410       420       430       440       450  
pF1KB5 GAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       420       430       440       450       460     

>>XP_016856425 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamma-am  (687 aa)
 initn: 2821 init1: 2821 opt: 2821  Z-score: 3661.3  bits: 687.3 E(85289): 3.4e-197
Smith-Waterman score: 2821; 100.0% identity (100.0% similar) in 430 aa overlap (23-452:258-687)

                       10        20        30        40        50  
pF1KB5         MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PEQCCIPRKGPRLSGIKLSPGLSDRWLCIPRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
       230       240       250       260       270       280       

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB5 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
       290       300       310       320       330       340       

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB5 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
       350       360       370       380       390       400       

            180       190       200       210       220       230  
pF1KB5 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
       410       420       430       440       450       460       

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB5 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
       470       480       490       500       510       520       

            300       310       320       330       340       350  
pF1KB5 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRA
       530       540       550       560       570       580       

            360       370       380       390       400       410  
pF1KB5 EMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQ
       590       600       610       620       630       640       

            420       430       440       450  
pF1KB5 GGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       650       660       670       680       

>>NP_068712 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminobuty  (473 aa)
 initn: 1137 init1: 657 opt: 1093  Z-score: 1418.7  bits: 271.8 E(85289): 2.8e-72
Smith-Waterman score: 1171; 40.8% identity (70.8% similar) in 476 aa overlap (7-450:8-471)

                10        20          30        40         50      
pF1KB5  MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGT--RAMNDIGDYVGSNLEISWLPN-LDGLIAGYARNFR
              :: :. :  .   ::.  :..:: :.       .:.. . .: :. ::   .:
NP_068 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGN-------MSFVKETVDKLLKGYDIRLR
               10        20        30               40        50   

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB5 PGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFV
       : .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....: :::.::.:.    .: ::.: .
NP_068 PDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVA
            60        70        80        90       100       110   

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB5 DKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQ
       :.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::
NP_068 DQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQ
           120       130       140       150       160       170   

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB5 ECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPR
       .: :..:::::...:: .::  ... . :.....: ::.:. .:.... . : ..: .::
NP_068 NCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVF-ATGAYPR
           180       190       200       210       220        230  

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB5 LSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVS
       ::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::. . 
NP_068 LSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTH
            240       250       260       270       280       290  

        300       310       320       330           340            
pF1KB5 ARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHF----NADYRKKQ----KAKVKVS
        : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.::::...     .  :.:.     ::.: .
NP_068 LRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKND
            300       310       320       330       340       350  

      350          360                 370              380        
pF1KB5 RPRAE---MDVRNAIVLFSL----------SAAGVTQELAIS-------RRQRRVPGNLM
       : ..:   .:... :.: ::          .. : :.. :::        :.. .: .  
NP_068 RSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE--
            360       370       380       390       400       410  

      390       400       410       420        430       440       
pF1KB5 GSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPI-DADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYW
       :  : .: ..   ::    : ..:  .. ..  . :...:: ..: ::: .:.  :..::
NP_068 GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQ--LKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYW
              420       430         440       450       460        

       450  
pF1KB5 AAYAM
         :  
NP_068 LYYVN
      470   

>>NP_068711 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid recep  (512 aa)
 initn: 1169 init1: 674 opt: 1093  Z-score: 1418.2  bits: 271.8 E(85289): 2.9e-72
Smith-Waterman score: 1129; 41.6% identity (70.2% similar) in 447 aa overlap (10-436:16-447)

                     10          20        30        40        50  
pF1KB5       MDAPARLLAPLLL--LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
                      ::..  .:::..     :. . . :            : :. :: 
NP_068 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETV------------DRLLKGYD
               10        20        30        40                    

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB5 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
         .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....:.:::.:::::    .: ::
NP_068 IRLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLD
       50        60        70        80        90       100        

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB5 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
       .: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::
NP_068 NRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYP
      110       120       130       140       150       160        

            180       190       200       210       220       230  
pF1KB5 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
       .:::.: :..:::::...:: .::  ... . :. :..: ::.:..:.. :. . : :.:
NP_068 LDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVF-STG
      170       180       190       200       210       220        

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB5 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
       ..::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::
NP_068 SYPRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTT
       230       240       250       260       270       280       

            300       310       320       330          340         
pF1KB5 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKKQKAKVKVSR
       . .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.:::...   :.   ....::  :.. 
NP_068 INTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAAS
       290       300       310       320       330       340       

     350          360       370               380         390      
pF1KB5 PRAE---MDVRNAIVLFSLSAAGV--------TQELAISRRQRRVPGNL--MGSYRSVGV
          :   .:: : :   ...  :.        : .:. .::      .:  :  .... .
NP_068 ANNEKMRLDV-NKIFYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILL
       350        360       370       380       390       400      

        400       410         420       430       440       450    
pF1KB5 ETGETKKEGAARSG--GQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM  
        : : :.: :.  .  : :  :. .   ::..:. : .: .:                  
NP_068 STLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQ-YRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKS
        410       420       430       440        450       460     

NP_068 RLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
         470       480       490       500       510  

>>NP_000804 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid recep  (474 aa)
 initn: 1135 init1: 691 opt: 1090  Z-score: 1414.8  bits: 271.1 E(85289): 4.6e-72
Smith-Waterman score: 1155; 40.4% identity (68.3% similar) in 473 aa overlap (10-450:16-472)

                     10          20        30        40        50  
pF1KB5       MDAPARLLAPLLL--LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
                      ::..  .:::..     :. . . :            : :. :: 
NP_000 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETV------------DRLLKGYD
               10        20        30        40                    

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB5 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
         .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....:.:::.:::::    .: ::
NP_000 IRLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLD
       50        60        70        80        90       100        

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB5 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
       .: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::
NP_000 NRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYP
      110       120       130       140       150       160        

            180       190       200       210       220       230  
pF1KB5 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
       .:::.: :..:::::...:: .::  ... . :. :..: ::.:..:.. :. . : :.:
NP_000 LDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVF-STG
      170       180       190       200       210       220        

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB5 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
       ..::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::
NP_000 SYPRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTT
       230       240       250       260       270       280       

            300       310       320       330          340         
pF1KB5 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKKQKAKVKVSR
       . .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.:::...   :.   ....::  :.. 
NP_000 INTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAAS
       290       300       310       320       330       340       

     350               360       370       380         390         
pF1KB5 PRAE--------MDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSY-------R
          :        :: .. :.: .:    . .:.: :.    .  : . : .:       :
NP_000 ANNEKMRLDVNKMDPHENILLSTLE---IKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYR
       350       360       370          380       390       400    

            400       410       420                 430       440  
pF1KB5 SVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR--------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAV
       ..:.      ...  :  .:   : : :        :   :...:: ..:  ::..:.  
NP_000 KAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFF
          410       420       430       440       450       460    

            450  
pF1KB5 NVIYWAAYAM
       :..::  :  
NP_000 NIVYWLYYVN
          470    

>>NP_000803 (OMIM: 137190,617153) gamma-aminobutyric aci  (474 aa)
 initn: 780 init1: 681 opt: 1088  Z-score: 1412.2  bits: 270.6 E(85289): 6.4e-72
Smith-Waterman score: 1173; 42.4% identity (73.4% similar) in 436 aa overlap (44-450:41-472)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KB5 LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVA
                                     .: :. ::   .:: .:::::.:.. ..::
NP_000 GLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDVA
               20        30        40        50        60        70

            80        90       100       110       120       130   
pF1KB5 SIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAW
       ::: .::.::.::.:....:::.:.::::.    .: ::.: .:.::.:::...: :...
NP_000 SIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSF
               80        90       100       110       120       130

           140       150       160       170       180       190   
pF1KB5 FHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIV
        : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::.: :..:::::...:: 
NP_000 VHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIE
              140       150       160       170       180       190

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB5 YYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQ
       .::. ..  . :..:..: ::.:..:..... ..: ..: .::::: :.:.:: : .:.:
NP_000 FYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEF-TTGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQ
              200       210       220        230       240         

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB5 SYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVY
       .::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::. .  : .::.   .::.:.:
NP_000 TYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKIPYVKAIDIY
     250       260       270       280       290       300         

           320       330          340               350       360  
pF1KB5 FWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKK------QKA--KVKVSRPRAEMDVRNAIVL
       .  :.:::: ::.::::..   :.   .::      :.:  : :.   ....:... :.:
NP_000 LMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQVDAHGNILL
     310       320       330       340       350       360         

            370       380         390       400         410        
pF1KB5 FSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSYRSVGVETGE--TKKEGAARSGGQGGI--R
        .:    . .: . :.    :  :   : :: :....  .  ...:. .:.  . :.  .
NP_000 STLE---IRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDRHGVPSK
     370          380       390       400       410       420      

        420                   430       440       450  
pF1KB5 ARLR----------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       .:.:          :   :...:: ..:  :: .:.  ::.::  :  
NP_000 GRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
        430       440       450       460       470    

>>NP_000805 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminobuty  (473 aa)
 initn: 1137 init1: 657 opt: 1077  Z-score: 1398.0  bits: 268.0 E(85289): 4e-71
Smith-Waterman score: 1158; 40.6% identity (70.5% similar) in 475 aa overlap (9-450:15-471)

                     10           20        30        40         50
pF1KB5       MDAPARLLAPLLLL---CAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPN-LDGLIAG
                     ::.:.    :::      ..:: :.       .:.. . .: :. :
NP_000 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQ------SVNDPGN-------MSFVKETVDKLLKG
               10        20              30               40       

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 YARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLG
       :   .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....: :::.::.:.    .: 
NP_000 YDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLT
        50        60        70        80        90       100       

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 LDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAK
       ::.: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .
NP_000 LDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRR
       110       120       130       140       150       160       

              180       190       200       210       220       230
pF1KB5 YPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKS
       ::.:::.: :..:::::...:: .::  ... . :.....: ::.:. .:.... . : .
NP_000 YPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVF-A
       170       180       190       200       210       220       

              240       250       260       270       280       290
pF1KB5 AGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTM
       .: .::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::
NP_000 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
        230       240       250       260       270       280      

              300       310       320       330           340      
pF1KB5 TTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHF----NADYRKKQ----K
       ::. .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.::::...     .  :.:.     
NP_000 TTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKT
        290       300       310       320       330       340      

            350          360                 370              380  
pF1KB5 AKVKVSRPRAE---MDVRNAIVLFSL----------SAAGVTQELAIS-------RRQRR
       ::.: .: ..:   .:... :.: ::          .. : :.. :::        :.. 
NP_000 AKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
        350       360       370       380       390       400      

            390       400       410       420        430       440 
pF1KB5 VPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPI-DADTIDIYARAVFPAAFAA
       .: .  :  : .: ..   ::    : ..:  .. ..  . :...:: ..: ::: .:. 
NP_000 MPRE--GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQ--LKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSL
        410         420       430         440       450       460  

             450  
pF1KB5 VNVIYWAAYAM
        :..::  :  
NP_000 FNLVYWLYYVN
            470   

>>NP_055026 (OMIM: 602729) gamma-aminobutyric acid recep  (440 aa)
 initn: 1019 init1: 468 opt: 1060  Z-score: 1376.3  bits: 263.8 E(85289): 6.4e-70
Smith-Waterman score: 1101; 42.9% identity (76.0% similar) in 420 aa overlap (32-450:30-437)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB5 DAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGG
                                     :: . ..: ::....: ::: . .::..::
NP_055  MNYSLHLAFVCLSLFTERMCIQGSQFNVEVGRSDKLS-LPGFENLTAGYNKFLRPNFGG
                10        20        30         40        50        

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB5 PPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLWL
        ::..::.:..:::. :::.::.:: :..:.: : :.:: ..  :... ::.:.:. ::.
NP_055 EPVQIALTLDIASISSISESNMDYTATIYLRQRWMDQRLVFEG-NKSFTLDARLVEFLWV
       60        70        80        90       100        110       

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB5 PDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLD
       :::.::..:....:.::: :.::::  .:..::..:::.::::.:::.::::: : : :.
NP_055 PDTYIVESKKSFLHEVTVGNRLIRLFSNGTVLYALRITTTVACNMDLSKYPMDTQTCKLQ
       120       130       140       150       160       170       

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB5 LESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHF
       :::.::...:. . : .... ..::..:.:::.::  : ::    . . .:.. :: :.:
NP_055 LESWGYDGNDVEFTWLRGNDSVRGLEHLRLAQYTIERY-FTLVTRSQQETGNYTRLVLQF
       180       190       200       210        220       230      

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB5 HLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSL
       .::::   .:...:.::..::..::::::::  .::::. .:.::::.:::::...:.::
NP_055 ELRRNVLYFILETYVPSTFLVVLSWVSFWISLDSVPARTCIGVTTVLSMTTLMIGSRTSL
        240       250       260       270       280       290      

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PRASA-IKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
       : ..  :::.:::. ::. :::.::.::: ::...  .   : .  ...   :... : :
NP_055 PNTNCFIKAIDVYLGICFSFVFGALLEYAVAHYSSLQQMAAKDR-GTTKEVEEVSITN-I
        300       310       320       330       340        350     

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
       .  :.:    . .  ::  . .. .. . .: .. ..:.. : . . :   .: :   . 
NP_055 INSSIS----SFKRKISFASIEISSDNV-DYSDLTMKTSD-KFKFVFREK-MGRIVDYFT
          360           370        380        390        400       

              430       440       450   
pF1KB5 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM 
         . ...: :.. .::  :  .::.::: :   
NP_055 IQNPSNVDHYSKLLFPLIFMLANVFYWAYYMYF
       410       420       430       440

>>NP_001243632 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric acid re  (462 aa)
 initn: 894 init1: 798 opt: 1049  Z-score: 1361.7  bits: 261.2 E(85289): 4.1e-69
Smith-Waterman score: 1049; 38.2% identity (74.8% similar) in 401 aa overlap (54-451:70-462)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB5 AMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANM
                                     ..:::.::: . :.. ..: :.: :::..:
NP_001 GSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQVESLDSISEVDM
      40        50        60        70        80        90         

            90       100        110       120       130       140  
pF1KB5 EYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNE-TLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENK
       ..:::..:.. :.: :::.  ::. .. .:.:.: :.:.:: :.:..: ...::.:..: 
NP_001 DFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKRSFIHDTTTDNV
     100       110       120       130       140       150         

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB5 LIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEH
       ..:.:::: .:::.:.: :. :.::....:.: : : :..:::.:. .:.. ::..... 
NP_001 MLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDDLMLYWKKGNDS
     160       170       180       190       200       210         

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB5 IHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLV
       ..  ....:.:: :  .. ::.:  ..:.: . :: ..: :::.   ...:.:.:..:.:
NP_001 LKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFLLQTYFPATLMV
     220       230       240       250       260       270         

            270       280       290       300       310       320  
pF1KB5 AMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVF
        .:::::::.. :::::: :::::::::.:..... .:.::.: :::.:.:.:. .::::
NP_001 MLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVDIYLWVSFVFVF
     280       290       300       310       320       330         

            330         340       350       360       370       380
pF1KB5 AALVEYAFAHF--NADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQ
        ...::: ...  ... ::.:: . :.    .    :.:..       :  ..  ..  .
NP_001 LSVLEYAAVNYLTTVQERKEQKLREKLPCTSGLPPPRTAML------DGNYSDGEVNDLD
     340       350       360       370       380             390   

              390       400       410       420       430       440
pF1KB5 RRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFA
         .: :     : . :.   ...... .  .: .  . .: ::. .:: :.: .::::. 
NP_001 NYMPENGEKPDRMM-VQLTLASERSSPQRKSQRSSYVSMR-IDTHAIDKYSRIIFPAAYI
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              450  
pF1KB5 AVNVIYWAAYAM
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NP_001 LFNLIYWSIFS 
             460   




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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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