Result of FASTA (omim) for pF1KB5184
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5184, 606 aa
  1>>>pF1KB5184 606 - 606 aa - 606 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3846+/-0.000412; mu= 5.5163+/- 0.026
 mean_var=178.5268+/-35.207, 0's: 0 Z-trim(117.5): 127  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.095989
 statistics sampled from 29352 (29480) to 29352 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.346), width:  16
 Scan time: 12.010

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055414 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 3842 544.7 3.3e-154
NP_957516 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 3842 544.7 3.3e-154
NP_803182 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 3842 544.7 3.3e-154
XP_016885257 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1387) 1431 211.1 2.1e-53
XP_011529116 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1387) 1431 211.1 2.1e-53
NP_001034794 (OMIM: 300132) trophinin isoform 5 [H (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529115 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529111 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_006724663 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_016885256 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529113 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529110 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
XP_011529114 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 1431 211.1 2.2e-53
NP_001258113 (OMIM: 300132) trophinin isoform 7 [H (1034) 1368 202.2   7e-51
XP_016885262 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 662) 1273 189.0 4.5e-47
XP_016885261 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 662) 1273 189.0 4.5e-47
XP_016885259 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
NP_057241 (OMIM: 300132) trophinin isoform 2 [Homo ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
XP_016885258 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
XP_016885260 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
NP_808224 (OMIM: 300132) trophinin isoform 2 [Homo ( 706) 1273 189.0 4.7e-47
NP_808225 (OMIM: 300132) trophinin isoform 4 [Homo ( 309) 1210 180.0   1e-44
NP_008917 (OMIM: 300224) melanoma-associated antig ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_011529137 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_016885469 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_016885468 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
XP_016885467 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
NP_001005332 (OMIM: 300224) melanoma-associated an ( 778) 1208 180.0 2.6e-44
NP_001005333 (OMIM: 300224) melanoma-associated an ( 834) 1208 180.0 2.8e-44
NP_001258112 (OMIM: 300132) trophinin isoform 6 [H ( 962) 1179 176.1   5e-43
XP_016885365 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
NP_001092270 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
XP_011529124 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
NP_803881 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 739) 1073 161.3 1.1e-38
NP_803879 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
NP_001258991 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
NP_110428 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
NP_001258992 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
XP_006724670 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
XP_006724671 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 741) 1073 161.3 1.1e-38
XP_011529125 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 647)  784 121.2 1.1e-26
NP_001258990 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 757)  785 121.4 1.1e-26
NP_001229291 (OMIM: 300765) melanoma-associated an ( 757)  785 121.4 1.1e-26
NP_619649 (OMIM: 608243) non-structural maintenanc ( 304)  739 114.8 4.4e-25
NP_071432 (OMIM: 609267) melanoma-associated antig ( 307)  737 114.5 5.3e-25
NP_061939 (OMIM: 176270,605283,615547) MAGE-like p (1249)  686 107.9 2.2e-22
NP_065983 (OMIM: 300759) melanoma-associated antig ( 957)  670 105.6 8.3e-22
NP_002478 (OMIM: 176270,602117) necdin [Homo sapie ( 321)  650 102.5 2.3e-21
NP_872312 (OMIM: 300761) melanoma-associated antig ( 347)  627 99.3 2.3e-20
NP_002358 (OMIM: 300153) melanoma-associated antig ( 346)  609 96.8 1.3e-19


>>NP_055414 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associated an  (606 aa)
 initn: 3842 init1: 3842 opt: 3842  Z-score: 2889.4  bits: 544.7 E(85289): 3.3e-154
Smith-Waterman score: 3842; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
              550       560       570       580       590       600

             
pF1KB5 CGFSYK
       ::::::
NP_055 CGFSYK
             

>>NP_957516 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associated an  (606 aa)
 initn: 3842 init1: 3842 opt: 3842  Z-score: 2889.4  bits: 544.7 E(85289): 3.3e-154
Smith-Waterman score: 3842; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_957 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
              550       560       570       580       590       600

             
pF1KB5 CGFSYK
       ::::::
NP_957 CGFSYK
             

>>NP_803182 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associated an  (606 aa)
 initn: 3842 init1: 3842 opt: 3842  Z-score: 2889.4  bits: 544.7 E(85289): 3.3e-154
Smith-Waterman score: 3842; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSKA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 SGVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQNADPQAVTMPA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 TETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESAAAQSQENQDTRPKVKAKKARKV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 KHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRASRGPIAFWARRASRTRLAAWARR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 ALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEPEAPPPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 KRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYSLEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGIL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 GTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSSEAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 VKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRSYYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAME
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 ADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGLGSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_803 AQESGSASTGASTSTNNSASASASTSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGA
              550       560       570       580       590       600

             
pF1KB5 CGFSYK
       ::::::
NP_803 CGFSYK
             

>>XP_016885257 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin isofo  (1387 aa)
 initn: 1633 init1: 893 opt: 1431  Z-score: 1079.7  bits: 211.1 E(85289): 2.1e-53
Smith-Waterman score: 1468; 45.8% identity (70.4% similar) in 612 aa overlap (30-605:131-715)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSK
                                     : ...::...: . .....  .  ..: .:
XP_016 VTAKAAQGSQSPTGHEGGTIQLKSPLQVLKLPVISQNIHAPIANESASSQALITSIKPKK
              110       120       130       140       150       160

      60                70        80        90       100           
pF1KB5 AS--------GVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQ--
       ::        ....::::: .  : .. .::.. :.. .. .. ::  ..  :.  ..  
XP_016 ASKAKKAANKAIASATEVSLAATATHTATTQGQITNETASIHTTAASIRTKKASKARKTI
              170       180       190       200       210       220

         110            120       130       140       150          
pF1KB5 ----NADPQ-----AVTMPATETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESA--
           :.: .      ::  ::.  ..: ::   .  : .. . : :..: .  :   :  
XP_016 AKVINTDTEHIEALNVTDAATRQIEASVVA---IRPKKSKGKKAASRGPNSVSEISEAPL
              230       240       250          260       270       

      160       170       180       190       200       210        
pF1KB5 AAQSQENQDTRPKVKAKKARKVKHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRAS
       :.:   ::     ...:.. ....  .   . . .::. ..  :   ..: .::    .:
XP_016 ATQIVTNQALAATLRVKRGSRARK--AATKARATESQTPNADQG---AQAKIASAQTNVS
       280       290       300         310          320       330  

      220       230       240       250       260            270   
pF1KB5 RGPIAFWARRASRTRLAAWARRALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEP-----EAP--
           :. .. :. ..  :    : :::.     :::  :.. .:.....      . :  
XP_016 ----ALETQVAAAVQALADDYLAQLSLEPTTRTRGKRNRKSKHLNGDERSGSNYRRIPWG
                340       350       360       370       380        

                 280       290       300       310       320       
pF1KB5 ----PPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPIKRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYS
           ::::::.:: ::: ::::::.::::::::::::::.:.:.:: . .:::::::.:.
XP_016 RRPAPPRDVAILQERANKLVKYLLVKDQTKIPIKRSDMLRDVIQEYDEYFPEIIERASYT
      390       400       410       420       430       440        

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB5 LEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGILGTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSS
       :::.: ..::::::.. ::::.:: : ..:::::::::.::::::::.::.::::::..:
XP_016 LEKMFRVNLKEIDKQSSLYILISTQE-SSAGILGTTKDTPKLGLLMVILSVIFMNGNKAS
      450       460       470        480       490       500       

       390       400       410       420       430       440       
pF1KB5 EAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEFVKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRS
       ::::::::::::::::..:::::.:.:::::::::::::.: ::::: ::::::::::::
XP_016 EAVIWEVLRKLGLRPGVRHSLFGEVRKLITDEFVKQKYLEYKRVPNSRPPEYEFFWGLRS
       510       520       530       540       550       560       

       450       460       470       480       490       500       
pF1KB5 YYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAMEADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGL
       :.::::::::::::.:::::::.::.:::::.: ...::: :.:::.:::: ::.:::: 
XP_016 YHETSKMKVLKFACRVQKKDPKDWAVQYREAVEMEVQAAAVAVAEAEARAEARAQMGIG-
       570       580       590       600       610       620       

       510       520       530       540           550       560   
pF1KB5 GSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAKAQES----GSASTGASTSTNNSASASA
         : .::: :::. ::     .: . : .:.: .. :    . :. .:..::: . : .:
XP_016 -EEAVAGPWNWDDMDID--CLTREELGDDAQAWSRFSFEIEARAQENADASTNVNFSRGA
         630       640         650       660       670       680   

           570       580       590       600                       
pF1KB5 STSGGFSAGASLTATLTFGLFAGLGGAGASTSGSSGACGFSYK                 
       :: .::: :::..          ..:: .:..: ::. :...                  
XP_016 STRAGFSDGASIS----------FNGAPSSSGGFSGGPGITFGVAPSTSASFSNTASISF
           690                 700       710       720       730   

XP_016 GGTLSTSSSFSSAASISFGCAHSTSTSFSSEASISFGGMPCTSASFSGGVSSSFSGPLST
           740       750       760       770       780       790   

>>XP_011529116 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin isofo  (1387 aa)
 initn: 1633 init1: 893 opt: 1431  Z-score: 1079.7  bits: 211.1 E(85289): 2.1e-53
Smith-Waterman score: 1468; 45.8% identity (70.4% similar) in 612 aa overlap (30-605:131-715)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MSDTSESGAGLTRFQAEASEKDSSSMMQTLLTVTQNVEVPETPKASKALEVSEDVKVSK
                                     : ...::...: . .....  .  ..: .:
XP_011 VTAKAAQGSQSPTGHEGGTIQLKSPLQVLKLPVISQNIHAPIANESASSQALITSIKPKK
              110       120       130       140       150       160

      60                70        80        90       100           
pF1KB5 AS--------GVSKATEVSKTPEAREAPATQASSTTQLTDTQVLAAENKSLAADTKKQ--
       ::        ....::::: .  : .. .::.. :.. .. .. ::  ..  :.  ..  
XP_011 ASKAKKAANKAIASATEVSLAATATHTATTQGQITNETASIHTTAASIRTKKASKARKTI
              170       180       190       200       210       220

         110            120       130       140       150          
pF1KB5 ----NADPQ-----AVTMPATETKKVSHVADTKVNTKAQETEAAPSQAPADEPEPESA--
           :.: .      ::  ::.  ..: ::   .  : .. . : :..: .  :   :  
XP_011 AKVINTDTEHIEALNVTDAATRQIEASVVA---IRPKKSKGKKAASRGPNSVSEISEAPL
              230       240       250          260       270       

      160       170       180       190       200       210        
pF1KB5 AAQSQENQDTRPKVKAKKARKVKHLDGEEDGSSDQSQASGTTGGRRVSKALMASMARRAS
       :.:   ::     ...:.. ....  .   . . .::. ..  :   ..: .::    .:
XP_011 ATQIVTNQALAATLRVKRGSRARK--AATKARATESQTPNADQG---AQAKIASAQTNVS
       280       290       300         310          320       330  

      220       230       240       250       260            270   
pF1KB5 RGPIAFWARRASRTRLAAWARRALLSLRSPKARRGKARRRAAKLQSSQEP-----EAP--
           :. .. :. ..  :    : :::.     :::  :.. .:.....      . :  
XP_011 ----ALETQVAAAVQALADDYLAQLSLEPTTRTRGKRNRKSKHLNGDERSGSNYRRIPWG
                340       350       360       370       380        

                 280       290       300       310       320       
pF1KB5 ----PPRDVALLQGRANDLVKYLLAKDQTKIPIKRSDMLKDIIKEYTDVYPEIIERAGYS
           ::::::.:: ::: ::::::.::::::::::::::.:.:.:: . .:::::::.:.
XP_011 RRPAPPRDVAILQERANKLVKYLLVKDQTKIPIKRSDMLRDVIQEYDEYFPEIIERASYT
      390       400       410       420       430       440        

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB5 LEKVFGIQLKEIDKNDHLYILLSTLEPTDAGILGTTKDSPKLGLLMVLLSIIFMNGNRSS
       :::.: ..::::::.. ::::.:: : ..:::::::::.::::::::.::.::::::..:
XP_011 LEKMFRVNLKEIDKQSSLYILISTQE-SSAGILGTTKDTPKLGLLMVILSVIFMNGNKAS
      450       460       470        480       490       500       

       390       400       410       420       430       440       
pF1KB5 EAVIWEVLRKLGLRPGIHHSLFGDVKKLITDEFVKQKYLDYARVPNSNPPEYEFFWGLRS
       ::::::::::::::::..:::::.:.:::::::::::::.: ::::: ::::::::::::
XP_011 EAVIWEVLRKLGLRPGVRHSLFGEVRKLITDEFVKQKYLEYKRVPNSRPPEYEFFWGLRS
       510       520       530       540       550       560       

       450       460       470       480       490       500       
pF1KB5 YYETSKMKVLKFACKVQKKDPKEWAAQYREAMEADLKAAAEAAAEAKARAEIRARMGIGL
       :.::::::::::::.:::::::.::.:::::.: ...::: :.:::.:::: ::.:::: 
XP_011 YHETSKMKVLKFACRVQKKDPKDWAVQYREAVEMEVQAAAVAVAEAEARAEARAQMGIG-
       570       580       590       600       610       620       

       510       520       530       540           550       560   
pF1KB5 GSENAAGPCNWDEADIGPWAKARIQAGAEAKAKAQES----GSASTGASTSTNNSASASA
         : .::: :::. ::     .: . : .:.: .. :    . :. .:..::: . : .:
XP_011 -EEAVAGPWNWDDMDID--CLTREELGDDAQAWSRFSFEIEARAQENADASTNVNFSRGA
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606 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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