seq1 = pF1KB5090.tfa, 2307 bp
seq2 = pF1KB5090/gi568815581r_42215748.tfa (gi568815581r:42215748_42448516), 232769 bp

>pF1KB5090 2307
>gi568815581r:42215748_42448516 (Chr17)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-273  (101804-101948)   100% ->
274-372  (102860-102958)   100% ->
373-468  (109108-109203)   100% ->
469-550  (109705-109786)   100% ->
551-645  (110660-110754)   100% ->
646-797  (110931-111082)   100% ->
798-956  (114468-114626)   100% ->
957-1049  (114752-114844)   100% ->
1050-1109  (116986-117045)   100% ->
1110-1139  (118741-118770)   100% ->
1140-1233  (118870-118963)   100% ->
1234-1281  (119060-119107)   100% ->
1282-1365  (122318-122401)   100% ->
1366-1464  (123456-123554)   100% ->
1465-1600  (123671-123806)   100% ->
1601-1653  (124892-124944)   100% ->
1654-1748  (125163-125257)   100% ->
1749-1888  (125374-125513)   100% ->
1889-2098  (126023-126232)   100% ->
2099-2141  (131293-131335)   100% ->
2142-2254  (131616-131728)   100% ->
2255-2307  (132717-132769)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAATGGAATCAGCTACAGCAGCTTGACACACGGTACCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAATGGAATCAGCTACAGCAGCTTGACACACGGTACCTGGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCATCAGCTCTACAGTGACAGCTTCCCAATGGAGCTGCGGCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCATCAGCTCTACAGTGACAGCTTCCCAATGGAGCTGCGGCAGTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCCCTTGGATTGAGAGTCAAGATTG         GGCATATGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 TGGCCCCTTGGATTGAGAGTCAAGATTGGTA...TAGGGCATATGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAAAGAATCACATGCCACTTTGGTGTTTCATAATCTCCTGGGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101817 AGCAAAGAATCACATGCCACTTTGGTGTTTCATAATCTCCTGGGAGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCAGCAGTATAGCCGCTTCCTGCAAGAGTCGAATGTTCTCTATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101867 TGACCAGCAGTATAGCCGCTTCCTGCAAGAGTCGAATGTTCTCTATCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAATCTACGAAGAATCAAGCAGTTTCTTCAG         AGCAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101917 ACAATCTACGAAGAATCAAGCAGTTTCTTCAGGTA...TAGAGCAGGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGAGAAGCCAATGGAGATTGCCCGGATTGTGGCCCGGTGCCTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102869 CTTGAGAAGCCAATGGAGATTGCCCGGATTGTGGCCCGGTGCCTGTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAATCACGCCTTCTACAGACTGCAGCCACTGCGGCCCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102919 AGAATCACGCCTTCTACAGACTGCAGCCACTGCGGCCCAGGTG...CAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGGGGCCAGGCCAACCACCCCACAGCAGCCGTGGTGACGGAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109109 AAGGGGGCCAGGCCAACCACCCCACAGCAGCCGTGGTGACGGAGAAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGATGCTGGAGCAGCACCTTCAGGATGTCCGGAAGAGAGTGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109159 CAGATGCTGGAGCAGCACCTTCAGGATGTCCGGAAGAGAGTGCAGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     GATCTAGAACAGAAAATGAAAGTGGTAGAGAATCTCCAGGATGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109209 .CAGGATCTAGAACAGAAAATGAAAGTGGTAGAGAATCTCCAGGATGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGATTTCAACTATAAAACCCTCAAGAGTCAAGGAG         ACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109751 TTGATTTCAACTATAAAACCCTCAAGAGTCAAGGAGGCA...CAGACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAAGATCTGAATGGAAACAACCAGTCAGTGACCAGGCAGAAGATGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110665 CAAGATCTGAATGGAAACAACCAGTCAGTGACCAGGCAGAAGATGCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGAACAGATGCTCACTGCGCTGGACCAGATGCGGAGA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110715 GCTGGAACAGATGCTCACTGCGCTGGACCAGATGCGGAGAGTA...CAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATCGTGAGTGAGCTGGCGGGGCTTTTGTCAGCGATGGAGTACGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110932 GCATCGTGAGTGAGCTGGCGGGGCTTTTGTCAGCGATGGAGTACGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAAACTCTCACGGACGAGGAGCTGGCTGACTGGAAGAGGCGGCAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110982 AAAACTCTCACGGACGAGGAGCTGGCTGACTGGAAGAGGCGGCAACAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCTGCATTGGAGGCCCGCCCAACATCTGCCTAGATCGGCTAGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111032 TGCCTGCATTGGAGGCCCGCCCAACATCTGCCTAGATCGGCTAGAAAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 G         GATAACGTCATTAGCAGAATCTCAACTTCAGACCCGTCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111082 GGTA...CAGGATAACGTCATTAGCAGAATCTCAACTTCAGACCCGTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAATTAAGAAACTGGAGGAGTTGCAGCAAAAAGTTTCCTACAAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114508 CAAATTAAGAAACTGGAGGAGTTGCAGCAAAAAGTTTCCTACAAAGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCCATTGTACAGCACCGGCCGATGCTGGAGGAGAGAATCGTGGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114558 CCCCATTGTACAGCACCGGCCGATGCTGGAGGAGAGAATCGTGGAGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAGAAACTTAATGAAAAG         TGCCTTTGTGGTGGAGCGGCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114608 TTAGAAACTTAATGAAAAGGTA...CAGTGCCTTTGTGGTGGAGCGGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCCTGCATGCCCATGCATCCTGACCGGCCCCTCGTCATCAAGACCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114774 CCCTGCATGCCCATGCATCCTGACCGGCCCCTCGTCATCAAGACCGGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGTTCACTACTAAAGTCAG         GTTGCTGGTCAAATTCCCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114824 CCAGTTCACTACTAAAGTCAGGTA...TAGGTTGCTGGTCAAATTCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTTGAATTATCAGCTTAAAATTAAAGTGTGCATTGACAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117006 AGTTGAATTATCAGCTTAAAATTAAAGTGTGCATTGACAAGTA...CAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACTCTGGGGACGTTGCAGCTCTCAGAGG         ATCCCGGAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118742 GACTCTGGGGACGTTGCAGCTCTCAGAGGGTA...CAGATCCCGGAAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TAACATTCTGGGCACAAACACAAAAGTGATGAACATGGAAGAATCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118882 TAACATTCTGGGCACAAACACAAAAGTGATGAACATGGAAGAATCCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACGGCAGCCTCTCTGCAGAATTCAAACACTTG         ACCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118932 ACGGCAGCCTCTCTGCAGAATTCAAACACTTGGTA...CAGACCCTGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAGCAGAGATGTGGGAATGGGGGCCGAGCCAATTGTGAT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119069 GAGCAGAGATGTGGGAATGGGGGCCGAGCCAATTGTGATGTA...TAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TTCCCTGATTGTGACTGAGGAGCTGCACCTGATCACCTTTGAGACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122320 TTCCCTGATTGTGACTGAGGAGCTGCACCTGATCACCTTTGAGACCGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGTATCACCAAGGCCTCAAGATTGACCTAGAG         ACCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122370 TGTATCACCAAGGCCTCAAGATTGACCTAGAGGTA...CAGACCCACTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TTGCCAGTTGTGGTGATCTCCAACATCTGTCAGATGCCAAATGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123465 TTGCCAGTTGTGGTGATCTCCAACATCTGTCAGATGCCAAATGCCTGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GTCCATCCTGTGGTACAACATGCTGACCAACAATCCCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123515 GTCCATCCTGTGGTACAACATGCTGACCAACAATCCCAAGGTT...TAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 ATGTAAACTTTTTTACCAAGCCCCCAATTGGAACCTGGGATCAAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123672 ATGTAAACTTTTTTACCAAGCCCCCAATTGGAACCTGGGATCAAGTGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAGGTCCTGAGCTGGCAGTTCTCCTCCACCACCAAGCGAGGACTGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123722 GAGGTCCTGAGCTGGCAGTTCTCCTCCACCACCAAGCGAGGACTGAGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CGAGCAGCTGACTACACTGGCAGAGAAACTCTTGG         GACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123772 CGAGCAGCTGACTACACTGGCAGAGAAACTCTTGGGTC...CAGGACCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 GTGTGAATTATTCAGGGTGTCAGATCACATGGGCTAAATTTTGCAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124898 GTGTGAATTATTCAGGGTGTCAGATCACATGGGCTAAATTTTGCAAAGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654       GAAAACATGGCTGGCAAGGGCTTCTCCTTCTGGGTCTGGCTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124948 ...CAGGAAAACATGGCTGGCAAGGGCTTCTCCTTCTGGGTCTGGCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CAATATCATTGACCTTGTGAAAAAGTACATCCTGGCCCTTTGGAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125207 CAATATCATTGACCTTGTGAAAAAGTACATCCTGGCCCTTTGGAACGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 G         GTACATCATGGGCTTTATCAGTAAGGAGCGGGAGCGGGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125257 GGTA...CAGGTACATCATGGGCTTTATCAGTAAGGAGCGGGAGCGGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 ATCTTGAGCACTAAGCCTCCAGGCACCTTCCTGCTAAGATTCAGTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125414 ATCTTGAGCACTAAGCCTCCAGGCACCTTCCTGCTAAGATTCAGTGAAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CAGCAAAGAAGGAGGCGTCACTTTCACTTGGGTGGAGAAGGACATCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125464 CAGCAAAGAAGGAGGCGTCACTTTCACTTGGGTGGAGAAGGACATCAGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889          GTAAGACCCAGATCCAGTCCGTGGAACCATACACAAAGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125514 GTA...CAGGTAAGACCCAGATCCAGTCCGTGGAACCATACACAAAGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 CAGCTGAACAACATGTCATTTGCTGAAATCATCATGGGCTATAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126064 CAGCTGAACAACATGTCATTTGCTGAAATCATCATGGGCTATAAGATCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GGATGCTACCAATATCCTGGTGTCTCCACTGGTCTATCTCTATCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126114 GGATGCTACCAATATCCTGGTGTCTCCACTGGTCTATCTCTATCCTGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 TTCCCAAGGAGGAGGCATTCGGAAAGTATTGTCGGCCAGAGAGCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126164 TTCCCAAGGAGGAGGCATTCGGAAAGTATTGTCGGCCAGAGAGCCAGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 CATCCTGAAGCTGACCCAG         GCGCTGCCCCATACCTGAAGAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 126214 CATCCTGAAGCTGACCCAGGTA...CAGGCGCTGCCCCATACCTGAAGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CAAGTTTATCTGTGTGACACC         AACGACCTGCAGCAATACCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 131315 CAAGTTTATCTGTGTGACACCGTA...CAGAACGACCTGCAGCAATACCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 TTGACCTGCCGATGTCCCCCCGCACTTTAGATTCATTGATGCAGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131636 TTGACCTGCCGATGTCCCCCCGCACTTTAGATTCATTGATGCAGTTTGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 AATAATGGTGAAGGTGCTGAACCCTCAGCAGGAGGGCAGTTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 131686 AATAATGGTGAAGGTGCTGAACCCTCAGCAGGAGGGCAGTTTGGTG...C

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2255   AGTCCCTCACCTTTGACATGGAGTTGACCTCGGAGTGCGCTACCTCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132715 AGAGTCCCTCACCTTTGACATGGAGTTGACCTCGGAGTGCGCTACCTCCC

   2500     .
   2303 CCATG
        |||||
 132765 CCATG