Result of FASTA (omim) for pF1KB4875
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4875, 1042 aa
  1>>>pF1KB4875 1042 - 1042 aa - 1042 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6514+/-0.000325; mu= 7.3766+/- 0.020
 mean_var=184.7961+/-37.806, 0's: 0 Z-trim(121.3): 71  B-trim: 432 in 1/59
 Lambda= 0.094347
 statistics sampled from 37681 (37752) to 37681 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.443), width:  16
 Scan time: 15.680

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011543516 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-indu (1042) 6961 960.4       0
NP_694985 (OMIM: 602180) signal-induced proliferat (1042) 6961 960.4       0
XP_005274246 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-indu (1042) 6961 960.4       0
NP_006738 (OMIM: 602180) signal-induced proliferat (1042) 6961 960.4       0
XP_016857387 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1704) 1561 225.5   2e-57
XP_016857386 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1704) 1561 225.5   2e-57
XP_011542545 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 1561 225.5   2e-57
XP_005273269 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 1561 225.5   2e-57
XP_005273270 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 1561 225.5   2e-57
NP_065859 (OMIM: 611609) signal-induced proliferat (1722) 1561 225.5   2e-57
XP_005273268 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 1561 225.5   2e-57
XP_016857385 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 1561 225.5   2e-57
XP_016882007 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1780) 1524 220.5 6.9e-56
XP_016882006 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 1524 220.5 6.9e-56
XP_011524959 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 1524 220.5 6.9e-56
NP_055888 (OMIM: 616655,616851) signal-induced pro (1781) 1524 220.5 6.9e-56
XP_005258728 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 1524 220.5 6.9e-56
XP_016857466 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 617)  636 99.3   7e-20
XP_016857480 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 625)  636 99.3 7.1e-20
XP_016857465 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 625)  636 99.3 7.1e-20
XP_016857463 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 651)  636 99.3 7.3e-20
XP_016857464 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857478 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857461 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857479 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857477 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857475 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663)  636 99.3 7.4e-20
NP_002876 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating pr ( 663)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857462 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857476 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663)  636 99.3 7.4e-20
XP_016857474 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681)  636 99.3 7.6e-20
XP_016857459 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681)  636 99.3 7.6e-20
NP_001139129 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 681)  636 99.3 7.6e-20
XP_016857473 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681)  636 99.3 7.6e-20
XP_005246012 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681)  636 99.3 7.6e-20
XP_016857471 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689)  636 99.3 7.7e-20
XP_016857470 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689)  636 99.3 7.7e-20
XP_016857458 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689)  636 99.3 7.7e-20
XP_016857457 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689)  636 99.3 7.7e-20
XP_016857472 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689)  636 99.3 7.7e-20
XP_016857456 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 710)  636 99.3 7.9e-20
XP_016857469 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 719)  636 99.3   8e-20
NP_001139130 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 727)  636 99.3   8e-20
XP_006710868 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740)  636 99.3 8.1e-20
XP_016857455 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740)  636 99.3 8.1e-20
XP_016857468 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740)  636 99.3 8.1e-20
XP_006710867 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 748)  636 99.4 8.2e-20
NP_001317312 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 748)  636 99.4 8.2e-20
XP_016857454 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 748)  636 99.4 8.2e-20
XP_016857460 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 804)  636 99.4 8.7e-20


>>XP_011543516 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-induced   (1042 aa)
 initn: 6961 init1: 6961 opt: 6961  Z-score: 5127.4  bits: 960.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6961; 100.0% identity (100.0% similar) in 1042 aa overlap (1-1042:1-1042)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MPMWAGGVGSPRRGMAPASTDDLFARKLRQPARPPLTPHTFEPRPVRGPLLRSGSDAGEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MPMWAGGVGSPRRGMAPASTDDLFARKLRQPARPPLTPHTFEPRPVRGPLLRSGSDAGEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 RPPTPASPRARAHSHEEASRPAATSTRLFTDPLALLGLPAEEPEPAFPPVLEPRWFAHYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RPPTPASPRARAHSHEEASRPAATSTRLFTDPLALLGLPAEEPEPAFPPVLEPRWFAHYD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 VQSLLFDWAPRSQGMGSHSEASSGTLASAEDQAASSDLLHGAPGFVCELGGEGELGLGGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VQSLLFDWAPRSQGMGSHSEASSGTLASAEDQAASSDLLHGAPGFVCELGGEGELGLGGP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 ASPPVPPALPNAAVSILEEPQNRTSAYSLEHADLGAGYYRKYFYGKEHQNFFGMDESLGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASPPVPPALPNAAVSILEEPQNRTSAYSLEHADLGAGYYRKYFYGKEHQNFFGMDESLGP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 VAVSLRREEKEGSGGGTLHSYRVIVRTTQLRTLRGTISEDALPPGPPRGLSPRKLLEHVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VAVSLRREEKEGSGGGTLHSYRVIVRTTQLRTLRGTISEDALPPGPPRGLSPRKLLEHVA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 PQLSPSCLRLGSASPKVPRTLLTLDEQVLSFQRKVGILYCRAGQGSEEEMYNNQEAGPAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PQLSPSCLRLGSASPKVPRTLLTLDEQVLSFQRKVGILYCRAGQGSEEEMYNNQEAGPAF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 MQFLTLLGDVVRLKGFESYRAQLDTKTDSTGTHSLYTTYQDHEIMFHVSTMLPYTPNNQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MQFLTLLGDVVRLKGFESYRAQLDTKTDSTGTHSLYTTYQDHEIMFHVSTMLPYTPNNQQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 QLLRKRHIGNDIVTIVFQEPGSKPFCPTTIRSHFQHVFLVVRAHTPCTPHTTYRVAVSRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QLLRKRHIGNDIVTIVFQEPGSKPFCPTTIRSHFQHVFLVVRAHTPCTPHTTYRVAVSRT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 QDTPAFGPALPAGGGPFAANADFRAFLLAKALNGEQAAGHARQFHAMATRTRQQYLQDLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QDTPAFGPALPAGGGPFAANADFRAFLLAKALNGEQAAGHARQFHAMATRTRQQYLQDLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 TNEVTTTSLDSASRFGLPSLGGRRRAAPRGPGAELQAAGSLVWGVRAAPGARVAAGAQAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TNEVTTTSLDSASRFGLPSLGGRRRAAPRGPGAELQAAGSLVWGVRAAPGARVAAGAQAS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 GPEGIEVPCLLGISAEALVLVAPRDGRVVFNCACRDVLAWTFSEQQLDLYHGRGEAITLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GPEGIEVPCLLGISAEALVLVAPRDGRVVFNCACRDVLAWTFSEQQLDLYHGRGEAITLR
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 FDGSPGQAVGEVVARLQLVSRGCETRELALPRDGQGRLGFEVDAEGFVTHVERFTFAETA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FDGSPGQAVGEVVARLQLVSRGCETRELALPRDGQGRLGFEVDAEGFVTHVERFTFAETA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 GLRPGARLLRVCGQTLPSLRPEAAAQLLRSAPKVCVTVLPPDESGRPRRSFSELYTLSLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GLRPGARLLRVCGQTLPSLRPEAAAQLLRSAPKVCVTVLPPDESGRPRRSFSELYTLSLQ
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 EPSRRGAPDPVQDEVQGVTLLPTTKQLLHLCLQDGGSPPGPGDLAEERTEFLHSQNSLSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EPSRRGAPDPVQDEVQGVTLLPTTKQLLHLCLQDGGSPPGPGDLAEERTEFLHSQNSLSP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 RSSLSDEAPVLPNTTPDLLLATTAKPSVPSADSETPLTQDRPGSPSGSEDKGNPAPELRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RSSLSDEAPVLPNTTPDLLLATTAKPSVPSADSETPLTQDRPGSPSGSEDKGNPAPELRA
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 SFLPRTLSLRNSISRIMSEAGSGTLEDEWQAISEIASTCNTILESLSREGQPIPESGDPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFLPRTLSLRNSISRIMSEAGSGTLEDEWQAISEIASTCNTILESLSREGQPIPESGDPK
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 GTPKSDAEPEPGNLSEKVSHLESMLRKLQEDLQKEKADRAALEEEVRSLRHNNRRLQAES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GTPKSDAEPEPGNLSEKVSHLESMLRKLQEDLQKEKADRAALEEEVRSLRHNNRRLQAES
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040  
pF1KB4 ESAATRLLLASKQLGSPTADLA
       ::::::::::::::::::::::
XP_011 ESAATRLLLASKQLGSPTADLA
             1030      1040  

>>NP_694985 (OMIM: 602180) signal-induced proliferation-  (1042 aa)
 initn: 6961 init1: 6961 opt: 6961  Z-score: 5127.4  bits: 960.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6961; 100.0% identity (100.0% similar) in 1042 aa overlap (1-1042:1-1042)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MPMWAGGVGSPRRGMAPASTDDLFARKLRQPARPPLTPHTFEPRPVRGPLLRSGSDAGEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_694 MPMWAGGVGSPRRGMAPASTDDLFARKLRQPARPPLTPHTFEPRPVRGPLLRSGSDAGEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 RPPTPASPRARAHSHEEASRPAATSTRLFTDPLALLGLPAEEPEPAFPPVLEPRWFAHYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_694 RPPTPASPRARAHSHEEASRPAATSTRLFTDPLALLGLPAEEPEPAFPPVLEPRWFAHYD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 VQSLLFDWAPRSQGMGSHSEASSGTLASAEDQAASSDLLHGAPGFVCELGGEGELGLGGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_694 VQSLLFDWAPRSQGMGSHSEASSGTLASAEDQAASSDLLHGAPGFVCELGGEGELGLGGP
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NP_694 ESAATRLLLASKQLGSPTADLA
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XP_005 ESAATRLLLASKQLGSPTADLA
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>>NP_006738 (OMIM: 602180) signal-induced proliferation-  (1042 aa)
 initn: 6961 init1: 6961 opt: 6961  Z-score: 5127.4  bits: 960.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6961; 100.0% identity (100.0% similar) in 1042 aa overlap (1-1042:1-1042)

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NP_006 MPMWAGGVGSPRRGMAPASTDDLFARKLRQPARPPLTPHTFEPRPVRGPLLRSGSDAGEA
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NP_006 RPPTPASPRARAHSHEEASRPAATSTRLFTDPLALLGLPAEEPEPAFPPVLEPRWFAHYD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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