Result of FASTA (ccds) for pF1KB4571
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4571, 615 aa
  1>>>pF1KB4571 615 - 615 aa - 615 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6588+/-0.000979; mu= 13.0735+/- 0.059
 mean_var=115.5567+/-22.854, 0's: 0 Z-trim(108.6): 24  B-trim: 5 in 1/50
 Lambda= 0.119310
 statistics sampled from 10312 (10321) to 10312 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.317), width:  16
 Scan time:  3.520

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1545.1 LBR gene_id:3930|Hs108|chr1             ( 615) 4128 722.0 5.8e-208
CCDS41669.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11        ( 418) 1676 299.8 4.8e-81
CCDS60846.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11        ( 391)  551 106.1 8.9e-23
CCDS8200.1 DHCR7 gene_id:1717|Hs108|chr11          ( 475)  425 84.5 3.5e-16


>>CCDS1545.1 LBR gene_id:3930|Hs108|chr1                  (615 aa)
 initn: 4128 init1: 4128 opt: 4128  Z-score: 3847.1  bits: 722.0 E(32554): 5.8e-208
Smith-Waterman score: 4128; 99.8% identity (100.0% similar) in 615 aa overlap (1-615:1-615)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MPSRKFADGEVVRGRWPGSSLYYEVEILSHDSTSQLYTVKYKDGTELELKENDIKPLTSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 MPSRKFADGEVVRGRWPGSSLYYEVEILSHDSTSQLYTVKYKDGTELELKENDIKPLTSF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 RQRKGGSTSSSPSRRRGSRSRSRSRSPGRPPKSARRSASASHQADIKEARREVEVKLTPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 RQRKGGSTSSSPSRRRGSRSRSRSRSPGRPPKSARRSASASHQADIKEARREVEVKLTPL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 ILKPFGNSISRYNGEPEHIERNDAPHKNTQEKFNLSQESSYIATQYSLRPRREEVKLKEI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 ILKPFGNSISRYNGEPEHIERNDAPHKNTQEKFSLSQESSYIATQYSLRPRREEVKLKEI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 DSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQKDPSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 DSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQKDPSL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 LNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRLNGFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRLNGFY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 AFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDLSPAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 AFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDLSPAS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 SGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAVPSLAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAVPSLAM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 ILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYLVSHPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 ILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYLVSHPN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 EVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLLVSGWW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 EVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLLVSGWW
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 GFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKYGVAWE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 GFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKYGVAWE
              550       560       570       580       590       600

              610     
pF1KB4 KYCQRVPYRIFPYIY
       :::::::::::::::
CCDS15 KYCQRVPYRIFPYIY
              610     

>>CCDS41669.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11             (418 aa)
 initn: 1419 init1: 1081 opt: 1676  Z-score: 1568.5  bits: 299.8 E(32554): 4.8e-81
Smith-Waterman score: 1676; 59.0% identity (81.0% similar) in 410 aa overlap (207-615:11-418)

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB4 LKEIDSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQK
                                     :::::  :.  ... ::. .: :::  .. 
CCDS41                     MAPTQGPRAPLEFGGPLGAAALLLLLPATMFHLLLAARSG
                                   10        20        30        40

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB4 DPSLLNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRL
          ::. :  ::.:  ::  :.. ..: :. .:. .::::  ::.::  : :  ::.: .
CCDS41 PARLLGPPASLPGLEVLWSPRALLLWLAWLGLQAALYLLPARKVAEGQELKDKSRLRYPI
               50        60        70        80        90       100

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB4 NGFYAFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDL
       ::: :..::. ..: ..  :. .  .   .: .:..::.   ..:..:::..  :: . :
CCDS41 NGFQALVLTALLVGLGMSAGLPLGALPEMLLPLAFVATLTAFIFSLFLYMKAQVAPVSAL
              110       120       130       140       150       160

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB4 SPA-SSGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAV
       .:. .::: .::::.::::::::  ::.::::::::::::::.:::..:. : ..  :. 
CCDS41 APGGNSGNPIYDFFLGRELNPRICFFDFKYFCELRPGLIGWVLINLALLMKEAEL--RGS
              170       180       190       200       210          

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB4 PSLAMILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYL
       ::::: :::.:::::: ::::.:::.:::::: ::::::::::::..:::: ::.:: .:
CCDS41 PSLAMWLVNGFQLLYVGDALWHEEAVLTTMDITHDGFGFMLAFGDMAWVPFTYSLQAQFL
      220       230       240       250       260       270        

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB4 VSHPNEVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLL
       . ::. .. ::::.: ...  :: ::::::::::.::::::::..: :.:: :.::..::
CCDS41 LHHPQPLGLPMASVICLINATGYYIFRGANSQKNTFRKNPSDPRVAGLETISTATGRKLL
      280       290       300       310       320       330        

         540       550       560       570       580       590     
pF1KB4 VSGWWGFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKY
       ::::::.::::::::::::::::::::: .:.:::::..::: :::::::::: .: .::
CCDS41 VSGWWGMVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGVSHLLPYFYLLYFTALLVHREARDERQCLQKY
      340       350       360       370       380       390        

         600       610     
pF1KB4 GVAWEKYCQRVPYRIFPYIY
       :.::..::.::::::.::::
CCDS41 GLAWQEYCRRVPYRIMPYIY
      400       410        

>>CCDS60846.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11             (391 aa)
 initn: 1255 init1: 551 opt: 551  Z-score: 522.4  bits: 106.1 E(32554): 8.9e-23
Smith-Waterman score: 1468; 54.4% identity (75.4% similar) in 410 aa overlap (207-615:11-391)

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB4 LKEIDSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQK
                                     :::::  :.  ... ::. .: :::  .. 
CCDS60                     MAPTQGPRAPLEFGGPLGAAALLLLLPATMFHLLLAARSG
                                   10        20        30        40

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB4 DPSLLNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRL
          ::. :  ::.:  ::  :.. ..: :. .:. .::::  ::.::  : :  ::.: .
CCDS60 PARLLGPPASLPGLEVLWSPRALLLWLAWLGLQAALYLLPARKVAEGQELKDKSRLRYPI
               50        60        70        80        90       100

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB4 NGFYAFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDL
       ::: :..::. ..: ..  :. .  .   .: .:..::.   ..:..:::..  :: . :
CCDS60 NGFQALVLTALLVGLGMSAGLPLGALPEMLLPLAFVATLTAFIFSLFLYMKAQVAPVSAL
              110       120       130       140       150       160

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB4 SPA-SSGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAV
       .:. .::: .::::.::::::::  ::.::::::::::::::.:::..:. : ..  :. 
CCDS60 APGGNSGNPIYDFFLGRELNPRICFFDFKYFCELRPGLIGWVLINLALLMKEAEL--RGS
              170       180       190       200       210          

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB4 PSLAMILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYL
       ::::: :::.:::::: ::::.:::.:::::: ::::::::::::..:::: ::.:: .:
CCDS60 PSLAMWLVNGFQLLYVGDALWHEEAVLTTMDITHDGFGFMLAFGDMAWVPFTYSLQAQFL
      220       230       240       250       260       270        

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB4 VSHPNEVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLL
       . ::. .. ::::.:     :   .. :                   :.:: :.::..::
CCDS60 LHHPQPLGLPMASVI-----C---LING-------------------LETISTATGRKLL
      280       290                                  300       310 

         540       550       560       570       580       590     
pF1KB4 VSGWWGFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKY
       ::::::.::::::::::::::::::::: .:.:::::..::: :::::::::: .: .::
CCDS60 VSGWWGMVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGVSHLLPYFYLLYFTALLVHREARDERQCLQKY
             320       330       340       350       360       370 

         600       610     
pF1KB4 GVAWEKYCQRVPYRIFPYIY
       :.::..::.::::::.::::
CCDS60 GLAWQEYCRRVPYRIMPYIY
             380       390 

>>CCDS8200.1 DHCR7 gene_id:1717|Hs108|chr11               (475 aa)
 initn: 881 init1: 355 opt: 425  Z-score: 404.0  bits: 84.5 E(32554): 3.5e-16
Smith-Waterman score: 911; 35.0% identity (65.0% similar) in 449 aa overlap (203-615:31-475)

            180       190       200        210       220       230 
pF1KB4 EEVKLKEIDSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLE-FGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLL
                                     :: ... :. .  .::..:. : ... ...
CCDS82 MAAKSQPNIPKAKSLDGVTNDRTASQGQWGRAWEVDWFSLASVIFLLLFA-PFIVYYFIM
               10        20        30        40        50          

             240           250             260       270           
pF1KB4 MCKQKDPSL----LNFPPPLPALYELWET------RVFGVYLLWFLIQVLFY--------
        : : . .:    ...      : ..:        ..  .: ::  .:::.:        
CCDS82 ACDQYSCALTGPVVDIVTGHARLSDIWAKTPPITRKAAQLYTLWVTFQVLLYTSLPDFCH
      60        70        80        90       100       110         

              280       290       300         310       320        
pF1KB4 -LLP--IGKVVEGTPLIDGRRLKYRLNGFYAFILTSAV--IGTSLFQGVEFHYVYSHFLQ
        .::  .: . ::.    :   ::..::. :..::  .   .. :..      ...... 
CCDS82 KFLPGYVGGIQEGAVTPAGVVNKYQINGLQAWLLTHLLWFANAHLLSWFSPTIIFDNWIP
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