Result of FASTA (ccds) for pF1KB4391
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4391, 520 aa
  1>>>pF1KB4391 520 - 520 aa - 520 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7983+/-0.00099; mu= 16.1706+/- 0.059
 mean_var=83.2070+/-15.947, 0's: 0 Z-trim(105.9): 101  B-trim: 35 in 1/50
 Lambda= 0.140603
 statistics sampled from 8575 (8679) to 8575 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.267), width:  16
 Scan time:  2.970

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15          ( 520) 3589 738.2 5.4e-213
CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15          ( 476) 2913 601.0 9.6e-172
CCDS9053.1 USP44 gene_id:84101|Hs108|chr12         ( 712)  602 132.3 1.7e-30
CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11          ( 362)  487 108.8 1.1e-23
CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11           ( 396)  487 108.9 1.1e-23
CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11           ( 605)  487 109.0 1.6e-23
CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15          (1012)  484 108.5 3.7e-23
CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15          (1118)  484 108.5   4e-23
CCDS8963.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12          ( 952)  479 107.5 7.2e-23
CCDS58251.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12         ( 981)  479 107.5 7.3e-23
CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3            ( 916)  466 104.8 4.3e-22
CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3            ( 963)  466 104.8 4.5e-22
CCDS30920.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1         ( 565)  452 101.9 2.1e-21
CCDS680.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 828)  429 97.3 7.2e-20
CCDS679.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 911)  429 97.3 7.8e-20
CCDS678.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 942)  429 97.3   8e-20
CCDS43892.1 USP20 gene_id:10868|Hs108|chr9         ( 914)  424 96.3 1.6e-19
CCDS14277.1 USP11 gene_id:8237|Hs108|chrX          ( 963)  422 95.9 2.2e-19
CCDS14370.1 USP51 gene_id:158880|Hs108|chrX        ( 711)  410 93.4 9.2e-19
CCDS42285.1 USP22 gene_id:23326|Hs108|chr17        ( 525)  361 83.4 7.1e-16
CCDS65260.1 USP27X gene_id:389856|Hs108|chrX       ( 438)  350 81.1 2.9e-15
CCDS42912.1 USP16 gene_id:10600|Hs108|chr21        ( 822)  344 80.1 1.1e-14
CCDS13583.1 USP16 gene_id:10600|Hs108|chr21        ( 823)  344 80.1 1.1e-14
CCDS81392.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1         ( 551)  339 78.9 1.6e-14
CCDS31952.1 USP12 gene_id:219333|Hs108|chr13       ( 370)  311 73.1   6e-13
CCDS47054.1 USP46 gene_id:64854|Hs108|chr4         ( 359)  296 70.1 4.8e-12
CCDS47053.1 USP46 gene_id:64854|Hs108|chr4         ( 366)  296 70.1 4.9e-12


>>CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15               (520 aa)
 initn: 3589 init1: 3589 opt: 3589  Z-score: 3937.4  bits: 738.2 E(32554): 5.4e-213
Smith-Waterman score: 3589; 100.0% identity (100.0% similar) in 520 aa overlap (1-520:1-520)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MECPHLSSSVCIAPDSAKFPNGSPSSWCCSVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGRYVNGHAKKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MECPHLSSSVCIAPDSAKFPNGSPSSWCCSVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGRYVNGHAKKH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 YEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDTKLGLVQKVREHLQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDTKLGLVQKVREHLQN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 LENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EQFCCYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EQFCCYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSPE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 SLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 CCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 RNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYATHEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYATHEG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520
pF1KB4 RWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
              490       500       510       520

>>CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15               (476 aa)
 initn: 2913 init1: 2913 opt: 2913  Z-score: 3196.8  bits: 601.0 E(32554): 9.6e-172
Smith-Waterman score: 3170; 91.3% identity (91.3% similar) in 520 aa overlap (1-520:1-476)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MECPHLSSSVCIAPDSAKFPNGSPSSWCCSVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGRYVNGHAKKH
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :        
CCDS58 MECPHLSSSVCIAPDSAKFPNGSPSSWCCSVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGSY--------
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 YEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDTKLGLVQKVREHLQN
                                           ::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ------------------------------------RCDDFVVNDTKLGLVQKVREHLQN
                                                 60        70      

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 LENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNI
         80        90       100       110       120       130      

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EQFCCYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EQFCCYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSPE
        140       150       160       170       180       190      

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 SLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNK
        200       210       220       230       240       250      

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 CCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGP
        260       270       280       290       300       310      

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYL
        320       330       340       350       360       370      

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 RNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYATHEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYATHEG
        380       390       400       410       420       430      

              490       500       510       520
pF1KB4 RWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
        440       450       460       470      

>>CCDS9053.1 USP44 gene_id:84101|Hs108|chr12              (712 aa)
 initn: 721 init1: 191 opt: 602  Z-score: 660.8  bits: 132.3 E(32554): 1.7e-30
Smith-Waterman score: 710; 32.2% identity (58.5% similar) in 482 aa overlap (109-520:218-687)

       80        90       100       110       120       130        
pF1KB4 KVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDTKLGLVQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLE
                                     ::.:..  .. ...  : :     : :.: 
CCDS90 REVKKRRQELEYQVKAELESMPPRKSLRLQGLAQSTIIEIVSVQVPAQTPASPAKDKVLS
       190       200       210       220       230       240       

      140       150             160       170       180            
pF1KB4 NSTLNSKLLKVNGSTT------AICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNIEQF-CCYFK---
       .:  :    ::. :..      .  .::::::::::.::..:: ::..  :  :..:   
CCDS90 TSE-NEISQKVSDSSVKRRPIVTPGVTGLRNLGNTCYMNSVLQVLSHLLIFRQCFLKLDL
       250        260       270       280       290       300      

                     190                                   200     
pF1KB4 ---------------ELPAVE----------------------------LRNGKTAGRRT
                      . : :                             : .: . ::. 
CCDS90 NQWLAMTASEKTRSCKHPPVTDTVVYQMNECQEKDTGFVCSRQSSLSSGLSGGASKGRKM
        310       320       330       340       350       360      

           210       220       230       240       250       260   
pF1KB4 --YHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHE
          . .   .. .:: .:..  . ..:.:. .  :: .... ::...: :::: ::::.:
CCDS90 ELIQPKEPTSQYISLCHELHTLFQVMWSGKWALVSPFAMLHSVWRLIPAFRGYAQQDAQE
        370       380       390       400       410       420      

           270       280       290       300       310       320   
pF1KB4 FMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCINGASTVVTAIFGGILQNEVN
       :.  :::... ::.   .:.:  :.      . .:..  :. . .::. :: : : ..:.
CCDS90 FLCELLDKIQRELET--TGTSLPAL------IPTSQRKLIKQVLNVVNNIFHGQLLSQVT
        430       440               450       460       470        

           330       340       350       360       370       380   
pF1KB4 CLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELY
       :: : ..:  ..:: ::::..: ... . .:.  . : : . . : .::. : : : ..:
CCDS90 CLACDNKSNTIEPFWDLSLEFPERYQCS-GKDIASQP-CLVTEMLAKFTETEAL-EGKIY
      480       490       500        510        520       530      

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pF1KB4 MCHKCKKKQK-----------STKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYL-RNKVDTYVEFP
       .: .:..:..           . :.. : .::.:: ::::::.:..   :.:. ..: : 
CCDS90 VCDQCNSKRRRFSSKPVVLTEAQKQLMICHLPQVLRLHLKRFRWSGRNNREKIGVHVGFE
         540       550       560       570       580       590     

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pF1KB4 -LRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYA--THEGRWFHFNDS
        . ...  :     ..  ::  .:::.:::.:::.: ::::::::   .. : : : :::
CCDS90 EILNMEPYCCRETLKSLRPECFIYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNSEGGFWVHCNDS
         600       610       620       630       640       650     

      490       500       510       520                         
pF1KB4 TVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL                         
        ...   . : ::.::::::... .. : .::                         
CCDS90 KLSMCTMDEVCKAQAYILFYTQRVTENGHSKLLPPELLLGSQHPNEDADTSSNEILS
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>>CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11               (362 aa)
 initn: 672 init1: 235 opt: 487  Z-score: 539.0  bits: 108.8 E(32554): 1.1e-23
Smith-Waterman score: 687; 38.6% identity (59.2% similar) in 373 aa overlap (148-508:13-353)

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                                     : ..: .:   .::::::::::::.::: :
CCDS58                   MLVPGSTRPYSKKRQNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCL
                                 10        20        30        40  

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pF1KB4 SNIEQFCCY-FKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQT-
       :: ...  : ...:   .:..:..:     ::        .::::: : . ..: .: . 
CCDS58 SNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNA-----HT--------ALVEEFAKLIQTIWTSSPND
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pF1KB4 AFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVS-RSAILQEN-S
       . ::  .   . .  : : ::.::::.::.:.::: :: :.    : :. :     :: .
CCDS58 VVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEV----NRVTLRPKSNPENLD
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pF1KB4 TLSASNKC------CINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQ
        :  ..:        ..  .. .  .: : :.. ..:  ::  :  :::: :::: :   
CCDS58 HLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPI---
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pF1KB4 FRSKRSKNQENGPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVL
         .::.      :  .: ::.: ::  . ::  :   : .:. ...  ::: ::..::.:
CCDS58 --AKRGY-----PEVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKIL
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pF1KB4 CLHLKRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGV
        ::::::  .    .:. :.:.:::: ::.. .  :  : .    .:.: ::  : :. .
CCDS58 VLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASENTNHA----VYNLYAVSNHSGTTM
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pF1KB4 GSGHYTAY--ATHEGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
       : ::::::  .   :.:  ::::.::  .   :  . ::.:::            
CCDS58 G-GHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM   
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>>CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11                (396 aa)
 initn: 672 init1: 235 opt: 487  Z-score: 538.4  bits: 108.9 E(32554): 1.1e-23
Smith-Waterman score: 694; 38.2% identity (59.5% similar) in 385 aa overlap (136-508:35-387)

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pF1KB4 TKLGLVQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLG
                                     :: .. ..  : :...: .:   .::::::
CCDS84 YTVTLPEDPPAAPFPALAKELRPRSPLSPSLLLSTFVGLLLNKAKNSKSAQGLAGLRNLG
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pF1KB4 NTCFMNAILQSLSNIEQFCCY-FKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRK
       ::::::.::: ::: ...  : ...:   .:..:..:     ::        .::::: :
CCDS84 NTCFMNSILQCLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHHGSNA-----HT--------ALVEEFAK
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pF1KB4 TLCALWQGSQT-AFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGV
        . ..: .: . . ::  .   . .  : : ::.::::.::.:.::: :: :.    : :
CCDS84 LIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEV----NRV
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pF1KB4 S-RSAILQEN-STLSASNKC------CINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFD
       . :     :: . :  ..:        ..  .. .  .: : :.. ..:  ::  :  ::
CCDS84 TLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFD
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pF1KB4 PFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKST
       :: :::: :     .::.      :  .: ::.: ::  . ::  :   : .:. ...  
CCDS84 PFWDLSLPI-----AKRGY-----PEVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCI
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pF1KB4 KKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYD
       ::: ::..::.: ::::::  .    .:. :.:.:::: ::.. .  :  : .    .:.
CCDS84 KKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASENTNHA----VYN
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pF1KB4 LAAVVVHHGSGVGSGHYTAY--ATHEGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQA
       : ::  : :. .: ::::::  .   :.:  ::::.::  .   :  . ::.:::     
CCDS84 LYAVSNHSGTTMG-GHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASP
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           520
pF1KB4 KAGSDKL
              
CCDS84 PSRM   
              

>>CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11                (605 aa)
 initn: 630 init1: 235 opt: 487  Z-score: 535.8  bits: 109.0 E(32554): 1.6e-23
Smith-Waterman score: 684; 38.8% identity (59.1% similar) in 369 aa overlap (152-508:260-596)

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pF1KB4 ENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNIE
                                     : .:   .::::::::::::.::: ::: .
CCDS84 PIGRYTLWETGKGQAPGPSRSSSPGRDGMNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCLSNTR
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pF1KB4 QFCCY-FKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQT-AFSP
       ..  : ...:   .:..:..:     ::        .::::: : . ..: .: . . ::
CCDS84 ELRDYCLQRLYMRDLHHGSNA-----HT--------ALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSP
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pF1KB4 ESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVS-RSAILQEN-STLSA
         .   . .  : : ::.::::.::.:.::: :: :.    : :. :     :: . :  
CCDS84 SEFKTQIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEV----NRVTLRPKSNPENLDHLPD
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       300             310       320       330       340       350 
pF1KB4 SNKC------CINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSK
       ..:        ..  .. .  .: : :.. ..:  ::  :  :::: :::: :     .:
CCDS84 DEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPI-----AK
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pF1KB4 RSKNQENGPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHL
       :.      :  .: ::.: ::  . ::  :   : .:. ...  ::: ::..::.: :::
CCDS84 RGY-----PEVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHL
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pF1KB4 KRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGSGH
       :::  .    .:. :.:.:::: ::.. .  :  : .    .:.: ::  : :. .: ::
CCDS84 KRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREFASENTNHA----VYNLYAVSNHSGTTMG-GH
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pF1KB4 YTAY--ATHEGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL
       ::::  .   :.:  ::::.::  .   :  . ::.:::            
CCDS84 YTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM   
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>>CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15               (1012 aa)
 initn: 663 init1: 242 opt: 484  Z-score: 529.2  bits: 108.5 E(32554): 3.7e-23
Smith-Waterman score: 674; 34.1% identity (60.9% similar) in 417 aa overlap (110-508:616-1000)

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pF1KB4 VQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDTKLGLVQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLL--
                                     ..: ..:. .   . . :..:..:      
CCDS61 TPPTHKAKPQIPAERDREPSKLKRSYSSPDITQAIQEEEKRKPTVTPTVNRENKPTCYPK
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pF1KB4 -ENSTLN-SKLLKVN----GSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNIEQFCCYFKELP
        : : :. :.. ..:    ::  :.  ::::::::::.::.::: : :  ..  ::.   
CCDS61 AEISRLSASQIRNLNPVFGGSGPAL--TGLRNLGNTCYMNSILQCLCNAPHLADYFN---
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pF1KB4 AVELRNG-KTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGSQTAFSPESLFYVVWKIM
           ::  .    :.     .:.    ..:::   . ::: :.   .::...  .. :: 
CCDS61 ----RNCYQDDINRSNLLGHKGE----VAEEFGIIMKALWTGQYRYISPKDFKITIGKIN
                  710           720       730       740       750  

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pF1KB4 PNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCING-----
        .: ::.:::..:.. .:.: :: .:. . :   :.   .::.    . :   ..     
CCDS61 DQFAGYSQQDSQELLLFLMDGLHEDLNKADN---RKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHK
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pF1KB4 --ASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQFRSKRSKNQENGPVCS
           ....:.: : ... :.:: :  .:: :. :. ::: . :   ::          :.
CCDS61 QLNESIIVALFQGQFKSTVQCLTCHKKSRTFEAFMYLSLPLAST--SK----------CT
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>>CCDS58251.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12              (981 aa)
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Smith-Waterman score: 479; 43.1% identity (76.9% similar) in 160 aa overlap (360-517:784-939)

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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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