Result of FASTA (ccds) for pF1KB4325
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4325, 436 aa
  1>>>pF1KB4325 436 - 436 aa - 436 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0457+/-0.000808; mu= 15.4140+/- 0.049
 mean_var=105.5102+/-21.407, 0's: 0 Z-trim(110.4): 49  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.124861
 statistics sampled from 11515 (11564) to 11515 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.355), width:  16
 Scan time:  3.290

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13692.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21        ( 436) 2855 524.8 6.7e-149
CCDS68211.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21        ( 319) 2063 382.0 4.7e-106
CCDS41730.1 PKNOX2 gene_id:63876|Hs108|chr11       ( 472)  794 153.5 4.1e-37
CCDS42014.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 381)  456 92.6 7.4e-19
CCDS45218.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 394)  456 92.6 7.6e-19
CCDS10045.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 470)  457 92.8 7.7e-19
CCDS46309.1 MEIS1 gene_id:4211|Hs108|chr2          ( 390)  443 90.2 3.8e-18
CCDS10044.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 477)  441 89.9 5.7e-18
CCDS74406.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19        ( 375)  438 89.3 6.9e-18
CCDS45219.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 388)  436 89.0 9.1e-18
CCDS45217.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 401)  436 89.0 9.3e-18
CCDS45220.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15         ( 306)  377 78.3 1.2e-14
CCDS46132.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19        ( 358)  368 76.7 4.2e-14


>>CCDS13692.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21             (436 aa)
 initn: 2855 init1: 2855 opt: 2855  Z-score: 2786.7  bits: 524.8 E(32554): 6.7e-149
Smith-Waterman score: 2855; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 HPLFPLLALLFEKCEQSTQGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HPLFPLLALLFEKCEQSTQGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 AIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 TGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 LQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 LTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 ELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALA
              370       380       390       400       410       420

              430      
pF1KB4 PAHISGLVLENSDSLQ
       ::::::::::::::::
CCDS13 PAHISGLVLENSDSLQ
              430      

>>CCDS68211.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21             (319 aa)
 initn: 2063 init1: 2063 opt: 2063  Z-score: 2017.5  bits: 382.0 E(32554): 4.7e-106
Smith-Waterman score: 2063; 100.0% identity (100.0% similar) in 319 aa overlap (118-436:1-319)

        90       100       110       120       130       140       
pF1KB4 SFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYI
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68                               MVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYI
                                             10        20        30

       150       160       170       180       190       200       
pF1KB4 ACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVA
               40        50        60        70        80        90

       210       220       230       240       250       260       
pF1KB4 GGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLP
              100       110       120       130       140       150

       270       280       290       300       310       320       
pF1KB4 KHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCS
              160       170       180       190       200       210

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB4 ETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLS
              220       230       240       250       260       270

       390       400       410       420       430      
pF1KB4 SDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENSDSLQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENSDSLQ
              280       290       300       310         

>>CCDS41730.1 PKNOX2 gene_id:63876|Hs108|chr11            (472 aa)
 initn: 1540 init1: 675 opt: 794  Z-score: 779.8  bits: 153.5 E(32554): 4.1e-37
Smith-Waterman score: 1650; 58.1% identity (79.1% similar) in 473 aa overlap (1-436:13-472)

                           10        20         30        40       
pF1KB4             MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTE-QDPNCSEPDAEGVSP-P--P
                   :::::..    :::. :: ....  .. :  . : :.: . .: :  :
CCDS41 MMQHASPAPALTMMATQNVPPPPYQDSPQMTATAQPPSKAQAVHISAPSAAASTPVPSAP
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB4 VESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQSTQGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEG
       .. :. ...::.:.:::::::::.::::::::.:::::  :::::::::::::..::.: 
CCDS41 IDPQAQLEADKRAVYRHPLFPLLTLLFEKCEQATQGSECITSASFDVDIENFVHQQEQEH
               70        80        90       100       110       120

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB4 KPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEP
       :::: .::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::.:..:: .. 
CCDS41 KPFFSDDPELDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCNRYITCLKTKMHSDNLLRNDL
              130       140       150       160       170       180

          170                 180        190       200             
pF1KB4 GSPYSPVQ------SQQI----QSAITG-TISPQGIVVPASALQQGNVAMATV-----AG
       :.:::: :      ::..     ....: . .:::::::::::::::.::.::     .:
CCDS41 GGPYSPNQPSINLHSQDLLQNSPNSMSGVSNNPQGIVVPASALQQGNIAMTTVNSQVVSG
              190       200       210       220       230       240

      210       220       230       240       250       260        
pF1KB4 GTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPK
       :..:::::.:: :::::::..  :.:.:::.:..:.:.   :.: ..: .::::::::::
CCDS41 GALYQPVTMVTSQGQVVTQAIPQGAIQIQNTQVNLDLT---SLLDNEDKKSKNKRGVLPK
              250       260       270          280       290       

      270       280       290       300       310       320        
pF1KB4 HATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSE
       ::::.::::::::. :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.:  .
CCDS41 HATNIMRSWLFQHLMHPYPTEDEKRQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDASNPD
       300       310       320       330       340       350       

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB4 -TPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLS
        .::.::  .:.::.:::::.:::.:: :        ..:..   .   ..:.:.:::::
CCDS41 PAPKAKKIKSQHRPTQRFWPNSIAAGVLQ--------QQGGAPGTNPDGSINLDNLQSLS
       360       370       380               390       400         

       390       400       410                       420       430 
pF1KB4 SDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEED----------------AGALAPAHISGLVLEN
       ::.::.:.::.:::  ..:.:.:.:::.                .  :  ...: : ::.
CCDS41 SDSATMAMQQAMMA--AHDDSLDGTEEEDEDEMEEEEEEELEEEVDELQTTNVSDLGLEH
     410       420         430       440       450       460       

            
pF1KB4 SDSLQ
       ::::.
CCDS41 SDSLE
       470  

>>CCDS42014.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (381 aa)
 initn: 759 init1: 348 opt: 456  Z-score: 452.0  bits: 92.6 E(32554): 7.4e-19
Smith-Waterman score: 749; 41.7% identity (65.3% similar) in 326 aa overlap (54-367:63-373)

            30        40        50        60        70             
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
                                     ::.::: :::::::::.::::: .:     
CCDS42 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
             40        50        60        70        80        90  

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
           :..  .: ::. ::  :. :: .  ::.:  .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS42 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
            100       110        120       130       140       150 

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
       .::: .:: :::.::: ::  . ... . ::  :  .  . .:.  .  .:..     .:
CCDS42 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
             160       170       180       190       200       210 

         200        210       220        230       240       250   
pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
        .  ...  .  .:: . :     . ::. . ... ::::            ..: .   
CCDS42 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGT------------GDDDD--P
             220       230       240       250                     

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
       . : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS42 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
       260       270       280       290       300       310       

           320       330       340       350         360       370 
pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQP--PPSELTMSEGAVVT
       ::::.:::.:.:   . .    . ...:.  :  :.      .:  : : . :. :    
CCDS42 RRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQ
       320       330       340       350       360       370       

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pF1KB4 ITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLEN
                                                                   
CCDS42 WHYM                                                        
       380                                                         

>>CCDS45218.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (394 aa)
 initn: 759 init1: 348 opt: 456  Z-score: 451.8  bits: 92.6 E(32554): 7.6e-19
Smith-Waterman score: 749; 41.7% identity (65.3% similar) in 326 aa overlap (54-367:76-386)

            30        40        50        60        70             
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
                                     ::.::: :::::::::.::::: .:     
CCDS45 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
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pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
           :..  .: ::. ::  :. :: .  ::.:  .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS45 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
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pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
       .::: .:: :::.::: ::  . ... . ::  :  .  . .:.  .  .:..     .:
CCDS45 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
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pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
        .  ...  .  .:: . :     . ::. . ... ::::            ..: .   
CCDS45 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGT------------GDDDD--P
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pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
       . : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS45 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
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pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQP--PPSELTMSEGAVVT
       ::::.:::.:.:   . .    . ...:.  :  :.      .:  : : . :. :    
CCDS45 RRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQ
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pF1KB4 ITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLEN
                                                                   
CCDS45 WHYM                                                        
                                                                   

>>CCDS10045.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (470 aa)
 initn: 759 init1: 348 opt: 457  Z-score: 451.8  bits: 92.8 E(32554): 7.7e-19
Smith-Waterman score: 750; 40.8% identity (64.5% similar) in 338 aa overlap (54-380:76-395)

            30        40        50        60        70             
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
                                     ::.::: :::::::::.::::: .:     
CCDS10 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
          50        60        70        80        90       100     

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pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
           :..  .: ::. ::  :. :: .  ::.:  .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS10 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
         110       120        130       140       150       160    

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pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
       .::: .:: :::.::: ::  . ... . ::  :  .  . .:.  .  .:..     .:
CCDS10 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
          170       180       190       200       210       220    

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pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
        .  ...  .  .:: . :     . ::. . ... ::::            ..:     
CCDS10 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGD----------DDD----P
          230       240       250       260                     270

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pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
       . : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS10 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
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pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIAS-GVAQPPPSELTMSEGAVVTI
       ::::.:::.:.:   . .    . ...:.  :  :.    :.    :. :    :  :. 
CCDS10 RRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIR---PAGLQSMPGDYVSQ
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pF1KB4 TTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENS
         :..:..                                                    
CCDS10 GGPMGMSMAQPSYTPPQMTPHPTQLRHGPPMHSYLPSHPHHPAMMMHGGPPTHPGMTMSA
       390       400       410       420       430       440       

>>CCDS46309.1 MEIS1 gene_id:4211|Hs108|chr2               (390 aa)
 initn: 756 init1: 348 opt: 443  Z-score: 439.2  bits: 90.2 E(32554): 3.8e-18
Smith-Waterman score: 750; 39.4% identity (65.5% similar) in 368 aa overlap (11-367:32-382)

                                   10        20        30        40
pF1KB4                     MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGV
                                     :.:  ....    :...: :. .. .:  .
CCDS46 AQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQYPHTAHTNA--M
              10        20        30        40        50           

                50        60        70                80        90 
pF1KB4 SPPPVES-QTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST--------QGSEGTTSASFDV
       .:    : .  .  ::.::: :::::::::.::::: .:         :..  .: ::. 
CCDS46 APSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFNE
      60        70        80        90       100       110         

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pF1KB4 DIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLK
       ::  :. :: .  ::.:  .:: ::::..::::::.::::::::.::: .:: :::.:::
CCDS46 DIAVFA-KQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
     120        130       140       150       160       170        

             160       170       180       190       200       210 
pF1KB4 TKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVAGGTV
        ::  . ... . :.  :  .:..:    ..... :    :.   .. ..: .: .::: 
CCDS46 GKMPIDLVIDDREGGSKS--DSEDITR--SANLTDQ----PSWNRDHDDTA-STRSGGTP
      180       190         200         210           220          

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB4 YQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPKHAT
              : ..   ..  . :   ..::  . . ..: .   . : . ..:::..:: ::
CCDS46 GPSSGGHTSHSGDNSSEQGDG---LDNSVASPSTGDDDD--PDKDKKRHKKRGIFPKVAT
     230       240       250          260         270       280    

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pF1KB4 NVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSETPK
       :.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::::::.:::.:.:   . .
CCDS46 NIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRAVSQ
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pF1KB4 TKKKTAQNRPVQRFWPDSIAS-GVAQPPP-SELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSD
           . ...:.  :  :.    :.  : : : . :. :                      
CCDS46 GTPYNPDGQPMGGFVMDGQQHMGIRAPGPMSGMGMNMGMEGQWHYM              
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     390       400       410       420       430      
pF1KB4 GATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENSDSLQ

>>CCDS10044.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (477 aa)
 initn: 759 init1: 348 opt: 441  Z-score: 436.1  bits: 89.9 E(32554): 5.7e-18
Smith-Waterman score: 734; 40.6% identity (64.3% similar) in 345 aa overlap (54-380:76-402)

            30        40        50        60        70             
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
                                     ::.::: :::::::::.::::: .:     
CCDS10 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
          50        60        70        80        90       100     

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
           :..  .: ::. ::  :. :: .  ::.:  .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS10 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
         110       120        130       140       150       160    

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
       .::: .:: :::.::: ::  . ... . ::  :  .  . .:.  .  .:..     .:
CCDS10 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
          170       180       190       200       210       220    

         200        210       220        230       240       250   
pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
        .  ...  .  .:: . :     . ::. . ... ::::            ..:     
CCDS10 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGD----------DDD----P
          230       240       250       260                     270

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
       . : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS10 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
              280       290       300       310       320       330

           320           330          340       350        360     
pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSE----TPKTKKKTA---QNRPVQRFWPDSIAS-GVAQPPPSELTMS
       ::::.:::.:.:        :.... .:   ...:.  :  :.    :.    :. :   
CCDS10 RRRIVQPMIDQSNRAGFLLDPSVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIR---PAGLQSM
              340       350       360       370       380          

         370       380       390       400       410       420     
pF1KB4 EGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHIS
        :  :.   :..:..                                             
CCDS10 PGDYVSQGGPMGMSMAQPSYTPPQMTPHPTQLRHGPPMHSYLPSHPHHPAMMMHGGPPTH
       390       400       410       420       430       440       

>>CCDS74406.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19             (375 aa)
 initn: 717 init1: 350 opt: 438  Z-score: 434.6  bits: 89.3 E(32554): 6.9e-18
Smith-Waterman score: 718; 39.8% identity (64.6% similar) in 342 aa overlap (42-365:45-365)

              20        30        40        50        60        70 
pF1KB4 YQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLF
                                     :: ..:.  .  .:. :: :::::::::.:
CCDS74 VDGPAALASFPETVPAVPGPYGPHRPPQPLPPGLDSDG-LKREKDEIYGHPLFPLLALVF
           20        30        40        50         60        70   

                            80        90       100       110       
pF1KB4 EKCEQST--------------QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNL
       :::: .:               :..  .: ::. ::  :. :: .  .:.:  .:: :::
CCDS74 EKCELATCSPRDGAGAGLGTPPGGDVCSSDSFNEDIAAFA-KQVRSERPLFSSNPELDNL
            80        90       100       110        120       130  

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB4 MVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQ
       :..::::::.::::::::..:: .:: :::.::: ::  . ..  . :.     ..    
CCDS74 MIQAIQVLRFHLLELEKVHDLCDNFCHRYITCLKGKMPIDLVIEDRDGGCREDFEDY---
            140       150       160       170       180            

       180       190       200          210       220        230   
pF1KB4 SAITGTISPQGIVVPASALQQGNVAMAT---VAGGTVYQPVTVVTPQGQVV-TQTLSPGT
        :   ..  :. .   .  ..:.: ..:    .:: . :     . ::. . :.. ::..
CCDS74 PASCPSLPDQNNMWIRDHEDSGSVHLGTPGPSSGGLASQSGDNSSDQGDGLDTSVASPSS
     190       200       210       220       230       240         

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB4 IRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKK
           ...     ..::.   :.   .: :::..:: :::.::.:::::..::::.:..::
CCDS74 ----GGE-----DEDLD---QERRRNK-KRGIFPKVATNIMRAWLFQHLSHPYPSEEQKK
         250               260        270       280       290      

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB4 QIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASG
       :.: .:.::.::::::::::::::.:::.:.: ..: .    . ...:.  .        
CCDS74 QLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQS-NRTGQGAAFSPEGQPIGGY--TETQPH
        300       310       320        330       340         350   

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pF1KB4 VAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTE
       ::  ::. . ::                                                
CCDS74 VAVRPPGSVGMSLNLEGEWHYL                                      
           360       370                                           

>>CCDS45219.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15              (388 aa)
 initn: 759 init1: 348 opt: 436  Z-score: 432.4  bits: 89.0 E(32554): 9.1e-18
Smith-Waterman score: 733; 41.4% identity (65.2% similar) in 333 aa overlap (54-367:63-380)

            30        40        50        60        70             
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
                                     ::.::: :::::::::.::::: .:     
CCDS45 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
             40        50        60        70        80        90  

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
           :..  .: ::. ::  :. :: .  ::.:  .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS45 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
            100       110        120       130       140       150 

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
       .::: .:: :::.::: ::  . ... . ::  :  .  . .:.  .  .:..     .:
CCDS45 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
             160       170       180       190       200       210 

         200        210       220        230       240       250   
pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
        .  ...  .  .:: . :     . ::. . ... ::::            ..: .   
CCDS45 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGT------------GDDDD--P
             220       230       240       250                     

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
       . : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS45 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
       260       270       280       290       300       310       

           320           330          340       350         360    
pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSE----TPKTKKKTA---QNRPVQRFWPDSIASGVAQP--PPSELTM
       ::::.:::.:.:        :.... .:   ...:.  :  :.      .:  : : . :
CCDS45 RRRIVQPMIDQSNRAGFLLDPSVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGM
       320       330       340       350       360       370       

          370       380       390       400       410       420    
pF1KB4 SEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHI
       . :                                                         
CCDS45 NMGMDGQWHYM                                                 
       380                                                         




436 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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