Result of FASTA (ccds) for pF1KB4270
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4270, 419 aa
  1>>>pF1KB4270 419 - 419 aa - 419 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8211+/-0.00106; mu= 15.1933+/- 0.064
 mean_var=169.0784+/-67.477, 0's: 0 Z-trim(105.4): 283  B-trim: 557 in 1/48
 Lambda= 0.098635
 statistics sampled from 8024 (8424) to 8024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.259), width:  16
 Scan time:  2.680

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5036.1 GPR63 gene_id:81491|Hs108|chr6          ( 419) 2774 407.8  1e-113
CCDS2066.1 GPR45 gene_id:11250|Hs108|chr2          ( 372) 1361 206.6 3.2e-53
CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5           ( 360)  381 67.2   3e-11
CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5           ( 378)  381 67.2 3.1e-11
CCDS34270.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5           ( 387)  381 67.2 3.1e-11
CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5            ( 388)  381 67.2 3.1e-11
CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5           ( 411)  381 67.2 3.2e-11
CCDS34272.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5           ( 428)  381 67.3 3.3e-11


>>CCDS5036.1 GPR63 gene_id:81491|Hs108|chr6               (419 aa)
 initn: 2774 init1: 2774 opt: 2774  Z-score: 2155.2  bits: 407.8 E(32554): 1e-113
Smith-Waterman score: 2774; 99.8% identity (100.0% similar) in 419 aa overlap (1-419:1-419)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MVFSAVLTAFHTGTSNTTFVMYENTYMNITLPPPFQHPDLSPLLRYSFETMAPTGLSSLT
       ::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MVFSAVLTAFHTGTSNTTFVVYENTYMNITLPPPFQHPDLSPLLRYSFETMAPTGLSSLT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKAAMRSAINILL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 VNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKAAMRSAINILL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 ASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGVAILLIISIDRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGVAILLIISIDRF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 LIIVQRQDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAFPLAVGNPDLQIPSRAPQCVFGYTTNPGYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LIIVQRQDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAFPLAVGNPDLQIPSRAPQCVFGYTTNPGYQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 AYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHSYPEGICLSQASKLGLMSLQRPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 AYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHSYPEGICLSQASKLGLMSLQRPF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 QMSIDMGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYSLVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QMSIDMGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYSLVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410         
pF1KB4 YLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLPQLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLPQLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
              370       380       390       400       410         

>>CCDS2066.1 GPR45 gene_id:11250|Hs108|chr2               (372 aa)
 initn: 1382 init1: 1360 opt: 1361  Z-score: 1069.0  bits: 206.6 E(32554): 3.2e-53
Smith-Waterman score: 1361; 55.2% identity (83.4% similar) in 344 aa overlap (76-419:29-372)

          50        60        70        80        90       100     
pF1KB4 YSFETMAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLM
                                     :  ::.:.:. .:...  :.:::: :::..
CCDS20   MACNSTSLEAYTYLLLNTSNASDSGSTQLPAPLRISLAIVMLLMTVVGFLGNTVVCII
                 10        20        30        40        50        

         110       120       130       140       150       160     
pF1KB4 VYQKAAMRSAINILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFV
       :::. :::::::.:::.:::.:..:..  :::. ::..:.:: ::  :::.:: ..:.::
CCDS20 VYQRPAMRSAINLLLATLAFSDIMLSLCCMPFTAVTLITVRWHFGDHFCRLSATLYWFFV
       60        70        80        90       100       110        

         170       180       190       200       210       220     
pF1KB4 IEGVAILLIISIDRFLIIVQRQDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAFPLAVGNPDLQIPSR
       .::::::::::.::::::::::::::: ::::.:::::. :::.: :  .:   ...:.:
CCDS20 LEGVAILLIISVDRFLIIVQRQDKLNPRRAKVIIAVSWVLSFCIAGPSLTGWTLVEVPAR
      120       130       140       150       160       170        

         230       240       250       260       270       280     
pF1KB4 APQCVFGYTTNPGYQAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHSYPEGICL
       :::::.:::  :. .:::. . .  :: :: :.: ..: ::::.:.::.:.:.  ... :
CCDS20 APQCVLGYTELPADRAYVVTLVVAVFFAPFGVMLCAYMCILNTVRKNAVRVHNQSDSLDL
      180       190       200       210       220       230        

         290       300       310       320       330       340     
pF1KB4 SQASKLGLMSLQRPFQMSIDMGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYSLVATFSKHFYY
        : .. ::  :::  :.:.:..:::.:::::::::. : .:: : ..:::...::..:: 
CCDS20 RQLTRAGLRRLQRQQQVSVDLSFKTKAFTTILILFVGFSLCWLPHSVYSLLSVFSQRFYC
      240       250       260       270       280       290        

         350       360       370       380       390       400     
pF1KB4 QHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLPQLPGHTKRRIR
         .:.  :: .::: ::::..::..: ::::::..::....:..:..::..: . .:::.
CCDS20 GSSFYATSTCVLWLSYLKSVFNPIVYCWRIKKFREACIELLPQTFQILPKVPERIRRRIQ
      300       310       320       330       340       350        

         410         
pF1KB4 PSAVYVCGEHRTVV
       ::.::::.:....:
CCDS20 PSTVYVCNENQSAV
      360       370  

>>CCDS34273.2 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5                (360 aa)
 initn: 274 init1: 172 opt: 381  Z-score: 315.5  bits: 67.2 E(32554): 3e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
                                     ...: ...  ......::::.: . :    
CCDS34             MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
                           10        20        30        40        

               120       130       140       150       160         
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
        .:.   : ...::::::.:..:: :::. . ..   ::.:. :: : . .  :..  ..
CCDS34 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
       50        60        70        80        90       100        

     170       180           190       200       210        220    
pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
         :  ::.::.  :  .    ..:..: :  ....  :.    ..: :.  :  .. : .
CCDS34 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
      110       120       130       140       150       160        

          230             240       250       260       270        
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
          .  :. ..:  :      . :.:  :...:.::::... ... :  : ...: .:. 
CCDS34 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
      170       180       190       200       210       220        

      280       290       300           310       320       330    
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
               . .. :  : .::    : :   :  .:.:  :. :... : .::::: . .
CCDS34 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
               230       240       250       260       270         

          340       350       360       370       380       390    
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
       .:  :  .        .. : .::: :..:.:::..: .  :.:. : : ..        
CCDS34 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
     280       290           300       310       320       330     

          400       410         
pF1KB4 QLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV
                                
CCDS34 RPSILGQTVPCSTTTINGSTHVLRF
         340       350       360

>>CCDS34271.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5                (378 aa)
 initn: 274 init1: 172 opt: 381  Z-score: 315.3  bits: 67.2 E(32554): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
                                     ...: ...  ......::::.: . :    
CCDS34             MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
                           10        20        30        40        

               120       130       140       150       160         
pF1KB4 AMRSA-INILLASLAFADMLLAVLNMPFALVTILTTRWIFGKFFCRVSAMFFWLFVIEGV
        .:.   : ...::::::.:..:: :::. . ..   ::.:. :: : . .  :..  ..
CCDS34 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
       50        60        70        80        90       100        

     170       180           190       200       210        220    
pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
         :  ::.::.  :  .    ..:..: :  ....  :.    ..: :.  :  .. : .
CCDS34 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
      110       120       130       140       150       160        

          230             240       250       260       270        
pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
          .  :. ..:  :      . :.:  :...:.::::... ... :  : ...: .:. 
CCDS34 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
      170       180       190       200       210       220        

      280       290       300           310       320       330    
pF1KB4 YPEGICLSQASKLGLMSLQRPF---QMSID-MGFKTRAFTTILILFAVFIVCWAPFTTYS
               . .. :  : .::    : :   :  .:.:  :. :... : .::::: . .
CCDS34 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
               230       240       250       260       270         

          340       350       360       370       380       390    
pF1KB4 LVATFSKHFYYQHNFFEISTWLLWLCYLKSALNPLIYYWRIKKFHDACLDMMPKSFKFLP
       .:  :  .        .. : .::: :..:.:::..: .  :.:. : : ..        
CCDS34 IVDPFIDYTVPG----QVWTAFLWLGYINSGLNPFLYAFLNKSFRRAFLIILCCDDERYR
     280       290           300       310       320       330     

          400       410                           
pF1KB4 QLPGHTKRRIRPSAVYVCGEHRTVV                  
                                                  
CCDS34 RPSILGQTVPCSTTTINGSTHVLSGCSPVSSFLLLFCNRPVPV
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>>CCDS4291.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5                 (388 aa)
 initn: 274 init1: 172 opt: 381  Z-score: 315.2  bits: 67.2 E(32554): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)

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>>CCDS75353.1 HTR4 gene_id:3360|Hs108|chr5                (411 aa)
 initn: 274 init1: 172 opt: 381  Z-score: 314.9  bits: 67.2 E(32554): 3.2e-11
Smith-Waterman score: 428; 28.0% identity (59.3% similar) in 322 aa overlap (81-386:19-327)

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pF1KB4 MAPTGLSSLTVNSTAVPTTPAAFKSLNLPLQITLSAIMIFILFVSFLGNLVVCLMVYQKA
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CCDS75             MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
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CCDS34             MDKLDANVSSEEGFGSVEKVVLLTFLSTVILMAILGNLLVMVAVCWDR
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CCDS34 QLRKIKTNYFIVSLAFADLLVSVLVMPFGAIELVQDIWIYGEVFCLVRTSLDVLLTTASI
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pF1KB4 AILLIISIDRFLIIVQR----QDKLNPYRAKVLIAVSWATSFCVAF-PLAVGNPDLQIPS
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CCDS34 FHLCCISLDRYYAICCQPLVYRNKMTPLRIALMLGGCWVIPTFISFLPIMQGWNNIGIID
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pF1KB4 RAPQCVFGYTTNPGY------QAYVILISLISFFIPFLVILYSFMGILNTLRHNALRIHS
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CCDS34 LIEKRKFNQNSNSTYCVFMVNKPYAITCSVVAFYIPFLLMVLAYYRIYVTAKEHAHQIQ-
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CCDS34 --------MLQRAGASSESRPQSADQHSTHRMRTETKAAKTLCIIMGCFCLCWAPFFVTN
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 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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