Result of FASTA (ccds) for pF1KB3827
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3827, 1168 aa
  1>>>pF1KB3827 1168 - 1168 aa - 1168 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6914+/-0.000955; mu= 16.9069+/- 0.058
 mean_var=121.9972+/-24.569, 0's: 0 Z-trim(109.0): 22  B-trim: 4 in 1/50
 Lambda= 0.116118
 statistics sampled from 10605 (10615) to 10605 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.326), width:  16
 Scan time:  5.340

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10       (1168) 7858 1328.5       0
CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10        (1222) 5064 860.4       0
CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4        (1159) 3301 565.1 3.5e-160
CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1            ( 831)  801 146.2 3.2e-34
CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1          ( 694)  755 138.4 5.8e-32
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11          (2214)  652 121.5 2.2e-26


>>CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10            (1168 aa)
 initn: 7858 init1: 7858 opt: 7858  Z-score: 7115.0  bits: 1328.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7858; 100.0% identity (100.0% similar) in 1168 aa overlap (1-1168:1-1168)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCGGGSCCPSPHPSSAPRSASTPRGFSHQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCGGGSCCPSPHPSSAPRSASTPRGFSHQG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 RPGRAPATPLPLVVRPLFSVAPGDRALSLERARGTGASMAVAARSGRRRRSGADQEKAER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RPGRAPATPLPLVVRPLFSVAPGDRALSLERARGTGASMAVAARSGRRRRSGADQEKAER
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 GEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 SGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTILSYLYVCPTNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTILSYLYVCPTNK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 RKIMLLTDPEIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQSLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RKIMLLTDPEIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQSLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 EFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 PFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 NQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENVQSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENVQSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 ANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 IASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAM
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 KHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 VKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGKYAGAMESEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGKYAGAMESEP
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 CVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSLSKDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSLSKDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 VREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDG
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 IAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNSLGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNSLGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFV
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB3 TTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPLITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPLITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAG
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB3 NAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDIPEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDIPEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHI
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB3 LVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLEQISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLEQISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB3 VHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGLAVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGLAVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGD
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160        
pF1KB3 SSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI
             1150      1160        

>>CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10             (1222 aa)
 initn: 5052 init1: 3031 opt: 5064  Z-score: 4585.1  bits: 860.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5068; 66.3% identity (85.3% similar) in 1140 aa overlap (13-1126:12-1150)

               10        20        30                40        50  
pF1KB3 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCG--------GGSCCPSPHPSSAPRSAS-
                   : .: :. .:::.: .  . :        ::   :.  :.: : . : 
CCDS75  MEAARTERPAGRPGAPLVRTGLLLLSTWVLAGAEITWDATGGPGRPAA-PASRPPALSP
                10        20        30        40         50        

               60        70            80        90                
pF1KB3 -TPRGFSHQGRPGRAPATPLPLVVR---P-LFSVAPGDRALSLE-RARGT-------GAS
        .::. . :     : :    .. :   : :.    : :.  .. .: ::       : .
CCDS75 LSPRAVASQWPEELASARRAAVLGRRAGPELLPQQGGGRGGEMQVEAGGTSPAGERRGRG
       60        70        80        90       100       110        

      100       110         120       130       140        150     
pF1KB3 MAVAARSGRRRRSGADQEKA--ERGEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRER-DPDKATRFRM
       . . :. :  :::   :     :::.. . .:    : .     :.::.    .:     
CCDS75 IPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWATAPADGSRGSRPLAKGSREEVKAPRAGGSAA
      120       130       140       150       160       170        

         160       170       180       190       200       210     
pF1KB3 EELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGT
       :.::: ::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.:::::::::::::
CCDS75 EDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYGT
      180       190       200       210       220       230        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB3 TYEKLNDKVGLKTILSYLYVCPTNKRKIMLLTDPEIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQ
       :::::::::::::.:::::: ::::::::::.:::.:::.:::::::::::::::.::::
CCDS75 TYEKLNDKVGLKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQ
      240       250       260       270       280       290        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB3 SLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLE
       :::::::::::.:::: ::::::: .:::::::..: ..:::::::: : .:: ::::.:
CCDS75 SLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHME
      300       310       320       330       340       350        

         340       350       360       370       380       390     
pF1KB3 ARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYR
       .::.::..::::::.:.:.:..:. ::   :: .::.:::.:.:.:.:..::  ::::::
CCDS75 VRTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYR
      360       370       380       390       400       410        

         400       410       420       430       440       450     
pF1KB3 RNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENV
       :.::::.:::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.::.
CCDS75 REAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENI
      420       430       440       450       460       470        

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB3 QSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFLANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDP
       .::::  :::.:.:::::::::.::::::.:.::::.::::::::::::::::.::::.:
CCDS75 KSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSP
      480       490       500       510       520       530        

         520       530       540       550       560       570     
pF1KB3 VHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGIIASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAG
       ::::::.:::::::..:::::.:: :.::.:::...::.:::: ::: :::..:.:::.:
CCDS75 VHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGG
      540       550       560       570       580       590        

         580       590       600       610       620       630     
pF1KB3 NTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGV
       :::::::.::..: .:: ::.::::::: ::.::::.:::::.::.::.:::.::::::.
CCDS75 NTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGA
      600       610       620       630       640       650        

         640       650       660       670       680       690     
pF1KB3 LGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQLVKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGAK
       : : : :: ::::::::: :::::::::::::::.:.:..:::. :.: .::: :.:: .
CCDS75 LVEAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEPCVMGER
      660       670       680       690       700       710        

         700       710        720       730       740       750    
pF1KB3 RIYKKRKSERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSLS
       .:.::::   .:  :. ..:.. ::::::.. ::.::::::::...::.::::.::.: :
CCDS75 KIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQCVPAFWYNPASPS
      720       730       740       750       760       770        

          760       770       780       790       800       810    
pF1KB3 KDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDGVREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQG
       ::::::::::::::::..::::::::.::.:::: : :::::::::..::.::.:.::::
CCDS75 KDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQG
      780       790       800       810       820       830        

          820       830       840       850       860       870    
pF1KB3 HNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNS
       ::.:... .::::.::: ::.::::::::::.:.: .::::::::...:::.::. ..:.
CCDS75 HNATFIILMEEGDLQRTNIQLDFGDGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAENN
      840       850       860       870       880       890        

          880       890       900       910       920       930    
pF1KB3 LGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFVTTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPL
       ::::.:::.:::.::.::::: .:::. .::::: .::.::::.::::: ::.::.:.::
CCDS75 LGSDTAVLFLHVVCPVEHVHLRVPFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKPL
      900       910       920       930       940       950        

          940       950       960       970       980       990    
pF1KB3 ITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAGNAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDI
       :::..:::: : .:: .::::::.::::..:::: :::.: :.:  :::::::: .::::
CCDS75 ITLDSSISFTFLAEGTDTITVQVAAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPDI
      960       970       980       990      1000      1010        

         1000      1010      1020      1030      1040      1050    
pF1KB3 PEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHILVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLE
       ::::.::: :::..::..:.:: ..::.::.:::::.::::.:: .. . . : .  :::
CCDS75 PEWRKDIGNVIKRALVKVTSVPEDQILIAVFPGLPTSAELFILPPKNLTERRKGNEGDLE
     1020      1030      1040      1050      1060      1070        

         1060      1070      1080      1090      1100      1110    
pF1KB3 QISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVLVHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGL
       :: : :...:::: :.:::::::.:.:....:: ::::: .  ::.::::::::::::::
CCDS75 QIVETLFNALNQNLVQFELKPGVQVIVYVTQLTLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVGL
     1080      1090      1100      1110      1120      1130        

         1120      1130      1140      1150      1160              
pF1KB3 AVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGDSSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI      
       :::.::::::..                                                
CCDS75 AVFLIYKFKRKIPWINIYAQVQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELDT
     1140      1150      1160      1170      1180      1190        

>>CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4             (1159 aa)
 initn: 3159 init1: 1756 opt: 3301  Z-score: 2989.3  bits: 565.1 E(32554): 3.5e-160
Smith-Waterman score: 3319; 45.4% identity (72.8% similar) in 1113 aa overlap (33-1125:5-1105)

             10        20        30        40         50        60 
pF1KB3 KVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCGGGSCCPSPHPSS-APRSASTPRGFSHQGR
                                     : .    .: :.. ::  .. :        
CCDS47                           MAHRGPSRASKGPGPTARAPSPGAPP--------
                                         10        20              

              70        80        90        100          110       
pF1KB3 PGRAPATPLPLVVRPLFSVAPGDRALSLERAR-GTGASMAVAARS---GRRRRSGADQEK
       : :.: .  ::..  :.  : :  . : : .: :  :... . ::   :: . .:.....
CCDS47 PPRSPRSR-PLLLLLLLLGACGAAGRSPEPGRLGPHAQLTRVPRSPPAGRAEPGGGEDRQ
         30         40        50        60        70        80     

       120           130       140         150       160       170 
pF1KB3 AERGE----GASRSPRGVLRDGGQQEPGTR--ERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDS
       :.  :    : : .:     . :    : :  ::    :      .. : ::.:.: ::.
CCDS47 ARGTEPGAPGPSPGPAPGPGEDGAPAAGYRRWERAAPLAGVASRAQVSLISTSFVLKGDA
          90       100       110       120       130       140     

             180       190       200       210       220       230 
pF1KB3 AHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTILS
       .::::::::.:.:::::::::: :  ..:.. :::::::.:.::.: ::. . :. :...
CCDS47 THNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVLESSLWRSSDFGTSYTKLTLQPGVTTVID
         150       160       170       180       190       200     

             240         250       260       270       280         
pF1KB3 YLYVCPTNKRKIMLLTDP--EIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYIQSLLFHPKQEDWILA
        .:.:::::::..:...   . ..::..:.:::::.::  . :....:.::::.:: .::
CCDS47 NFYICPTNKRKVILVSSSLSDRDQSLFLSADEGATFQKQPIPFFVETLIFHPKEEDKVLA
         210       220       230       240       250       260     

     290       300       310       320       330       340         
pF1KB3 YSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCR
       :....::: :...:..: :.:: :. .. .::: : . .:::::.::. . :  .:.:: 
CCDS47 YTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERVTKDHVFWSVSGVDADPDLVHVEAQDLGGDFRYVTCA
         270       280       290       300       310       320     

     350       360       370       380       390       400         
pF1KB3 MQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYAL
       ..::.:   . :: : ::  :: ::: :.: . ::... .:::::::: :. ::::::::
CCDS47 IHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTVQDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYAL
         330       340       350       360       370       380     

     410       420       430       440       450       460         
pF1KB3 PKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENVQSSRGPEGNIMIDL
       :::...:::::.:::.::::: : :::::: :: ::: ..:.:..:.:::  : ...::.
CCDS47 PKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQMDTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDI
         390       400       410       420       430       440     

     470       480       490       500       510       520         
pF1KB3 YEVAGIKGMFLANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHL
        :: :.::.::::.:::..: :.:::::::::  :. :. :. : :..:  : : :::::
CCDS47 LEVRGVKGVFLANQKIDGKVMTLITYNKGRDWDYLRPPSMDMNGKPTNCKPPDCHLHLHL
         450       460       470       480       490       500     

     530       540       550       560       570       580         
pF1KB3 KVSENPYTSGIIASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVL
       . ..:::.:: . .:::::..:...::.::.: .    :...:: :.::::.::::: .:
CCDS47 RWADNPYVSGTVHTKDTAPGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHIL
         510       520       530       540       550       560     

     590       600       610       620       630       640         
pF1KB3 YLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVF
       :::.:::.::.: ::.:.. : .: ::: .:: ..:::  .::::.:.:::.:::.::::
CCDS47 YLDHGGVIVAIKDTSIPLKILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVF
         570       580       590       600       610       620     

     650       660       670       680        690       700        
pF1KB3 GHFSHRSEWQLVKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHS-QGEACIMGAKRIYKKRKSERKCM
       ::.: ::.:.:::::..  :.:.:.::::  :.: . ::. :::: .: ..::::   :.
CCDS47 GHISFRSDWELVKVDFRPSFSRQCGEEDYSSWELSNLQGDRCIMGQQRSFRKRKSTSWCI
         630       640       650       660       670       680     

      710        720       730       740            750       760  
pF1KB3 QGK-YAGAMESEPCVCTEADFDCDYGYERHSNGQ-----CLPAFWFNPSSLSKDCSLGQS
       .:. ...:. :. : : ..:: ::::.:: :...     :   ::::: :   ::.:::.
CCDS47 KGRSFTSALTSRVCECRDSDFLCDYGFERSSSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDDCALGQT
         690       700       710       720       730       740     

            770       780       790       800       810       820  
pF1KB3 YLNSTGYRKVVSNNCTDGVREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGHNVTLMVQ
       : .: :::::::: :  ::  : .    .::   ::::..      .... :..: ..:.
CCDS47 YTSSLGYRKVVSNVCEGGVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQVSIQGEAVAVRPGEDVLFVVR
         750       760       770       780       790       800     

            830       840       850       860       870       880  
pF1KB3 LEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNSLGSDSAVL
        :.:::  :  :::.:::. . ::::.   . :.: :.. ::.::.:...:. : : :::
CCDS47 QEQGDVLTTKYQVDLGDGFKAMYVNLTLTGEPIRHRYESPGIYRVSVRAENTAGHDEAVL
         810       820       830       840       850       860     

            890       900       910       920       930       940  
pF1KB3 YLHVTCPLEHVHLSLPFVTTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEPLITLEGSIS
       ...:. ::. ..: .  :   :.::: :::: : . .  .. :: :.. .::..:..:..
CCDS47 FVQVNSPLQALYLEVVPVIGLNQEVNLTAVLLPLNPNLTVFYWWIGHSLQPLLSLDNSVT
         870       880       890       900       910       920     

            950       960       970       980       990      1000  
pF1KB3 FRFTSEGMNTITVQVSAGNAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPDIPEWRRDIG
        ::.. :   .:::.. ::..:::.... : ..:. . :.:: .:: :::. ::::.:.:
CCDS47 TRFSDTGDVRVTVQAACGNSVLQDSRVLRVLDQFQVMPLQFSKELDAYNPNTPEWREDVG
         930       940       950       960       970       980     

           1010      1020      1030      1040      1050      1060  
pF1KB3 RVIKKSLVEATGVPGQHILVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDLEQISELLIH
        :. . : . :.:: . ....: ::::: :.:.::    :    ::: .. .... .  .
CCDS47 LVVTRLLSKETSVPQELLVTVVKPGLPTLADLYVL-LPPPRPTRKRSLSSDKRLAAIQ-Q
         990      1000      1010      1020       1030      1040    

           1070      1080      1090      1100      1110      1120  
pF1KB3 TLNQNSVHFELKPGVRVLVHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVGLAVFVIYKF
       .:: ... : :. :::::: : . :..   .:    .  :...:. . . . ..:..:::
CCDS47 VLNAQKISFLLRGGVRVLV-ALRDTGTGAEQLGGGGGYWAVVVLFVIGLFAAGAFILYKF
          1050      1060       1070      1080      1090      1100  

           1130      1140      1150      1160                   
pF1KB3 KRRVALPSPPSPSTQPGDSSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI           
       ::.                                                      
CCDS47 KRKRPGRTVYAQMHNEKEQEMTSPVSHSEDVQGAVQGNHSGVVLSINSREMHSYLVS
           1110      1120      1130      1140      1150         

>>CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1                 (831 aa)
 initn: 386 init1: 192 opt: 801  Z-score: 727.9  bits: 146.2 E(32554): 3.2e-34
Smith-Waterman score: 868; 25.5% identity (60.3% similar) in 697 aa overlap (130-792:67-740)

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB3 AVAARSGRRRRSGADQEKAERGEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRERDPDKATRFRMEELR
                                     :..  ::. . ..  .: ..  : :    .
CCDS79 LDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGED-EECGRVRDFVAK
         40        50        60        70        80         90     

     160       170       180       190        200       210        
pF1KB3 LTSTTFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLY-DYNLGSITESSLWRSTDYGTTYE
       :...:   . :. .... . : : ...:::.:: ..    . .. .:.:.:: ::: ...
CCDS79 LANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFK
         100       110       120       130       140       150     

      220       230         240       250          260       270   
pF1KB3 KLNDKVGLKTILSY--LYVCPTNKRKIMLLTDPEIESS---LLISSDEGATYQKYRLNFY
        ..: ..   : .   . . : :. :..: ..    :    .. ::: . .. .  : :.
CCDS79 DITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFH
         160       170       180       190       200       210     

            280       290       300       310              320     
pF1KB3 -IQSLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNR-------FYWSVMGS
        . .... :.. :..:: : .. :. : .:: .:. :...:   .       :. .  ..
CCDS79 PLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANG
         220       230       240       250       260       270     

         330        340         350       360       370       380  
pF1KB3 NKEPDLVHLEA-RTVD-GHS-HYLTCRMQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQL
       . . ::  ::  :: : :.: . .  .. .   ..:      . : :.     . . :. 
CCDS79 SCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTT----RRIHVST
         280       290       300       310       320           330 

            390       400       410       420       430       440  
pF1KB3 TSGGRPHYYVSYRRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISD
        .:           ..... .::. .  . . ........::  :.: ...   ... ::
CCDS79 DQG-----------DTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSD
                        340       350       360       370       380

            450        460       470       480        490       500
pF1KB3 TRGVYFTLALE-NVQSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFLANK-KIDNQVKTFITYNKGRD
        ::. .. .:. .. .. : :     :. .:....:.....  . ::...:.::...:  
CCDS79 DRGIVYSKSLDRHLYTTTGGE----TDFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGR
              390       400           410       420       430      

              510       520       530       540         550        
pF1KB3 WRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGIIA--SKDTAPSIIVASGNIG
       :  :. :... . : .      ::::.: . : .   .  .:  :. .: .:..: :..:
CCDS79 WTHLRKPENS-ECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVG
        440        450       460       470       480       490     

      560       570       580       590       600       610        
pF1KB3 SELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGR
       . .:    ....:.:.: .: ...:  :    ::.::..::..:.: ::  . .: :::.
CCDS79 DAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQ
         500       510       520       530       540       550     

      620       630       640       650          660       670     
pF1KB3 SWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETLIMTVFGHFSHR---SEWQLVKVDYKSIFDRRCAE
        :. :.::  :..  :. .::: ... ....: :..    :.:    .:.:.:..: : :
CCDS79 CWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEE
         560       570       580        590       600       610    

         680            690       700       710        720         
pF1KB3 EDYRPWQLHSQG-----EACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFD
       .::  :  ::       ..::.: :. . . ..   :..:. :. . .   :.:.  :: 
CCDS79 KDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFL
          620       630       640       650       660       670    

     730        740       750       760        770       780       
pF1KB3 CDYGYERHSN-GQCLPAFWFNPSSLSKDCSLG-QSYLNSTGYRKVVSNNCTDGVREQYTA
       ::.:: :  : ..:.    ..  .: . :  : . .:...::::. ...:  ::     .
CCDS79 CDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDL-EFCLYGREEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREV
          680       690        700       710       720       730   

         790       800       810       820       830       840     
pF1KB3 KP--QKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSY
       :   .::                                                     
CCDS79 KDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYS
           740       750       760       770       780       790   

>>CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1               (694 aa)
 initn: 473 init1: 192 opt: 755  Z-score: 687.3  bits: 138.4 E(32554): 5.8e-32
Smith-Waterman score: 821; 26.1% identity (60.9% similar) in 621 aa overlap (204-792:5-603)

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB3 NQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTILSY-
                                     .:.:.:: ::: ... ..: ..   : .  
CCDS55                           MTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEF
                                         10        20        30    

             240       250          260       270        280       
pF1KB3 -LYVCPTNKRKIMLLTDPEIESS---LLISSDEGATYQKYRLNFY-IQSLLFHPKQEDWI
        . . : :. :..: ..    :    .. ::: . .. .  : :. . .... :.. :..
CCDS55 GMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYL
           40        50        60        70        80        90    

       290       300       310             320       330        340
pF1KB3 LAYSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVV------PNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEA-RTVD
       :: : .. :. : .:: .:. :...:        : ..........  ::  ::  :: :
CCDS55 LALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCTDLGALELWRTSD
          100       110       120       130       140       150    

                350       360       370       380       390        
pF1KB3 -GHS-HYLTCRMQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSYRRNA
        :.: . .  .. .   ..:      . : :.     . . :.  .:           ..
CCDS55 LGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTT----RRIHVSTDQG-----------DT
          160       170       180           190                    

      400       410       420       430       440       450        
pF1KB3 FAQMKLPKYALPKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALE-NVQS
       ... .::. .  . . ........::  :.: ...   ... :: ::. .. .:. .. .
CCDS55 WSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYT
     200       210       220       230       240       250         

       460       470       480        490       500       510      
pF1KB3 SRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFLANK-KIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPV
       . : :     :. .:....:.....  . ::...:.::...:  :  :. :... . : .
CCDS55 TTGGE----TDFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENS-ECDAT
     260           270       280       290       300        310    

        520       530       540         550       560       570    
pF1KB3 HCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGIIA--SKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDA
             ::::.: . : .   .  .:  :. .: .:..: :..:. .:    ....:.:.
CCDS55 AKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDG
          320       330       340       350       360       370    

          580       590       600       610       620       630    
pF1KB3 GNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDG
       : .: ...:  :    ::.::..::..:.: ::  . .: :::. :. :.::  :..  :
CCDS55 GYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTG
          380       390       400       410       420       430    

          640       650          660       670       680           
pF1KB3 VLGEPGEETLIMTVFGHFSHR---SEWQLVKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQG----
       . .::: ... ....: :..    :.:    .:.:.:..: : :.::  :  ::      
CCDS55 LASEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDY
          440       450        460       470       480       490   

        690       700       710        720       730        740    
pF1KB3 -EACIMGAKRIYKKRKSERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFDCDYGYERHSN-GQCLP
        ..::.: :. . . ..   :..:. :. . .   :.:.  :: ::.:: :  : ..:. 
CCDS55 EDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVE
           500       510       520       530       540       550   

          750       760        770       780         790       800 
pF1KB3 AFWFNPSSLSKDCSLG-QSYLNSTGYRKVVSNNCTDGVREQYTAKP--QKCPGKAPRGLR
          ..  .: . :  : . .:...::::. ...:  ::     .:   .::         
CCDS55 QPELKGHDL-EFCLYGREEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEK
           560        570       580       590       600       610  

             810       820       830       840       850       860 
pF1KB3 IVTADGKLTAEQGHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSYVNLSSMEDGIKHVYQN
                                                                   
CCDS55 QNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDA
            620       630       640       650       660       670  

>>CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11               (2214 aa)
 initn: 411 init1: 137 opt: 652  Z-score: 587.1  bits: 121.5 E(32554): 2.2e-26
Smith-Waterman score: 992; 28.1% identity (62.9% similar) in 668 aa overlap (170-793:99-753)

     140       150       160       170       180       190         
pF1KB3 PGTRERDPDKATRFRMEELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNL
                                     ...::: .:::.:..:.::. :..  .  :
CCDS84 ASRADEKPLRRKRSAALQPEPIKVYGQVSLNDSHNQMVVHWAGEKSNVIVALAR-DSLAL
       70        80        90       100       110       120        

     200       210       220             230       240       250   
pF1KB3 GSITESSLWRSTDYGTTYEKLNDKV--GL----KTILSYLYVCPTNKRKIMLLTDPEIES
       .    :... : ::: ...:..::.  ::    ..... .:  :..... ....:   . 
CCDS84 ARPKSSDVYVSYDYGKSFKKISDKLNFGLGNRSEAVIAQFYHSPADNKR-YIFADAYAQY
       130       140       150       160       170        180      

           260       270       280       290          300       310
pF1KB3 SLLISSDEGATYQKYRLNFYIQSLLFHPKQEDWILAYSQ---DQKLYSSAEFGRRWQLIQ
        : :. :   : : . . :   .::.: :  . .:....   ...:..: .::. : .::
CCDS84 -LWITFDFCNTLQGFSIPFRAADLLLHSKASNLLLGFDRSHPNKQLWKSDDFGQTWIMIQ
         190       200       210       220       230       240     

              320       330       340       350       360       370
pF1KB3 EGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHLEARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQPFPGYIDPDS
       : :  . : :..   .: :. ...: .  .:.:  .  :  .  .. .::      .  .
CCDS84 EHV--KSFSWGIDPYDK-PNTIYIERHEPSGYSTVF--RSTDFFQSRENQEVI-LEEVRD
           250       260        270         280       290          

                  380          390       400       410       420   
pF1KB3 LIVQDHYVF----VQLTSGGRP---HYYVSYRRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDENQV
       . ..:.:.:    :.: .. .    . .::. :. .   ..      ..... ...:.::
CCDS84 FQLRDKYMFATKVVHLLGSEQQSSVQLWVSFGRKPMRAAQFVTRHPINEYYIADASEDQV
     300       310       320       330       340       350         

           430       440       450         460                470  
pF1KB3 FAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALENV--QSSRGPEGNIMI---------DLYEV
       :. :.  ..:.  :::::...:. :.:.::::   :  :  .. ..         :...:
CCDS84 FVCVS--HSNNRTNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYSPGGAGSDTLVRYFANEPFADFHRV
     360         370       380       390       400       410       

            480           490       500       510       520        
pF1KB3 AGIKGMFLA---NKKIDNQ-VKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGDPVHCLLPY-CSLHL
        :..:...:   : ..... ... ::..::  :..::::     :. ..: :   :::::
CCDS84 EGLQGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFLQAPAFTGYGEKINCELSQGCSLHL
       420       430       440       450       460       470       

       530         540        550       560       570       580    
pF1KB3 HLKVSE--NPYTSGI-IASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDAGNTWRQIFEE
         ..:.  :     . : ::..::..:.:.:..:..:. .  ....::.::  ::. .  
CCDS84 AQRLSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIATGSVGKNLA-SKTNVYISSSAGARWREALPG
       480       490       500       510        520       530      

          590       600       610       620       630       640    
pF1KB3 EHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDGVLGEPGEETL
        :   . :.::...:. . ..   .:  : .::..:. . :.  :.:: :.: ::::.. 
CCDS84 PHYYTWGDHGGIITAIAQ-GMETNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPGEKST
        540       550        560       570       580       590     

          650        660       670       680        690       700  
pF1KB3 IMTVFGHFSHRSE-WQLVKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQ-GEACIMGAKRIYKKRK
       ..:.::  ..  . : ...:.  . .   :.:.::. :.  .. :. :..: : ..:.: 
CCDS84 VFTIFGSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGHKTVFKRRT
         600       610       620       630       640       650     

            710        720       730          740       750        
pF1KB3 SERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFDCDYGY---ERHSNGQCLPAFWFNPSSLSKD--
        .  :..:. .   .    : ::. :..::.:.   :  :   :.:   :. .: :    
CCDS84 PHATCFNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYSPPVP
         660       670       680       690       700       710     

        760       770       780        790       800       810     
pF1KB3 CSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDG-VREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQGH
       : .:..:  . ::::. ...:. : :. .  ..   ::                      
CCDS84 CPVGSTYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDLA
         720       730       740       750       760       770     

         820       830       840       850       860       870     
pF1KB3 NVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDNSL
                                                                   
CCDS84 SGATEQLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVIINSGLETVE
         780       790       800       810       820       830     




1168 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 14:01:48 2016 done: Thu Nov  3 14:01:49 2016
 Total Scan time:  5.340 Total Display time:  0.290

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com