Result of FASTA (omim) for pF1KB3717
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3717, 478 aa
  1>>>pF1KB3717 478 - 478 aa - 478 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8649+/-0.000473; mu= 19.7621+/- 0.029
 mean_var=59.2383+/-12.477, 0's: 0 Z-trim(107.7): 28  B-trim: 790 in 1/49
 Lambda= 0.166638
 statistics sampled from 15744 (15761) to 15744 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.543), E-opt: 0.2 (0.185), width:  16
 Scan time:  6.170

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane  ( 478) 3193 776.7       0
NP_001191184 (OMIM: 254900,602257) lysosome membra ( 335) 1652 406.2 7.4e-113
NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger recep ( 506)  996 248.6 3.1e-65
NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor ( 509)  985 245.9 1.9e-64
XP_005250771 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472)  957 239.2 1.9e-62
XP_005250770 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472)  957 239.2 1.9e-62
XP_005250772 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) P ( 472)  957 239.2 1.9e-62
NP_001120916 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472)  957 239.2 1.9e-62
NP_001001547 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472)  957 239.2 1.9e-62
NP_000063 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) plat ( 472)  957 239.2 1.9e-62
NP_001120915 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472)  957 239.2 1.9e-62
NP_001001548 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 472)  957 239.2 1.9e-62
NP_001276840 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 396)  819 205.9 1.6e-52
NP_001276838 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 412)  616 157.2 8.3e-38
NP_001276837 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) p ( 433)  426 111.5 4.8e-24


>>NP_005497 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane prot  (478 aa)
 initn: 3193 init1: 3193 opt: 3193  Z-score: 4147.1  bits: 776.7 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3193; 100.0% identity (100.0% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-478)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470        
pF1KB3 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
              430       440       450       460       470        

>>NP_001191184 (OMIM: 254900,602257) lysosome membrane p  (335 aa)
 initn: 1671 init1: 1641 opt: 1652  Z-score: 2147.1  bits: 406.2 E(85289): 7.4e-113
Smith-Waterman score: 1953; 70.1% identity (70.1% similar) in 478 aa overlap (1-478:1-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKPPLPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNKAYVFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::                            
NP_001 YTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYR----------------------------
               70        80        90                              

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 RDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVDELLWGY
                                                                   
NP_001 ------------------------------------------------------------
                                                                   

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 KDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGKTSLDWW
                                                              :::::
NP_001 -------------------------------------------------------SLDWW
                                                                   

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFRYKVPAE
       100       110       120       130       140       150       

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILANTSDNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADERFVSAIEGMHPNQ
       160       170       180       190       200       210       

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFPVMYLNESVHIDKE
       220       230       240       250       260       270       

              430       440       450       460       470        
pF1KB3 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TASRLKSMINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDEGTADERAPLIRT
       280       290       300       310       320       330     

>>NP_001076428 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor   (506 aa)
 initn: 623 init1: 321 opt: 996  Z-score: 1292.2  bits: 248.6 E(85289): 3.1e-65
Smith-Waterman score: 996; 34.0% identity (66.9% similar) in 465 aa overlap (10-465:15-471)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB3      MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
                     :. .::  : .....:  .  . . :.. :.. .  .. .:. :..
NP_001 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
               10        20        30          40        50        

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB3 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
        :.: : . :::.: :: :::.:: :.:.: :::.:::.:.:.:: : .:. :.: .  .
NP_001 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITF-NNNDTVSFLEYR
       60        70        80        90       100        110       

         120       130       140         150       160       170   
pF1KB3 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
       .. :. ..: :. . : :   :: ::  .:.  ..   :. :.   . .  .. :...::
NP_001 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
       120       130        140       150       160       170      

           180       190          200       210       220       230
pF1KB3 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
        :..::::: ...::. . : . :.   :::: : :....: .. .:: ..   .  . .
NP_001 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
        180       190       200       210       220       230      

              240       250       260       270       280       290
pF1KB3 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
       ::: ...:.: .:.:::::::.:. . :..: .  :  .  . :::. . ...    .:.
NP_001 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
        240       250       260       270       280       290      

              300          310       320       330       340       
pF1KB3 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
       :..:. .:  ..:: :    : ::: :   :: ::. ::: :. .::...: ::: .:: 
NP_001 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
        300       310       320           330       340       350  

       350       360       370       380       390       400       
pF1KB3 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
        .. :. :.::::: :  :.::.:.::: .. . ..:...:.:..  . .:: :. .:.:
NP_001 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
            360       370       380       390       400       410  

       410       420        430       440       450       460      
pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
       .... ::  .. ::   . . ..    ..    :...:::  . :: .    ..::  : 
NP_001 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQGPEDT
            420       430       440       450       460       470  

        470                              
pF1KB3 GTADERAPLIRT                      
                                         
NP_001 VSQPGLAAGPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA
            480       490       500      

>>NP_005496 (OMIM: 601040,610762) scavenger receptor cla  (509 aa)
 initn: 623 init1: 321 opt: 985  Z-score: 1277.9  bits: 245.9 E(85289): 1.9e-64
Smith-Waterman score: 985; 34.3% identity (67.5% similar) in 452 aa overlap (10-452:15-458)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB3      MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
                     :. .::  : .....:  .  . . :.. :.. .  .. .:. :..
NP_005 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
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NP_005 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
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pF1KB3 YKVPAEILAN---TSDNAGFC---IPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADER
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pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKSMINTTLIITN-IPYIIMALGV--FFGLVFTWLACKGQGSM
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pF1KB3 YKVPAEILAN---TSDNAGFC---IPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADER
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XP_005 VSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNYIVP
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pF1KB3 VMYLNESVHIDKETASRLKSMINTTLIITN-IPYIIMALGV--FFGLVFTWLACKGQGSM
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pF1KB3 DEGTADERAPLIRT

>>XP_005250772 (OMIM: 173510,608404,610938,611162) PREDI  (472 aa)
 initn: 772 init1: 268 opt: 957  Z-score: 1242.0  bits: 239.2 E(85289): 1.9e-62
Smith-Waterman score: 957; 33.8% identity (68.6% similar) in 477 aa overlap (1-461:1-469)

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pF1KB3 MG--RCCFYTAGTL--SLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEKP
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XP_005 MGCDRNCGLIAGAVIGAVLAVFGGILMPVGDLL---IQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKT
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XP_005 GTEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQP
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pF1KB3 KAYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVLTVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTVD
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XP_005 NGAIFEPSLSVGT-EADNFTVLNLAVAAASHIYQNQFVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
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pF1KB3 ELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPYFGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVEWNGK
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XP_005 ELLWGYRDPFLSLVP--YP-VTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTYKGK
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pF1KB3 TSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGLPAFR
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XP_005 RNLSYW-ESHCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIPVYR
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pF1KB3 YKVPAEILAN---TSDNAGFC---IPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADER
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pF1KB3 DEGTADERAPLIRT




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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