Result of FASTA (ccds) for pF1KB3651
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3651, 1004 aa
  1>>>pF1KB3651 1004 - 1004 aa - 1004 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.1937+/-0.00125; mu= -11.9113+/- 0.075
 mean_var=535.4155+/-111.510, 0's: 0 Z-trim(115.3): 83  B-trim: 440 in 1/52
 Lambda= 0.055428
 statistics sampled from 15796 (15871) to 15796 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.488), width:  16
 Scan time:  6.060

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8597.1 PHC1 gene_id:1911|Hs108|chr12           (1004) 6557 539.8  1e-152
CCDS77858.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3          ( 983)  681 69.9 2.9e-11
CCDS46952.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3          ( 995)  681 69.9 2.9e-11


>>CCDS8597.1 PHC1 gene_id:1911|Hs108|chr12                (1004 aa)
 initn: 6557 init1: 6557 opt: 6557  Z-score: 2855.1  bits: 539.8 E(32554): 1e-152
Smith-Waterman score: 6557; 99.9% identity (100.0% similar) in 1004 aa overlap (1-1004:1-1004)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQALQRQPNAAQYFHQFMLQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQALQRQPNAAQYFHQFMLQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QLSNAQLHSLAAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATTSAAQLISRSQSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 QLSNAQLHSLAAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQQTTTTQASINLATTSAAQLISRSQSV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 SSPSATTLTQSVLLGNTTSPPLNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 SSPSATTLTQSVLLGNTTSPPLNQSQAQMYLRPQLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 GAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAVRNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 GAVAAVQQEVPSAQSPGVHADADQVQNLAVRNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 SQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMGPGGGGQAHGGLGQLPSSGMG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 SQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGGSGNSIPGSMGPGGGGQAHGGLGQLPSSGMG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 GGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 GGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTEAESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 PSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQQIHLQQKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 LQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQPPQVPPTQQVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 PLSLPPDAAPKPPIPIQSKPPVAPIKPPQLGAAKMSAAQQPPPHIPVQVVGTRQPGTAQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLSLPPDAAPKPPIPIQSKPPVAPIKPPQLGAAKMSAAQQPPPHIPVQVVGTRQPGTAQA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QALGLAQLAAAVPTSRGMPGTVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 QALGLAQLAAAVPTSRGMPGTVQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 TAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHLPGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TAHVVKGGATTSSPVVAQVPAAFYMQSVHLPGKPQTLAVKRKADSEEERDDVSTLGSMLP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 AKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANAPSSELVALTPAPSVPPPTLAMVSRQMG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 AKASPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANTPSSELVALTPAPSVPPPTLAMVSRQMG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 DSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLPTGLTENQSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 DSKPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQLLKESEKPLQTGLPTGLTENQSGG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 PLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLGVDSPSAELDKKANLLKCEYCGKYAPAEQFRGSKRFCSMTCAKRYNVSCSHQFRLKRK
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 KMKEFQEANYARVRRRGPRRSSSDIARAKIQGKCHRGQEDSSRGSDNSSYDEALSPTSPG
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB3 PLSVRAGHGERDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLSVRAGHGERDLGNPNTAPPTPELHGINPVFLSSNPSRWSVEEVYEFIASLQGCQEIAE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000    
pF1KB3 EFRSQEIDGQALLLLKEEHLMSAMNIKLGPALKICAKINVLKET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 EFRSQEIDGQALLLLKEEHLMSAMNIKLGPALKICAKINVLKET
              970       980       990      1000    

>>CCDS77858.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3               (983 aa)
 initn: 1029 init1: 360 opt: 681  Z-score: 315.8  bits: 69.9 E(32554): 2.9e-11
Smith-Waterman score: 1329; 34.1% identity (56.9% similar) in 1094 aa overlap (3-1004:13-983)

                         10        20        30        40          
pF1KB3           METESEQNSNSTNGSSSSGGSSRPQIAQMSLYERQAVQALQ-ALQRQPN-
                   . . .....:. ..::.  ..:::. .:  .:.:::..: ::.: :. 
CCDS77 MDTEPNPGTSSVSTTTSSTTTTTITTSSSRMQQPQISVYSGSDRHAVQVIQQALHRPPSS
               10        20        30        40        50        60

       50                      60        70        80        90    
pF1KB3 AAQYFHQ--------FML------QQQLSNAQLHSLAAVQQATIAASRQASSPNTSTTQQ
       ::::..:        .::      ::.::..::.:::::: :.....: ..::. :.:::
CCDS77 AAQYLQQMYAAQQQHLMLHTAALQQQHLSSSQLQSLAAVQ-ASLSSGRPSTSPTGSVTQQ
               70        80        90       100        110         

          100        110       120       130       140       150   
pF1KB3 QTTTTQASINLATT-SAAQLISRSQSVSSPSATTLTQSVLLGNTTSPPLNQSQAQMYLRP
        .. .:.::::.:. . ::::::::. :: :..   :..::: .::: :. :::::::: 
CCDS77 -SSMSQTSINLSTSPTPAQLISRSQASSSTSGSITQQTMLLG-STSPTLTASQAQMYLRA
      120       130       140       150       160        170       

           160       170       180       190          200       210
pF1KB3 QLGNLLQVNRTLGRNVPLASQLILMPNGAVAAVQQEVP---SAQSPGVHADADQVQNLAV
       :.                   ::. :  .:::::...:   :..: . .. : :::::..
CCDS77 QM-------------------LIFTPATTVAAVQSDIPVVSSSSSSSCQSAATQVQNLTL
                          180       190       200       210        

              220       230       240       250       260       270
pF1KB3 RNQQASAQGPQMQGSTQKAIPPGASPVSSLSQASSQALAVAQASSGATNQSLNLSQAGGG
       :.:. .. . ...:      ::         ...::.            :::..      
CCDS77 RSQKLGVLSSSQNG------PP---------KSTSQT------------QSLTI------
      220       230                      240                       

              280       290       300       310       320       330
pF1KB3 SGNSIPGSMGPGGGGQAHGGLGQLPSSGMGGGSCPRKGTGVVQPLPAAQTVTVSQGSQTE
                                        :  :            ::: :. :: .
CCDS77 ---------------------------------CHNK-----------TTVTSSKISQRD
                                                     250       260 

              340       350       360       370       380          
pF1KB3 AESAAAKKAEADGSGQQNVGMNLTRTATPAPSQTLISSATYTQIQPHSLIQQQQ-QIHLQ
           . ::.:. .   .. .  .:::..    . ::. :.:. :::::::..::  .:  
CCDS77 PSPESNKKGESPS--LESRSTAVTRTSSI---HQLIAPASYSPIQPHSLIKHQQIPLHSP
             270         280          290       300       310      

     390       400       410       420       430       440         
pF1KB3 QKQVVIQQQIAIHHQQQFQHRQSQLLHTATHLQLAQQQQQQQQQQQQQQQPQATTLTAPQ
        ..:  .: :    ::: :. :   :...:.    .:.    :..     :. .     .
CCDS77 PSKVSHHQLIL---QQQQQQIQPITLQNSTQDPPPSQHCIPLQNHGLPPAPSNAQSQHCS
        320          330       340       350       360       370   

     450        460       470       480       490       500        
pF1KB3 PPQVPPTQ-QVPPSQSQQQAQTLVVQPMLQSSPLSLPPDAAPKPPIPIQSKPPVAP-IKP
       : :  :.   : :.:::.  :..::.:    :: :  :    .:   :: .: :.  ..:
CCDS77 PIQSHPSPLTVSPNQSQSAQQSVVVSPPPPHSP-SQSPTIIIHPQALIQPHPLVSSALQP
           380       390       400        410       420       430  

        510          520         530       540       550       560 
pF1KB3 -PQLG---AAKMSAAQQP--PPHIPVQVVGTRQPGTAQAQALGLAQLAAAVPTSRGMPGT
        :.:    : ...:. :   : :.:. .  . . : .: .:: ..     :  :. . ..
CCDS77 GPNLQQSTANQVQATAQLNLPSHLPLPASPVVHIGPVQQSAL-VSPGQQIVSPSHQQYSS
            440       450       460       470        480       490 

             570       580       590       600        610          
pF1KB3 VQSGQAHLASSPPSSQAPGALQECPPTLAPGMTLAPVQGTAHVV-KGGATTSSPVVAQ--
       .::.   .:: :  : .: :  . ::   : ...  .:   ... .: . ... .:..  
CCDS77 LQSSPIPIASPPQMSTSPPA--QIPPL--PLQSMQSLQVQPEILSQGQVLVQNALVSEEE
             500       510           520       530       540       

      620       630           640                           650    
pF1KB3 VPAAFYMQSVHLPGK----PQTLAVKRKA--------------------DSEEERDDVST
       .:::  .  :.:: .    :::.::. ..                    .  :: :.   
CCDS77 LPAAEAL--VQLPFQTLPPPQTVAVNLQVQPPAPVDPPVVYQVEDVCEEEMPEESDECVR
       550         560       570       580       590       600     

          660        670       680       690       700             
pF1KB3 LGSMLPAKA-SPVAESPKVMDEKSSLGEKAESVANVNANAPSSELVALTPA-PS---VPP
       .    :  . ::.: .    .. .:     :.: .. : :  :  :  .:. ::   :::
CCDS77 MDRTPPPPTLSPAAITVGRGEDLTSEHPLLEQV-ELPAVASVSASVIKSPSDPSHVSVPP
         610       620       630        640       650       660    

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pF1KB3 PTL---AMVSRQMGDS----------KPPQAIVKPQILTHIIEGFVIQEGAEPFPVGCSQ
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CCDS46 SPSDPSHVSVPPPPLLLPAATTRSNSTSMHSSIPSIENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQ
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CCDS46 IDGQALLLLKEDHLMSAMNIKLGPALKICARINSLKES
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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