Result of FASTA (omim) for pF1KB3523
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3523, 858 aa
  1>>>pF1KB3523 858 - 858 aa - 858 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0949+/-0.000346; mu= 17.9130+/- 0.022
 mean_var=96.5756+/-20.012, 0's: 0 Z-trim(116.8): 114  B-trim: 682 in 1/54
 Lambda= 0.130509
 statistics sampled from 28154 (28331) to 28154 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.332), width:  16
 Scan time: 13.440

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001092006 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-ter ( 858) 5821 1106.8       0
NP_003472 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-termin ( 835) 4236 808.4       0
NP_003931 (OMIM: 603591) ubiquitin carboxyl-termin ( 863) 3301 632.3 2.8e-180
XP_016862914 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 833) 3148 603.5 1.3e-171
XP_016862915 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 821) 2950 566.2 2.1e-160
XP_016862916 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 711) 2851 547.5 7.8e-155
XP_011511571 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin c ( 854) 2712 521.4 6.8e-147
NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-termin ( 520)  260 59.6 4.4e-08
XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498)  221 52.2 6.9e-06
XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498)  221 52.2 6.9e-06
XP_016878254 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498)  221 52.2 6.9e-06
XP_011543392 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 181)  188 45.7 0.00023
NP_001273006 (OMIM: 616378) UBX domain-containing  ( 297)  188 45.9 0.00034
XP_016873363 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 297)  188 45.9 0.00034
NP_056937 (OMIM: 616378) UBX domain-containing pro ( 312)  188 45.9 0.00035
XP_005274090 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 312)  188 45.9 0.00035
XP_016878256 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435)  185 45.4 0.00068
XP_016878255 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435)  185 45.4 0.00068
NP_001243631 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-ter ( 476)  185 45.4 0.00073


>>NP_001092006 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-termina  (858 aa)
 initn: 5821 init1: 5821 opt: 5821  Z-score: 5921.8  bits: 1106.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5821; 100.0% identity (100.0% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-858)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
              790       800       810       820       830       840

              850        
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
       ::::::::::::::::::
NP_001 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
              850        

>>NP_003472 (OMIM: 601447) ubiquitin carboxyl-terminal h  (835 aa)
 initn: 4284 init1: 4236 opt: 4236  Z-score: 4309.1  bits: 808.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5592; 97.2% identity (97.3% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-835)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
       ::::::::::::::::::::::::::::                       .::::::::
NP_003 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPK-----------------------APMLDESVI
              610       620                              630       

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
       640       650       660       670       680       690       

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
       700       710       720       730       740       750       

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
       760       770       780       790       800       810       

              850        
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
       ::::::::::::::::::
NP_003 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
       820       830     

>>NP_003931 (OMIM: 603591) ubiquitin carboxyl-terminal h  (863 aa)
 initn: 3463 init1: 1583 opt: 3301  Z-score: 3357.5  bits: 632.3 E(85289): 2.8e-180
Smith-Waterman score: 3598; 60.6% identity (84.0% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-863)

                                  10        20        30        40 
pF1KB3                    MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
                                : :.  .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
NP_003 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
               10        20        30        40        50        60

              50        60        70        80        90       100 
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
       :::.::::::.::...::::: :::: ::.::.:  : : .  :.: :  :... ... .
NP_003 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
               70        80        90       100         110        

             110       120       130       140       150       160 
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
        ..   ::. . .: ....:.::.::. :::  ..  :: .:    : : .:.::. :  
NP_003 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
      120       130       140       150       160           170    

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
       :::. ..:..:.  :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
NP_003 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
          180        190       200       210       220       230   

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
        .::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
NP_003 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
           240       250       260       270       280       290   

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
       :::.:. :.. .   . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
NP_003 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
           300         310       320       330       340       350 

             350       360       370       380       390       400 
pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
       :..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.::::  .:   :.
NP_003 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
             360       370       380       390       400       410 

               410       420       430       440       450         
pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
       :   :.:  :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.::::  .::::..
NP_003 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
             420       430       440       450       460       470 

     460       470       480       490       500       510         
pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
       ::::::::.:.:  :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :
NP_003 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
             480       490       500       510       520       530 

     520       530       540       550       560       570         
pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
       ::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
NP_003 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
             540       550       560       570       580       590 

     580       590       600       610       620       630         
pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
       :::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :  :    :.  
NP_003 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
             600       610       620       630       640           

     640       650       660       670       680       690         
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
       :         :..  .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
NP_003 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
               650         660       670       680       690       

     700       710       720              730       740       750  
pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
       :::.:: .:: .: .:..:..       . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
NP_003 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
       700       710       720       730       740       750       

            760        770       780       790       800       810 
pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
       :::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
NP_003 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
       760       770       780        790       800       810      

             820       830       840       850        
pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
       :::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
NP_003 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
        820       830       840       850       860   

>>XP_016862914 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo  (833 aa)
 initn: 3298 init1: 1583 opt: 3148  Z-score: 3202.0  bits: 603.5 E(85289): 1.3e-171
Smith-Waterman score: 3445; 60.5% identity (83.7% similar) in 830 aa overlap (39-858:28-833)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KB3 LLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQR
                                     ::::::.::::::.::...::::: :::: 
XP_016    MKYKSSLFRTARCRSFASSAGQSAGRNSEGGLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQS
                  10        20        30        40        50       

       70        80        90       100       110       120        
pF1KB3 VYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDY
       ::.::.:  : : .  :.: :  :... ... . ..   ::. . .: ....:.::.::.
XP_016 VYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFLDLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDH
        60        70          80        90       100       110     

      130       140       150       160       170       180        
pF1KB3 LEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDN
        :::  ..  :: .    :: : .:.::. :  :::. ..:..:.  :::.: .: ::::
XP_016 YEIALPNIEELPAL----VTIACDAVLSSKSPYRKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDN
         120           130       140       150        160       170

      190       200       210       220       230       240        
pF1KB3 PARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKL
        .:::: ::::..::.::::::::::::.:::. .::.::::.::.::::. ::::::::
XP_016 GVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKL
              180       190       200       210       220       230

      250       260       270       280       290       300        
pF1KB3 GTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWE
       ::::::::::::..:.. :::: ::.::.:::::::.:. :.. . . .: .  :..:::
XP_016 GTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHGTENGLQDNDIKL--RVSEWE
              240       250       260       270       280          

      310       320       330       340       350       360        
pF1KB3 LIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTD
       .:::::. :::..::::::..::::::::.::.:..::::.::: :: .: .::. .: :
XP_016 VIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLD
      290       300       310       320       330       340        

      370       380       390       400         410       420      
pF1KB3 PTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERV--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHP
       :::::.::..:::::::::.::::  .:   :.:   :.:  :.::.::::::...:.::
XP_016 PTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHP
      350       360       370       380       390       400        

        430       440       450       460       470       480      
pF1KB3 EFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYI
       :::.:::::::::::::.:.::::  .::::..::::::::.:.:  :.::.::.::::.
XP_016 EFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYL
      410       420       430       440       450       460        

        490       500       510       520       530       540      
pF1KB3 MQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFW
       ::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :::::::..:::.::.:.. ::.:::::
XP_016 MQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFW
      470       480       490       500       510       520        

        550       560       570       580       590       600      
pF1KB3 STALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTG
       :.::::::..:::.::::::.:::.:::::::::::::::.::::.::. :::..::. :
XP_016 SSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARG
      530       540       550       560       570       580        

        610       620       630       640       650       660      
pF1KB3 LQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEM
       :::::::::::.::.: ::. :  :    :.  :         :..  .::: ..::.::
XP_016 LQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLID---------PSD--IDESSVMQLAEM
      590       600       610                   620         630    

        670       680       690       700       710       720      
pF1KB3 GFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA------
       :::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..::::.:: .:: .: .:..:..      
XP_016 GFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGL
          640       650       660       670       680       690    

               730       740       750       760        770        
pF1KB3 -DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGR
        . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.::::.:::::: . . :.. .... :. 
XP_016 DNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENN
          700       710       720       730       740       750    

      780       790       800       810       820       830        
pF1KB3 SAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVC
       . :. :::. : ::.:.:: : :.::::::::::::: :::.::::::::::::::.:::
XP_016 ANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVC
           760       770       780       790       800       810   

      840       850        
pF1KB3 ASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
       :::.:::::::.:::.:. :
XP_016 ASERPPKDLGYMYFYRRIPS
           820       830   

>>XP_016862915 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo  (821 aa)
 initn: 3259 init1: 1583 opt: 2950  Z-score: 3000.6  bits: 566.2 E(85289): 2.1e-160
Smith-Waterman score: 3305; 57.2% identity (79.8% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-821)

                                  10        20        30        40 
pF1KB3                    MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
                                : :.  .::::::..::::.:.:::::.:.:. .:
XP_016 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPKVRG
               10        20        30        40        50        60

              50        60        70        80        90       100 
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
                                                  :.: :  :... ... .
XP_016 -------------------------------------------ASG-GALPKRRNSKIFL
                                                           70      

             110       120       130       140       150       160 
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
        ..   ::. . .: ....:.::.::. :::  ..  :: .:    : : .:.::. :  
XP_016 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
         80        90       100       110           120       130  

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
       :::. ..:..:.  :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
XP_016 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
            140        150       160       170       180       190 

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
        .::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
XP_016 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
             200       210       220       230       240       250 

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pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
       :::.:. :.. .   . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
XP_016 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
             260         270       280       290       300         

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pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
       :..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.::::  .:   :.
XP_016 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
     310       320       330       340       350       360         

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pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
       :   :.:  :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.::::  .::::..
XP_016 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
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pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
       ::::::::.:.:  :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :
XP_016 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
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pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
       ::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
XP_016 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
     490       500       510       520       530       540         

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pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
       :::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :  :    :.  
XP_016 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
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pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
       :         :..  .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
XP_016 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
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pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
       :::.:: .:: .: .:..:..       . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
XP_016 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
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pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
       :::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
XP_016 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
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pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
       :::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
XP_016 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
          780       790       800       810       820 

>>XP_016862916 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo  (711 aa)
 initn: 3018 init1: 1583 opt: 2851  Z-score: 2900.7  bits: 547.5 E(85289): 7.8e-155
Smith-Waterman score: 3148; 62.9% identity (85.5% similar) in 723 aa overlap (146-858:7-711)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB3 LDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQ
                                     .:: : .:.::. :  :::. ..:..:.  
XP_016                         MRMALCQVTIACDAVLSSKSPYRKQDPDTWENEL-P
                                       10        20        30      

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB3 VSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVE
       :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::. .::.::::.::.:
XP_016 VSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSGGNGHALE
          40        50        60        70        80        90     

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pF1KB3 HYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTE
       :::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.:::::::.:. :.. . .
XP_016 HYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHGTENGLQD
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pF1KB3 LEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYV
        .: .  :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.:..::::.::: ::
XP_016 NDIKL--RVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEFQRAYV
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pF1KB3 DKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERV--PEQKEVQDGIA
        .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.::::  .:   :.:   :.:  :.::.
XP_016 GNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQQNGIS
           220       230       240       250       260       270   

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pF1KB3 PRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLA
       ::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.::::  .::::..::::::::.:.:  
XP_016 PRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEERIQCCQ
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pF1KB3 TEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCL
       :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :::::::..:::.::
XP_016 TRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIPFSACL
           340       350       360       370       380       390   

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pF1KB3 EAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEM
       .:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.:::::::::::::::.::::.:
XP_016 QAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFDVSIDM
           400       410       420       430       440       450   

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pF1KB3 PEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSP
       :. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :  :    :.  :         :.. 
XP_016 PDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRL---MNQLID---------PSD-
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pF1KB3 MLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGP
        .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..::::.:: .:: .: 
XP_016 -IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGA
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           720              730       740       750       760      
pF1KB3 GSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHID-D
       .:..:..       . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.::::.:::::: . .
XP_016 ASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFE
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pF1KB3 LDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKK
        :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.::::::::::::: :::.:::::
XP_016 EDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKK
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         830       840       850        
pF1KB3 EGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
       :::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
XP_016 EGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
      680       690       700       710 

>>XP_011511571 (OMIM: 603591) PREDICTED: ubiquitin carbo  (854 aa)
 initn: 2999 init1: 1585 opt: 2712  Z-score: 2758.2  bits: 521.4 E(85289): 6.8e-147
Smith-Waterman score: 3582; 60.3% identity (83.5% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-854)

                                  10        20        30        40 
pF1KB3                    MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
                                : :.  .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
XP_011 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
       :::.::::::.::...::::: :::: ::.::.:  : : .  :.: :  :... ... .
XP_011 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
               70        80        90       100         110        

             110       120       130       140       150       160 
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
        ..   ::. . .: ....:.::.::. :::  ..  :: .:    : : .:.::. :  
XP_011 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
      120       130       140       150       160           170    

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
       :::. ..:..:.  :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
XP_011 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
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pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
        .::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
XP_011 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
           240       250       260       270       280       290   

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
       :::.:. :.. .   . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
XP_011 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
           300         310       320       330       340       350 

             350       360       370       380       390       400 
pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
       :..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.::::  .:   :.
XP_011 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
             360       370       380       390       400       410 

               410       420       430       440       450         
pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
       :   :.:  :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.::::  .::::..
XP_011 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
             420       430       440       450       460       470 

     460       470       480       490       500       510         
pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
       ::::::::.:.:  :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :
XP_011 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
             480       490       500       510       520       530 

     520       530       540       550       560       570         
pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
       ::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
XP_011 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
             540       550       560       570       580       590 

     580       590       600       610       620       630         
pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
       :::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :.:       : 
XP_011 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKAS-------D-
             600       610       620       630       640           

     640       650       660       670       680       690         
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
                      .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
XP_011 ---------------IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
                          650       660       670       680        

     700       710       720              730       740       750  
pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
       :::.:: .:: .: .:..:..       . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
XP_011 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
      690       700       710       720       730       740        

            760        770       780       790       800       810 
pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
       :::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
XP_011 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
      750       760       770        780       790       800       

             820       830       840       850        
pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
       :::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
XP_011 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
       810       820       830       840       850    

>>NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-terminal h  (520 aa)
 initn: 327 init1: 104 opt: 260  Z-score: 266.1  bits: 59.6 E(85289): 4.4e-08
Smith-Waterman score: 289; 23.1% identity (49.3% similar) in 533 aa overlap (188-662:15-500)

       160       170       180       190          200       210    
pF1KB3 DSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIP---PCGWKCSKCDMRENLWLNLTD
                                     . :..:   : .: :: :   .. :. :: 
NP_006                 MECPHLSSSVCIAPDSAKFPNGSPSSWCCSVCRSNKSPWVCLTC
                               10        20        30        40    

          220       230       240       250                  260   
pF1KB3 GSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGAD-----------VYSYDE
       .:. ::: : .:     :: .::...  ::. .  .   : ..           .: :  
NP_006 SSVHCGR-YVNG-----HAKKHYEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRC
           50              60        70        80        90        

           270       280       290       300         310       320 
pF1KB3 DDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM--NQRIGEWELIQESGVPLKPLF
       ::.:.. .      ..:.    .::. . . .:: .    .:  . .:...: .  : : 
NP_006 DDFVVNDT------KLGL----VQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLK
      100             110           120       130       140        

                   330       340       350       360        370    
pF1KB3 GPGYT------GIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKI-FQNAPTDPTQDFS
         : :      :.:::::.:..:...: : .: .:   :  .:  . ..:. :   . . 
NP_006 VNGSTTAICATGLRNLGNTCFMNAILQSLSNIEQFC-CYFKELPAVELRNGKTAGRRTYH
      150       160       170       180        190       200       

          380       390       400       410       420       430    
pF1KB3 TQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQ
       :.    ..  :  :. : .    .:         : ...:. .  .. :  :.:   .::
NP_006 TRSQGDNNVSLVEEFRKTLCALWQGS--------QTAFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQ
       210       220       230               240       250         

          440                  450                        460      
pF1KB3 DAQEFF------LHL-----INMVERNCRSSENPN-----------------EVFRFLVE
       ::.::.      :::     .: : :.   .:: .                  .:  ...
NP_006 DAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCINGASTVVTAIFGGILQ
     260       270       280       290       300       310         

        470         480       490       500       510       520    
pF1KB3 EKIKCL--ATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVR
       ....::  .::. :.   .:  ...:  .             ..::. ..:.  .  :  
NP_006 NEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQF-------------RSKRSKNQENGPVCSL--
     320       330       340                    350       360      

          530       540          550       560       570       580 
pF1KB3 AQVPFSSCLEAYGAPEQVDD---FWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLD
             .::...   :..:.   .     . :. ..:   . ..:  : ...:.: .   
NP_006 -----RDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHW-TA
               370       380       390       400       410         

             590        600       610        620       630         
pF1KB3 WVPKKLDVSIEMPEE-LDISQLRGTGLQPGEEE-LPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
       .. .:.:. .:.: . ::..       . : :  : :.:  .:      :: : :     
NP_006 YLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGS-GHYTAYAT
      420       430       440       450       460        470       

     640       650       660       670       680       690         
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
             ::.. :  . :: ....                                     
NP_006 HEGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL                 
       480       490       500       510       520                 

>>XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin carbo  (498 aa)
 initn: 285 init1: 104 opt: 221  Z-score: 226.7  bits: 52.2 E(85289): 6.9e-06
Smith-Waterman score: 250; 22.5% identity (49.0% similar) in 516 aa overlap (202-662:10-478)

             180       190       200       210       220       230 
pF1KB3 EVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNN
                                     :   .. :. :: .:. ::: : .:     
XP_016                      MQSPPHLAVCRSNKSPWVCLTCSSVHCGR-YVNG-----
                                    10        20         30        

             240       250                  260       270       280
pF1KB3 HAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGAD-----------VYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFG
       :: .::...  ::. .  .   : ..           .: :  ::.:.. .      ..:
XP_016 HAKKHYEDAQVPLTNHKKSEKQDKVQHTVCMDCSSYSTYCYRCDDFVVNDT------KLG
            40        50        60        70        80             

              290       300         310       320             330  
pF1KB3 IDMLKMQKTDKTMTELEIDM--NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYT------GIRNLG
       .    .::. . . .:: .    .:  . .:...: .  : :   : :      :.::::
XP_016 L----VQKVREHLQNLENSAFTADRHKKRKLLENSTLNSKLLKVNGSTTAICATGLRNLG
            90       100       110       120       130       140   

            340       350       360        370       380       390 
pF1KB3 NSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEKI-FQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSK
       :.:..:...: : .: .:   :  .:  . ..:. :   . . :.    ..  :  :. :
XP_016 NTCFMNAILQSLSNIEQFC-CYFKELPAVELRNGKTAGRRTYHTRSQGDNNVSLVEEFRK
           150       160        170       180       190       200  

             400       410       420       430       440           
pF1KB3 PVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFF------LHL--
        .    .:         : ...:. .  .. :  :.:   .::::.::.      :::  
XP_016 TLCALWQGS--------QTAFSPESLFYVVWKIMPNFRGYQQQDAHEFMRYLLDHLHLEL
            210               220       230       240       250    

              450                        460       470         480 
pF1KB3 ---INMVERNCRSSENPN-----------------EVFRFLVEEKIKCL--ATEKVKYTQ
          .: : :.   .:: .                  .:  .......::  .::. :.  
XP_016 QGGFNGVSRSAILQENSTLSASNKCCINGASTVVTAIFGGILQNEVNCLICGTESRKFDP
          260       270       280       290       300       310    

             490       500       510       520       530       540 
pF1KB3 RVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQ
        .:  ..: .:           ... :. . .:.  .          . .::...   :.
XP_016 FLD--LSLDIPS----------QFRSKRSKNQENGPV--------CSLRDCLRSFTDLEE
            320                 330               340       350    

                550       560       570       580       590        
pF1KB3 VDD---FWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEE-L
       .:.   .     . :. ..:   . ..:  : ...:.: .   .. .:.:. .:.: . :
XP_016 LDETELYMCHKCKKKQKSTKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHW-TAYLRNKVDTYVEFPLRGL
          360       370       380       390        400       410   

       600       610        620       630       640       650      
pF1KB3 DISQLRGTGLQPGEEE-LPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLD
       :..       . : :  : :.:  .:      :: : :           ::.. :  . :
XP_016 DMKCYLLEPENSGPESCLYDLAAVVVHHGSGVGS-GHYTAYATHEGRWFHFNDSTVTLTD
           420       430       440        450       460       470  

        660       670       680       690       700       710      
pF1KB3 ESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGST
       : ....                                                      
XP_016 EETVVKAKAYILFYVEHQAKAGSDKL                                  
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>>XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin carbo  (498 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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