Result of FASTA (ccds) for pF1KB3523
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3523, 858 aa
  1>>>pF1KB3523 858 - 858 aa - 858 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3926+/-0.000809; mu= 16.1086+/- 0.049
 mean_var=91.0705+/-18.323, 0's: 0 Z-trim(109.5): 81  B-trim: 3 in 1/50
 Lambda= 0.134396
 statistics sampled from 10851 (10932) to 10851 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.336), width:  16
 Scan time:  4.530

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12          ( 858) 5821 1139.0       0
CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12          ( 835) 4236 831.7       0
CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs108|chr3           ( 863) 3301 650.4 3.8e-186


>>CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12               (858 aa)
 initn: 5821 init1: 5821 opt: 5821  Z-score: 6096.1  bits: 1139.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5821; 100.0% identity (100.0% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-858)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
              790       800       810       820       830       840

              850        
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
       ::::::::::::::::::
CCDS41 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
              850        

>>CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12               (835 aa)
 initn: 4284 init1: 4236 opt: 4236  Z-score: 4435.4  bits: 831.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5592; 97.2% identity (97.3% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-835)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
       ::::::::::::::::::::::::::::                       .::::::::
CCDS31 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPK-----------------------APMLDESVI
              610       620                              630       

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
       640       650       660       670       680       690       

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
       700       710       720       730       740       750       

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
       760       770       780       790       800       810       

              850        
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
       ::::::::::::::::::
CCDS31 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
       820       830     

>>CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs108|chr3                (863 aa)
 initn: 3463 init1: 1583 opt: 3301  Z-score: 3455.4  bits: 650.4 E(32554): 3.8e-186
Smith-Waterman score: 3598; 60.6% identity (84.0% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-863)

                                  10        20        30        40 
pF1KB3                    MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
                                : :.  .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
CCDS32 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
               10        20        30        40        50        60

              50        60        70        80        90       100 
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
       :::.::::::.::...::::: :::: ::.::.:  : : .  :.: :  :... ... .
CCDS32 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
               70        80        90       100         110        

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CCDS32 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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